|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Удаление шума в множественном выравнивании белковых последовательностейстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
- Авторы: Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., Вьюгин В.В., Русин Л.Ю.
- Журнал: Информационные процессы
- Том: 5
- Номер: 5
- Год издания: 2005
- Первая страница: 380
- Последняя страница: 391
- Аннотация: Одна из основных проблем при построении дерева белкового семейства состоит в получении качественных первичных молекулярных данных (в том числе, множественного выравнивания семейства) для дальнейшего проведения филогенетического анализа. Авторами предлагается процедура удаления шума из исходного множественного выравнивания (МВ) белковых последовательностей с целью повышения качества самого МВ и филогенетического дерева белкового семейства, построенного на его основе. Для этого определены энтропия и условная энтропия (филогенетическая информативность) каждой колонки МВ, и предложен алгоритм для нахождения по исходному МВ нового МВ, наиболее информативного для построения филогенетического дерева семейства. Эффективность предложенного подхода проверена на многих белковых семействах из базы данных по кластерам ортологичных групп белков (COGs, NCBI) с помощью вычисления показателя правдоподобия для всех итеративно возникающих деревьев. В заметке численные результаты тестирования приводятся для пяти КОГов.
- Добавил в систему: Русин Леонид Юрьевич
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | 380-391.pdf | 2,8 МБ | 6 октября 2016 [roussine] |