ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
|
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
В 2015 г. в рамках темы «Соотношение молекулярно-генетических и фенотипических закономерностей видообразования у млекопитающих» проводилось изучение молекулярной филогенетики, систематики и филогеографии насекомоядных из семейств Soricidae и Talpidae и Erinaceidae и рукокрылых из семейства Vespertilionidae. мультигенного анализа ядерной ДНК, а также исследование процессов гибридизации и интрогрессии в подмосковной зоне симпатрии двух видов обыкновенных ежей (Erinaceus europaeus/E. roumanicus), на основе микросателиитного и мультигенного анализа. Основные результаты исследований. 1. Секвенирование фрагментов 5-и ядерных генов и митохондриального гена cytb кротовых трибы Scalopini позволил провести сравнительное филогенетическое исследование кротовых, ведущих строго подземный образ жизни. Получена высокая поддержка монофилии трибы Scalopini, включая S. oweni, и представлены доказательства отсутствия объединения триб Talpini и Scalopini в одной кладе. Полученные данные представляют собой первое молекулярное исследование филогенетического положения ганьсуйского крота Scapanulus oweni. Результаты подчеркивают роль морфологических параллелелизмов как потенциального источника конфликта между филогенетическими реконструкциями, основанными на молекулярных и морфологических данных. 2. В отчетном периоде завершена работа по молекулярной филогенетике и систематике кротов Восточной Азии из трибы Talpini, роды Euroscaptor и Mogera. Полученные новые данные по кротам Восточной Азии свидетельствуют о богатом видовом разнообразии родов Euroscaptor и Mogera, требующем таксономической ревизии. На основе молекулярных данных предложена новая система юго-восточной ветви трибы Talpini, учитывающая следующие факты: роды Mogera и Euroscaptor не являются сестринскими; род Euroscaptor не является монофилетическим, т.к. по уровню молекулярно-генетического своеобразия E. mizura соответствует самостоятельному роду; без учета E. mizura род Euroscaptor распадается на две группы, которые, вероятно, заслуживают родового статуса; род Euroscaptor s.str. содержит два не описанных ранее криптических вида, в составе нового рода обнаружена генетическая линия, также, вероятно, заслуживающая, ранга вида; подтверждается видовой статус Mogera latouchei; не подтверждается присутствие в южном Приморье Mogera wogura. 3. Продолжено изучение молекулярной систематики землероек. Генотипировано 55 новых образцов Crocidura из Восточной Европы, ЮВ Азии и Эфиопии. Набор полученных ранее данных по 7-и ядерным генам дополнен новыми сиквенсами. В результате сотрудничества с лабораторией эволюционной геномики ФББ МГУ получен транскриптом пегого путорака (Diplomesodon pulchellum) и начата работа по его сборке и аннотированию. 4. Продолжено изучение филогеографии и демографической истории обыкновенной бурозубки. Проанализированы последовательности гена cytb у 493 особей Sorex araneus из более чем 100 локалитетов Западной, Восточной Европы и Сибири. Анализ митохондриальных скоростей эволюции указывает на послеледниковую экспансию вида не позднее окончания верхнего триаса. На территории Сибири это событие происходило в конце пребореального – начале бореального периода голоцена, когда активно восстанавливался лесной покров. Расселение в пределах отдельных регионов на территории Европы также происходила в голоценовые времена, причем самой молодой из исследованных оказалась популяция северо-востока Европы. 5. Продолжено изучение процессов гибридизации и интрогрессии в подмосковной зоне симпатрии двух видов обыкновенных ежей (Erinaceus europaeus/E. roumanicus), на основе микросателиитного и мультигенного анализа. В дополнение к спектрам 6-и микросателлитных локусов для 153 ежей Средней и Южной России, а также Западной Сибири, получены данные еще по 5 локусам. В смешанной популяции Московской области совпадение видового диагноза по генотипам отмечено для 67% особей, причем предположительно «чистых» южных ежей оказалось в два раза больше, чем «чистых» европейских. Для 33% всех генотипированных ежей диагноз по мтДНК разошелся с диагнозом по яДНК. В подавляющем большинстве случае интрогрессированные особи несут митохондриальный гаплотип E. europaeus. Генотипирование обыкновенных ежей на территории Средней и южной России, а также Западной Сибири позволило составить представление об истинном распределении видов E. europaeus и E. roumanicus в восточной части их ареалов. 6. Начато исследование филогеографии и внутривидовой структуры Dipus sagitta – одного из наиболее широкоареальных видов тушканчиков. Получены первые данные по последовательностям гена cytb для >100 особей, со всей территории Монголии, из Зайсанской котловины, Прибалхашья, Кызылкумов, и отдельных районов Китая. Предварительные результаты указывают на сложный характер географической изменчивости, лишь частично согласующийся с подвидовой структурой по морфологическим данным. Уровень дивергенции между некоторыми филогруппами потенциально соответствует видовому. 7. Проведена подготовка к секвенированию белок-кодирующих неанонимных локусов летучих мышей на приборе MiSec (Illumina). Для получения более разрешенной филогении рода Eptesicus, а также данных по ядерным генам других родов Vespertilionidae (Barbastella, Plecotus, Myotis), разработана методика массового автоматизированного подбора праймеров на основе множественного выравнивания экзонных последовательностей. Предложено применять автоматизированный ПЦР (с перспективой перехода к мультиплексному ПЦР) и объединение образцов перед созданием библиотеки для высокопроизводительного секвенирования. На данном этапе методика отработана до собственно высоко производительного секвенирования. По тематике «Структурные и функциональные особенности внутрипопуляционной организации мелких млекопитающих, как основа устойчивости и эволюцирования популяций» в 2015 г. продолжены полевые работы, связанные с проведением многолетнего мониторинга популяций и обработки полученных ранее материалов с юга Тверской области. Получены новые данные по состоянию численности, размещению в пространстве и воспроизводству популяций мелких млекопитающих. Собран материал для характеристики родственных связей между особями во внутрипопуляционных группировках микромаммалий. Изучены закономерности изменения дневного улова мелких млекопитающих в различные сезоны года. На юге Тверской обл. в разные сезоны года (апрель, середина лета, октябрь) изучены колебания величины дневного улова массовых видов мелких млекопитающих на линиях учета в пределах одного лесного массива. Под «активностью» понимаются поведенческие реакции на средства отлова у особей той или иной половозрастной группы, которые ведут к изменению числа пойманных животных. При синхронном изменении «активности» величина дневного улова должна согласованно изменяться на всей территории. В однородном участке сосново-елового леса наблюдения вели на площади ~22 га, на которой проводилось индивидуальное мечение на 10 линиях по 50 живоловок. Изучены обыкновенная (Sorex araneus), средняя (S. caecutiens), малая (S. minutus) бурозубки и рыжая полевка (Clethrionomys glareolus). Дневной улов всех видов сильно варьировал на разных линиях в пределах однородной площади (коэффициент вариации более 30%, отрицательно коррелировал с численностью). Для каждой из линий величина дневного улова оценивалась как отношение улова за данный день к среднему по линии за всю сессию. Синхронными считались изменения активности, когда не менее чем на 9 из 10 линий показатели менялись одинаково. Дневные изменения улова на разных линиях в пределах биотопа в абсолютном большинстве случаев (88,9% у обыкновенной, 91,2% у средней, 82,1% у малой бурозубок и в 85,3% наблюдений у рыжей полевки), независимо от времени года, не были согласованы по своей направленности: на одних линиях улов возрастал относительно средней для этой линии, на других - опускался. Доля случайных совпадений, оцененная по уравнению Бернулли, не превышает 2,1%. В некоторых случаях синхронизацию активности можно объяснить резкими колебаниями погоды, в других - значимых факторов выявлено не было. По-видимому, изменение активности на каждой из линий происходило вследствие стохастических причин, действовавших на уровне отдельных особей. Это позволяет считать изменения активности как групповой реакции представителей определенной половозрастной группы явлением довольно редким. По тематике «Цитогенетические барьеры при формировании репродуктивной изоляции у млекопитающих», проводили исследования по трем темам: 1. «Таксономические аспекты гибридизации», 2. «Механизмы репродуктивной изоляции млекопитающих» и 3. «Ревизия и мониторинг териофауны Звенигородской биологической станции (ЗБС)». Продолжены эксперименты по скрещиванию двух кариоформ (видов) 46-хромосомных обыкновенных полевок («obscurus» и «arvalis») с целью выяснить становления механизмов репродуктивной изоляции. Обработаны гистологические и цитологические препараты гибридных самцов от скрещивания общественных полевок (подрода Sumeriomys) c полевками группы «arvalis».
госбюджет, раздел 0110 (для тем по госзаданию) |
# | Сроки | Название |
9 | 1 января 2014 г.-31 декабря 2014 г. | СИСТЕМАТИКА, ФАУНИСТИКА, ЭКОЛОГИЯ И МИКРОЭВОЛЮЦИЯ НАЗЕМНЫХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ |
Результаты этапа: В 2014 г. в рамках темы «Соотношение молекулярно-генетических и фенотипических закономерностей видообразования у млекопитающих» проводили изучение молекулярной филогенетики и систематики насекомоядных и рукокрылых на основе мультигенного анализа ядерной ДНК. В отчетном периоде было начато филогенетическое исследование трибы Nectogalini, в рамках которого получены результаты по родам Neomys и Chimarogale. С целью изучения генетического разнообразия и таксономической структуры в роде Neomys было выполнено секвенирование 13 интронов и цитохрома b трех распознаваемых в настоящее время в составе рода видов: N. fodiens, N. teres, N. anomalus, включая два подвида в составе малой куторы (N. a. anomalus и N. a. milleri), которые первоначально были описаны как отдельные виды, но позже сведены в синонимы. Для анализа материала по разным филогенетическим алгоритмам были построены генные и видовые деревья и использованы современные алгориты определения видовых границ. Все подходы дали сходный результат: обнаружены четыре независимых филогенетических линий, две из которых соответствуют N. a. anomalus и N. a. milleri. Это подтверждает справедливость придания этим подвидам видового статуса: N. anomalus, ограниченный в своем распространении Пиренейским полуостровом, и N. milleri, широко распространенный в Евразии. Время дивергенции этих таксонов оказалось значительным и оценивается в 400 тыс.лет, что соответствует одному из крупнейших оледенений среднего плейстоцена, а не последнему оледенению и поддерживает гипотезу видового статуса этих форм. На основании полученных нами молекулярных данных по землеройкам подсемейства Soricinae Вьетнама и с привлечением данных Генбанка проведена ревизия видов в роде Chimarrogale – азиатских водяных землероек. Наши данные по cytb и двум ядерным генам, позволяют заключить, что Chimarrogale из Южного Вьетнама – это еще один ранее не описанный вид. Своеобразие этой формы подтверждается и на основании морфологических признаков. Chimarrogale sp.nov. добыт на относительно изолированной территории Южного Вьетнама – Далацкое плато, что довольно далеко от основного ареала рода Chimarrogale, и само по себе подразумевает ограничение генного потока. Положение Chimarrogale sp.nov. в филогении Yuan et al. (2013) неожиданно: этот вид не кластеризуется ни с линией himalayica-varennei ни с кладой C. phaeura . Генетическая дистанция между Chimarrogale sp.nov. и другими вьетнамскими образцами химаррогале больше, чем дистанция между остальными представителями клады himalayica-varennei. Характер взаимоотношения наших образцов и образцов, доступных из ГенБанка, по трем ядерным генам (ApoB, BRCA1, Rag1) согласуется с митохондриальными данными. Была продолжена работа по систематике рода Talpa. Полученные за предыдущие годы результаты секвенированияядерных и митохондриальных генов, а также вновь полученные данные по исторической ДНК, выделенной из коллекционных сборов, проанализированы с использованием методов делимитации видовых границ с целью оценки скрытого генетического разнообразия. Результаты этого анализа доказывают высокое криптическое разнообразие рода, в котором к 9 распознаваемым сегодня видам, добавляется еще не менее трех. Произведена молекулярная оценка времен дивергенции, выдвинуты гипотезы причин возникновения криптического разнообразия кротов. В отчетном периоде опробованы методы популяционно-генетических исследований рукокрылых по микросателлитным локусам. Проведена предварительная работа по оценке генетического разнообразия и родственных связей рыжих вечерниц окрестностей Звенигородской биологической станции. Отработаны десять пар микросателлитных праймеров. По трём из них проведено типирование двадцати животных. Ведется работа по генотипированию образцов тканей летучих мышей, собранных в окрестностях заповедника "Утриш". Во время экспедиционных работ на Северном Кавказе и в Закавказье (Турция, Грузия) добыто 38 экз.летучих мышей из родов Myotis, Vespertilio, Eptesicus. Для генотипирования ушанов и широкоушек по митохондриальным генам отработаны праймеры под CO1 и ND1, типировано двадцать образцов. Выделена ДНК тридцати образцов кожанов, ушанов и ночниц из сборов прошлых годов. По тематике «Структурные и функциональные особенности внутрипопуляционной организации мелких млекопитающих, как основа устойчивости и эволюцирования популяций» изучали структурные и функциональныеособенностей внутрипопуляционной организации мелких млекопитающих как основы устойчивости и эволюции популяций. Были продолжены полевые работы, связанные с проведением многолетнего мониторинга популяций и обработка полученных ранее материалов с юга Тверской области. Получены новые данные по состоянию численности, размещению в пространстве и воспроизводству популяций мелких млекопитающих. Собран материал для характеристики родственных связей между особями во внутрипопуляционных группировках микромаммалий. По тематике «Цитогенетические барьеры при формировании репродуктивной изоляции у млекопитающих» проводили исследования по трем темам: 1. «Таксономические аспекты гибридизации», 2. «Механизмы репродуктивной изоляции млекопитающих» и 3. «Ревизия и мониторинг териофауны Звенигородской биологической станции (ЗБС)». В виварии Института дезинфектологии были продолжены эксперименты по гибридизации видов и кариоформ обыкновенных полевок. В настоящее время там содержится более 100 особей в 45 садках. Удалось получить потомство у парапатрично распространенных кариоформ обыкновенной полевки от гибридов второго и третьего поколения (F2, F3). Вероятно, при возвратной гибридизации с родительскими кариоформами у потомства восстанавливается плодовитость. В природе, в зоне гибридизации обнаружено, что в основном скрещивание происходит в комбинации: самка формы «obscurus» с самцом формы «arvalis» (проявляется ассиметрия гибридизации). Делаются попытки выяснить причины этого явления в экспериментах при виварном разведении полевок и изучении мейоза. Совместно с сотрудниками Института общей генетики выполнялась работа по исследованию мейоза у гибридов кариоформ/видов хомячков группы «barabensis» и рода Allocricetulus. Параллельно у межвижового гибрида (A. curtatus, самка x A. eversmanni, самец) взят семенник на гистологическое исследование сперматогенеза. | ||
10 | 1 января 2015 г.-31 декабря 2015 г. | СИСТЕМАТИКА, ФАУНИСТИКА, ЭКОЛОГИЯ И МИКРОЭВОЛЮЦИЯ НАЗЕМНЫХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ |
Результаты этапа: |
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".