Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человекаНИР

.

Источник финансирования НИР

госбюджет, раздел 0110 (для тем по госзаданию)

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 января 2016 г.-31 декабря 2016 г. Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человека
Результаты этапа:
2 1 января 2017 г.-31 декабря 2017 г. Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человека
Результаты этапа: В экспериментах по дифференциальной экстракции белков и липидов клеточной стенки (КС) дрожжей с последующим определением липидного и белкового состава получаемых фракций, а также идентификации посттрансляционных модификаций обнаруженных белков выявлена важная роль нейтральных липидов КС в закреплении глюкантрансфераз и других ферментов при формировании молекулярного ансамбля клеточной поверхности этих микроорганизмов. Показано, что один из четырех остатков цистеина глюкантрансферазы Bgl2p может быть липоилирован. В случае наличия данной модификации в клеточной стенке дрожжей обнаруживается пул молекул данной глюкантрансферазы, экстракция которых возможна после удаления нейтральных липидов из клеточной стенки с помощью экстракции смесью органических экстрагентов, содержащей хлороформ. В последующих экспериментах с использованием штамма дрожжей Saccharomyces cerevisiae с делецией гена, кодирующего данную глюкантрансферазу, а также штаммов с различными по протяженности делециями и точечными нарушениями этого гена в области, кодирующей С-концевой участок белка и область его активного центра, которые были получены в нашей лаборатории ранее, выявлены последовательности играющие важную роль в закреплении Bgl2p в КС дрожжей. Получены результаты, убедительно подтверждающие более ранние исследования нашей группы, в которых было показано, что отсутствие или неправильное встраивание данной глюкантрисферазы приводит к значительным нарушениям в наборах белков, в том числе белков с различными ферментативными активностями (ряд глюкантрансфераз, кислая фосфатаза, некоторые другие белки), что в свою очередь влияет на устойчивость клеток дрожжей в условиях стресса, вызванного повышенной температурой и высушиванием. Делеции, произведенные в различных частях молекулы Bgl2p, в различной степени влияют на закрепление указанных выше пулов данной глюкантрансферазы. По результатам работы, проведенной на данном этапе подготовлено и сдано в печать 2 публикации, одна из которых принята в журнал FEMS Yeast Reseach в декабре 2017 года. Ранее методами конфокальной флуоресцентной микроскопии в нашей лаборатории было показано фибриллообразование глюкантрансферазы Bgl2p в экстракте, полученном из клеточных стенок дикого типа (Kalebina et al., 2008; Bezsonov et al., 2013). На данном этапе важно было проверить могут ли формировать фибриллы другие полимеры, входящие в состав молекулярного ансамбля клеточной стенки дрожжей. Исследован широкий спектр условий (рН и ионный состав среды фибриллообразования, температура и длительность процесса формирования фибрилл). Результатом проведенной работы стало выявление способности фибрилизоваться у молекул структурного полимера клеточной стенки - глюкана. Факт формирования глюкановых фибрилл in vitro был подтвержден с помощью фермента глюканазы. С помощью антител к глюкантрансферазе Bgl2p было показано, что данный белок не принимает участия в построении основной части глюканазо-чувствительных фибрилл. В то же время накоплены экспериментальные результаты, позволяющие предполагать, что в процессе инициации формирования фибрилл молекулы Bgl2p принимают участие. Эксперименты, позволяющие сделать такое предположение проведены с использованием штамма дрожжей с делетированным геном, кодирующим Bgl2p. Возможно, также, что в случае отсутствия Bgl2p (не исключено также что и в случае его присутствия) роль молекул - инициаторов фибрилизации принимают на себя другие белки, (маннопротеины) экстрагируемые из КС вместе с фрагментами глюкана в случае штамма-делетанта и вместе с глюкантрансферазой и глюкановыми олигомерами (в случае клеток дрожжей дикого типа. Изучены физико-химические свойства глюкантрансферазы Bgl2p в растворах Твин-80 в концентрации ниже мицеллообразования и выше таковой. Определены значения параметра А, демонстрирующего степень экспонированности остатков аминокислоты триптофана, и спектр флуоресценции Тиофлавина Т (красителя, позволяющего выявлять динамику образования бета-слоев в белках в процессе формирования этих структур. Было показано, что в отсутствии Твин-80 и в присутствии его в концентрации ниже мицеллообразования по сравнению с условиями, когда Твин присутствует в среде инкубации вместе с Bgl2p в концентрации, превышающей концентрацию мицеллообразования, при которой Твин образует мицеллы, изученные параметры значительно отличаются. Совокупность этих различий позволяет говорить о том, что высокая концентрация Твина стимулирует данную глюкантрансферазу к формированию структур типа амилоидных фибрилл. К сожалению, самих фибрилл в препаратах Bgl2p нам наблюдать не удалось. Мы продолжаем изучать факт фибрилизации этого белка и влияние Твина на этот процесс. Мы рассматриваем данные условия как удачную модельную систему, позволяющую в последствии ответить на вопрос как липидный компонент клеточной стенки может влиять на процесс фибрилизации Bgl2p. На данном этапе была также проведена работа для получения ответа на вопрос будет ли Bgl2p фибриллизоваться в условиях, приближенным к условиям кровяного русла. В качестве таких условий мы применили раствор Тироде, рН 7,4 состав которого близок по содержанию ионов к плазме крови с добавлением альбумина (30 г/л) и продемонстрировали, что Bgl2p из непатогенных дрожжей S. сerevisiae не формирует фибриллы в условиях, приближенным к условиям кровяного русла. Таким образом выявлены условия, допускающие возможность использования глюкантрансферазы Bgl2p клеточной стенки дрожжей Saccharomyces cerevisiae для создания вакцины против кандидоза.
3 1 января 2018 г.-31 декабря 2018 г. Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человека
Результаты этапа: С помощью метода MALDI (Матрично-Активированная Лазерная Десорбция/Ионизация) LC-MS/MS (масс-спектрометического) анализа, а также с применением методов Вестерн-блот анализа с антителами к Bgl2p и метода биотинилирования белков в растворе с их последующим выявлением со стрептавидином показано, что глюкантрансфераза Bgl2p экстрагируется из КС как три независимых фракции, которые являются различными пулами молекулы Bgl2p: - в 0,1 М Трис рН 9.8; - в 6 М гуанидингидрохлорид, рН 5.6 после экстракции в 0,1 М Трис. - в воду при нагревании после экстракция липидов и липопротеинов по Фолчу (Folch al, 1957) c модификациями. Каждый из этих препаратов Bgl2p характеризуется своим набором посттранслационных модификаций (ПТМ) данного белка. В процессе работы нами не только было выявлено наличие трех пулов самой глюкантрансферазы, экстрагируемых в Tрис, гуанидинхлорид и горячую воду после делипидизации, но и позволило выявить, что эти три пула характеризуются различающимися наборами совыделяющихся белков. Мы проанализировали модификации, которые выявляются у белков в полученных экстрактах. Результаты анализа показали, что в основном SE-белки содержат мало аминокислотных остатков с посттрансляционными модификациями. Обнаруживались пальмитоилирование, ацетилирование, убиквитинилирование. Сказанное нельзя отнести к Bgl2p, молекула которого имеет многочисленные ПТМ. Для данного белка характерным является наличие глутатиона при цистеине 68 (C68) в том случае, когда этот белок экстрагирован с использованием 0,1 М Трис. Белок, экстрагированный в гуанидинхлорид, не содержит глутатиона при С68, однако содержит гликозилирование в пептиде, в котором находится С68. Данное гликозилирование по нашему предположению важно для структуры белка и возможно играет важную роль, препятствуя присоединению глутатиона к С68. В свою очередь глутатион является важной обратимой ПТМ. Обратимое S-глутатионилирование признаётся исследователями общей чертой регуляции окислительно-восстановительной сигнальной трансдукции и регуляции активности редокс-чувствительных тиоловых белков. Примеры, включающие изменения S-глутатионилирования конкретных белков часто обсуждаются в литературе в контексте диабета, сердечно-сосудистых и легочных заболеваний, рака и нейродегенеративных заболеваний (Mieyal et al., 2008; Pastore, Piemonte, 2012). Обнаружение глутатиона в качестве ПТМ Bgl2p в одной из фракций этого белка – интересный факт, требующий пристального дальнейшего изучения. Bgl2р, экстрагируемый в горячую воду после удаления липидов, не содержит посттрансляционных модификаций. Пептид, содержащий С68, в этой экстракции не выявлен, что может свидетельствовать о формировании им дисульфидных связей в КС либо при экстракции. Такие различия в молекуле Bgl2р, по-видимому, свидетельствуют о различиях в её структуре и подтверждают различия в способах закрепления в КС, что выражается так же в разных способах экстракции. Анализ ПТМ и эксперименты по изучению способности к полимеризации Bgl2p всех трех полученных фракций (электронная и флуоресцентная микроскопия с антителами к Bgl2p, спектрофотометрические эксперименты со специфическими красителями Тиофлавин Т и Конго Красный) показали, что наибольшей способностью к образованию агрегатов фибриллярной структуры обладает Bgl2p, выделяемый из КС в гуанидинхлорид в условиях 1.2 М натрий-ацетатного буфера, рН 5.6 и в воде. В данных условиях Bgl2p формирует характерные сетевидные и разветвленные древоподобные структуры отчетливо детектируемые методами микроскопии. Образование этих структур сопровождается увеличением в препарате флуоресценции Тиофлавина Т. Сравнительный анализ набора закреплённых в клеточной стенке SE-белков в мутантном штамме дрожжей, лишенном белка Bgl2p и в родительском штамме (при наличии Bgl2р в КС) показал, что делеция гена BGL2 приводит к отсутствию нескольких SE-белков и снижению их числа по сравнению с КС штамма дрожжей дикого типа. Данный результат представляет большой интерес. В настоящее время мы проводим биоинформатический анализ полученных данных и подготавливаем их к публикации в высокорейтинговых журналах. В работе были использованы дрожжи Saccharomyces cerevisiae: штамм BY4742 Mat α; his3∆1; leu2∆0; lys2∆0; ura3∆0 (Invitrogen, - «дикий тип» или «wt») и штамм BY4742 с делецией гена BGL2 Mat α; his3∆1; leu2∆0; lys2∆0; ura3∆0; bgl2::URA3 (получен нами - «∆bgl2»). Дрожжи выращивали на средах YPD (1% дрожжевого экстракта, 2% пептона, 2% глюкозы), YNB(0,67% дрожжевого азотистого компонента без аминокислот; 2% глюкозы; 0,77 г/л смеси необходимых аминокислот). Клетки дрожжей, выращивали до поздней логарифмической фазы (19 ч роста), разрушали на шейкере с помощью стеклянных шариков баллотини в присутствии 5 мМ PMSF и 5 мМ ЭДТА, при охлаждении на льду. Степень разрушения клеток контролировали с помощью светового микроскопа. Полученный препарат клеточных стенок многократно промывали, осаждая центрифугированием. Весьма важные результаты были получены нами на данном этапе работы в результате исследования морфологии и культуральных свойств клеток дрожжей экспрессирующих ген NEF вируса иммунодефицита человека. Были использованы дрожжи Saccharomyces cerevisiae BY4742 (S288C) MATα his3Δ1 lys2Δ0 ura3Δ0 leu2Δ0 [URA3,dLEU2, GAL10-CYC1:NEF (плазмида pEMBL-yex4)]. Выявлены значительные отличия в скорости роста дрожжей, экспрессирующих этот ген по сравнению с родительским штаммом. Обнаружены изменения в морфологии клеток (в первую очередь увеличение размера и изменение формы почки). На основании полученных результатов подготовлены препараты белков, выделенных из клеточных стенок данных штаммов, и спланирована дальнейшая работа по анализу этих препаратов. Все результаты получены в многократных повторах и являются достоверными.
4 1 января 2019 г.-31 декабря 2019 г. Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человека
Результаты этапа: В экспериментах по воздействию BFA на доставку Bgl2p в КС с помощью PulseChase анализа было показано, что у клеток, проинкубированных с BFA (в концентрации 200 мкг/мл) через 10 минут чейза не детектируется новосинтезированный радиоактивно меченный Bgl2p, в то время как в КС клеток не подвергнутых воздействию BFA за 10 минут чейза уже успевало накопиться значительное количество новосинтезированного радиоактивно меченного Bgl2p. Через 40 минут чейза в клеточных стенках клеток, проинкубированных с BFA, нам удалось детектировать небольшое количество радиоактивно меченного Bgl2p. Таким образом, на данном этапе мы показали, что в клетках с нарушенным функционированием аппарата Гольджи доставка Bgl2p существенно замедлена, что свидетельствует о том, что аппарат Гольджи участвует в доставке этого белка в клеточную стенку дрожжей. Эти данные позволяю нам заключить, что, несмотря на амилоидные свойства,а в особенности высокую тенденцию к агрегации, белок Bgl2p использует для транспорта от рибосомы до клеточной поверхности «классический путь» проходящий через ЭР и аппарат Гольджи,который используется большинством белков клеточной поверхности. Возможно, в этих компартментах существуют условия, препятствующие амилоидообразованию белка Bgl2p и агрегации других клеточных белков. В отличие от аппарата Гольджи, специфичное нарушение работы эндосом можно вызвать нелетальными делециями генов, кодирующих белки, регулирующие эндосомо-зависимые транспортные потоки. Для данной работы были выбраны гены ARL1 и YPT6, кодирующие основные регуляторные ГТФ-азы параллельных транспортных потоков между эндосомами и транс-Гольджи. Как и в случае изучения действия BFA, на подготовительной стадии работы мы поставили перед собой задачу проверить, действительно ли нарушен транспорт через эндосомы в этих штаммах. Из литературных данных известно, что CPY транспортируется в вакуоль через эндосомы (Bowers and Stevens, 2005), и делеции генов ARL1 и YPT6 должны оказывать влияние на сортинг и доставку этого белка в вакуоль. На этом этапе работы мы убедились, что в обоих мутантных штаммах действительно нарушен транспорт через эндосомы. В процессе изучения влияния делеций генов ARL1 и YPT6 на доставку Bgl2p в клеточную стенку дрожжей мы определили, присутствует ли Bgl2p в КС штаммов arl1Δ и ypt6Δ. Поскольку если его транспорт нарушен существенно, то нельзя исключить, что изучаемый белок вообще может не достигнуть клеточной стенки. Было показано, что белок Bgl2p присутствует в составе клеточных стенок мутантных штаммов в значительном количестве, и закрепляется в КС сходным с родительским штаммом образом, а именно, присутствует в них в виде нескольких пулов, экстрагируемых в Трис, гуанидингидрохлорид и некоторые другие экстрагенты. Также с помощью МАЛДИ-масспектрометрии показано, что данный белок имеет незначительно отличающиеся от исходного варианта посттрансляционные модификации молекулы. Результаты сравнительного Pulse-chase анализа Bgl2р штамма дикого типа и arl1Δ мутанта показали, что делеция гена ARL1 не приводит к нарушению доставки Bgl2р в клеточную стенку дрожжей. Аналогичные эксперименты мы провели, сравнивая штамм дикого типа и ypt6Δ мутант. Из проведенных экспериментов мы смогли заключить, что делеция гена YPT6 как и делеция гена ARL1, кодирующие основные регуляторные ГТФ-азы транспортных потоков между эндосомами и транс-Гольджи не приводит к существенным нарушениям доставки Bgl2р в клеточную стенку дрожжей, что свидетельствует в пользу того, что эндосомы не принимают участие в транспорте Bgl2р к клеточной поверхности. Работу проводили с использованием штаммов дрожжей Saccharomyces cerevisiae: дикий тип или BY4742 (MATα leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0 his3Δ1) – Invitrogen; Δarl1 или 13304 (MATα leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0 his3Δ1 arl1::kan) – Invitrogen; Δypt6 или 15171 (MATα leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0 his3Δ1 ypt6::kan) – Invitrogen. В работе применяли методы Pulse-chase анализа, иммунопреципитации белков на протеин-G-сефарозе и метод МАЛДИ (Матрично-Активированная Лазерная Десорбция/Ионизация) LC-MS/MS (масс-спектрометического) анализа, а также методы белкового электрофореза в денатурирующих условиях, Вестерн-блот анализа с антителами к Bgl2p и метод определения активности с помощью тонкослойной хроматографии на силикагеле с использованием в качестве субстрата пента-, гекса- и гепталаминаринолигосахарида с флуоресцентной сульфородаминовой меткой на редуцирующем конце. С применением данного субстрата в отчетном периоде разработан метод выявления в КС активных форм изучаемой глюкантрансферазы. Метод позволяет определять локализацию фермента в изолированных клеточных стенках, проводится работа по модификации данного метода с целью его применения для выявления активного фермента на поверхности интактных или частично сферопластированных клеток дрожжей. С использованием данного метода показано, что в КС исследованных штаммов локализуется активная глюкантрансфераза Bgl2р. Все результаты получены в многократных повторах и являются достоверными.
5 1 января 2020 г.-31 декабря 2020 г. Пути секреции белков и формирование поверхности клеток низших эукариот и человека
Результаты этапа: У клеток всех живых организмов поверхность является многокомпонентным полифункциональным компартментом, в котором локализованы структурные компоненты, отвечающие за механическую прочность, ферменты и рецепторы. Клеточная поверхность участвует во всем комплексе взаимоотношений клетки с окружающей средой, в том числе в транспорте соединений и реакциях на стресс. Перестройками в молекулярном ансамбле клеточной поверхности сопровождаются рост, деление клетки, старение и апоптоз, а у микроорганизмов также споруляция и конъюгация. Сказанное определяет важнейшую роль клеточной поверхности в процессах реализации и передачи генетической информации. Клеточная поверхность – зона контакта патогенов с клетками высших эукариот, в том числе человека, при возникновении и развитии заболеваний. В процессе выполнения 5 этапа НИР продемонстрированы различия в способности штаммов дрожжей с делецией различных участков и целых генов амилоидных белков Bgl2p и Gas1p, расти на твердых и жидких средах. Выявлено большое значение изучаемых белков для перенесения дрожжами условий стресса (тепловой и холодовой стресс, повышенное содержание спирта в среде культивирования). Изучены условия, приводящие к фибриллизации белков в полученных из клеточных стенок препаратах. Проанализирована способность фибриллизоваться у полноразмерных белков Bgl2p и Gas1p и у белков, молекулы которых были лишены различных участков. Показано, что в наибольшей степени способностью фибриллизоваться обладает полноразмерный Bgl2p, выделенный из клеточных стенок экстракцией гуанидингидрохлоридом. Индуцирует фибриллизацию рН среды инкубации ниже 5.0 и присутствие некоторых ионов металлов. Методами молекулярного моделирования проанализирована структура потенциально амилоидогенных участков молекулы Bgl2p. Эти результаты являются основой для создания модели, демонстрирующей способ укладки этого белка на поверхности клетки дрожжей. Впервые продемонстрирована способность молекул инсулина формировать фибриллярные ассоциаты, характеризующиеся значительной представленностью бета-структур, в присутствии фрагментов клеточной поверхности дрожжей. Резкое увеличение числа случаев развития у людей и животных амилоидных и нейродегенеративных заболеваний требует уделять повышенное внимание анализу возможной̆ роли амилоидогенных белков клеточной поверхности микроорганизмов в индукции и развитии этих заболеваний для снижения риска их возникновения. На данном этапе было невозможно проводить работы, запланированные в Университете г.Росток (Германия) согласно договору о сотрудничестве в области науки и культуры № ОФ-11-1992-4, и в Университете имени Дж. Вашингтона г.Вашингтон (США) с линиями клеток человека по исследованию процессов, сопровождающих их взаимодействие с клетками и компонентами клеточной поверхности дрожжей, в том числе осложненными инфекцией ВИЧ, в связи с ограничениями из-за пандемии коронавируса. Для более масштабного и результативного проведения работ необходимо расширить круг изучаемых объектов и сформулировать тему следующего 5-летнего цикла исследований "Молекулярные основы формирования и функционирования клеточной поверхности". Помимо представленных выше результатов нами впервые получены данные по исследованию роли белков клеточной поверхности дрожжей во взаимодействии с клетками и отдельными белками высших эукариот (экспериментальные животные мыши) и выявлению степени риска возможности индукции амилоидоза, сопряженной с взаимодействием амилоидов клеточной поверхности дрожжей с белками высших эукариот; начата работа по характеристике механизма развития этого процесса, а также основанное на данном механизме прогностическое описание путей и способов снижения подобных рисков. Полученные данные готовятся к публикации в высокорейтинговом журнале. Работа за отчетный 5-летний период, была посвящена решению задач в одной из наиболее актуальных областей молекулярной биологии – изучения роли белков в формировании молекулярного ансамбля клеточной поверхности. Исследования проводились на клетках низших эукариот дрожжей. Получены результаты, направленные на установление роли белков, в том числе белков со свойствами амилоидов, в молекулярной организации и функционировании клеточной поверхности дрожжей. В исследуемой области получены приоритетные результаты, ранее не публиковавшиеся в открытой печати. Проводится исследование роли белков и некоторых других соединений, локализованных на клеточной поверхности дрожжей и клеток высших эукариот при развитии таких заболеваний как микозы и амилоидозы. Данные экспериментальной работы опубликованы в ведущих научных журналах, в том числе в изданиях категории Q1. Опубликовано 2 и подготовлено к печати несколько обзоров. Новое название темы исследований не изменяет вектора научной работы и области знания, в которой группа имеет научный приоритет, но позволяет масштабировать исследования, проводимые в актуальном фундаментальном и важном в практическом аспекте направлении – исследованиях молекулярной организации клеточной поверхности.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".