ИСТИНА

Нилов Дмитрий Константинович пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского, Отдел биокинетики, Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений, старший научный сотрудник, с 2 июля 2007

кандидат химических наук с 2011 года

Соавторы: Швядас В.К., Лаврик О.И., Гущина И.В., Zakharenko A.L., Попов В.О., Прохорова Е.А., Куликов А.В., Shabalin I.G., Mikhailov S.N., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Dyrkheeva N., Luzina O. показать полностью..., Chilov G.G., Koval O., Antonov M., Tararov V.I., Захаренко А.Л., Григоренко Б.Л., Salakhutdinov N., Немухин А.В., Куликов А.В., Новиков Н., Попинако А.В., Тараров В.И., Хренова М.Г., Чилов Г.Г., Шабалин И.Г.

18 статей, 6 докладов на конференциях, 9 НИР, 1 патент, 1 награда, 1 диссертация, 4 дипломные работы, 1 учебный курс

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 23, Scopus: 22

IstinaResearcherID (IRID): 852963

Деятельность стиль:  обычный | ГОСТ | plain | abbrv | acm | alpha | amsalpha | amsplain | apalike | ieeetr | siam

• Статьи в журналах

  • • 2017 Structure modeling of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 and screening for its inhibitors
    • Gushchina I.V., Nilov D.K., Zakharenko A.L., Lavrik O.I., Švedas V.K.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), том 9, № 2, с. 59-66
  • • 2017 Моделирование структуры и скрининг ингибиторов тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека
    • Гущина И.В., Нилов Д.К., Захаренко А.Л., Лаврик О.И., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), том 9, № 2, с. 62-69
  • • 2016 Identification of New Structural Fragments for the Design of Lactate Dehydrogenase A Inhibitors
    • Nilov D.K., Kulikov A.V., Prokhorova E.A., Švedas V.K.
    • в журнале Acta naturae, издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 8, № 3, с. 118-122
  • 
    • 2016 Inhibition of Poly(ADP-Ribose)Polymerase by Nucleic Acid Metabolite 7-Methylguanine
    • Nilov D.K., Tararov V.I., Kulikov A.V., Zakharenko A.L., Gushchina I.V., Mikhailov S.N., Lavrik O.I., Švedas V.K.
    • в журнале Acta naturae, издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 8, № 2, с. 108-115
  • 
    • 2016 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors: usnic acid enamines enhance the cytotoxic effect of camptothecin
    • Zakharenko A., Luzina O., Koval O., Nilov D., Gushchina I., Dyrkheeva N., Švedas V., Salakhutdinov N., Lavrik O.
    • в журнале Journal of Natural Products, издательство American Chemical Society (United States), том 79, № 11, с. 2961-2967 DOI
  • • 2016 Идентификация новых структурных фрагментов для дизайна ингибиторов лактатдегидрогеназы А
    • Нилов Д.К., Куликов А.В., Прохорова Е.А., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), том 8, № 3, с. 129-133
  • • 2016 Ингибирование поли(ADP-рибозо)полимеразы метаболитом нуклеиновых кислот 7-метилгуанином
    • Нилов Д.К., Тараров В.И., Куликов А.В., Захаренко А.Л., Гущина И.В., Михайлов С.Н., Лаврик О.И., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), том 8, № 2, с. 120-128
  • 
    • 2015 Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel?
    • Popinako A., Antonov M., Nilov D., Švedas V., Popov V.
    • в журнале FEBS Journal (proceedings), том 282, № Supplement S1, с. 387-387 DOI
  • 
    • 2015 Search for Human Lactate Dehydrogenase A Inhibitors Using Structure-Based Modeling
    • Nilov DK, Prokhorova EA, Švedas VK
    • в журнале Acta naturae, издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 7, № 2, с. 57-63
  • • 2015 Поиск ингибиторов лактатдегидрогеназы A человека с использованием компьютерного моделирования
    • Нилов Д.К., Прохорова Е.А., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), том 7, № 2, с. 62-68
  • 
    • 2014 Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis Bella
    • Grigorenko Bella L., Khrenova Maria G., Nilov Dmitry K., Nemukhin Alexander V., Švedas Vytas K.
    • в журнале ACS catalysis, издательство American Chemical Society (United States), том 4, с. 2521-2529 DOI
  • 
    • 2012 Construction of a Full-Atomic Mechanistic Model of Human Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 for Virtual Screening of Novel Inhibitors
    • Khaliullin I.G., Nilov D.K., Shapovalova I.V., Svedas V.K.
    • в журнале Acta naturae, издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 4, № 2, с. 80-86
  • 
    • 2012 Molecular modeling of formate dehydrogenase: the formation of the Michaelis complex
    • Nilov Dmitry K., Shabalin Ivan G., Popov Vladimir O., Švedas Vytas K.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 30, № 2, с. 170-179 DOI
  • • 2012 Построение механистической полноатомной модели апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы человека APE1 для виртуального скрининга новых ингибиторов
    • Халиуллин И.Г., Нилов Д.К., Шаповалова И.В., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), том 4, № 2, с. 83-89
  • 
    • 2011 Improved procedure of the search for poly(ADP-Ribose) polymerase-1 potential inhibitors with the use of the molecular docking approach
    • Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Khodyreva S.N., Novikov F.N., Stroylov V.S., Nilov D.K., Chilov G.G., Svedas V.K., Lavrik O.I.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 45, № 3, с. 517-521
  • 
    • 2011 Investigation of Formate Transport through the Substrate Channel of Formate Dehydrogenase by Steered Molecular Dynamics Simulations
    • Nilov D.K., Shabalin I.G., Popov V.O., Svedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 76, № 2, с. 172-174
  • • 2011 Изучение транспорта формиата через субстратный канал формиатдегидрогеназы при помощи управляемой молекулярной динамики
    • Нилов Д.К., Шабалин И.Г., Попов В.О., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство Наука (М.), том 76, № 2, с. 211-213
  • 
    • 2011 Усовершенствованная процедура поиска потенциальных ингибиторов поли(АДФ-рибозо)-полимеразы-1 с использованием молекулярного докинга
    • Захаренко А.Л., Суханова М.В., Ходырева С.Н., Новиков Ф.Н., Стройлов В.С., Нилов Д.К., Чилов Г.Г., Швядас В.К., Лаврик О.И.
    • в журнале Молекулярная биология, том 45, № 3, с. 565-569

• Доклады на конференциях

  • • 2017 Prospects for the use of sulfonates in medicinal chemistry (Устный)
    • Авторы: Nilov D.K., Evteev S.A., Polenova A.M.
    • 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Казань, Россия, 28 сентября - 3 октября 2017
  • • 2017 How we do modulate functional properties of enzymes (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Gushchina I., Meshalkina L., Nilov D., Shmalhauzen E., Suplatov D.
    • Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation., Россия, 25-30 июня 2017
  • • 2017 Identifying new inhibitors of DNA repair enzymes (Устный)
    • Авторы: Švedas V.K., Gushchina I.V., Nilov D.K.
    • Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation., Россия, 25-30 июня 2017
  • • 2016 In silico screening for sulfonate-based inhibitors against promising anticancer targets (Устный)
    • Авторы: Nilov D.K., Gushchina I.V., Svedas V.K.
    • Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/BGRS-2016, Новосибирск, Россия, 29 августа - 2 сентября 2016
  • • 2015 Molecular model of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 for a structure-based screening for its inhibitors (Стендовый)
    • Авторы: Nilov D.K., Gushchina I.V., Zakharenko A.L., Lavrik O.I., Švedas V.K.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15), Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
  • • 2015 Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel? (Стендовый)
    • Авторы: Popinako A., Antonov M., Nilov D., Švedas V., Popov V.
    • The 40th FEBS Congress, Берлин, Германия, 4-9 июля 2015

• НИРы

  • • 10 апреля 2017 - 22 декабря 2017 Конструирование и испытание ингибиторов ферментов метаболизма ДНК и гликолиза в опухолевых клетках
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Нилов Д.К. Участники НИР: Гущина И.В., Евтеев С.А., Кирсанов К.И., Лесовая Е.А., Успенская Т.В.
  • • 14 марта 2016 - 25 декабря 2017 Исследование механизмов взаимодействия новых ингибиторов репарации ДНК с белковыми мишенями и оптимизация их структуры
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Нилов Д.К. Участники НИР: Гущина И.В., Евтеев С.А., Куликов А.В.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 12 ноября 2014 - 1 июля 2015 Разработка комплекса образовательных модулей для подготовки исследователей в области создания инновационных лекарственных препаратов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Фенюк Б.А. Участники НИР: Богатырева М.Х., Головин А.В., Зиновкина Л.А., Каленикова Е.И., Калинина Н.И., Миронов А.А., Нилов Д.К., Северин Ф.Ф., Скулачев В.П., Ставровская Е.Д., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
  • • 25 сентября 2014 - 31 декабря 2015 Разработка ингибиторов ферментов репарации ДНК в качестве прототипов лекарственных препаратов для социально значимых заболеваний
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Нилов Д.К.
  • • 20 февраля 2014 - 31 декабря 2016 Поиск ингибиторов изоформы А лактатдегидрогеназы в опухолевых клетках с помощью методов молекулярного моделирования и экспериментальных подходов
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Нилов Д.К. Участники НИР: Гущина И.В., Куликов А.В., Прохорова Е.А., Успенская Т.В., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2018 Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мисюра Н.М., Муронец В.И., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2017 Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Буник В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Загряжская А.Н., Кирилин Е.М., Ливенский А.Д., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Сергеева М.Г., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Щербакова Т.А.
  • • 7 августа 2012 - 31 декабря 2013 Поиск соединений, изменяющих амилоидогенную трансформацию белков, вызывающих нейродегенеративные заболевания, с помощью методов молекулярного моделирования и экспериментальных подходов
    • Отдел биохимии животной клетки
    • Руководитель: Стройлова Ю.Ю. Участники НИР: Иванов И.А., Куравский М.Л., Мараховская А.С., Моисеева Е.В., Нилов Д.К., Прохорова Е.А., Халиуллин И.Г., Яшина К.И.

• Патенты

  • • 2014 Средство для ингибирования фермента поли(АДФ-рибозо)полимеразы.
    • Авторы: Нилов Д.К., Швядас В.К.
    • #RU 2522915 , 20 июля

• Награды и премии

  • • 2015 Стипендия Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова для молодых преподавателей и научных сотрудников, добившихся значительных результатов в педагогической и научно-исследовательской деятельности
    • Лауреат: Нилов Д.К.
    • Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Россия

• Диссертация

  • • 2011 Молекулярное моделирование взаимодействия фермента с субстратами и ингибиторами на примере формиатдегидрогеназы и поли(ADP-рибозо)-полимеразы
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.04 - Биохимия (хим. науки)
    • Автор: Нилов Дмитрий Константинович, к.х.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете Д 501.001.59 при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет

• Руководство дипломными работами

  • • 2015 Поиск новых ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа и характеристика участков их связывания
    • Научные руководители: Нилов Д.К., Швядас В.К.
    • Автор: Шарапова Я.А. (Специалист)
  • • 2015 Поиск ингибиторов ферментов репарации ДНК с использованием методов молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Швядас В.К., Нилов Д.К.
    • Автор: Гущина И.В. (Специалист)
  • • 2013 Разработка новых ингибиторов поли(АДФ-рибозо)-полимеразы человека с использованием компьютерного скрининга
    • Научные руководители: Нилов Д.К., Швядас В.К.
    • Автор: Яшина К.И. (Специалист)
  • • 2011 Модификация силового поля Amber для исследования структуры и свойств пенициллинацилазы
    • Научные руководители: Нилов Д.К., Швядас В.К.
    • Автор: Гурьянова Н.Н. (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2014 Механизмы ферментативных реакций
    • Авторы: Швядас В.К., Буник В.И., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Халиуллин И.Г.