Экспрессия генов сериновых пептидаз и их гомологов на разных стадиях развития большого мучного хрущака Tenebrio molitor

Салимгареев, Р.С.; Терещенкова, В.Ф.; Жиганов, Н.И.

Авторы: Салимгареев Р.С., Терещенкова В.Ф., Жиганов Н.И.
Сборник: Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2020»
Редакторы: Алешковский Иван Андреевич, Андриянов Андрей Владимирович, Антипов Евгений Александрович
Тезисы
Год издания: 2020
Издательство: ООО "МАКС Пресс"
Местоположение издательства: Москва
Номер статьи: 65
Аннотация: Tenebrio molitor, или большой мучной хрущак, принадлежит к семейству жуков-чернотелок (Tenebrionidae), является вредителем запасов зерновых продуктов и признаннойбиохимической моделью. В отличие от родственного жука Tribolium castaneum, являющегося генетической моделью, геном T. molitor полностью не секвенирован. В связи с этимособенный интерес представляют новые данные RNA-Seq, позволяющие делать выводыо функционировании генов T. molitor. У насекомых из этого семейства выявлены активности единичных пищеварительных цистеиновых и сериновых пептидаз (СП), в то время как общее число транскриптов пептидаз из семейств папаина С1 (цистеиновые) и химотрипсина S1 (СП) в транскриптоме кишечника личинок T. molitor составляет 29 и 223,соответственно.Целью работы был биоинформатический анализ уровня экспрессии генов СП и ихнеактивных гомологов (ГСП) из семейства S1 у T. molitor на разных стадиях онтогенеза(яйцо, личинки II и IV стадий, куколка, имаго) и, в соответствии с этим, предсказаниефункций этих белков.Прочтения РНК были получены путём высокопроизводительного секвенирования второго поколения на платформе Illumina. Выделение РНК было произведено с помощью набора RNEasy Mini, концентрация была измерена флуориметром Qubit, целостность РНКпроверена с помощью капиллярного электрофореза на приборе BioAnalyzer 2100. Для подготовки библиотек использован набор NEBNext RNA Library Prep Kit для Illumina, секвенирование проведено на приборе Illumina HiSeq2000 с использованием набора реагентовTruSeq SBS Kit v3. Чтения были приведены к формату fastqc при помощи программыCASAVA версии 1.8.2. После оценки качества прочтений программой FastQC и предварительной обработки в Trimmomatic чтения были картированы на референсный транскриптом T. molitor (картировано от 83 % до 93 % прочтений). Сборка транскриптовбыла выполнена программой Cufflinks, а оценка величины FPKM (Fragments Per Kilobaseper Million mapped reads) - StringTie (опция -B). Для подсчёта RPKM (Reads Per Kilobaseper Million mapped reads) и FPKM был использован специально составленный сценарийс применением tBLASTn, количество различных мРНК, для которых была оценена экспрессия, составило 282.Значимый уровень экспрессии транскриптов (RPKM > 100) выявлен на стадии яйцадля 9 СП и 5 ГСП, у личинок II стадии - для 20 СП и 6 ГСП, у личинок IV стадии- для 46 СП и 38 ГСП, у куколок - для 19 СП и 16 ГСП, у взрослых насекомых - для66 СП и 34 ГСП. Полученные значения экспрессии генов белков позволили разделить ихна категории в соответствии с паттерном экспрессии. Были выявлены группы СП и ГСПс высокой экспрессией на питающихся стадиях, с постоянной значимой экспрессией, экспрессируемые в основном на непитающихся стадиях и низкоэкспрессируемые. Интересно,что максимальное количество ГСП было выявлено на питающихся стадиях.Исследование по активным СП поддержано грантом РФФИ (№ 18-04-01221 А), а поГСП (псевдопептидазам) выполнено за счет гранта Российского научного фонда (проект№ 19-74-00080).
Добавил в систему: Терещенкова Валерия Феликсовна

	ИСТИНА	Войти в систему Регистрация
	Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных
	Главная Поиск Статистика О проекте Помощь

ИСТИНА

Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных

Экспрессия генов сериновых пептидаз и их гомологов на разных стадиях развития большого мучного хрущака Tenebrio molitorтезисы доклада Тезисы

Прикрепленные файлы