Компьютерное моделирование химических реакций в сложных биологических системах: ферментативный гидролиз циклического дигуанозинмонофосфатастатья

Работа с статьей


[1] Компьютерное моделирование химических реакций в сложных биологических системах: ферментативный гидролиз циклического дигуанозинмонофосфата / Б. Л. Григоренко, М. А. Князева, Е. В. Исаева и др. // Наноструктуры. Математическая физика и моделирование. — 2014. — Т. 10, № 2. — С. 95–105. Компьютерные реализации метода квантовой механики – молекулярной механики (КМ/ММ) позволяют моделировать все более сложные явления в наноразмерных молекулярных системах, включая химические реакции в белках. Иллюстрация возможностей современных приемов моделирования в приближении КМ/ММ дана на примере одной из важнейших биохимической реакций, а именно, реакции гидролиза циклического дигуанозинмонофосфата фосфодиэстеразами - ферментами, регулирующими концентрацию вторичных посредников при передачах сигналов в клетках. Кратко описаны оригинальные алгоритмы варианта КМ/ММ с конформационно-подвижными эффективными фрагментами. Рассчитанные структуры комплексов фермента с субстратом и продуктами реакции сопоставлены с результатами рентгеноструктурного анализа.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть