Методы ЯМР в изучении структуры ДНК аптамеров 31-TBA и NU-172 к тромбинутезисы доклада

Работа с тезисами доклада


[1] Методы ЯМР в изучении структуры ДНК аптамеров 31-tba и nu-172 к тромбину / О. В. Кадысева, К. Ю. Васильев, А. А. Ихалайнен и др. // Сборник тезисов VI Всероссийской конференции Новые достижения ЯМР в структурных исследованиях. — Издательство Казанского университета Казань, 2015. — С. 120–121. Изучение структуры ДНК-аптамеров представляет значительный интерес ввиду возможности их применения в фармацевтике. В частности, широко используемый в медицинской практике гепарин имеет множество недостатков и побочных действий, что делает актуальными разработки новых, улучшенных ингибиторов тромбина. Методом SELEX ранее были получены аптамеры ДНК 31-ТВА и NU-172, значительно увеличивающие время свертывания крови, но при этом не конкурирующие с центром связывания классических ингибиторов тромбина. Указанные аптамеры представляют собой одно цепочечные 31-звенные (31-TBA) или 26-звенные (NU-172) олигонуклеотиды. В растворе они имеют стабильную конформацию, включающей центральный G-квадруплексный фрагмент и два комплементарных хвоста, способных образовать дуплекс. Для аптамера 31-TBA измерены спектры ЯМР, необходимые для проведения отнесения сигналов и последующего определения экспериментальных ограничений на межъядерные расстояния и двугранные углы для расчёта структуры олигонуклеотида в растворе. Измеренные спектры включают 1D ЯМР-1H в D2O и H2O, двумерные эксперименты ЯМР, измеренные в 100% D2O (DQF-COSY, TOCSY, NOESY, 13C,1H-HSQC, 31P,1H-HMBC), а также двумерные спектры NOESY и TOCSY, измеренные в 90% H2O / 10% D2O. Предполагается, что 31-TBA имеет достаточную длину для того, чтобы одна часть его структуры образовывала квадруплекс, а другая часть дуплекс, которая как предполагается стабилизирует квадруплексную структуру.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть