ИСТИНА

Гаврилов Алексей Александрович пользователь

доктор биологических наук с 2016 года

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии гена Российской академии наук

Соавторы: Разин С.В., Ульянов С.В., Golov A.K., Гущанская Е.С., Flyamer I.M., Khrameeva E., Luzhin A., Артемов А.В., Галицына А.А., Гельфанд М.С., Кантидзе О.Л., Кос П.И., Логачёва М.Д. показать полностью..., Чертович А.В., Яровая О.В., Abdennur N.A., Chetverina H.V., Doronin S.A., Egorova T., Imakaev M.V., Ioudinkova E.S., Kalabusheva E.P., Mikhaleva E., Shevelyov Y., Starchikov S.S., Sverdlov E.D., Zotova E., Акопов С.Б., Васецкий Е.С., Величко А.К., Дейкин А.В., Жиронкина О.А., Ильин А.А., Киреев И.И., Лужин А.О., Ненашева В.В., Пенин А.А., Поликарпова А.В., Решетов Д.А., Стрелкова О.С., Черных Е., Четверин А.Б., Шевелёв Ю.Я., Яровая О.В.

18 статей, 1 книга, 12 докладов на конференциях, 2 награды, 2 диссертации, 1 дипломная работа, 1 курсовая работа

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 202, Scopus: 180

IstinaResearcherID (IRID): 190364423

Scopus Author ID: 35764520500

ORCID: 0000-0001-8444-1994

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2021 LASCA: loop and significant contact annotation pipeline
    • Luzhin Artem V., Golov Arkadiy K., Gavrilov Alexey A., Velichko Artem K., Ulianov Sergey V., Razin Sergey V., Kantidze Omar L.
    • в журнале Scientific reports, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), № 11, с. 6361 DOI
  • 
    • 2020 Modification of Nuclear Compartments and the 3D Genome in the Course of a Viral Infection
    • Razin S.V., Gavrilov A.A., Iarovaia O.V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 12, № 4, с. 34-46 DOI
  • 
    • 2020 The Role of Liquid–Liquid Phase Separation in the Compartmentalization of Cell Nucleus and Spatial Genome Organization
    • Razin S.V., Gavrilov A.A.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 6, с. 643-650 DOI
  • 
    • 2019 3D геномика
    • Разин С.В., Ульянов С.В., Гаврилов А.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 53, № 6, с. 911-923 DOI
  • 
    • 2019 C-TALE, a new cost-effective method for targeted enrichment of Hi-C/3C-seq libraries
    • Golov Arkadiy K., Ulianov Sergey V., Luzhin Artem V., Kalabusheva Ekaterina P., Kantidze Omar L., Flyamer Ilya M., Razin Sergey V., Gavrilov Alexey A.
    • в журнале Methods, издательство Academic Press (United States), с. 1-32 DOI
  • 
    • 2019 CRISPR/Cas9-generated mouse model of Duchenne muscular dystrophy recapitulating a newly identified large 430 kb deletion in the human DMD gene
    • Egorova TV, Zotova ED, Reshetov DA, Polikarpova AV, Vassilieva SG, Vlodavets DV, Gavrilov AA, Ulianov SV, Buchman VL, Deykin AV
    • в журнале DMM Disease Models and Mechanisms, издательство The Company of Biologists Ltd. (United Kingdom), том 12, № 4 DOI
  • 
    • 2019 Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila
    • Ulianov Sergey V., Doronin Semen A., Khrameeva Ekaterina E., Kos Pavel I., Luzhin Artem V., Starikov Sergei S., Galitsyna Aleksandra A., Nenasheva Valentina V., Ilyin Artem A., Flyamer Ilya M., Mikhaleva Elena A., Logacheva Mariya D., Gelfand Mikhail S., Chertovich Alexander V., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V., Shevelyov Yuri Y.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), № 1176, с. 1-11 DOI
  • 
    • 2017 Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure
    • Ulianov Sergey V., Galitsyna Aleksandra A., Flyamer Ilya M., Golov Arkadiy K., Khrameeva Ekaterina E., Imakaev Maxim V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
    • в журнале Epigenetics and Chromatin, издательство BioMed Central (London), том 10, № 1, с. 35 DOI
  • • 2016 Topologically associating domains: gene warehouses adapted to serve transcriptional regulation
    • Razin S.V., Gavrilov A.A., VASSETZKY Y.S., Ulianov S.V.
    • в журнале Transcription, издательство Landes Bioscience (United States) DOI
  • 
    • 2016 Unraveling the mechanisms of chromatin fibril packaging
    • Gavrilov AA, Shevelyov YY, Ulianov SV, Khrameeva EE, Kos P., Chertovich A., Razin SV
    • в журнале Nucleus, издательство Taylor & Francis (United Kingdom), том 7, № 3, с. 319-324 DOI
  • 
    • 2014 Chromatin without the 30-nm fiber: constrained disorder instead of hierarchical folding
    • Razin SV, Gavrilov AA
    • в журнале Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society, издательство Landes Bioscience (United States), том 9, № 5, с. 653-657 DOI
  • 
    • 2014 Folded genome as a platform for the functional compartmentalization of the eukaryotic cell nucleus
    • Ioudinkova E.S., Gavrilov A.A., Razin S.V.
    • в журнале Biopolymers and Cell, издательство Naukova Dumka (Ukraine), том 30, № 2, с. 83-89 DOI
  • • 2014 The clustering of CpG islands may constitute an important determinant of the 3D organization of interphase chromosomes
    • Gushchanskaya Ekaterina S., Artemov Artem V., Ulyanov Sergey V., Logacheva Maria D., Penin Aleksey A., Kotova Elena S., Akopov Sergey B., Nikolaev Lev G., Iarovaia Olga V., Sverdlov Eugene D., Gavrilov Alexey A., Razin Sergey V.
    • в журнале Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society, издательство Landes Bioscience (United States), том 9, № 7 DOI
  • 
    • 2014 Пространственная организация генов домашнего хозяйства в интерфазных ядрах
    • Гущанская Е.С., Артемов А.А., Ульянов С.В., Пенин А.А., Логачева М.Д., Разин С.В., Гаврилов А.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 48, с. 1008-1018
  • • 2014 Пространственная организация интферфазных хромосом и роль динамики хроматиновой фибриллы в позиционировании элементов генома
    • Гущанская Е.С., Гаврилов А.А., Разин С.В.
    • в журнале Молекулярная биология, том 48, № 3, с. 386-394 DOI
  • 
    • 2013 Actual ligation frequencies in the chromosome conformation capture procedure
    • Gavrilov A.A., Golov A.K., Razin S.V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 8, № 3, с. e60403 DOI
  • 
    • 2013 Disclosure of a structural milieu for the proximity ligation reveals the elusive nature of an active chromatin hub
    • Gavrilov AA, Gushchanskaya ES, Strelkova O., Zhironkina O., Kireev II, Iarovaia OV, Razin SV
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 41, № 6, с. 3563-3575 DOI
  • • 2013 Quantitative analysis of genomic element interactions by molecular colony technique
    • Gavrilov A.A., Chetverina H.V., Chermnykh E.S., Razin S.V., Chetverin A.B.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 42, № 5 DOI

• Книги

  • • 2020 Human Interphase Chromosomes, chapter "Eukaryotic Genome in Three Dimensions"
    • Razin Sergey V., Gavrilov Alexey A., Ulianov Sergey V.
    • издательство Springer International Publishing (New York) , ISBN 978-3-030-62531-3 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2018 SELF-ORGANIZATION OF DROSOPHILA CHROMATIN INTO TOPOLOGICALLY- ASSOCIATING DOMAINS (Приглашенный)
    • Авторы: Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Logacheva M.D., Razin S.V., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Kos P., Chertovich A., Gelfand M.S., Shevelev Y.Y., Mikhaleva E.A.
    • ХРОМОСОМА 2018, Новосибирский Академгородок, Россия, 20-24 августа 2018
  • • 2018 Single-cell Hi-C discloses general principles of the individual genome folding in Drosophila (Приглашенный)
    • Авторы: Zakharova V.S., Galitsyna A.A., Polovnikov K.E., Khrameeva E.E., Logacheva M.D., Razin S.V., Vassetzky E.S., Gavrilov A.A., Shevelev Y.Y., Nechaev S.K., Ulianov S.V., Mikhaleva E.A.
    • The 43th FEBS Congress, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
  • • 2017 GENOME WIDE MAPPING OF RNA-CHROMATIN INTERACTOME IN VIVO (Устный)
    • Авторы: Gavrilov A., Galitsyna A., Zharikova A., Razin S., Mironov A.
    • 25th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, Нижний Новгород, Россия, 19-22 июня 2017
  • • 2017 Studying chromosome partitioning into topologically associating domains via saturating interactions. (Устный)
    • Авторы: Кос П.И., Тамм М.В., Ульянов С.В., Гаврилов А.А., Разин С.В., Чертович А.В.
    • Multiscale Modelling and Experimental Approaches to Genome Organization, Les Houches, Франция, 2-7 апреля 2017
  • • 2016 Cell-type specific and transcription-related organization of TADs in and around the chicken alpha-globin gene domain (Стендовый)
    • Авторы: Ulianov Sergey V., Galitsyna Alexandra A., Flyamer Ilya M., Khrameeva Ekaterina E., Razin Sergey V., Abdennur Nezar A., Gelfand Mikhail S., Gavrilov Alexey A., Imakaev Maxim V.
    • Gordon Research Conference "Chromatin Structure and Function 2016", Les Diablerets, Швейцария, 22-27 мая 2016
  • • 2015 Epigenetic landscapes underlying partitioning of eukaryotic chromosomes into topologically associating domains (Устный)
    • Авторы: Khrameeva Ekaterina E., Ulianov Sergey V., Gavrilov Alexey A., Flyamer Ilya M., Pavel Kos, Mikhaleva Elena A., Razin Sergey V., Logacheva Maria D., Imakaev Maxim V., Alexander Chertovich, Gelfand Mikhail S., Shevelyov Yuri Y., Penin Aleksey A.
    • Symposium “Enzymes and enzyme complexes acting on nucleic acids”, Гиссен, Германия, 14-15 сентября 2015
  • • 2015 Block-copolymer model of chromatin organization (Стендовый)
    • Авторы: Chertovich A., Kos P., Gavrilov A.
    • European Polymer Congress "EPF 2015" June 21 - 27 2015, Дрезден, Германия, 21-27 июня 2015
  • • 2014 Model estimates of the contribution of atmos-pheric lunar tides to the formation of global meteorological processes in the Earth troposphere
    • Авторы: Pokazeev K.V., Gavrilov A.A.
    • 40th COSPAR Scientific Assembly, Moscow, Russia, Россия, 2-10 августа 2014
  • • 2013 Elusive active chromatin hubs: nuclear compartments, folded chromatin domains or rigid complexes of regulatory elements?
    • Авторы: Razin Sergey V., Gushchanskaya Ekaterina S., Gavrilov Alexey A., Iarovaia Olga V., Golov Arkadiy K.
    • Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013 “Mechanisms in Biology”, Sankt Peterburg, Russia, Россия, 2013
  • • 2013 Elusive nature of an active chromatin hub: a view based on reconsidered essentials of the proximity ligation procedure
    • Авторы: Razin Sergey V., Gushchanskaya Ekaterina S., Iarovaia Olga V., Gavrilov Alexey A.
    • BIT's 3rd Annual World Congress of Molecular & Cell Biology 2013, Suzhou, China, Китай, 2013
  • • 2013 THE ROLE OF EUKARYOTIC GENOME SPATIAL ORGANIZATION IN REGULATION OF TRANSCRIPTION
    • Авторы: Razin Sergey V., Gushchanskaya Ekaterina S., Gavrilov Alexey A., Iarovaia Olga V., Golov Arkadiy K.
    • 23rd Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus., 2013
  • • 2013 The role of eukaryotic genome spatial organization in the regulation of transcription
    • Авторы: Gavrilov A., Gushchanskaya E.S., Kireev I.I., Iarovaia O.V., Razin S.V.
    • Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology "Genomic instability and DNA repair", Banff, Alberta, Canada, Канада, 2013

• Награды и премии

  • • 2022 Премия Правительства Москвы молодым учёным
    • Лауреаты: Ульянов С.В., Гаврилов А.А., Лужин А.В.
    • Правительство Москвы, Россия
  • • 2022 Премия РАН имени А.А. Баева за выдающиеся работы в области геномики и геноинформатики
    • Лауреаты: Разин С.В., Гаврилов А.А., Ульянов С.В.
    • Российская Академия Наук, Россия

• Руководство диссертациями

  • • 2013 Механизмы поддержания трехмерной организации генома
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.03 - Молекулярная биология (биол. науки)
    • Автор: Гущанская Е.С.
    • Научные руководители: Разин С.В., д.б.н., проф., член-корр. РАН, МГУ имени М.В. Ломоносова, Гаврилов А.А., д.б.н.
    • Защищена в совете Д 501.001.76 при МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет

• Диссертация

  • • 2008 Характеристика пространственной организации домена а-глобиновых генов кур
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.00.03 (биол. науки)
    • Автор: Гаврилов Алексей Александрович, д.б.н.
    • Научный руководитель: Разин С.В., д.б.н., проф., член-корр. РАН, МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете Д 002.037.01 при ИБГ РАН

• Руководство дипломными работами

  • • 2017 Анализ трехмерной структуры хроматина
    • Научные руководители: Гаврилов А.А., Храмеева Е.Е., Ульянов С.В., Разин С.В., Гельфанд М.С.
    • Автор: Галицына А.А. (Магистр)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2014 Анализ пространственной организации интерфазного хроматина эмбриональных гемоцитов Drosophila melanogaster методом Hi-C
    • Научные руководители: Ульянов С.В., Гаврилов А.А.
    • Автор: Флямер Илья Михайлович (Специалист)