ИСТИНА

Khrameeva EE

Соавторы: Гельфанд М.С., Разин С.В., Ульянов С.В., Галицына А.А., Кос П.И., Чертович А.В., Логачёва М.Д., Миронов А.А., Mikhaleva E., Шевелёв Ю.Я., Flyamer I.M., Гаврилов А.А., Половников К.Е. показать полностью..., Прохорчук Е.Б., Chekanov N.N., Doronin S.A., Imakaev M.V., Khaitovich P., Starchikov S.S., Tatarinova T.V., Tsygankova S.V., Васецкий Е.С., Лужин А.О., Нечаев С.К., Скрябин К.Г., Флямер И.М., Захарова В.В., Abdennur N.A., Afonnikov D., Ancha B., Balanovskii O.P., Bindereif A., Bulygina E.S., Chang C.F., Changmai P., Chen Y.P., Curk T., Ezgi A.N., Fan G., Fedonin G., Flegontov P.N., Flegontova O., Frishman D., Fuchs C., Fudenberg G., Gavrilov A., Genaev M.A., Germini D., Golov A.K., Gonik M., Gorsky A., Gubina M., Gunbin K., Hung L., Ivanoshchuk D., Kaufmann S., Khidiyatova I.M., Khitrinskaya I.Y., Korostelev Y.V., König J., Lee S.S., Li X., Luzhin A., Martin T.J., Marusin A.V., Mirny L.A., Mordvinov V.A., Nikolaienko O., Nikolsky Y.V., Peter T., Pichugina M., Puzyrev V., RU), Rossbach O., Rubtsov P., Schreiner S., Sharkov V.A., Shat N.M., Shevelyov Y., Spiridonova M.G., Travinsky I.V., Tsentalovich M.Y., Tsoy O.L., Ule J., Ustyantsev K., VAJDA E., Wang S., Xia A., Zakharova V.S., Zhang R.B., Zhenilo S.V., Zhigalova N.A., Zupan B., Ахметова В.Л., Бабалян Н.Н., Блинов А., Булыгина Е.С., Величковский Б.М., Вржещ Е.П., Вржещ П.В., Герасимов Е.С., Дмитриенко Д.В., Друца В.Л., Ершов Н.И., Зубавичус Я.В., Ильин А.А., Коновалова О.П., Королева О.В., Литвинов С.С., Логачева М.Д., Логачёва М.Д., Мазур А.М., Мазур А.И., Мазур А.Е., Ненашева В.В., Неретина Т.В., Нечаев С.К., Пахарукова М.Ю., Пенин А.А., Первушин Д.Д., Степанов В., Теслюк А.Б., Токова А.Б., Федорова Т.В., Хан Д.Е., Хусаинова Р.И., Хуснутдинова Э.К., Цыганков С.С., гаврилов а.а.

26 статей, 10 докладов на конференциях, 3 тезисов докладов, 1 дипломная работа, 1 учебный курс

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 368, Scopus: 353

IstinaResearcherID (IRID): 377624

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2021 Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes
    • Ulianov Sergey V., Zakharova Vlada V., Galitsyna Aleksandra A., Kos Pavel I., Polovnikov Kirill E., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Khrameeva Ekaterina E., Germini Diego, Logacheva Mariya D., Gavrilov Alexey A., Gorsky Alexander S., Nechaev Sergey K., Gelfand Mikhail S., Vassetzky Yegor S., Chertovich Alexander V., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
  • 
    • 2019 New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes
    • Ershov N.I., Mordvinov V.A., Prokhortchouk E.B., Pakharukova M.Y., Gunbin K.V., Ustyantsev K., Genaev M.A., Blinov A.G., Mazur A., Boulygina E., Tsygankova S., Khrameeva E., Chekanov N., Fan G., Xiao A., Zhang H., Xu X., Yang H., Solovyev V., Lee S.M., Liu X., Afonnikov D.A., Skryabin K.G.
    • в журнале BMC Genomics, издательство BioMed Central (London), том 20, № 1, с. 399-399
  • 
    • 2019 Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila
    • Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Luzhin Artem V., Starikov Sergei S., Galitsyna Aleksandra A., Nenasheva Valentina V., Ilyin Artem A., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Logacheva Mariya D., Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), № 1176, с. 1-11 DOI
  • 
    • 2018 Neanderthal and Denisovan ancestry in Papuans: A functional study
    • Akkuratov Evgeny E., Gelfand Mikhail S., Khrameeva Ekaterina E.
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 02, с. 1840011
  • 
    • 2018 Quantitative differences in TAD border strength underly the TAD hierarchy in Drosophila chromosomes
    • Luzhin AV, Flyamer IM, Khrameeva EE, Ulianov SV, Razin SV, Gavrilov AA
    • в журнале Journal of Cellular Biochemistry, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States) DOI
  • 
    • 2018 Single-cell Hi-C discloses general principles of the individual genome folding in Drosophila
    • Zakharova VS, Galitsyna AA, Polovnikov KE, Khrameeva EE, Logacheva MD, Mikhaleva EA, Vassetzky ES, Gavrilov AA, Shevelev YY, Nechaev SK, Ulianov SV, Razin SV
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 8, № Suppl 1, с. 65-66
  • 
    • 2017 Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure
    • Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Flyamer Ilya M., Golov Arkadiy K., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
    • в журнале Epigenetics and Chromatin, издательство BioMed Central (London), том 10, № 1, с. 35 DOI
  • • 2017 Between Lake Baikal and the Baltic Sea: genomic history of the gateway to Europe
    • Triska Petr, Chekanov Nikolay, Stepanov Vadim, Khusnutdinova Elza K., Kumar Ganesh Prasad Arun, Akhmetova Vita, Babalyan Konstantin, Boulygina Eugenia, Kharkov Vladimir, Gubina Marina, Khidiyatova Irina, Khitrinskaya Irina, Khrameeva Ekaterina E., Khusainova Rita, Konovalova Natalia, Litvinov Sergey, Marusin Andrey, Mazur Alexandr M., Puzyrev Valery, Ivanoshchuk Dinara, Spiridonova Maria, Teslyuk Anton, Tsygankova Svetlana, Triska Martin, Trofimova Natalya, Vajda Edward, Balanovsky Oleg, Baranova Ancha, Skryabin Konstantin, Tatarinova Tatiana V., Prokhortchouk Egor
    • в журнале BMC Genetics, издательство BioMed Central (London), том 18, № S1 DOI
  • 
    • 2016 Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains
    • Ulianov SV, Khrameeva EE, Gavrilov AA, Flyamer IM, Kos P., Mikhaleva EA, Penin AA, Logacheva MD, Imakaev MV, Chertovich A., Gelfand MS, Shevelyov YY, Razin SV
    • в журнале Genome Research, издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press (United States), том 26, с. 70-84 DOI
  • 
    • 2016 Changes in snoRNA and snRNA Abundance in the Human, Chimpanzee, Macaque, and Mouse Brain
    • Zhang B., Han D., Korostelev Y., Yan Z., Shao N., Khrameeva E., Velichkovsky B.M., Chen Y.P., Gelfand M.S., Khaitovich P.
    • в журнале Genome biology and evolution, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 8, № 3, с. 840-850 DOI
  • 
    • 2016 Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry
    • Flegontov Pavel, Changmai Piya, Zidkova Anastassiya, Logacheva Maria D., Ezgi Altınışık N., Flegontova Olga, Gelfand Mikhail S., Gerasimov Evgeny S., Khrameeva Ekaterina E., Konovalova Olga P., Tatiana Neretina, Nikolsky Yuri V., George Starostin, Stepanova Vita V., Travinsky Igor V., Martin Tříska, Petr Tříska, Tatarinova Tatiana V.
    • в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 6, с. 20768 DOI
  • 
    • 2016 History of chromosome rearrangements reflects the spatial organization of yeast chromosomes
    • Khrameeva E.E., Fudenberg G., Gelfand M.S., Mirny L.A.
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 14, № 2, с. 1641002 DOI
  • 
    • 2016 Unraveling the mechanisms of chromatin fibril packaging
    • Gavrilov AA, Shevelyov YY, Ulianov SV, Khrameeva EE, Kos P., Chertovich A., Razin SV
    • в журнале Nucleus, издательство Taylor & Francis (United Kingdom), том 7, № 3, с. 319-324 DOI
  • • 2016 Механизмы укладки хроматиновой фибриллы в топологически-ассоциированные домены
    • Ульянов С.В., Храмеева Е.К., Гаврилов А.А., Флямер И.М., Кос П., Михалева Е.А., Пенин А.А., Логачёва М.Д., Имакаев М.В., Чертович А., Гельфанд М.С., Шевелёв Ю.Я., Разин С.В.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 2, с. 3-3
  • 
    • 2015 20 Active chromatin regions are sufficient to define borders of topologically associated domains in D. melanogaster interphase chromosomes
    • Khrameeva E.E., Ulyanov S.V., Gavrilov A.A., Shevelyov Y.Y., Gelfand M.S., Razin S.V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 33, с. 11-12 DOI
  • 
    • 2015 Individual genome sequencing identified a novel enhancer element in exon 7 of the CSFR1 gene by shift of expressed allele ratios
    • Zhenilo S., Khrameeva E., Tsygankova S., Zhigalova N., Mazur A., Prokhortchouk E.
    • в журнале Gene, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 566, № 2, с. 223-228 DOI
  • 
    • 2015 Inter-chromosomal contact networks provide insights into Mammalian chromatin organization
    • Kaufmann S., Fuchs C., Gonik M., Khrameeva E.E., Mironov A.A., Frishman D.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 11, № 10, с. e0126125 DOI
  • 
    • 2015 Structure-Functional Study of Tyrosine and Methionine Dipeptides: An Approach to Antioxidant Activity Prediction
    • Torkova A., Koroleva O., Khrameeva E., Fedorova T., Tsentalovich M.
    • в журнале International Journal of Molecular Sciences, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 16, № 10, с. 25353-25376
  • 
    • 2014 Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L
    • Rossbach Oliver, Hung Lee-Hsueh, Khrameeva Ekaterina, Schreiner Silke, König Julian, Curk Tomaž, Zupan Blaž, Ule Jernej, Gelfand Mikhail S., Bindereif Albrecht
    • в журнале RNA Biology, издательство Landes Bioscience (United States), том 11, № 2, с. 146-155 DOI
  • 
    • 2012 Biases in read coverage demonstrated by interlaboratory and interplatform comparison of 117 mRNA and genome sequencing experiments
    • Khrameeva E.E., Gelfand M.S.
    • в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 13, с. S3
  • 
    • 2012 Biases in read coverage demonstrated by interlaboratory and interplatform comparison of 117 mRNA and genome sequencing experiments
    • Khrameeva E.E., Gelfand M.S.
    • в журнале BMC Bioinformatics, издательство BioMed Central (London), том 13, с. S4-S4
  • 
    • 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
    • Pervouchine DD, Khrameeva EE, Pichugina MY, Nikolaienko OV, Gelfand MS, Rubtsov PM, Mironov AA
    • в журнале RNA, том 18, № 1, с. 1-15 DOI
  • 
    • 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
    • Pervouchine D.D., Khrameeva E.E., Pichugina M.Yu, Nikolaenko O.V., Gelfand M.S., Rubtsov P.M., Mironov A.A.
    • в журнале RNA, том 18, № 1, с. 1-15
  • 
    • 2012 Evidence for widespread association of mammalian splicing and conserved long-range RNA structures
    • Pervouchine D.D., Khrameeva E.E., Pichugina M.Yu, Nikolaenko O.V., Gelfand M.S., Rubtsov P.M., Mironov A.A.
    • в журнале RNA, том 18, с. 1-15
  • 
    • 2012 Spatial proximity and similarity of the epigenetic state of genome domains
    • Khrameeva EE, Mironov AA, Fedonin GG, Khaitovich P., Gelfand MS
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 7, № 3, с. 33947 DOI
  • 
    • 2008 Mutants of Monomeric Red Fluorescent Protein mRFP1 at Residue 66: Structure Modeling by Molecular Dynamics and Search for Correlations with Spectral Properties
    • Khrameeva E.E., Drutsa V.L., Vrzheshch E.P., Dmitrienko D.V., Vrzheshch P.V.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 73, № 10, с. 1085-1095 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Исследование пространственной организации хроматина Dictyostelium discoideum (Устный)
    • Авторы: Ульянов С.В., Цой О., Храмеева Е.Е., Лужин А.Н., Галицина А., Стариков С.С., Гельфанд М.С., Разин С.В.
    • II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды», Дагомыс, Россия, 1-6 октября 2019
  • • 2018 Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila cultured cells (Устный)
    • Авторы: Ulianov SV, Khrameeva EE, Doronin S., Kos P., Luzhin A., Gelfand MS, Shevelyov YY, Razin SV
    • IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Мадрид, Испания, 3-6 декабря 2018
  • • 2018 АНАЛИЗ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ГЕНОМА В ИНДИВИДУАЛЬНЫХ КЛЕТКАХ (Пленарный)
    • Авторы: Захарова В.С., Половников К.Е., Ульянов С.В., Храмеева Е.Е., Логачева М.Д., Михалева Е.А., Васецкий Е.С., Гаврилов А.А., Нечаев С.К., Шевелев Ю.Я., Разин С.В., Галицина А.А.
    • V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”, Казань, Россия, 29 октября - 2 ноября 2018
  • • 2018 Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila (Стендовый)
    • Авторы: Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Logacheva Mariya D., Chertovich Alexander V., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • EMBL Symposium: Principles of Chromosome Structure and Function, Гейдельберг, Германия, 5-8 сентября 2018
  • • 2018 SELF-ORGANIZATION OF DROSOPHILA CHROMATIN INTO TOPOLOGICALLY- ASSOCIATING DOMAINS (Приглашенный)
    • Авторы: Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Logacheva M.D., Mikhaleva E.A., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Kos P., Chertovich A., Gelfand M.S., Shevelev Y.Y., Razin S.V.
    • ХРОМОСОМА 2018, Новосибирский Академгородок, Россия, 20-24 августа 2018
  • • 2018 Single-cell Hi-C discloses general principles of the individual genome folding in Drosophila (Приглашенный)
    • Авторы: Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Khrameeva E.E., Logacheva M.D., Mikhaleva E.A., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Shevelev Y.Y., Nechaev S.K., Ulianov S.V., Razin S.V.
    • The 43th FEBS Congress, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
  • • 2017 Dictyostelium discoideum chromosomes are partitioned into unstable globular domains (Стендовый)
    • Авторы: Khrameeva E., Razin S., Gelfand M., Bredikhin D., Ulianov S.
    • 42nd FEBS Congress "From molecules to cells and back", Иерусалим, Израиль, 10-14 сентября 2017
  • • 2017 Histone acetylation drives the partitioning of the Drosophila chromosomes into topologically-associating domains (Устный)
    • Авторы: Ulianov Sergey V., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V., Khrameeva Ekaterina E.
    • 42nd FEBS Congress "From molecules to cells and back", Иерусалим, Израиль, 10-14 сентября 2017
  • • 2016 Cell-type specific and transcription-related organization of TADs in and around the chicken alpha-globin gene domain (Стендовый)
    • Авторы: Ulianov Sergey V., Galitsyna Alexandra A., Flyamer Ilya M., Khrameeva Ekaterina E., Razin Sergey V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Imakaev Maxim V.
    • Gordon Research Conference "Chromatin Structure and Function 2016", Les Diablerets, Швейцария, 22-27 мая 2016
  • • 2015 Epigenetic landscapes underlying partitioning of eukaryotic chromosomes into topologically associating domains (Устный)
    • Авторы: Khrameeva Ekaterina E., Ulianov Sergey V., Gavrilov Alexey A., Flyamer Ilya M., Pavel Kos, Mikhaleva Elena A., Razin Sergey V., Logacheva Maria D., Imakaev Maxim V., Alexander Chertovich, Gelfand Mikhail S., Shevelyov Yuri Y., Penin Aleksey A.
    • Symposium “Enzymes and enzyme complexes acting on nucleic acids”, Гиссен, Германия, 14-15 сентября 2015

• Тезисы докладов

  • 
    • 2018 Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila cultured cells
    • Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Starikov Sergey S., Galitsyna Aleksandra A., Artem Luzhin, Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2493-2493 DOI
  • 
    • 2018 Single-cell Hi-C demonstrates that TADs are stable units of Drosophila genome folding that persist in individual cells
    • Zakharova Vlada S., Galitsyna Aleksandra A., Polovnikov Kirill E., Khrameeva Ekaterina E., Logacheva Mariya D., Mikhaleva Elena A., Vassetzky Egor S., Gavrilov Aleksey A., Shevelev Yuri Y., Nechaev Sergey K., Ulianov Sergey V., Razin Sergey V.
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2494-2494 DOI
  • 
    • 2018 The chromatin structure of Dictyostelium discoideum
    • Olga Tsoy, Aleksandra Galitsyna, Ekaterina Khrameeva, Sergey Ulianov, Mikhail Gelfand, Sergey Razin
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2492-2492 DOI

• Руководство дипломными работами

  • • 2017 Анализ трехмерной структуры хроматина
    • Научные руководители: Гаврилов А.А., Храмеева Е.Е., Ульянов С.В., Разин С.В., Гельфанд М.С.
    • Автор: Галицына А.А. (Магистр)

• Авторство учебных курсов

  • • 2017 МФК "Биоинформатика"
    • Авторы: Алексеевский А.В., Спирин С.А., Миронов А.А., Карягина-Жулина А.С., Храмеева Е.Е., Гельфанд М.С.