Robotic QM/MM-driven maturation of antibody combining sitesстатья

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст e1501695.full.pdf 4,6 МБ 24 октября 2016 [golovin]

[1] Robotic qm/mm-driven maturation of antibody combining sites / I. V. Smirnov, A. V. Golovin, S. D. Chatziefthimiou et al. // Science Advances. — 2016. — Vol. 2, no. 10. In vitro selection of antibodies from large repertoires of immunoglobulin (Ig) combining sites using combinatorial libraries is a powerful tool, with great potential for generating in vivo scavengers for toxins. However, addition of a maturation function is necessary to enable these selected antibodies to more closely mimic the full mammalian immune response. We approached this goal using quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) calculations to achieve maturation in silico. We preselected A17, an Ig template, from a naïve library for its ability to disarm a toxic pesticide related to organophosphorus nerve agents. Virtual screening of 167,538 robotically generated mutants identified an optimum single point mutation, which experimentally boosted wild-type Ig scavenger performance by 170-fold. We validated the QM/MM predictions via kinetic analysis and crystal structures of mutant apo-A17 and covalently modified Ig, thereby identifying the displacement of one water molecule by an arginine as delivering this catalysis. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть