Изучение молекулярных основ онкогенезаНИР

Study of molecular bases of oncogenesis

Источник финансирования НИР

госбюджет, раздел 0110 (для тем по госзаданию)

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 января 2021 г.-31 декабря 2021 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа: Основным результатом, полученным за отчетный период стало получение всех плазмидных конструкций, предназначенных для индукции целевых транслокаций с участием гена MLL и последующей детекции клеток с транслокацией, трансфекция этими конструкциями клеток, отбор клеток по селектирующему маркеру и проверка на наличие транслокаций. Были собраны плазмиды, содержащие плечи гомологии к генам-партнерам по моделируемым перестройкам и контрольной перестройки с GCG: MLL_i9–AF6, MLL_i9–GCG, MLL_i10–BTBD18, MLL_i10–GCG, MLL_i11–AF4, MLL_i11–ARHGAP26, MLL_i11–GCG, MLL_i23–AF6, MLL_i23–GCG. Между плечами гомологии находилась кассета с селектирующими маркерами — геном GFP и геном устойчивости к пуромицину; кассета должна интегрироваться в место транслокации с возможностью быть вырезанной Cre-рекомбиназой после отбора клеток. Были трансфицированы клетки моноклональной линии, которая предварительно была охарактеризована на предмет экспрессии целевых генов (HOXA9, HOXA10, MEIS1, PROM1, PBX3), для которых показана роль в развитии MLL-ассоциированных лейкозов. Также был изучен иммунофенотип этой исходной культуры клеток и ее пролиферативные свойства для последующего сравнения с соответствующими характеристиками клеток с транслокациями. Трансфицированные клетки были отобраны с помощью серии сортировок на предмет экспрессии гена GFP, который встраивается в участок на месте транслокации. Затем проведен ПЦР-анализ на наличие транслокации и приготовлены препараты для кариотипирования. Однако данная стратегия получения клеток с транслокациями показала себя недостаточно надежной, поэтому, перед тем как проводить трансфекцию клеток первичной культуры, были разработаны альтерантивные стратегии и начата сборка соответсвующих плазмидных векторов. Также на данном этапе были опробованы и оптимизированы методы, которые будут использоваться в дальнейшей работе и применяться для определения скорости роста клеток, оценки экспрессии генов, для которых показана роль в развитии MLL-ассоциированных лейкозов, для детекции и определения количества транслокаций в клеточных популяциях.
2 1 января 2022 г.-31 декабря 2022 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа: Сравнивая результаты, полученные при применении различных стратегий, мы сделали вывод о большем потенциале стратегии с использованием сплайс-акцептора и постоянной селекции клеток на антибиотике. Выработка оптимальной стратегии индукции транслокаций необходима для проведения дальнейших экспериментов на первичных клетках. Полученные клетки с транслокациями будут использованы для анализа влияния транслокации на экспрессию различных генов, ассоциированных с лейкозами, на скорость роста и т.д. согласно плану исследования. В рамках работы по проекту мы изучили различные подходы для выявления хромосомных транслокаций и провели оптимизацию методов, важных как для выполнения задач проекта, так и для применения в клинике. Результаты использования данных методов в экспериментальной работе и их оптимизации были описаны в опубликованных статьях.
3 1 января 2023 г.-31 декабря 2023 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа: В ходе выполнения работ текущего года нами были получены моноклоны клеток, содержащие систему AID-деплеции субъединицы когезина RAD21 в обоих аллелях этого гена. Проверено наличие в клетке слитого с дегроном белка RAD21. С помощью вестерн-блота исследована эффективность и кинетика деградации RAD21 в ответ на ауксин, а также кинетика и эффективность восстановления концентрации RAD21 после отмывки клеток от ауксина. Выбраны локусы в составе ТАДов, петель и страйпов для визуализации. Собраны плазмидные конструкции для интеграции элементов системы CRISРR-Sirius в геном целевых клеток. Получены векторы, кодирующие гидовые РНК с Sirius-аптамерами, узнающие теломеры и выбранные локусы в составе ТАДов, петель и страйпов. Произведен подбор условий микроскопии: подбор мощности лазеров, частоты и длительности съемки. На основании проведенных экспериментов выбраны локусы-мишени, которые на следующих этапах выполнения проекта будут визуализироваться в опытах по деплеции RAD21.
4 1 января 2024 г.-31 декабря 2024 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа:
5 1 января 2025 г.-31 декабря 2025 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа:
6 1 января 2026 г.-31 декабря 2026 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа:
7 1 января 2027 г.-31 декабря 2027 г. Изучение молекулярных основ онкогенеза
Результаты этапа:

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".