Влияние особенностей опухолевой ДНК в биологических жидкостях на диагностический потенциал неинвазивных методов выявления рака (на примере изменений промотора гена TERT и не только)статьяТезисы
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Аннотация:Цель работы – выявить факторы, влияющие на возможность и эффективность разработки неинвазивнойдиагностики опухолевых заболеваний.Mатериалы и методы. Данные 12 экспериментальных работ 2020–2025 гг., связанных с разработкойнеинвазивной диагностики опухолевых заболеваний,а также механизмов появления изменений, высокопредставленных в опухолевом геноме. В работах определялись изменения в области промотора гена каталитической субъединицы теломеразы (TERT), промоторагена MGMT, мутаций KRAS и возможность формирования неканонических структур в исследуемых областях,в частности G-квадруплексов (G4), образуемых G-богатыми последовательностями; особенности фрагментации ДНК в биологических жидкостях, а также взаимосвязь формирования G4 и метилирования.Результаты. Определение мутаций KRAS методомнаправленного секвенирования (NGS) в ДНК плазмыкрови при опухолевых заболеваниях поджелудочнойжелезы показало увеличение клинической чувствительности с уменьшением размера ампликона. С учетом возможности образования неканонических G4-структур, которые подтвердили экспериментально,создана система определения мутаций в промоторнойобласти гена TERT методом цифровой капельной ПЦРс открытыми данными последовательностей зондовипраймеров. Проведено сравнение цифровой капельнойПЦР с методом NGS, а также показаны применимостьивоспроизводимость метода в различных исследовательских центрах. Показана возможность использованияцифровой капельной ПЦР для определения мутацийвпромоторной области гена TERT сцелью неинвазивнойдиагностики рака мочевого пузыря с использованиемДНК мочи, а также потенциал для малоинвазивного(в качестве матрицы используется ДНК плазмы крови)определения опухоли центральной нервной системы(глиобластомы). Возможность образования неканонических структур охарактеризована не только в промоторной области гена TERT, но и в промоторе генаMGMT; показана взаимосвязь de novo метилированияи структурных особенностей региона.Заключение. При разработке неинвазивной диагностики опухолевых заболеваний при выборе целевого региона генома для определения опухолевой ДНКнеобходимо:• принимать во внимание не только GC-составцелевого региона с учетом опухолевых мутаций,но и возможность формирования неканонических структур, а именно G-квадруплексов;• при использовании ПЦР-методов анализа выбирать наиболее короткие ампликоны.Исследование взаимосвязи метилирования от присутствия мутаций в промоторной области TERTвыполнено при поддержке Российского научного фонда(РНФ) (грант № 25-14-00126).