| 1 |
26 февраля 2015 г.-31 декабря 2015 г. |
Филогенетические подходы к оценке границ видовой и внутривидовой дифференциации и таксономического разнообразия чешуйчатых рептилий Азии (Reptilia, Squamata: Gekkonidae, Agamidae, Lacertidae, Scincidae и Colubridae) |
| Результаты этапа: Будут проведены исследования генетической изменчивости следующих филогенетических маркеров мтДНК: фрагмента гена цитохром с-оксидазы (далее, COI), цитохрома b (далее, cyt b), II и IV субъединиц NADH-дегидрогеназы (далее, соответственно ND2 и ND4), двух митохондриальных рибосомальных генов (12S рРНК и 16S рРНК) (см. Pang et al., 2003; Noble et al., 2010; Соловьева и др., 2011 ) для родов Cyrtodactylus (Gekkonidae), Phrynocephalus (Agamidae), Acanthosaura (Agamidae), Eremias (Lacertidae).
(2) Будет осуществлено исследование генетической изменчивости следующих филогенетических маркеров яДНК: фрагмента гена «якорного» белка киназы А (далее, AKAP9), белка распознавания NK-опухоли (далее, NKTR), нейротрофического фактора головного мозга (далее, BDNF), активации рекомбинации (далее, RAG1), фрагмент гена фактора созревания ооцитов Mos (далее, cmos) (Shoo et al., 2008; Townsend et al., 2004; Townsend et al., 2008; Townsend et al., 2011; Vidal, Hedges, 2005; Wiens et al., 2012) для представителей родов Cyrtodactylus (Gekkonidae) и Phrynocephalus (Agamidae).
(3) Будут подобран модели молекулярной эволюции для маркеров разного типа, определены оптимальные разбиения массива данных на партиции. Будут получены филогенетические дендрограммы разного типа (ультраметрические и не ультраметрические) для последующего анализа. Совместное использование маркеров мтДНК и яДНК позволит успешно разрешать отношения на разных уровнях, а их раздельное использование – оценить вероятиность интрогрессии мтДНК и гибридизации.
(4) Будет проведено моделирование видовых границ исследуемых модельнх групп рептилий при помощи разнообразных программ, методик и алгоритмов. Мы планируем сопоставить схемы видового разграничения, полученные разными методами и сравнить их с известными и оригинальными данными по морфологии, расселению, экологии и пр. Будут проведены таксономические ревизии исследованных видовых групп. Будут выявлены наиболее результативные методы разграничения видов и составлены алгоритмы определения видовых границ в группах Squamata со сложной систематикой для последующего применения в дальнейших работах.
Полученные к концу 2015 года научные результаты будут оформлены в виде научных публикаций на русском и английском языках в рецензируемых рейтинговых журналах. |
| 2 |
1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. |
Филогенетические подходы к оценке границ видовой и внутривидовой дифференциации и таксономического разнообразия чешуйчатых рептилий Азии (Reptilia, Squamata: Gekkonidae, Agamidae, Lacertidae, Scincidae и Colubridae) |
| Результаты этапа: К концу этапа 2016 года нами были получены следующие оригинальные результаты:
(1) Были обработаны материалы, собранные в ходе этапа 2015 года. Был проведен анализ полученных массивов данных.
(2) По семейству Gekkonidae были подготовлены к публикации полученные в 2015 году данные по Cyrtodactylus Индокитая. Отдельно рассмотрена изменчивость комплекса C. intermedius фауны Таиланда, Камбоджи и южного Вьетнама, подготовлены описания ряда новых для науки видов Cyrtodactylus. Были подготовлены к публикации данные по разграничению видов Cyrtodactylus по данным ДНК-баркодинга. Проанализирован таксономический статус ряда форм комплекса C. irregularis фауны южного Вьетнама.
(3) По семейству Gekkonidae подготовлены к публикации полученные в 2015 году предварительные данные по дифференциации рода Stenodactylus. Также были получены предварительные данные по молекулярно-генетической и морфологической дифференциации рода Agamura.
(4) По семейству Agamidae, по полученным результатам запланированы к публикации две статьи, рассматривающие филогенетические и таксономические взаимоотношения видовых комплексов Ph. versicolor, Ph. mystaceus, Ph. nasatus.
(5) По семейству Agamidae были подготовлены к публикации данные по молекулярной (мтДНК, СО1) и морфологической изменчивости агам рода Acanthosaura (Agamidae) фауны южного Вьетнама.
(6) По семейству Lacertidae, были подготовлены и сданы в печать публикации по дифференциации центрально-азиатских ящурок рода Eremias (Lacertidae) по данным, полученным в 2015 году.
(7) По семейству Scincidae, по данным, полученным в 2015 году, были подготовлены и сданы в печать публикации по дифференциации сцинков родов Lipinia и Eutropis. Также проведена работа по изменчивости маркеров мтДНК видовых комплексов сцинков родов Scincella и Sphenomorphus.
(8) По семейству Colubridae получены первые данные о дифференциации рода Oligodon. Также подготовлена статья по роду Dinodon (Lycodon), основанная на данных полученных в 2015 году.
(9) По семейству Pareatidae продолжены исследования дифференциации Pareas фауны Индокитая, в частности, получены данные по видовым комплексам P. hamptoni, P. carinatus и P. margaritophorus.
(10) Полученные результаты были доложены на Всемирном герпетологическом конгрессе (Ханьчжоу, Китай), а также оформлены в виде серии научных публикаций на русском и английском языках в рецензируемых рейтинговых журналах. |
| 3 |
1 января 2017 г.-31 декабря 2017 г. |
Филогенетические подходы к оценке границ видовой и внутривидовой дифференциации и таксономического разнообразия чешуйчатых рептилий Азии (Reptilia, Squamata: Gekkonidae, Agamidae, Lacertidae, Scincidae и Colubridae) |
| Результаты этапа: К концу этапа 2017 года все поставленные нами задачи полностью выполнены:
(1) Проведена окончательная обработка материалов, собранных в ходе всего проекта, завершен анализ полученных массивов данных.
(2) По семейству гекконовых ящериц (Gekkonidae) принята в печать работа по дифференциации гекконов комплекса Cyrtodactylus irregularis южного Вьетнама по данным морфологии, мтДКН и яДНК. Подготовлены и сданы в печать статьи по исследованию видовых границ в комплексе Cyrtodactylus intermedius фауны Таиланда, Лаоса, Камбоджи и южного Вьетнама, а также по COI ДНК-баркодингу и данные по разграничению видов голопалых гекконов Индокитая (Cyrtodactylus, Gekkonidae). Подана в печать ревизия рода Stenodcatylus (Sphaerodactylidae), исправленная после замечаний рецензента. Опуликовано исследование изменчивости и таксономическая ревизия сцинковых гекконов Teratoscincus с описанием нового вида Teratoscincus mesriensis из Ирана (Sphaerodactylidae) (Р.А. Назаров, А.А. Мартынов, Н.А. Поярков).
(3) По семейству агамовых ящериц (Agamidae) сдана в печать статья с ревизией комплекса Ph. mystaceus, в настоящий момент статья перерабатывается в соотвествии с замечаниями рецензентов. Подготовлена к публикации статья, рассматривающая филогенетическое положение носатой круглоголовки Ph. nasatus. Завершена обработка собранного в Восточном Казахстане материала по комплексу круглоголовок-вертихвосток (Ph. alpherakii – Ph. kuschakewitshi – Ph. incertus), в том числе анализ ядерных ДНК-маркеров для получения более объективной картины дифференциации этих форм в Восточном Казахстане. Подготовлена к печати статья по дифференциации рогатых агам рода Acanthosaura (Agamidae) фауны южного Вьетнама (Е.Н. Соловьева, В.А. Горин, Н.А. Поярков).
(6) По семейству Lacertidae, опубликована масштабная ревизия центрально-азиатских ящурок рода Eremias (Lacertidae) с описанием нового вида ящурок Eremias dzungarica из западной Монголии и восточного Казахстана. С помощью методов анализа исторической ДНК исследовано филогенетическое положение Eremias kokshaaliensis а также других исторических коллекций ящурок, по результатам работы идет подготовка статьи. Подготовлены к публикации данные по ящуркам группы Eremias fasciata фауны Ирана (Р.А. Назаров, Е.Н. Соловьева, Н.А. Поярков).
(7) По семейству Scincidae, подготовлена к подачи в печать публикация по дифференциации сцинков видового комплекса Lipinia vittigera. Опубликована работа по дифференциации видового комплекса Eutropis rugifera. Продолжено исследование филогенетических связей и разнообразия сцинков рода Lygosoma фауны Индокитая. Продолжаеся изучение изменчивости мтДНК видовых комплексов сцинков родов Scincella и Sphenomorphus, обработан новый материал из Вьетнама, Камбоджи и Таиланда, готовится ряд публикаций по этим родам. Опубликована статья по дифференциации сцинков группы Eumeces schneideri с описанием нового вида Eumeces persicus из Ирана (Р.А. Назаров, Е.Н. Соловьева, В.А. Горин, Н.А. Поярков).
(8) По семейству Varanidae продолжены исследования молекулярно-генетической дифференциации водных варанов комплекса Varanus salavator, для дальнейшей работы необходим сбор дополнительного материала (В.А. Горин, Н.А. Поярков).
(8) По семейству Colubridae получена наиболее полная филогения рода Oligodon фауны Индокитая, в филогенетический анализ добавлено 20 ранее не изученных видов рода. Идет работа по подготовке данных к публикации. Обработан материал по дифференциации комплекса Lycodon rosozonatus – L. rufozonatus, статья находится в работе (Н.Л. Орлов, Н.А. Поярков).
(9) По семейству Pareatidae завершен филогенетический анализ семейства с учетом нового материала из Вьетнама, Камбоджи, Таиланда и Мяьнмы, построена достаточно полная филогения рода Pareas по митохондриальным и ядерным генетическим маркерам, в настоящий момент идет работа над подготовкой обзорной статьи по группе, включающей также анализ изменчивости в широкоареальных комплексах P. carinatus, P. macularius, P. hamptoni и P. margaritophorus. (Н.А. Поярков).
(10) Результаты работы по проекту доложены на Европейском герпетологическом конгрессе в Австрии (г. Зальцбург, Ordinary General Meeting of Societas Europaea Herpetologica (European Herpetological Society), 18-23 сентября 2017, приглашенный пленарный доклад), а также оформлены в виде серии научных публикаций на русском и английском языках в рецензируемых рейтинговых журналах. |
