Развитие биоинформатических сервисов и баз данных на портале НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского на основе разработок новых программНИР

Источник финансирования НИР

грант РФФИ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 28 марта 2013 г.-31 декабря 2013 г. Развитие биоинформатических сервисов и баз данных на портале НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского на основе разработок новых программ
Результаты этапа: Доработаны программы ArchiP (детектор пространственных архитектур в предъявляемой на вход трехмерной структуре белка) и MotAn (детектор структурных мотивов), входящие в состав веб-сервиса ProtOn (http://mouse.belozersky.msu.ru/proton). Подготовлена к публикации статья, описывающая программу MotAn. Созданы новые тестовые наборы для оценки качества работы программ реконструкции филогении по наборам биологических последовательностей. Разработан и реализован новый алгоритм реконструкции филогении по биологическим последовательностям "PQ". Тестирование алгоритма показало его высокую эффективность. Уточнены принципы классификации пространственных структур комплексов белков с двойной спиралью ДНК. Получены предварительные результаты по описанию пи-катионных взаимодействий в структурах ДНК-белковых и РНК-белковых комплексов. Разработана компьютерная программа для сравнения микрофотографий клеток животных и человека. Программа применена для анализа разрывов ДНК в гене MLL в клетках человека.
2 12 марта 2014 г.-31 декабря 2014 г. Развитие биоинформатических сервисов и баз данных на портале НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского на основе разработок новых программ
Результаты этапа: На биоинформатическом портале НИИ ФХБ им. А.Н.Белозерского МГУ восстановлены сервисы GeneBee, не требующие поддержки локальных версий больших банков данных, а именно DotHelix для построения карты локального сходства двух биологических последовательностей, RNA2 для предсказания вторичной структуры РНК по выравниванию последовательностей и TreeTop для реконтрукции филогении набора биологических последовательностей по их выравниванию. Разработана программа YADD – алгоритмический детектор структурных доменов, содержащих бета-листы. Создана процедура классификации ДНК-белковых комплексов, основанная на выявлении структурных элементов молекул ДНК и белка, участвующих во взаимодействии. Результаты классификации интегрированы в базу структур комплексов нуклеиновых кислот с белками NPIDB. Разработаны меры сходства двух структур ДНК-белковых комплексов. Создан веб-интерфейс к новой версии программы Nhunt, включающий возможность выбора метода корректировки веса выравнивания в соответствии с нуклеотидным составом запроса.
3 18 марта 2015 г.-31 декабря 2015 г. Развитие биоинформатических сервисов и баз данных на портале НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского на основе разработок новых программ
Результаты этапа: Восстановлена функциональность сервисов GeneBee. Добавлены новые сервисы. База данных NPIDB дополнена новыми возможностями, результаты приняты к публикации. Создана программа StructAlign для выравнивания структур мультимолекулярных комплексов и веб-интерфейс к ней, описание программы опубликовано. Создана программа LCore для выявления геометрического ядра семейства структур и веб-интерфейс к ней, описание программы принято к публикации. Создана программа филогенетической реконструкции PQ и веб-интерфейс к ней. Создана программа ArchiP для детекции архитектуры белковых доменов и веб-интерфейс к ней.

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".