Изучение механизма передачи аллостерических сигналов в рибосоме методом молекулярной динамикистатья

Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science

Информация о цитировании статьи получена из Scopus, Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАК
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 17 июня 2016 г.

Работа с статьей

Прикрепленные файлы


Имя Описание Имя файла Размер Добавлен
1. Полный текст MD_rus_Biohimiya_2015.pdf 683,8 КБ 10 сентября 2015 [Сумбатян Н.В.]

[1] Изучение механизма передачи аллостерических сигналов в рибосоме методом молекулярной динамики / Г. И. Макаров, А. В. Головин, Н. В. Сумбатян, А. А. Богданов // Биохимия. — 2015. — Т. 80, № 8. — С. 1250–1261. Рибосома представляет собой молекулярную машину, которая синтезирует все клеточные белки, транслируя генетическую информацию, закодированную в полинуклеотидной цепи информационной РНК. Известно, что переход от одной стадии рабочего цикла рибосомы к последующей строго координирован изменениями структуры и взаимного расположения как субъединиц самой рибосомы, так и ее лигандов. При этом информация о структурных перестройках передается из одного функционального центра рибосомы в другой с помощью специфических сигналов. Поскольку функциональные центры рибосомы, как правило, находятся друг от друга на расстоянии, достигающем нескольких десятков ангстрем, считается, что передача таких сигналов осуществляется аллостерически. В настоящей работе изучали каким образом может передаваться аллостерический сигнал из одного т.н. сенсорного центра рибосомного туннеля (РТ) в пептидилтрансферазный центр рибосомы (ПТЦ). Методом моделирования молекулярной динамики (МД) изучали сегмент стенки РТ рибосомы E. coli, состоящий из нуклеотидных остатков А2058, А2059, m2A2503, G2061, А2062 и С2063 23S рРНК. Показано, что потенциальный сигналпередающий путь A2058–C2063 ведет себя как динамический ансамбль взаимозависимых конформационных состояний, изменения в котором могут происходить путем каскада. Высказано предположение, что структурная перестройка сегмента А2058–С2063 РТ приводит к обратимой инактивации ПТЦ, вследствие образования сильного стэкинг контакта функционально важного остатка ПТЦ U2585 с нуклеотидным остатком С2063. Обсуждается возможная роль наблюдаемого конформационного перехода в сегменте А2058–С2063 в регуляции работы рибосомы. [ DOI ]

Публикация в формате сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл сохранить в файл скрыть