Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциаламиНИР

Quantum mechanical potential based molecular dynamics modeling of the complexation of metal cations with organic ligands

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 10 февраля 2018 г.-31 декабря 2018 г. Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциалами
Результаты этапа: Определен механизм связывания каликс[4]арена с катионами щелочных металлов (Li+, Na+, K+, Rb+, Cs+) и проведен расчёт констант комплексообразования. На данной системе опробованы различные вычислительные протоколы, проведено сравнение времени расчёта и точности получаемых результатов. Изучено влияние размера выбранной системы на получаемые результаты. Построены сечения поверхности энергии Гиббса и определены структуры комплексов.
2 1 января 2019 г.-31 декабря 2019 г. Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциалами
Результаты этапа: На втором этапе выполнения проекта разработана реализация молекулярной динамики с комбинированными потенциалами метода квантовой механики/молекулярной механики с адаптивной квантово-механической подсистемой. Программа протестирована для определения таутомерных превращений в органическом хромофоре, для которого наблюдается три различных формы. Для полученной системы рассчитаны спектры поглощения и уширения спектральных линий, вызванные динамическим поведением структуры сопряженной молекулы. Также рассчитаны профили стандартной энергии Гиббса образования комплексов спиртов и тиолов с катиона магния и цинка. Проведена интерпретация наблюдаемых различий констант связывания. Для комплексов матриксной металлопротеиназы-2 с ингибитором APP-IP и его мутантными формами рассчитаны энергии взаимодействия катиона цинка с функциональной группой шестого остатка олигопептида.
3 1 января 2020 г.-31 декабря 2020 г. Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциалами
Результаты этапа:

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".