Аннотация:Построены и сопоставлены ML-дерево по 125 последовательностям ITS 1-2, полученным для 28 видов и гибридов, и NJ дерево по37 последовательностям trnL-F у 13 видов и гибридов. В ML-дереве в кладе рода Atraphaxis (BS=84) базальное положение занимает A. ovczinnikovii, следом отходит града из образцов A. seravsсhanica. Оставшиеся образцы разделяются на две клады - A и B. Клада A включает представителей всех трех секций рода Atraphaxis. Клада B подразделяется на три субклады. В одну входят A. toktogulica и A. ariana, ранее относимые к роду Polygonum, и A. badghysi из секции Tragopyrum. В другую субкладу входят клоны трех образцов A. tortuosa. Третья субклада включает последовательности A. atraphaxiformis и A. tortuosa, ранее относимые к роду Polygonum, а также виды секций Tragopyrum и Atraphaxis. Несколько видов рода Polygonum, вошедших в кладу Atraphaxis, при сходстве в строении их побеговых систем, плодов, пыльцевых зерен можно включить в род Atraphaxis. Представители секций Atraphaxis и Tragopyrum перемешаны в пределах основных клад общей клады Atraphaxis, а A. teretifolia (=A. jrtysсhensis) из секции Physopyrum входит в одну из них, что противоречит системе рода, основанной на мерности цветка. Очевидно, диагностическая ценность мерности цветка была сильно преувеличена. Позицию разных клонов одного образца или образцов одного вида (A. spinosa, A. bracteata, A. pungens, A. virgata) и предполагаемых гибридов A. bracteata, A. frutescens и A. pungens с другими видами в кладах A и В можно отнести за счет гибридизации.
Последовательности trnL-F еще более консервативны. Сопоставление позиций ряда образцов в деревьях, построенных по ядерным и хлоропластным последовательностям, дает информацию о гибридной природе некоторых видов. Учитывая, что в пределах рода встречаются как диплоиды (A. spinosa, A. frutescens, A. bracteata), так и гексаплоиды (A. spinosa, A. frutescens, A. pungens), гибридизация диплоидов с образованием аллополиплоидов представляется наиболее вероятным способом видообразования в роде.