Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНКстатья Исследовательская статья Электронная публикация

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Информация о цитировании статьи получена из Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 9 октября 2019 г.

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст Baulin_13_526.pdf 513,2 КБ 20 мая 2019 [febos]

[1] Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНК / Е. Ф. Баулин, А. В. Кориневская, П. О. Тихонова, М. А. Ройтберг // Математическая биология и биоинформатика. — 2018. — Т. 13, № 2. — С. 526–533. Данная работа посвящена анализу роли так называемых коротких стемов, т.е. стемов длиной в два или три спаривания оснований, в псевдоузловых структурах РНК. Как известно, задача предсказания вторичной структуры РНК, включая псевдоузлы произвольного типа, является NP-сложной задачей, что определяет актуальность поиска путей такого ограничения рассматриваемых типов псевдоузлов, которое позволит решать задачу за полиномиальное время. Псевдоузлы в экспериментально разрешенных пространственных структурах РНК более чем на половину состоят из коротких стемов, энергетическая нестабильность которых подтверждается как различными математическими моделями, так и косвенно экспериментальными данными. Так, например, согласно представленным данным, коротким стемам чаще соответствуют внутренние петли и реже – шпильки, чем в среднем по всем стемам. В работе показано, что при исключении из рассмотрения коротких стемов, разнообразие псевдоузлов сводится к двум базовым типам – H-узлы и Kissing Loops. Единственным исключением является псевдоузел, образованный интроном группы II бактерии Oceanobacillus iheyensis. Экземпляры данного псевдоузла состоят из 12–13 стемов, причем исключение коротких стемов не приводит к изменению сигнатуры псевдоузла. В рассмотренных структурах интроны группы II представлены тремя организмами, однако в двух других организмах подобные псевдоузлы не сохраняют свой тип при исключении коротких стемов. Интересно, что данный псевдоузел образуется только при наличии фрагмента экзона Intron Binding Site 1, а при его отсутствии сводится к базовому типу Kissing Loops. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть