Аннотация:Цитохром с является подвижным переносчиком электронов в дыхательной цепи митохондрий, который транспортирует электрон от цитохромного bc1 комплекса к цитохром с оксидазе. От конформации гема в цитохроме с зависит скорость передачи электрона в комплексе и, соответственно, эффективность электрон-транспортной цепи.В нашей работе мы использовали отдельные структуры цитохромов с и с1 Bos taurus. Мы получили набор диффузионно-столкновительных комплексов методом броуновской динамики с энергией электростатического притяжения не менее 8 kT с помощью программы ProKSim [1], который анализировали с помощью метода кластерного анализа. Затем мы описали процесс образования финальных комплексов из центральных структур полученных кластеров с помощью метода молекулярной динамики в программе GROMACS[2]. Также было проведено молекулярное моделирование отдельных белков цитохрома с и с1.Для определения и количественного описания конформации гема был использован подход, основанный на работе Jetzen W. et al. (1997) [3]. С помощью этого подхода в каждый момент времени рассчитывались вклады отклонений от эталонной структуры гема по 12 координатам, соответствующим медленным нормальным модам. Далее мы наблюдали за изменением этих вкладов и влиянии их друг на друга.В результате данных исследований, оказалось, что гемы цитохромов с и с1 ведут себя по-разному в зависимости от того, сформирован комплекс этими белками, или нет. Кроме этого, было отмечено взаимное изменение конформации гемов, в ситуации, когда цитохромы образуют комплекс.