|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Виртуальный скрининг ингибиторов протеазы 3CLpro коронавируса SARS-CoV-2 на основе ансамблевого докингатезисы доклада
- Авторы: Фомина А.Д., Осолодкин Д.И.
- Сборник: XXVII СИМПОЗИУМ «БИОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ЛЕКАРСТВ». Сборник научных трудов
- Тезисы
- Год издания: 2021
- Место издания: Москва: Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
- Первая страница: 70
- DOI: 10.18097/BCADD2021
- Аннотация: Пандемия COVID-19 длится уже больше года. Несмотря на разработку и успешное применение вакцин против SARS-CoV-2, разработка эффективных противовирусных лекарстве остается актуальной проблемой вследствие наличия противопоказаний и ограниченного покрытия вакцинацией. Кроме того, остаются неизвестными перспективы долгосрочной эффективности новых вакцин.Коронавирусы обладают самым большим геномом среди РНК-вирусов. В ходе жизненного цикла вируса РНК транслируется в несколько полипротеинов, которые процессируются в отдельные белки двумя протеазами. Протеаза PLpro осуществляет протеолиз в трех сайтах, а протеаза 3CLpro (Mpro) - в 11. Важность протеазы 3CLpro в жизненном цикле вируса и ее консервативность делают ее перспективной мишенью для разработки лекарства от SARS-CoV-2.Целью нашей работы была разработка и валидация метода виртуального скрининга ингибиторов протеазы 3CLpro SARS-CoV-2 на основе ансамблевого докинга. Благодаря достижениям структурной биологии в базе данных PDB менее чем за год было опубликовано несколько сотен структур протеазы 3CLpro SARS-CoV-2. Такое количество данных позволяет максимально эффективно использовать метод ансамблевого докинга, в котором для ранжирования лигандов используются результаты докинга в различные структуры.Для валидации результатов докинга и подбора ансамбля была составлена библиотека соединений, ингибиторная активность которых против протеазы 3CL различных коронавирусов была определена и опубликована в научных статьях в период с 2001 по 2021 год. Среди структур протеазы 3CL SARS-CoV-2, депонированных в PDB, мы отобрали 22 наиболее разнообразных, на основе значения среднего попарного RMSD между остатками активного центра не менее 1Å.В отобранные структуры провели докинг при помощи программы DOCK6 (версия 6.9), для полученных ранжированных списков молекул рассчитали коэффициент корреляции рангов Спирмена. Из 22 структур были отобраны 7, для которых коэффициент Спирмена был меньше 0.9. Для результатов докинга в структуры ансамбля рассчитывали средние оценки докинга (консенсусный результат), и строили ROC-кривые. В итоге мы выбрали ансамбль, для которого площадь под ROC-кривой была наибольшей. Он использовался для докинга библиотеки соединений, доступных в ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН; отобранные молекулы ожидают экспериментальной валидации.
- Добавил в систему: Фомина Анастасия Дмитриевна