Хемилюминесцентная детекция ДНК ВИЧ на основе аллостерической активации пероксидаза-подобного ДНКзимастатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 4 сентября 2019 г.
Аннотация:Разработан гомогенный хемилюминесцентный метод обнаружения ДНК ВИЧ, основанный на аллостерической активации пероксидаза-подобного ДНКзима (ППДНКзим). Зонды, используемые в анализе, содержали фрагмент ППДНКзима и дополнительную олигонуклеотидную последовательность, комплементарную к ДНК ВИЧ. Взаимодействие фрагмента ППДНКзима и дополнительной олигонуклеотидной последовательности приводило к перестройке структуры G-квадруплекса ППДНКзима и уменьшало пероксидаза-подобную активность зонда. В присутствии ДНК ВИЧ такое взаимодействие разрушалось вследствие формирования стабильного дуплекса между дополнительным фрагментом зонда и ДНК-аналитом. В результате этого наблюдалась некоторая реорганизация структуры G-квадруплекса зонда, которая сопровождалась повышением каталитической активности ППДНКзима. Механизм ДНК-зависимой активации зондов, содержащих ППДНКзим, был подтвержден методом КД-спектроскопии и моделированием зондов и их комплексов с ДНК-аналитом. Калибровочные кривые для определения ДНК ВИЧ позволили оценить аналитические параметры анализа. Показано, что предел обнаружения ДНК ВИЧ и ее линейный диапазон составляют 0.3 нМ и 0.3-15 нМ соответственно. Чувствительность анализа была очень высокой (190 000 нМ-1). Значения коэффициента вариации (CV), измеренные в рабочем диапазоне, не превышали 4%, что говорит о высокой точности предлагаемого метода анализа.