Head-to-head bis-Hairpin Polyamide Minor Groove Binders and Their Conjugates with Triplex-forming Oligonucleotides: Studies of Interaction with Target Double-stranded DNAстатья

Статья опубликована в высокорейтинговом журнале

Информация о цитировании статьи получена из Scopus, Web of Science
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 17 января 2017 г.

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст halby_et_al_jbsd.pdf 2,4 МБ 15 января 2017 [GurskyGV]

[1] Head-to-head bis-hairpin polyamide minor groove binders and their conjugates with triplex-forming oligonucleotides: Studies of interaction with target double-stranded dna / L. Halby, V. A. Ryabinin, A. N. Sinyakov et al. // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. — 2007. — Vol. 25, no. 1. — P. 61–76. Two hairpin hexa(N-methylpyrrole)carboxamide DNA minor groove binders (MGB) were linked together via their N-termini in head-to-head orientation. Complex formation between these bis-MGB conjugates and target DNA has been studied using DNase I footprinting, circular dichroism, thermal dissociation, and molecular modeling. DNase I footprint revealed binding of these conjugates to all the sites of 492 b.p. DNA fragment containing (A/T)nXm(A/T)p sequences, where n>3, p>3; m=1,2; X = A,T,G, or C. Binding affinity depended on the sequence context of the target. CD experiments and molecular modeling showed that oligo(N-methylpyrrole)carboxamide moieties in the complex form two short antiparallel hairpins rather than a long parallel head-to-head hairpin. Binding of bis-MGB also stabilized a target duplex thermodynamically. Sequence specificity of bis-MGB/DNA binding was validated using bis-conjugates of sequence-specific hairpin (N-methylpyrrole)/ (N-methylimidazole) carboxamides.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть