|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Современное состояние и генетическая дифференциация природных популяций микижи (Parasalmo (O.) mykiss) в азиатской части ареала на основе анализа повторяющихся последовательностей ДНК и других участков генома.НИР
- Руководитель НИР: Павлов С.Д.
- Участники НИР: Мельникова М.Н., Пивоваров Е.А., Пономарева Е.В., Семенова А.В., Сенчукова А.Л.
- Подразделение: Кафедра ихтиологии
- Срок исполнения: 1 января 2014 г. - 31 декабря 2016 г.
- Номер договора (контракта, соглашения): 14-04-01437а
- Номер ЦИТИС: 01201456125
- Тип: Фундаментальная
- Приоритетное направление научных исследований: Общая биология и экология
- ПН России: Рациональное природопользование
-
Рубрики ГРНТИ:
- 34.23.35 Популяционная генетика
-
Ключевые слова:
дифференциация, локусы, микросателлиты
-
Описание:
Вид микижа Parasalmo (Oncorhynchus) mykiss является одним из интереснейших представителей рода Parasalmo, демонстрирующим высокую адаптивность, морфологическую пластичность и исключительно широкое распространение. В азиатской части ареала микижа вызывает особый научный и практический интерес, так как здесь вид представлен в основном дикими популяциями, сохранившими свою первозданную популяционную структуру. Важной особенностью камчатской группы популяций микижи является обедненность генома на азиатской части ареала и малое число эффективных популяционно-генетических маркеров. Данное исследование направлено на разработку новых методик и увеличение числа популяционно-значимых генетических маркеров за счет анализа малоизученных участков ДНК. Одним из таких методов является определение микросателлитных локусов. Гипервариабельные микросателлиты представляют собой универсальную систему генетических маркеров для анализа наследуемых изменений на уровне ядерной ДНК и широко используются в исследованиях генетического полиморфизма популяций человека, растений и животных. Проведенные работы нашей группы в данном направлении имели предварительный характер и были направлены на подбор и адаптацию широко использующихся праймеров для определения микросателлитных локусов других лососевых рыб для вида Parasalmo (Oncorhynchus) mykiss.
-
Основные результаты:
Цели и задачи: собрать репрезентативные выборки микижи для микросателлитного анализа из восточных и западных рек Камчатки, выделить ДНК. Начать анализ микросателлитных локусов микижи с подобранными праймерами. Были собраны репрезентативные выборки (14-53 экз.) микижи от 9 нативных популяций микижи с восточного и западного побережий Камчатки. Выделена геномная ДНК, подобраны необходимые условия лабораторного анализа мст-ДНК. В настоящее время эксперименты находятся на стадии исследования изменчивости микижи от модельных популяций по 10 подобранным микросателлитным локусам.
- Добавил в систему: Мельникова Марина Николаевна
Источник финансирования НИР
| грант РФФИ |
Этапы НИР
| # | Сроки | Название |
| 1 | 1 января 2014 г.-31 декабря 2014 г. | Современное состояние и генетическая дифференциация природных популяций микижи (Parasalmo (O.) mykiss) в азиатской части ареала на основе анализа повторяющихся последовательностей ДНК и других участков генома. |
| Результаты этапа: 1) отобраны репрезентативные выбоки микижи с восточной и западной Камчатки 2) адаптирована методика микросателлитного анализа для 10 миросателлитных локусов 3) проводится анализ 10 микросателлитных локусов на отобранных выборках микижи. | ||
| 2 | 1 января 2015 г.-31 декабря 2015 г. | Современное состояние и генетическая дифференциация природных популяций микижи (Parasalmo (O.) mykiss) в азиатской части ареала на основе анализа повторяющихся последовательностей ДНК и других участков генома. |
| Результаты этапа: | ||
| 3 | 1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. | Современное состояние и генетическая дифференциация природных популяций микижи (Parasalmo (O.) mykiss) в азиатской части ареала на основе анализа повторяющихся последовательностей ДНК и других участков генома. |
| Результаты этапа: Исследовано генетическое разнообразие камчатской микижи Parasalmo (O.) mykiss по 10 локусам микросателлитной ДНК, проведено филогеографическое сравнение с другими представителями вида на ареале. Показано, что камчатские популяции отличаются от других географических групп микижи по ряду микросателлитных локусов, имеют четкую кластеризацию, характеризуются более низкими оценками генетического разнообразия. Проанализировав совокупность из 26 различных микросателлитных локусов (собственные и литературные данные) видно, что внутри камчатского региона большинство популяций обособлено друг от друга, имеют выраженную географическую дифференциацию и приуроченность к определенным речным бассейнам. С высоким уровнем вероятности, выделяются три географических кластера (северо-западный, юго-западный, восточный) камчатской микижи. В целом, исследования микросателлитной ДНК подтверждают данные об относительно низком уровне генетического разнообразия камчатской группы Parasalmo (O.) mykiss, полученные по оценкам изменчивости отдельных генов ядерной, митохондриальной ДНК, аллозимных локусов. Для более детального исследования генетической дифференциации микижи Камчатки мы проанализировали суммарную выборку, включающую особей из всех имеющихся в нашем распоряжении выборок, с использованием программы STRUCTURE. Наиболее однородные кластеры образуют выборки из рек Утхолок (77,7% особей в кластере относятся к этой выборке), Жупанова (58,1%), Быстрая (46,1%) и Седанка (45,7%). Этот факт, как и высоко-достоверные генетические различия практически между всеми парами исследованных выборок, вероятно, свидетельствуют о том, что популяции отдельных рек Камчатки независимы и обособлены, и не формируют в пределах ареала структурных группировок. В дополнение было сделано секвенирование участка D петли и cyt b. Полученные данные позволят углубить знания о филогенетической структуре камчатской микижи. | ||
Прикрепленные к НИР результаты
Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".