Разработка унифицированного метода передачи параметров и запуска задач на вычислительных кластерахстатья

Работа с статьей


[1] Воробьёв М. В., Сальников А. Н. Разработка унифицированного метода передачи параметров и запуска задач на вычислительных кластерах // Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (26-27 сентября 2016 г., г. Москва). — Изд-во МГУ М, 2016. — С. 845–846. Для обеспечения коллективного доступа к ресурсам кластерной вычислительной системы используются системы параллельной обработки заданий (системы ведения очередей). Если имеется несколько вычислительных систем, для более полного использования ресурсов полезна единая система ведения очередей, которая имела бы возможность ставить задачи на разные вычислители в зависимости от их загрузки. Пользовательская среда вычислительного комплекса может сильно отличаться от пользовательской среды другого вычислительного комплекса (различные системы ведения очередей: slurm, LoadLeveler; поддержка или отсутствие поддержки системы modules; особенности структуры файловой системы на интерфейсной машине и на узлах кластера). В случае использования нескольких кластеров с задачами, которые ставятся через единый интерфейс необходимо решать задачу автоматизации передачи данных, унификации способов передачи параметров. Для решения данной задачи необходимо написание специального программного слоя — набора адаптеров предоставляющих единый интерфейс для большого числа различных вычислительных систем. Разработан язык представления параметров задачи; разработан набор адаптеров для систем ведения очередей Slurm, LoadLeveler; Система развёрнута на вычислительных кластерах Ломоносов-1, BlueGene/P в МГУ имени М.В. Ломоносова: позволяет ставить на счёт задачи по сравнению биологических последовательностей пакетом BLAST и поддерживает алгоритмы построения множественных выравниваний ClustallW и Muscle.

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть