| 1 |
5 марта 2014 г.-31 декабря 2014 г. |
Разработка алгоритмов манипуляций с блоками выравниваний и их применение для аннотации и реаннотации геномов |
| Результаты этапа: В 2014 году основные усилия участников проекта были направлены на разработку пакета программ NPG-explorer для построения нуклеотидного пангенома набора геномов близкородственных бактерий или архей. Пользовательская версия 0.3.0 пакета легко устанавливается, удобна в использовании, и показала себя новым оригинальным инструментом для сравнительного анализа геномов. Ее работа продемонстрирована на четырех таксонах прокариот.
Пакет NPG-explorer с небольшими модификациями был применен для сравнения разных сборок одного и того же генома или геномов близкородственных организмов. Объектом для тестирования были сборки двух независимых образцов эукариотического организма - паразита водорослей Amoeboaphelidium protococcarum. Геном A. protococcarum отличается дупликацией большей части ДНК, причем различия ортологичных фрагментов в среднем составляют около 90%. С помощью пакета NPG-explorer мы смогли четко документировать дупликации в каждом геноме, ортологичные фрагменты в разных геномах, а также все повторы длины более 100 п.н. со сходством более 85%. Эти данные, получаемые запуском программы с выбором всего двух параметров, помогают интерпретировать не очень очевидную эволюцию геномов A. protococcarum.
Получили развитие также некоторые другие подходы, развиваемые в проекте. |
| 2 |
1 января 2015 г.-31 декабря 2015 г. |
Разработка алгоритмов манипуляций с блоками выравниваний и их применение для аннотации и реаннотации геномов |
| Результаты этапа: |
| 3 |
1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. |
Разработка алгоритмов манипуляций с блоками выравниваний и их применение для аннотации и реаннотации геномов |
| Результаты этапа: |
