|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
URS DataBase: universe of RNA structures and their motifsстатья
Статья опубликована в высокорейтинговом журнале
Информация о цитировании статьи получена из
Web of Science,
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 12 июля 2017 г.
- Авторы: Baulin E., Yacovlev V., Khachko D., Spirin S., Roytberg M.
- Журнал: Database : the journal of biological databases and curation
- Том: 2016
- Год издания: 2016
- Издательство: Oxford Journals
- Местоположение издательства: Oxford, England
- Первая страница: baw085
- DOI: 10.1093/database/baw085
- Аннотация: База данных "Universe of RNA Structures DataBase" (URSDB) содержит информацию, добытую из всех записей банка PDB, содержащих цепи РНК (2935 записи на остябрь 2015 г.). Содержимое базы регулярно обновляется. База состоит из 51 таблицы, эти таблицы содержат индексированные данные о различных элементах структуры РНК. База снабжена веб-интерфейсом, позволяющим пользователю выбирать подмножество структур с нужными свойствами и получать статистические данные о выбранном подмножестве структур или же обо всех структурах. В частности, можно легко получить статистические данные о геометрических параметрах пар комплементарных оснований, о структурных мотивах (спиралях, петлях и т.д), а также о различных типах псевдоузлов. Пользователь может также просматривать и получать информацию об индивидуальных структурах или их частях, например, о водородных связях РНК с белком. В базе URSDB используется новое оригинальное определение петель в структурах РНК, совпадающее с традиционным в случае отсутствия псевдоузлов в структуре, но годное также для структур с псевдоузлами. Насколько известно авторам, URSDB представляет собой первую общедоступную базу данных, поддерживающую поиск по топологии псевдоузлов и типам петель во вторичной структуре РНК. URSDB доступна через Интернет по адресу: http://server3.lpm.org.ru/urs/
- Добавил в систему: Спирин Сергей Александрович