ИСТИНА

Шарапова Яна Александровна пользователь

кандидат биологических наук с 2021 года

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Воеводин В.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Копылов К.Е., Fesko K., Муронец В.И., Шегай М.В., Шмальгаузен Е.В., Герасева Е.П., Дробот В.В., Кирилин Е.М. показать полностью..., Тимохин И.А.

19 статей, 16 докладов на конференциях, 1 тезисы доклада, 8 НИР, 1 награда, 1 членство в научном обществе, 1 стажировка, 1 диссертация, 3 курсовые работы

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 43, Scopus: 68

IstinaResearcherID (IRID): 7898342

ResearcherID: AAL-5925-2021

ORCID: 0000-0003-1250-6570

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • 
    • 2022 Loop 422–437 in NanA from Streptococcus pneumoniae plays the role of an active site lid and is associated with allosteric regulation
    • Sharapova Yana, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computers in Biology and Medicine, издательство Pergamon Press Ltd. (United Kingdom), том 144, с. 105290 DOI
  • 
    • 2021 Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies
    • Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal, том 19, с. 1302-1311 DOI
  • • 2021 Co-designing HPC-systems by computing capabilities and management flexibility to accommodate bioinformatic workflows at different complexity levels
    • Suplatov Dmitry, Shegay Maxim, Sharapova Yana, Timokhin Ivan, Popova Nina, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas
    • в журнале Journal of Supercomputing, издательство Springer Nature (Switzerland) DOI
  • 
    • 2021 Mustguseal and Sister Web-Methods: A Practical Guide to Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
    • Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas
    • в журнале Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), издательство Humana Press, Inc. (United States), том 2231, с. 179-200 DOI
  • 
    • 2020 Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae are Capable of an Intermolecular Assembly: Implications for Biofilm Formation
    • Sharapova Yana, Svedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom) DOI
  • • 2020 Zebra2: advanced and easy-to-use web-server for bioinformatic analysis of subfamily-specific and conserved positions in diverse protein superfamilies
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Elizaveta Geraseva, Vytas Švedas
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2020 easyAmber: A comprehensive toolbox to automate the molecular dynamics simulation of proteins
    • Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 18, № 3, с. 2040011 DOI
  • 
    • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis
    • Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 46-46 DOI
  • 
    • 2019 Human p38α Mitogen-Activated Protein Kinase in the Asp168-Phe169-Gly170-in (DFG-in) state can bind allosteric inhibitor Doramapimod
    • Suplatov D.A., Kopylov K.E., Sharapova Y.A., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 37, № 8, с. 2049-2060 DOI
  • 
    • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
    • Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 276-276 DOI
  • • 2019 Yosshi: a web-server for disulfide engineering by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D.A., Timonina D.S., Sharapova Y.A., Švedas V.K.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • • 2019 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика", том 8, № 1, с. 71-88 DOI
  • 
    • 2018 Molecular Modeling of the Binding of the Allosteric Inhibitor Optactin at a New Binding Site in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae
    • Sharapova Ya A., Švedas V.K.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 73, № 5, с. 205-211 DOI
  • 
    • 2018 Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae has a modular organization of Catalytic and Lectin Domains separated by a flexible linker
    • Sharapova Yana, Suplatov Dmitry, Švedas Vytas
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 285, № 13, с. 2428-2445 DOI
  • 
    • 2018 Simulating the Long-timescale Structural Behavior of Bacterial and Influenza Neuraminidases with Different HPC Resources
    • Sharapova Yana A., Suplatov Dmitry A., Švedas Vytas K.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 3, с. 30-33 DOI
  • 
    • 2018 The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Kirill Kopylov, Vytas Švedas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 2, с. 1840005 DOI
  • • 2018 Молекулярное моделирование связывания аллостерического ингибитора оптактина в новом сайте в структуре нейраминидазы А из Streptococcus pneumoniae
    • Шарапова Я.А., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), том 59, № 5, с. 323-331

• Статьи в сборниках

  • 
    • 2019 High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Maxim Shegay, Nina Popova, Kateryna Fesko, Vladimir Voevodin, Vytas Švedas
    • в сборнике RuSCDays 2019, CCIS 1129, V. Voevodin and S. Sobolev (Eds.), место издания Springer Nature Switzerland AG 2019 Cham, Switzerland, с. 249-264 DOI
  • 
    • 2018 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва), место издания Издательство МГУ Москва, с. 705-716

• Доклады на конференциях

  • • 2020 Моделирование подвижных участков связывания лигандов в активном центре NanA из Streptococcus pneumoniae (Стендовый)
    • Автор: Шарапова Яна Александровна
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2020», Москва, Россия, 10-27 ноября 2020
  • • 2020 Easyamber: a step away from inefficient “static” approaches towards a deeper understanding of protein dynamics (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Ya, Svedas V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2020 Mustguseal: versatile bioinformatic platformfor knowledge-based protein design and modulation (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Ya, Svedas V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2019 High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies (Устный)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Maxim Shegay, Nina Popova, Kateryna Fesko, Vladimir Voevodin, Vytas Švedas
    • Russian Supercomputing Days, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
  • • 2019 Поиск нового центра связывания артокарпина в структуре NanA из Streptococcus pneumoniae с учетом конформационной пластичности белка. (Стендовый)
    • Авторы: Шарапова Я.А., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2019, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
  • • 2019 Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae: Three Different Ways to Modulate Enzyme Activity (Стендовый)
    • Авторы: Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform to explore protein superfamilies (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Elena Schmalhausen, Kateryna Fesko, Nina Popova, Vladimir Muronets, Vladimir Voevodin, Vytas Švedas
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Yosshi: the bioinformatic approach to protein disulfide engineering (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Daria Timonina
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis? (Устный)
    • Авторы: Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Поиск новых путей регуляции функциональных свойств нейраминидазы А как ключевого фермента патогенеза Streptococcus pneumoniae с использованием методов компьютерной биологии (Стендовый)
    • Автор: Шарапова Яна Александровна
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2019», Москва, Россия, 11 апреля 2019
  • • 2018 Молекулярное моделирование гомологичных нейраминидаз NanA, NanB и NanC из пневмококка выявило принципиальные различия в подвижности каталитических и лектиновых доменов в их структурах (Устный)
    • Автор: Шарапова Яна Александровна
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2018» секция «Биоинженерия и биоинформатика», Москва, Россия, 9-13 апреля 2018
  • • 2017 Allosteric inhibitor Doramapimod can bind to human p38α MAP Kinase even when the activation loop is in the DFG-in state (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Kirill Kopylov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2017 Molecular Modeling of Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae (Стендовый)
    • Авторы: Yana Sharapova, Vytas Švedas, Dmitry Suplatov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2016 Homologous Bacterial And Viral Sialidases Have Different Organization Of Their Catalytic Sites (Стендовый)
    • Авторы: Švedas V.K., Sharapova Ya A.
    • International Symposium «Systems Biology and Bioinformatics», г. Санкт-Петербург, Россия, 30 июня - 2 июля 2016

• Тезисы докладов

  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 25

• НИРы

  • • 8 января 2019 - 31 декабря 2021 Влияние конформационной пластичности участков связывания в ферментах на их функциональные свойства и способность взаимодействовать с субстратами и лигандами
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Гуранда Д.Ф., Шаповалова И.В., Шарапова Я.А., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2025 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Алешин В.А., Артюхов А.В., Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясов М.Б., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Калмыков П.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Кудрявцева С.С., Кузнеченкова Е.Ю., Курочкина Л.П., Магретова Н.Н., Мельникова А.К., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Панина (Вавилова) А.М., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Поздышев Д.В., Романов А.В., Севостьянова И.А., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Сидорова Н.Н., Соловьев В.В., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 15 августа 2018 - 31 декабря 2021 Установление взаимосвязи между структурой и функциональными свойствами белков/ферментов на основе интеллектуального анализа информационных ресурсов и разработка предсказательных алгоритмов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Воеводин В.В., Герасева Е.П., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К. Участники НИР: Воеводин В.В., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К.
  • • 12 апреля 2018 - 31 декабря 2019 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Нилов Д.К., Суплатов Д.А., Щербакова Т.А. Участники НИР: Балдин С.М., Гущина И.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Злобин А.С., Копылов К.Е., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Злобин А.С., Копылов К.Е., Медведев Д.О., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 20 февраля 2014 - 31 декабря 2016 Поиск ингибиторов изоформы А лактатдегидрогеназы в опухолевых клетках с помощью методов молекулярного моделирования и экспериментальных подходов
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Нилов Д.К. Участники НИР: Гущина И.В., Куликов А.В., Прохорова Е.А., Успенская Т.В., Шарапова Я.А.

• Награды и премии

  • • 2019 Стипендия Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова за 2018 год для молодых преподавателей и научных сотрудников, аспирантов, студентов, добившихся значительных результатов в научной, педагогической, общественной, спортивной, культурно – творческой деятельности и учебе
    • Лауреат: Шарапова Яна Александровна
    • МГУ им. М.В.Ломоносова, Россия

• Членство в научных обществах

  • • с 2019 Russian Biochemical Society
    • Россия

• Стажировки в организациях

  • • 29 июня 2013 - 29 июля 2013 Leiden University Medical Center, Нидерланды

• Диссертация

  • • 2021 Поиск новых путей регуляции функциональных свойств нейраминидазы NanА как ключевого фермента патогенеза Streptococcus pneumoniae с использованием методов компьютерной биологии
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.08 - Биоинженерия (биол. науки)
    • Автор: Шарапова Яна Александровна, к.б.н.
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете МГУ.015.10(03.04) МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Оппоненты: Шайтан К.В., Синицын А.П., Щербинин Д.С.

• Руководство курсовыми работами

  • • 2021 Молекулярное моделирование распознавания полиэтилентерефталата в активном центре бактериальной кутиназы
    • Научные руководители: Шарапова Я.А., Суплатов Д.А.
    • Автор: Чупин Глеб Александрович (Специалист)
  • • 2020 Анализ динамической структуры каталитического домена нейраминидазы А из Streptococcus pneumoniae методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А.
    • Автор: Власов Антон Викторович (Специалист)
  • • 2019 Построение и анализ множественного выравнивания бактериальных нейраминидаз
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А.
    • Автор: Власов Антон Викторович (Специалист)

---