|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Поиск низкомолекулярного лиганда для афинной хроматографической очистки фактора свёртывания крови VIII человека молекулярным докингом in silicoстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или ScopusДата последнего поиска статьи во внешних источниках: 7 июля 2020 г.
- Авторы: Мацкевич В.А., Орлова Н.А., Воробьев И.И., Юрьев А.С., Воробьев А.И.
- Журнал: Математическая биология и биоинформатика
- Том: 6
- Номер: 1
- Год издания: 2011
- Первая страница: 14
- Последняя страница: 22
- Аннотация: При отборе группы синтетических лигандов-кандидатов для очистки рекомбинантного фактора свёртывания крови VIII был использован метод докинга in silico. Созданные Кесслером и соавторами пептидомиметические лиганды L3 и L4, которые обратимо связывают молекулу фактора VIII, были использованы как образцовые лиганды сравнения. Предположительные сайты связывания этих лигандов были размещены на поверхности доменов C1 и/или С2 молекулы фактора VIII. В настоящей работе мы смоделировали взаимодействие лигандов L3 и L4 c предположенными теоретически поверхностями связывания, размещёнными на вершинных областях доменов C1 и C2 фактора VIII. Было обнаружено, что оба образцовых лиганда сравнения связываются с картироваными поверхностями связывания со значительными композитными индексами докинга. Эти поверхности были использованы для докинга библиотек двух поставщиков коммерчески доступных соединений in silico. Конечные композитные индексы докинга наилучших лигандов-кандидатов из обеих библиотек находятся в одном диапазоне, который соответствует образцовым лигандам. Фильтрация исходных библиотек по признаку наличия функциональных групп, за которые лиганды-кандидаты могут быть иммобилизованы на подложку для проверки афинности, специфичности и обратимости связывания, сильно сократило время расчётов при докинге, а добавка (во время подготовки фильтрованной библиотеки к докингу) линкерной группы, за которую лиганд-кандидат мог бы быть иммобилизован на подложку, увеличило химическую релевантность отобранных докингом наилучших лигандов-кандидатов. Группа из малого числа наилучших лигандов-кандидатов будет в дальнейшем проверена на афинность, специфичность и обратимость связывания с фактором VIII.
- Добавил в систему: Орлова Надежда Александровна