ИСТИНА

Галицына Александра Алексеевна

Соавторы: Разин С.В., Ульянов С.В., Khrameeva E., Гельфанд М.С., Кос П.И., Логачёва М.Д., Чертович А.В., Шевелёв Ю.Я., Mikhaleva E., Doronin S.A., Flyamer I.M., Васецкий Е.С., Гаврилов А.А. показать полностью..., Половников К.Е., Golov A.K., Magnitov M., Starchikov S.S., Алексеевский А.В., Жарикова А.А., Ильин А.А., Карягина-Жулина А.С., Лужин А.О., Миронов А.А., Ненашева В.В., Нечаев С.К., Попов Я.В., Спирин С.А., Захарова В.В., Abdennur N.A., Abramov Y.A., Evko G.S., Gavrilov A., Germini D., Gorsky A., Imakaev M.V., Kobets V.A., Kochetkova T.V., Luzhin A., Merkel A.Y., Olenkina O.M., Tsoy O.L., Tyakht A.V., Zakharova V.S., Виндюрин А.С., Герасимов Е.С., Горлова А.В., Дашинимаев Э.Б., Кантидзе О.Л., Ковина А.П., Кононова А.А., Котов А.А., Лактионов П.П., Максимов Д.А., Нечаев С.К., Пенин А.А., Шлом В.

14 статей, 14 докладов на конференциях, 4 тезисов докладов, 1 НИР, 1 учебный курс

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 68, Scopus: 39

IstinaResearcherID (IRID): 8399315

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2023 HiConfidence: a novel approach uncovering the biological signal in Hi-C data affected by technical biases
    • Kobets Victoria A., Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Doronin Semen A., Mikhaleva Elena A., Gelfand Mikhail S., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V., Khrameeva Ekaterina E.
    • в журнале Briefings in Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2023 RNA-DNA interactomes of three prokaryotes uncovered by proximity ligation
    • Gavrilov Alexey A., Evko Grigory S., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Kochetkova Tatiana V., Merkel Alexander Y., Tyakht Alexander V., Razin Sergey V.
    • в журнале Communications Biology, издательство Springer Nature (Switzerland), том 6, № 473 DOI
  • 
    • 2022 Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila
    • Ilyin Artem A., Kononkova Anna D., Golova Anastasia V., Shloma Viktor V., Olenkina Oxana M., Nenasheva Valentina V., Abramov Yuri A., Kotov Alexei A., Maksimov Daniil A., Laktionov Petr P., Pindyurin Alexey V., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Khrameeva Ekaterina E., Gelfand Mikhail S., Belyakin Stepan N., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 50, № 6, с. 3203-3225 DOI
  • 
    • 2022 RedChIP identifies noncoding RNAs associated with genomic sites occupied by Polycomb and CTCF proteins
    • Gavrilov A.A., Sultanov R.I., Magnitov M.D., Galitsyna A.A., Dashinimaev E.B., Lieberman Aiden E., Razin S.V.
    • в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), том 119, № 1 DOI
  • 
    • 2021 Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes
    • Ulianov Sergey V., Zakharova Vlada V., Galitsyna Aleksandra A., Kos Pavel I., Polovnikov Kirill E., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Khrameeva Ekaterina E., Germini Diego, Logacheva Mariya D., Gavrilov Alexey A., Gorsky Alexander S., Nechaev Sergey K., Gelfand Mikhail S., Vassetzky Yegor S., Chertovich Alexander V., Shevelyov Yuri Y., Razin Sergey V.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1 DOI
  • 
    • 2021 Perspectives for the reconstruction of 3D chromatin conformation using single cell Hi-C data
    • Kos PI, Galitsyna AA, Ulianov SV, Gelfand MS, Razin SV, Chertovich AV
    • в журнале PLoS Computational Biology, издательство Public Library of Science (United States), том 17, № 11, с. e1009546 DOI
  • 
    • 2020 Studying RNA-DNA interactome by Red-C identifies noncoding RNAs associated with various chromatin types and reveals transcription dynamics
    • Gavrilov AA, Zharikova AA, Galitsyna AA, Luzhin AV, Rubanova NM, Golov AK, Petrova NV, Logacheva MD, Kantidze OL, Ulianov SV, Magnitov MD, Mironov AA, Razin SV
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 48, № 12, с. 6699-6714 DOI
  • 
    • 2019 Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila
    • Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Luzhin Artem V., Starikov Sergei S., Galitsyna Aleksandra A., Nenasheva Valentina V., Ilyin Artem A., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Logacheva Mariya D., Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), № 1176, с. 1-11 DOI
  • 
    • 2018 A whole-genome map of chromatin-bound RNAs
    • Gavrilov A., Zharikova A., Galitsyna A., Razin S., Mironov A.A.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 8, № Suppl 1, с. 137-137
  • 
    • 2018 Single-cell Hi-C discloses general principles of the individual genome folding in Drosophila
    • Zakharova VS, Galitsyna AA, Polovnikov KE, Khrameeva EE, Logacheva MD, Mikhaleva EA, Vassetzky ES, Gavrilov AA, Shevelev YY, Nechaev SK, Ulianov SV, Razin SV
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 8, № Suppl 1, с. 65-66
  • 
    • 2017 Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure
    • Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Flyamer Ilya M., Golov Arkadiy K., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
    • в журнале Epigenetics and Chromatin, издательство BioMed Central (London), том 10, № 1, с. 35 DOI
  • • 2017 Evolution of the genome 3D organization: comparison of fused and segregated globin gene clusters
    • Kovina AP, Petrova NV, Gushchanskaya ES, Dolgushin KV, Gerasimov ES, Galitsyna AA, Penin AA, Flyamer IM, Ioudinkova ES, Gavrilov AA, Vassetzky YS, Ulianov SV, Iarovaia OV, Razin S.V.
    • в журнале Molecular Biology and Evolution, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • • 2015 StructAlign – ПРОГРАММА ДЛЯ ВЫРАВНИВАНИЯ СТРУКТУР ДНК БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ
    • Попов Я.В., Галицына А.А., Алексеевский А.В., Карягина А.С., Спирин С.А.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 80, № 11, с. 1683-1687
  • 
    • 2015 StructAlign, a Program for Alignment of Structures of DNA–Protein Complexes
    • Popov Ya V., Galitsyna A.A., Alexeevski A.V., Karyagina A.S., Spirin S.A.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 80, № 11, с. 1465-1468 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Исследование пространственной организации хроматина Dictyostelium discoideum (Устный)
    • Авторы: Ульянов С.В., Цой О., Храмеева Е.Е., Лужин А.Н., Галицина А., Стариков С.С., Гельфанд М.С., Разин С.В.
    • II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды», Дагомыс, Россия, 1-6 октября 2019
  • • 2019 Chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data (Стендовый)
    • Авторы: Кос П.И., Галицына А.А., Чертович А.В., Гельфанд М.С., Разин С.В., Ульянов Сергей Владимирович
    • EMBO Workshop: Chromatin and epigenetics, Хайдельберг, Германия, 1-4 мая 2019
  • • 2018 Reconstruction of the chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data (Устный)
    • Авторы: Кос П.И., Галицына А.А., Чертович А.В., Гельфанд М.С., Разин С.В., Ульянов С.В.
    • IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Мадрид, Испания, 3-6 декабря 2018
  • • 2018 АНАЛИЗ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ГЕНОМА В ИНДИВИДУАЛЬНЫХ КЛЕТКАХ (Пленарный)
    • Авторы: Захарова В.С., Галицина А.А., Половников К.Е., Ульянов С.В., Храмеева Е.Е., Логачева М.Д., Михалева Е.А., Васецкий Е.С., Гаврилов А.А., Нечаев С.К., Шевелев Ю.Я., Разин С.В.
    • V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”, Казань, Россия, 29 октября - 2 ноября 2018
  • • 2018 Исследование свойств РНК-ДНК контактов в хроматине (Стендовый)
    • Авторы: Жарикова Анастасия А., Галицына Александра А., Гаврилов Алексей A., Логачева Мария Д., Разин Сергей В., Андрей А.Миронов
    • Информационные технологии и системы (ИТиС'18), Казань, Россия, 25-29 сентября 2018
  • • 2018 Сравнение алгоритмов поиска ТАДов в данных Hi-C (Стендовый)
    • Авторы: Галицына А.А., Мыларщиков Д.Е.
    • междисциплинарная школа-конференция ИТиС 2018, Казань, Россия, 25-30 сентября 2018
  • • 2018 SELF-ORGANIZATION OF DROSOPHILA CHROMATIN INTO TOPOLOGICALLY- ASSOCIATING DOMAINS (Приглашенный)
    • Авторы: Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Logacheva M.D., Mikhaleva E.A., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Kos P., Chertovich A., Gelfand M.S., Shevelev Y.Y., Razin S.V.
    • ХРОМОСОМА 2018, Новосибирский Академгородок, Россия, 20-24 августа 2018
  • • 2018 Single-cell Hi-C discloses general principles of the individual genome folding in Drosophila (Приглашенный)
    • Авторы: Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Khrameeva E.E., Logacheva M.D., Razin S.V., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Shevelev Y.Y., Nechaev S.K., Ulianov S.V., Mikhaleva E.A.
    • The 43th FEBS Congress, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
  • • 2017 Исследование свойств РНК-ДНК контактов в хроматине (Устный)
    • Авторы: Жарикова А.А., Галицына А.А., Миронов А.А., Логачеа М.Д., Разин С.В., Гаврилов А.А.
    • ИТиС'17, Уфа, Россия, 14-18 сентября 2017
  • • 2017 Исследование свойств РНК-ДНК контактов в хроматине (Устный)
    • Авторы: Гаврилов А.А., Логачеа М.Д., Миронов А.А., Галицына А.А., Разин С.В., Жарикова А.А.
    • ИТиС'17, Уфа, Россия, 14-18 сентября 2017
  • • 2017 Adult and larval subloci of the zebrafish major alpha/beta-globin gene cluster possess different epigenetic state and spatial chromatin structure. (Стендовый)
    • Авторы: Gerasimov E.S., Kovina A.P., Petrova N.V., Razin S.V., Ulianov S.V., Iarovaia O.V., Galitsina A.A.
    • 42nd FEBS Congress "From molecules to cells and back", Иерусалим, Израиль, 10-14 сентября 2017
  • • 2017 GENOME WIDE MAPPING OF RNA-CHROMATIN INTERACTOME IN VIVO (Устный)
    • Авторы: Gavrilov A., Galitsyna A., Mironov A., Razin S., Zharikova A.
    • 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, Нижний Новгород, Россия, 19-22 июня 2017
  • • 2017 ORGANIZATION AND EVOLUTION OF VERTEBRATE ALPHA-GLOBIN GENE DOMAINS (Устный)
    • Авторы: Kovina A.P., Petrova N.V., Guschanskaya E.S., Galitsina A.A., Flyamer I.M., Gerasimov E.S., Vasetzky E.S., Ulianov S.V., Iarovaia O.V., Razin S.V.
    • 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, Нижний Новгород, Россия, 19-22 июня 2017
  • • 2016 Cell-type specific and transcription-related organization of TADs in and around the chicken alpha-globin gene domain (Стендовый)
    • Авторы: Ulianov Sergey V., Galitsyna Alexandra A., Flyamer Ilya M., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
    • Gordon Research Conference "Chromatin Structure and Function 2016", Les Diablerets, Швейцария, 22-27 мая 2016

• Тезисы докладов

  • 
    • 2018 Nuclear lamina maintains global spatial organization of chromatin in Drosophila cultured cells
    • Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Starikov Sergey S., Galitsyna Aleksandra A., Artem Luzhin, Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2493-2493 DOI
  • 
    • 2018 Reconstruction of the chromatin 3D conformation from single cell Hi-C data
    • Kos Pavel I., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Gelfand Mikhail S., Razin Sergey V., Chertovich Alexander V.
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2476-2476 DOI
  • 
    • 2018 Single-cell Hi-C demonstrates that TADs are stable units of Drosophila genome folding that persist in individual cells
    • Zakharova Vlada S., Galitsyna Aleksandra A., Polovnikov Kirill E., Khrameeva Ekaterina E., Logacheva Mariya D., Mikhaleva Elena A., Vassetzky Egor S., Gavrilov Aleksey A., Shevelev Yuri Y., Nechaev Sergey K., Ulianov Sergey V., Razin Sergey V.
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2494-2494 DOI
  • 
    • 2018 The chromatin structure of Dictyostelium discoideum
    • Olga Tsoy, Aleksandra Galitsyna, Ekaterina Khrameeva, Sergey Ulianov, Mikhail Gelfand, Sergey Razin
    • в сборнике 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), тезисы, с. 2492-2492 DOI

• НИРы

  • • 5 марта 2014 - 31 декабря 2016 Разработка алгоритмов манипуляций с блоками выравниваний и их применение для аннотации и реаннотации геномов
    • Отдел математических методов в биологии
    • Руководитель: Алексеевский А.В. Участники НИР: Алексеевский Д.А., Алешина Ю.А., Галицына А.А., Карягина-Жулина А.С., Мошенский Д.М., Муравьева А.В., Нагаев Б.Э., Николаев М.Ю., Пеков Ю.А., Попов Я.В., Спирин С.А.

• Авторство учебных курсов

  • • 2017 Информатика (Введение в Python)
    • Авторы: Червонцева З., Пензар Д., Кудрин Р., Галицына А.