|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Предсказание структур органических кристаллов с применением технологий паралельных вычисленийтезисы доклада
- Авторы: Дзябченко А.В., Кучериненко Я.В.
- Сборник: VIII Национальная кристаллохимическая конференция, 30 мая - 3 июня 2016. Суздаль, Россия. Программа и тезисы
- Тезисы
- Год издания: 2016
- Первая страница: 161
- Последняя страница: 161
- Аннотация: В целях оценки эффективности алгоритма параллельных вычислений проведена серия тестовых расчетов оптимальных кристаллических структур N,N’-([1,10-бинафталин]- 2,2’-диил)бис(2-хлорбензамида) - одной из молекул (XXVI) Шестого слепого теста методов предсказания органических кристаллических структур [1, 2]. Расчеты выполнялись с применением варианта программы PMC [3], адаптированного для параллельных вычислений. Молекула XXVI имеет форму димера, каждая половина которого содержит три жестких фрагментов плоской формы; все фрагменты соединены ординарными связями, вокруг которых возможны конформационные вращения. В ходе минимизации каждый фрагмент характеризовался шестью параметрами жесткого тела, что в итоге составило 40 независимых переменных, включая четыре константы моноклинной решетки. Общее число атомов и вспомогательных силовых центров равно 62. Типичные числа межмолекулярных пар атомов Np и узлов решетки в обратном пространстве Nhkl, дающих вклад в энергию, рассчитанную с потенциалами сил Ван дер Ваальса и Кулона методом ускоренной сходимости (радиус обрезания потенциала R = 9 Å в прямом пространстве и R* = 0.5 Å-1 в обратном) вблизи минимума - порядка 15000 и 1000 соответственно. Число итераций методом переменной метрики для достижения локального минимума не превышало пятисот. Стартовые модели общим числом 15624, распределялись в равной пропорции среди n параллельных процессов. Числа n в независимых испытаниях изменялись с коэффициентом 2: 16, 32, 64 и т.д. Результаты тестовых расчетов, проведенных на СК Ломоносов НИВЦ МГУ, и независимо на МВС-100К МСЦ РАН, представлены на рисунке. Линейный характер кривых на графиках позволяет сделать вывод о 100% масштабируемости испытанного параллельного алгоритма. С учетом впечатляющих темпов роста мощностей СВК во всем мире, полученный результат позволяет сделать весьма оптимистичный прогноз в отношении перспектив применения методов ab initio предсказания кристаллических структур в качестве инструмента исследования все более сложных органических и биоорганических веществ, востребованных фундаментальной наукой и нанотехнологиями Работа поддержана финансированием от Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 14-03-01091). Литература 1. https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/initiatives/cspblindtests/ 2. Reilly A. et al. Report on the Sixth Blind Test of Organic Crystal-Structure Prediction Methods. Acta Cryst. B 2016, B72 (submitted) 3. Дзябченко А.В. От молекулы к твердому телу: предсказание структур органических кристаллов. Ж. физической химии 2008, 82, 1861–1870.
- Добавил в систему: Кучериненко Ярослав Викторович