Параллельный алгоритм глобального выравнивания протяжённых аминокислотных и нуклеотидных последовательностейстатья

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Информация о цитировании статьи получена из Scopus
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 18 марта 2019 г.

Работа с статьей


[1] Тетуев Р. К., Пятков М. И., Панкратов А. Н. Параллельный алгоритм глобального выравнивания протяжённых аминокислотных и нуклеотидных последовательностей // Математическая биология и биоинформатика. — 2017. — Т. 12, № 1. — С. 137–150. Разработан параллельный алгоритм для глобального выравнивания протяженных последовательностей. Алгоритм использует произвольную матрицу замен. Аффинная система штрафов за внутренние и концевые разрывы в выравнивании может быть задана раздельно для каждой последовательности. Реализована возможность управления выбором оптимального выравнивания из множества альтернативных. Параметрами параллельного алгоритма являются шаги сетки, которая разбивает матрицу глобального выравнивания на блоки. Проведены исследования и выработаны критерии выбора этих параметров как для оптимизации использования памяти, так и по сокращению времени работы алгоритма. Дополнительно показано, что алгоритм идеально масштабируется на многоядерных системах, демонстрируя суперлинейное ускорение. Алгоритм реализован в виде высокопроизводительного параллельного веб-приложения на языке JavaScript, доступного по адресу http://sbars.impb.ru/aligner.html. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть