|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
ПОЧЕМУ БЕЛОК СВОРАЧИВАЕТСЯ В УНИКАЛЬНУЮ 3D-СТРУКТУРУ? И НЕ ТОЛЬКО ЭТО…статья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
- Автор: Шайтан К.В.
- Журнал: Химическая физика
- Том: 42
- Номер: 6
- Год издания: 2023
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 40
- Последняя страница: 62
- Оригинальные версии: Why Do Proteins Fold into Unique 3D Structures? And Other Questions
- DOI: 10.31857/S0207401X23060109
- Аннотация: В статье кратко рассмотрена история развития представлений о динамике белков и других биопо-лимеров и отмечен существенный вклад В.И. Гольданского в организацию и проведение этих ис-следований в нашей стране. Обсуждается современное развитие более ранних представлений о ди-намике биополимеров и фолдинге белков. Показано, что фолдинг не является изолированной про-блемой и связан с фундаментальными динамическими свойствами линейных полимеров вконденсированной фазе. Аналитическими методами с использованием подходов, основанных намногомерной геометрии, показано, что вязкость среды является одним из важнейших факторов,который определяет правила движения репрезентативной точки по ультрамногомерной поверхно-сти потенциальной энергии (ППЭ). Эти правила приводят к концентрации траекторий в тех обла-стях конфигурационного пространства макромолекулы, которые соответствуют относительно глад-ким участкам ППЭ, что важно для понимания причин устойчивости результатов расчетов большихсистем методом молекулярной динамики, несмотря на принципиальную неточность имеющихсясиловых полей. В статье кратко описывается также новый подход к определению и изучениюсвойств многомерных ППЭ, который основан на особенностях топологии конфигурационногопространства линейных полимеров (биополимеров), симметрии относительно перестановок оди-наковых звеньев цепи и теории Морса для изучения топографии многомерных поверхностей. Приопределенных условиях этот подход дает полезные результаты для топографии ППЭ и поверхностисвободной энергии (ПСЭ) макромолекулы и позволяет с единых позиций связать между собой весь-ма разнородные результаты экспериментов по фолдингу белков. При этом появляется новая поста-новка для ряда принципиальных и дискуссионных вопросов, связанных с физическими закономер-ностями формирования живых систем. В частности, прослеживается связь между температурнымрежимом на планете и химической реализацией энергии невалентных взаимодействий в макромо-лекуле, которые необходимы для формирования уникальных пространственных структур биополи-меров.Ключевые слова: динамика белка, поверхность потенциальной энергии, энергетические ландшафты,симметрия и вязкость, фолдинг и рефолдинг белков, молекулярная динамика полимеров, силовыеполя, стрела физико-химической молекулярной эволюции.DOI: 10.31857/S0207401X23060109, EDN: UILUTU
- Добавил в систему: Шайтан Константин Вольдемарович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | KFZ0040.pdf | 3,0 МБ | 4 мая 2023 [ShaitanKV] |