Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
отправить сообщение
Нилов Дмитрий Константинович
пользователь
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский вычислительный центр
, младший научный сотрудник, с 1 апреля 2021
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
,
Отдел биокинетики
,
Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений
, ведущий научный сотрудник, с 6 марта 2023
кандидат химических наук с 2011 года
Прежние места работы
(Нажмите для отображения)
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
,
Отдел биокинетики
, старший научный сотрудник, 2 июля 2007 - 5 марта 2023
Соавторы:
Швядас В.К.
,
Гущина И.В.
,
Лаврик О.И.
,
Захаренко А.Л.
,
Поленова А.М.
,
Щербакова Т.А.
,
Малюченко Н.В.
,
Пушкарев С.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Евтеев С.А.
,
Кирсанов К.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
показать полностью...
,
Студитский В.М.
,
Феофанов А.В.
,
Попов В.О.
,
Балдин С.М.
,
Манасарян Г.А.
,
Прохорова Е.А.
,
Саулина А.А.
,
Шаповалова И.В.
,
Шрам С.И.
,
Абрамова Т.В.
,
Куликов А.В.
,
Фетисов Т.И.
,
Шаниязова Э.В.
,
Luzina O.
,
Salakhutdinov N.
,
Shabalin I.G.
,
Silnikov V.N.
,
Антошина Е.Е.
,
Винник В.А.
,
Дырхеева Н.С.
,
Животовский Б.Д.
,
Замараев А.В.
,
Копеина Г.С.
,
Кошкина Д.О.
,
Мальцева Е.А.
,
Михайлов С.Н.
,
Попинако А.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Суханова М.В.
,
Халиуллин И.Г.
,
Яшина К.И.
,
Akhtar M.S.
,
Antonov M.
,
Azimirad A.
,
Baradieva E.C.
,
Belitsky G.A.
,
Chilov G.G.
,
Filimonov A.
,
Khitrovo I.
,
Khrustalev V.
,
Khrustaleva T.
,
Koval O.
,
Kuprushkin M.
,
Langelier M.
,
Makarov V.A.
,
Nikolaeva A.
,
Pascal J.M.
,
Salakhutdinov N.F.
,
Schmidtke M.
,
Shumkov M.
,
Smirnovskaya M.S.
,
Tararov V.I.
,
Trukhanova L.
,
Абрамова Т.В.
,
Алексеева А.А.
,
Барадиева Э.Ц.
,
Бойко К.М.
,
Власова О.А.
,
Волик П.И.
,
Гераськина О.В.
,
Горбунова А.С.
,
Горькова Т.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Диброва Д.В.
,
Дробот В.В.
,
Егоршина А.Ю.
,
Ефремова А.С.
,
Ефремова А.С.
,
Захарова О.
,
Ильина Е.С.
,
Кирпичников М.П.
,
Коровина А.Н.
,
Котова Е.Ю.
,
Куимов А.Н.
,
Куликов А.В.
,
Кульбачевская Н.Ю.
,
Лесовая Е.А.
,
Немухин А.В.
,
Новиков Н.
,
Поройков В.В.
,
Поройков В.В.
,
Смирновская М.С.
,
Тараров В.И.
,
Тишков В.И.
,
Ходырева С.Н.
,
Хренова М.Г.
,
Чилов Г.Г.
,
Шабалин И.Г.
,
Юрченко Т.С.
,
Якубовская М.Г.
,
Яровенко С.Ю.
51 статья
,
38 докладов на конференциях
,
9 тезисов докладов
,
19 НИР
,
4 патента
,
1 награда
,
1 членство в научном обществе
,
1 членство в редколлегии журнала
,
2 диссертации
,
10 дипломных работ
,
19 курсовых работ
,
1 учебный курс
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 282, Scopus: 172
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 852963
ResearcherID:
F-3754-2017
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Natural guanine derivatives exert PARP-inhibitory and cytoprotective effects in a model of cardiomyocyte damage under oxidative stress
Shram S.I.
,
Shcherbakova T.A.
,
Abramova T.V.
,
Baradieva E.C.
,
Efremova A.S.
,
Smirnovskaya M.S.
,
Silnikov V.N.
,
Svedas V.K.
,
Nilov D.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 88, № 6, с. 783-791
DOI
2023
Search for inhibitors of Mycobacterium tuberculosis transketolase in a series of sulfo-substituted compounds
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Shcherbakova T.A.
,
Baldin S.M.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 15, № 2, с. 81-83
DOI
2023
Поиск ингибиторов транскетолазы из Mycobacterium tuberculosis в ряду сульфозамещенных соединений
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Щербакова Т.А.
,
Балдин С.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 15, № 2, с. 81-83
DOI
2023
Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе
Шрам С.И.
,
Щербакова Т.А.
,
Абрамова Т.В.
,
Барадиева Э.Ц.
,
Ефремова А.С.
,
Смирновская М.С.
,
Сильников В.Н.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 88, № 6, с. 962-972
DOI
2022
Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches
Nilov D.K.
,
Zamaraev A.V.
,
Zhivotovsky B.
,
Kopeina G.S.
в журнале
Journal of visualized experiments : JoVE
, издательство
MYJoVE Corporation
(United States)
DOI
2022
Inhibitory effects of 7-methylguanine and Its metabolite 8-hydroxy-7-methylguanine on human poly(ADP-ribose) polymerase 1
Kurgina T.A.
,
Shram S.I.
,
Kutuzov M.M.
,
Abramova T.V.
,
Shcherbakova T.A.
,
Maltseva E.A.
,
Poroikov V.V.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 87, № 8, с. 823-831
DOI
2022
Isolation and biochemical characterization of recombinant transketolase from Mycobacterium tuberculosis
Shcherbakova T.A.
,
Baldin S.M.
,
Shumkov M.S.
,
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 14, № 2, с. 93-97
DOI
2022
Modeling the Structure of Human tRNA-Guanine Transglycosylase in Complex with 7-Methylguanine and Revealing the Factors that Determine the Enzyme Interaction with Inhibitors
Pushkarev Sergey V.
,
Vinnik Valeriia A.
,
Shapovalova Irina V.
,
Švedas Vytas K.
,
Nilov Dmitry K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 87, № 5, с. 443-449
DOI
2022
Search for ligands complementary to the 430-cavity of influenza virus neuraminidase by virtual screening
Nilov D.K.
,
Schmidtke M.
,
Makarov V.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 79-83
DOI
2022
The role of Tyr102 residue in the functioning of bacterial NAD+-dependent formate dehydrogenase of Pseudomonas sp. 101
Popinako A.V.
,
Pometun A.A.
,
Nilov D.K.
,
Dibrova D.V.
,
Khrustalev V.V.
,
Khrustaleva T.A.
,
Iurchenko T.S.
,
Nikolaeva A.Yu
,
Švedas V.K.
,
Boyko K.M.
,
Tishkov V.I.
,
Popov V.O.
в журнале
Biochemical and Biophysical Research Communications
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 616, с. 134-139
DOI
2022
Toxicological properties of 7-methylguanine, and preliminary data on its anticancer activity
Kirsanov K.
,
Fetisov T.
,
Antoshina E.
,
Trukhanova L.
,
Gor’kova T.
,
Vlasova O.
,
Khitrovo I.
,
Lesovaya E.
,
Kulbachevskaya N.
,
Shcherbakova T.
,
Belitsky G.
,
Yakubovskaya M.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
Frontiers in pharmacology
, издательство
Frontiers Media]
([Lausanne, Switzerland)
DOI
2022
Выделение и биохимическая характеристика рекомбинантной транскетолазы Mycobacterium tuberculosis
Щербакова Т.А.
,
Балдин С.М.
, Шумков М.С.,
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 14, № 2, с. 93-97
DOI
2022
Ингибиторное действие 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека
Кургина Т.А.
,
Шрам С.И.
,
Кутузов М.М.
,
Абрамова Т.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Мальцева Е.А.
,
Поройков В.В.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 87, № 6, с. 792-801
DOI
2022
Моделирование структуры комплекса тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека с 7-метилгуанином и выявление факторов, определяющих взаимодействие фермента с ингибиторами
Пушкарев С.В.
,
Винник В.A.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 87, № 4, с. 550-557
DOI
2021
Bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase: molecular design of a sulfonamide linker
Evteev S.
,
Nilov D.
,
Polenova A.
,
Švedas V.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 22, № 23, с. 1-12
DOI
2021
Bioinformatic analysis of the nicotinamide binding site in poly(ADP-ribose) polymerase family proteins
Manasaryan G.
,
Suplatov D.
,
Pushkarev S.
,
Drobot V.
,
Kuimov A.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
Cancers
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 13, № 6
DOI
2021
Design, synthesis, and molecular docking study of new tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors combining resin acids and adamantane moieties
Kovaleva K., Yarovaya O., Ponomarev K., Cheresiz S.,
Azimirad A.
, Chernyshova I., Zakharenko A., Konev V., Khlebnikova T., Mozhaytsev E., Suslov E.,
Nilov D.
,
Švedas V.
, Pokrovsky A.,
Lavrik O.
,
Salakhutdinov N.
в журнале
Pharmaceuticals
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 14, № 5, с. 422-422
DOI
2021
Mechanisms of Nucleosome Reorganization by PARP1
Maluchenko Natalya V.
,
Nilov Dmitry K.
,
Pushkarev Sergey V.
,
Kotova Elena Y.
,
Gerasimova Nadezhda S.
,
Kirpichnikov Mikhail P.
,
Langelier Marie-France
,
Pascal John M.
,
Akhtar Md Sohail
,
Feofanov Alexey V.
,
Studitsky Vasily M.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 22, № 22
DOI
2020
Modeling of the enzyme-substrate complexes of human poly(ADP-ribose) polymerase 1
Nilov D.K.
,
Pushkarev S.V.
,
Gushchina I.V.
,
Manasaryan G.A.
,
Kirsanov K.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, с. 99-107
DOI
2020
Molecular mechanisms of PARP-1 inhibitor 7-methylguanine
Nilov D.
,
Maluchenko N.
,
Kurgina T.
,
Pushkarev S.
,
Lys A.
,
Kutuzov M.
,
Gerasimova N.
,
Feofanov A.
,
Švedas V.
,
Lavrik O.
,
Studitsky V.M.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 21, № 6, с. E2159-E2159
DOI
2020
Requirement for Serine-384 in Caspase-2 processing and activity
Zamaraev Alexey V.
,
Volik Pavel I.
,
Nilov Dmitry K.
, Turkina Maria V.,
Egorshina Aleksandra Yu
,
Gorbunova Anna S.
,
Iarovenko Svetlana Iu
,
Zhivotovsky Boris
,
Kopeina Gelina S.
в журнале
Cell death & disease
, издательство
Nature Pub. Group
(United Kingdom)
, том 11, № 10
DOI
2020
vsFilt: A Tool to Improve Virtual Screening by Structural Filtration of Docking Poses
Gushchina Irina
,
Polenova Aleksandra
,
Suplatov Dmitry
,
Švedas Vytas
,
Nilov Dmitry
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2020
Моделирование фермент-субстратных комплексов поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 человека
Нилов Д.К.
,
Пушкарев С.В.
,
Гущина И.В.
,
Манасарян Г.А.
,
Кирсанов К.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 1, с. 116-125
DOI
2019
7-Methylguanine Traps PARP-1 on Nucleosomes: spFRET Microscopy Study
Maluchenko Natalya
,
Nilov Dmitry
,
Feofanov Alexey
,
Lys Alexandra
,
Kutuzov Mikhail
,
Gerasimova Nadezhda
,
Studitsky Vasily
в журнале
Microscopy and Microanalysis
, издательство
Cambridge University Press
(United Kingdom)
, том 25, № S2, с. 1282-1283
DOI
2019
Inhibitory Effect of New Semisynthetic Usnic Acid Derivatives on Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1
Dyrkheeva N.
,
Luzina O.
,
Filimonov A.
,
Zakharova O.
,
Ilina E.
,
Zakharenko A.
,
Kuprushkin M.
,
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Salakhutdinov N.
,
Lavrik O.
в журнале
Planta Medica
, издательство
Georg Thieme Verlag
(Germany)
, том 85, № 2, с. 103-111
DOI
2019
Биоинформатический анализ участка связывания ингибиторов в белках семейства поли(АДФ-рибоза)полимераз
Манасарян Г.А.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Успехи молекулярной онкологии
, издательство
АБВ-пресс
(М.)
, том 6, № 4 Приложение, с. 154-155
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, с. 243-243
2019
Компьютерный скрининг ингибиторов лактатдегидрогеназы A с применением структурной фильтрации
Смолкина Э.В.
,
Поленова А.М.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Успехи молекулярной онкологии
, издательство
АБВ-пресс
(М.)
, том 6, с. 161-161
2018
2,5-Diketopiperazines: a new class of poly(ADP-ribose)polymerase Inhibitors
Nilov D.K.
,
Yashina K.I.
,
Gushchina I.V.
,
Zakharenko A.L.
,
Sukhanova M.V.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 83, № 2, с. 152-158
DOI
2018
2,5-Дикетопиперазины: новый класс ингибиторов поли(ADP-рибозо)полимеразы
Нилов Д.К.
,
Яшина К.И.
,
Гущина И.В.
,
Захаренко А.Л.
,
Суханова М.В.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 83, № 2, с. 251-258
2018
7-Methylguanine: a natural DNA repair inhibitor and a promising anticancer compound
Nilov D.
,
Kirsanov K.
,
Antoshina E.
,
Maluchenko N.
,
Feofanov A.
,
Kurgina T.
,
Zakharenko A.
,
Khodyreva S.
,
Gerasimova N.
,
Studitsky V.
,
Lavrik O.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 8, № Supplement S1, с. 271-272
DOI
2018
Selection of bifunctional tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors by molecular modeling
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 8, № Supplement S1, с. 455-455
DOI
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
Evteev SA
,
Polenova AM
,
Nilov DK
,
Švedas VK
в журнале
Journal of Bioenergetics and Biomembranes
, издательство
Springer/Plenum Publishers
(New York, USA)
, с. 73
DOI
2017
Structure modeling of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 and screening for its inhibitors
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Zakharenko A.L.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 9, № 2, с. 59-66
2017
Моделирование структуры и скрининг ингибиторов тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Захаренко А.Л.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 9, № 2, с. 62-69
2016
Identification of New Structural Fragments for the Design of Lactate Dehydrogenase A Inhibitors
Nilov D.K.
,
Kulikov A.V.
,
Prokhorova E.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 8, № 3, с. 118-122
2016
Inhibition of Poly(ADP-Ribose)Polymerase by Nucleic Acid Metabolite 7-Methylguanine
Nilov D.K.
,
Tararov V.I.
,
Kulikov A.V.
,
Zakharenko A.L.
,
Gushchina I.V.
,
Mikhailov S.N.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 8, № 2, с. 108-115
2016
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors: usnic acid enamines enhance the cytotoxic effect of camptothecin
Zakharenko A.
,
Luzina O.
,
Koval O.
,
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Dyrkheeva N.
,
Švedas V.
,
Salakhutdinov N.
,
Lavrik O.
в журнале
Journal of Natural Products
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 79, № 11, с. 2961-2967
DOI
2016
Идентификация новых структурных фрагментов для дизайна ингибиторов лактатдегидрогеназы А
Нилов Д.К.
,
Куликов А.В.
,
Прохорова Е.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 8, № 3, с. 129-133
2016
Ингибирование поли(ADP-рибозо)полимеразы метаболитом нуклеиновых кислот 7-метилгуанином
Нилов Д.К.
,
Тараров В.И.
,
Куликов А.В.
,
Захаренко А.Л.
,
Гущина И.В.
,
Михайлов С.Н.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 8, № 2, с. 120-128
2015
Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel?
Popinako A.
,
Antonov M.
,
Nilov D.
,
Švedas V.
,
Popov V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, № Supplement S1, с. 387-387
DOI
2015
Search for Human Lactate Dehydrogenase A Inhibitors Using Structure-Based Modeling
Nilov DK
,
Prokhorova EA
,
Švedas VK
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 7, № 2, с. 57-63
2015
Поиск ингибиторов лактатдегидрогеназы A человека с использованием компьютерного моделирования
Нилов Д.К.
,
Прохорова Е.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 7, № 2, с. 62-68
2014
Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis Bella
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Nilov Dmitry K.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, с. 2521-2529
DOI
2012
Construction of a Full-Atomic Mechanistic Model of Human Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 for Virtual Screening of Novel Inhibitors
Khaliullin I.G.
,
Nilov D.K.
,
Shapovalova I.V.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 4, № 2, с. 80-86
2012
Molecular modeling of formate dehydrogenase: the formation of the Michaelis complex
Nilov Dmitry K.
,
Shabalin Ivan G.
,
Popov Vladimir O.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 30, № 2, с. 170-179
DOI
2012
Построение механистической полноатомной модели апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы человека APE1 для виртуального скрининга новых ингибиторов
Халиуллин И.Г.
,
Нилов Д.К.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 4, № 2, с. 83-89
2011
Improved procedure of the search for poly(ADP-Ribose) polymerase-1 potential inhibitors with the use of the molecular docking approach
Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Khodyreva S.N., Novikov F.N., Stroylov V.S.,
Nilov D.K.
,
Chilov G.G.
,
Svedas V.K.
,
Lavrik O.I.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 45, № 3, с. 517-521
2011
Investigation of Formate Transport through the Substrate Channel of Formate Dehydrogenase by Steered Molecular Dynamics Simulations
Nilov D.K.
,
Shabalin I.G.
,
Popov V.O.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 76, № 2, с. 172-174
2011
Изучение транспорта формиата через субстратный канал формиатдегидрогеназы при помощи управляемой молекулярной динамики
Нилов Д.К.
,
Шабалин И.Г.
,
Попов В.О.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 76, № 2, с. 211-213
2011
Усовершенствованная процедура поиска потенциальных ингибиторов поли(АДФ-рибозо)-полимеразы-1 с использованием молекулярного докинга
Захаренко А.Л., Суханова М.В., Ходырева С.Н.,
Новиков Ф.Н.
, Стройлов В.С.,
Нилов Д.К.
,
Чилов Г.Г.
,
Швядас В.К.
,
Лаврик О.И.
в журнале
Молекулярная биология
, том 45, № 3, с. 565-569
Доклады на конференциях
2023
РАЗВИТИЕ ХЕМОЭНЗИМАТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ: БЕТА-ЛАКТАМНЫЕ ТИОАМИДИНЫ
(Стендовый)
Авторы:
Панин Н.В.
,
Тюрин Е.С.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
Разработка противоопухолевого препарата на основе производных 7-метилгуанина
(Устный)
Автор:
Нилов Д.К.
VIII Междисциплинарная конференция Молекулярные и биологические аспекты химии, фармацевтики и фармакологии МОБИ-ХимФарма 2023
, Санкт-Петербург, Россия, 24-27 апреля 2023
2022
Дизайн селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и компьютерного моделирования
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Кирилин Е.М.
5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021
, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
2022
Ингибиторные и противоопухолевые свойства 7-метилгуанина
(Устный)
Автор:
Нилов Д.К.
5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021
, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
2022
МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ 7-МЕТИЛГУАНИНА С ТРНК-ГУАНИНТРАНСГЛИКОЗИЛАЗОЙ
(Стендовый)
Авторы:
Винник В.А.
,
Пушкарев С.В.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021
, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
2021
vsFilt: a new tool for structural filtration and virtual screening
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Suplatov D.A.
,
Švedas V.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
2021
Изучение ингибиторного действия 7-метилгуанина на активность поли(АДФ-рибоза)-полимераз в кардиомиобластах крысы Н9с2
(Стендовый)
Авторы:
Смирновская М.С.
,
Пушкарев С.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Шрам С.И.
,
Нилов Д.К.
XXVIII Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов 2021"
, МГУ им. М.В. Ломоносова, Москва, Россия, 12-23 апреля 2021
2021
vsFilt – новый инструмент структурной фильтрации для виртуального скрининга
(Устный)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Смолкина Э.В.
,
Гущина И.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2020
Bioinformatic analysis of PARP family: can we design selective inhibitors of distinct PARP proteins?
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.
,
Manasaryan G.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
The PARP Family and ADP-ribosylation
, New York, США, 9-11 декабря 2020
2020
vsFilt: новый инструмент структурной фильтрации для виртуального скрининга
(Приглашенный)
Автор:
Нилов Д.К.
Школа молодых ученых HTSDD-2020
, Москва, Россия, 1-2 декабря 2020
2020
ИНГИБИТОРЫ ПОЛИ-АДФ-РИБОЗО-ПОЛИМЕРАЗЫ-1 И ИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ С НУКЛЕОСОМАМИ
(Устный)
Авторы:
Малюченко Н.В.
,
Нилов Д.К.
,
Кошкина Д.О.
,
Лыс А.А.
,
Студитский В.М.
,
Феофанов А.В.
VI Междисциплинарная конференция "Молекулярные и биологические аспекты химии, фармацевтики и фармакологии" МОБИ-ХИМФАРМА 2020
, Нижний Новгород, Россия, 27-30 сентября 2020
2020
Комплексное исследование природного ингибитора ПАРП 7-метилгуанина
(Устный)
Автор:
Нилов Д.К.
VI Междисциплинарная конференция "Молекулярные и биологические аспекты химии, фармацевтики и фармакологии" МОБИ-ХИМФАРМА 2020
, Нижний Новгород, Россия, 27-30 сентября 2020
2020
СОЗДАНИЕ МОДЕЛЕЙ ПОЛИ(АДФ-РИБОЗО)ПОЛИМЕРАЗЫ 1 ДЛЯ РАЦИОНАЛЬНОГО ДИЗАЙНА ИНГИБИТОРОВ
(Стендовый)
Авторы:
Пушкарев С.В.
,
Нилов Д.К.
VI Междисциплинарная конференция "Молекулярные и биологические аспекты химии, фармацевтики и фармакологии" МОБИ-ХИМФАРМА 2020
, Нижний Новгород, Россия, 27-30 сентября 2020
2020
Computer-aided screening of the LDH inhibitors via structural filtration
(Стендовый)
Авторы:
Smolkina E.V.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
BIOINFORMATICS: FROM ALGORITHMS TO APPLICATIONS (BiATA'20)
, Санкт-Петербург, Россия, 27-28 июля 2020
2020
Разработка методов дизайна селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Балдин С.М.
,
Гущина И.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство»
, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
2020
Структурная характеристика участка связывания ингибиторов в белках семейства поли(АДФ-рибоза)-полимераз
(Устный)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Манасарян Г.А.
,
Швядас В.К.
XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство»
, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
2020
Computer screening for LDH inhibitors with the use of structural filtration
(Стендовый)
Авторы:
Smolkina E.V.
,
Polenova AM
,
Nilov D.K.
5th Advanced in silico Drug Design workshop/challenge
, Оломоуц, Чехия, 3-7 февраля 2020
2019
Биоинформатический анализ участка связывания ингибиторов в белках семейства поли(АДФ-рибоза)полимераз
(Стендовый)
Авторы:
Манасарян Г.А.
,
Нилов Д.К.
V Всероссийская конференция по молекулярной онкологии
, Москва, Россия, 16-23 декабря 2019
2019
Компьютерный скрининг ингибиторов лактатдегидрогеназы A с применением структурной фильтрации
(Стендовый)
Авторы:
Смолкина Э.В.
,
Поленова А.М.
,
Нилов Д.К.
V Всероссийская конференция по молекулярной онкологии
, Москва, Россия, 16-23 декабря 2019
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
(Стендовый)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»
, Дагомыс, Россия, 1-6 октября 2019
2019
СТРУКТУРНО-ОПОСРЕДОВАННЫЙ ПОИСК ИНГИБИТОРОВ ОТКРЫТОЙ КОНФОРМАЦИИ ЛАКТАТДЕГИДРОГЕНАЗЫ ЧЕЛОВЕКА
(Стендовый)
Авторы:
Смолкина Э.В.
,
Нилов Д.К.
VI СЪЕЗД БИОФИЗИКОВ РОССИИ (Сочи, 2019)
, г. Сочи, Россия, 15-21 сентября 2019
2019
7-Methylguanine traps PARP-1 on nucleosomes: spFRET microscopy study
(Стендовый)
Авторы:
Maluchenko N.
,
Nilov D.
,
Feofanov A.
,
Lys A.
,
Kutuzov M.
,
Gerasimova N.
,
Studitsky V.
Microscopy & Microanalysis 2019
, Портленд, США, 4-8 августа 2019
2019
Identification of new sulfonated inhibitors of human lactate dehydrogenase A through virtual screening and structural filtration
(Стендовый)
Авторы:
Polenova A.M.
,
Gushchina I.V.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Searching for inhibitors against the open conformation of human lactate dehydrogenase A
(Стендовый)
Авторы:
Smolkina EV
,
Nilov DK
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Rational design of novel tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors as promising antitumor agents
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
,
Gushchina I.V.
4th Russian Conference on Medicinal Chemistry MedChem Russia 2019
, Екатеринбург, Россия, 10-14 июня 2019
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
(Стендовый)
Авторы:
Švedas V.K.
,
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
Biomembranes 2018
, Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Рациональный дизайн сульфозамещённых противоопухолевых ингибиторов
(Устный)
Авторы:
Евтеев С.А.
,
Поленова А.М.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
,
Гущина И.В.
IV Междисциплинарный симпозиум по медицинской, органической, биологической химии и фармацевтике МОБИ-ХимФарма2018
, Новый Свет, Крым, Россия, 23-26 сентября 2018
2018
First selective inhibitors of transketolase from Mycobacterium tuberculosis targeted towards both the pyrophosphate binding site and an adjacent hydrophobic site
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Meshalkina L.
,
Shcherbakova T.
Chemical Biology 2018
, Хайдельберг, Германия, 29 августа - 1 сентября 2018
2018
7-Methylguanine: a natural DNA repair inhibitor and a promising anticancer compound
(Стендовый)
Авторы:
Antoshina E.
,
Maluchenko N.
,
Nilov D.
,
Kirsanov K.
,
Feofanov A.
,
Švedas V.
,
Zakharenko A.
,
Khodyreva S.
,
Gerasimova N.
,
Studitsky V.
,
Lavrik O.
,
Kurgina T.
The 43th FEBS Congress
, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
2018
Selection of bifunctional tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors by molecular modeling
(Стендовый)
Авторы:
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
The 43th FEBS Congress
, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
2018
Sulfonamide-based linkers provide opportunities for the design of bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase
(Стендовый)
Авторы:
Evteev S.A.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
25th International Student Congress Of (bio)Medical Sciences (ISCOMS 2018)
, Groningen, Нидерланды, 4-8 июня 2018
2018
ПОИСК СЕЛЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ФЕРМЕНТОВ ПАТОГЕНОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ БИОИНФОРМАТИКИ И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
(Устный)
Авторы:
Щербакова Т.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
Гущина И.В.
,
Балдин С.М.
,
Нилов Д.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018)
, Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
2017
Prospects for the use of sulfonates in medicinal chemistry
(Устный)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry/3-я Российская конференция по медицинской химии
, Казань, Россия, 28 сентября - 3 ноября 2017
2017
How we do modulate functional properties of enzymes
(Устный)
Авторы:
Švedas V.
,
Gushchina I.
,
Meshalkina L.
,
Nilov D.
,
Shmalhauzen E.
,
Suplatov D.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Identifying new inhibitors of DNA repair enzymes
(Устный)
Авторы:
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2016
In silico screening for sulfonate-based inhibitors against promising anticancer targets
(Устный)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Svedas V.K.
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/BGRS-2016
, Новосибирск, Россия, 29 августа - 2 сентября 2016
2015
Molecular model of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 for a structure-based screening for its inhibitors
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Švedas V.K.
,
Lavrik O.I.
,
Zakharenko A.L.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)
, Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
2015
Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel?
(Стендовый)
Авторы:
Popinako A.
,
Antonov M.
,
Nilov D.
,
Švedas V.
,
Popov V.
The 40th FEBS Congress
, Берлин, Германия, 4-9 июля 2015
Тезисы докладов
2022
Nucleosome reorganization by PARP-1
Maluchenko N.V.
,
Nilov D.K.
,
Koshkina D.O.
,
Lys A.A.
,
Geraskina O.
,
Korovina A.N.
,
Feofanov A.V.
,
Studitsly V.
в сборнике
BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/systems biology (BGRS/SB-2022) The Thirteenth International Multiconference Abstracts
, место издания
Institute of Cytology and Genetics, the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences Novosibirsk: ICG SB RAS
, тезисы, с. 1005
DOI
2020
Computer screening for LDH inhibitors with the use of structural filtration
Smolkina E.V.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
в сборнике
материалы XI Международной научной конференции, приуроченной к 60-летию РУДН
, место издания
Типография РУДН Москва
, тезисы, с. S01-N07
2020
Computer-aided screening of the LDHA isoform inhibitors with the use of structural filtration
Smolkina E.V.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
в сборнике
Bioinformatics Research and Applications
, место издания
Институт Биоинформатики Санкт-Петербург
, тезисы, с. 75-75
2020
ИНГИБИТОРЫ ПОЛИ-АДФ-РИБОЗО-ПОЛИМЕРАЗЫ-1 И ИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ С НУКЛЕОСОМАМИ
Малюченко Н.В.
,
Нилов Д.К.
,
Кошкина Д.О.
,
Лыс А.А.
,
Студитский В.М.
,
Феофанов А.В.
в сборнике
Сборник тезисов докладов Шестой Междисциплинарной конференции «Молекулярные и Биологические аспекты Химии, Фармацевтики и Фармакологии»
, серия
МОБИ-ХимФарма
, издательство
Общество с ограниченной ответственностью Издательство Перо
(Москва)
, том 1, тезисы, с. 68-68
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
в сборнике
ACTA NATURAE
, серия
СПЕЦВЫПУСК Научные Труды II Объединенного научного форума (VI Съезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России, IX Российский симпозиум "Белки и пептиды")
, место издания
Перо Москва
, том 2, тезисы, с. 243-243
2018
Sulfonamide-based linkers provide opportunities for the design of bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase
Evteev S.A.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
в сборнике
Book of Abstracts ISCOMS 2018
, место издания
Groningen, the Netherlands
, тезисы, с. 567-567
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
в сборнике
BIOMEMBRANES 2018. Book of Abstracts
, место издания
MIPT Dolgoprudny
, тезисы, с. 206
2018
Рациональный дизайн сульфозамещённых противоопухолевых ингибиторов
Евтеев С.А.
,
Поленова А.М.
,
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Сборник тезисов докладов Четвёртого Междисциплинарного Симпозиума по Медицинской, Органической и Биологической Химии и Фармацевтике
, серия
МОБИ-ХимФарма
, издательство
Общество с ограниченной ответственностью Издательство Перо
(Москва)
, том 1, тезисы, с. 25
редактор
Кудрявцев Константин Викторович
2017
Prospects for the use of sulfonates in medicinal chemistry
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
в сборнике
3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry. Abstract book
, место издания
Kazan
, тезисы, с. 31
НИРы
27 июня 2023 - 1 декабря 2025
Поиск и изучение новых ингибиторов PARP на основе природных азотистых оснований, как потенциальных лекарственных соединений
Отдел биокинетики
Руководители:
Коровина А.Н.
,
Нилов Д.К.
Ответственный исполнитель:
Щербакова Т.А.
Участники НИР:
Кошкина Д.О.
,
Лобанова А.А.
,
Малинина Д.К.
,
Панин Н.В.
4 августа 2022 - 30 июня 2024
Противоопухолевые свойства метаболитов нуклеиновых кислот, подавляющих активность поли(ADP-рибозо)полимераз
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Нилов Д.К.
Ответственный исполнитель:
Фетисов Т.И.
Участники НИР:
Абрамова Т.В.
,
Матюхин А.А.
,
Панин Н.В.
,
Пушкарев С.В.
,
Шрам П.С.
,
Якубовская М.Г.
17 марта 2021 - 31 декабря 2024
Разработка и реализация принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта: от микромира, до живых организмов и Земной системы
4.07.Лаборатория информатики
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Антонов А.С.
,
Воеводин В.В.
,
Кирилин Е.М.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Богомолов В.Ю.
,
Бычкова В.И.
,
Варенцов А.И.
,
Воеводин В.В.
,
Волков Е.В.
,
Гащук Е.М.
,
Дебольский А.В.
,
Добров Б.В.
,
Дробот В.В.
,
Жуматий С.А.
,
Игнатенко А.П.
,
Кирилин Е.М.
,
Коннов С.И.
,
Копылов К.Е.
,
Лукашевич Н.В.
,
Лыкосов В.Н.
,
Медведев А.И.
,
Молокоедов В.С.
,
Мортиков Е.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Поддъяков И.Д.
,
Подшивалов Д.Д.
,
Полюхов А.А.
,
Попов С.М.
,
Пушкарев С.В.
,
Рубцова Ю.В.
,
Серов В.А.
,
Сидоров И.Ю.
,
Смирнов А.В.
,
Смирнов В.А.
,
Степаненко В.М.
,
Стефанов К.С.
,
Тихомиров М.М.
,
Чернышев Д.И.
,
Чернышев Р.В.
,
Чухарев Ф.С.
,
Шайхисламов Д.И.
,
Шоков В.Н.
,
Щербакова Т.А.
,
Яковлев Р.В.
1 января 2021 - 31 декабря 2025
Разработка программных средств поддержки жизненного цикла и обеспечения эффективности суперкомпьютерных приложений, систем и центров
4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
Руководитель:
Воеводин В.В.
Ответственные исполнители:
Антонов А.С.
,
Воеводин В.В.
,
Соболев С.И.
Участники НИР:
Антонова А.П.
,
Афанасьев И.В.
,
Балдин С.М.
,
Винокуров В.И.
,
Винокуров В.И.
,
Гамаюнова Т.С.
,
Герасимова А.А.
,
Домрачева Д.А.
,
Дробот В.В.
,
Жуматий С.А.
,
Кирилин Е.М.
,
Копылов К.Е.
,
Крымский С.А.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Лалетина А.А.
,
Леоненков С.Н.
,
Личманов Д.И.
,
Лутков Г.А.
,
Майер Р.В.
,
Макарова-Землянская Т.Б.
,
Матвеев А.Д.
,
Мещеряков А.О.
,
Мокров К.С.
,
Никитенко Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Паокин А.В.
,
Попов С.М.
,
Разлогова Е.Э.
,
Рощина О.П.
,
Сетяев А.В.
,
Сетяев А.В.
,
Сидоров И.Ю.
,
Степанов Д.А.
,
Стефанов К.С.
,
Тарумова Н.Т.
,
Тимошкин М.А.
,
Тыркалов Е.О.
,
Фатеев И.Д.
,
Худолеева А.А.
,
Шайхисламов Д.И.
,
Швец П.А.
,
Швядас В.К.
,
Шоков В.Н.
28 февраля 2020 - 31 декабря 2022
Создание цитопротекторов на основе природных пуринов - ингибиторов поли(ADP-рибозо)полимераз
Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений
Руководитель:
Нилов Д.К.
Ответственный исполнитель:
Щербакова Т.А.
Участники НИР:
Акентьева Н.П.
,
Гущина И.В.
,
Ефремова А.С.
,
Манасарян Г.А.
,
Недорубова И.А.
,
Пушкарев С.В.
,
Успенская Т.В.
,
Шрам С.И.
1 января 2020 - 31 декабря 2023
Методы структурирования трудноформализуемых предметных областей на основе автоматизированного формирования больших графов знаний и онтологий по разнородным потокам текстовых данных
4.04.Лаборатория анализа информационных ресурсов
Руководитель:
Добров Б.В.
Ответственный исполнитель:
Лукашевич Н.В.
Участники НИР:
Артемова Е.Л.
,
Архипенко К.В.
,
Балдин С.М.
,
Батура Т.В.
,
Болдырев И.А.
,
Браславский П.И.
,
Быстрицкий Д.К.
,
Быстрицкий Н.Д.
,
Волков Е.В.
,
Герасимова А.А.
,
Гращенков П.В.
,
Дробот В.В.
,
Иванов В.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Коннов С.И.
,
Копылов К.Е.
,
Кремнева М.Д.
,
Лютикова Е.А.
,
Майоров В.Д.
,
Макаров-Землянский Н.В.
,
Мячина А.В.
,
Нилов Д.К.
,
Подшивалов Д.Д.
,
Пушкарев С.В.
,
Рубцова Ю.В.
,
Сидоров А.В.
,
Скворцов Н.А.
,
Смирнов В.А.
,
Тихомиров М.М.
,
Тутубалина Е.В.
,
Чернышев Д.И.
,
Чухарев Ф.С.
,
Швядас В.К.
,
Шелманов А.О.
,
Штернов С.В.
9 августа 2019 - 30 июня 2022
Противоопухолевые свойства метаболитов нуклеиновых кислот, подавляющих активность поли(ADP-рибозо)полимераз
Лаборатория ферментативных модификаций физиологически активных соединений
Руководитель:
Нилов Д.К.
Ответственный исполнитель:
Гущина И.В.
Участники НИР:
Абрамова Т.В.
,
Манасарян Г.А.
,
Пушкарев С.В.
,
Фетисов Т.И.
,
Чепанова А.А.
,
Якубовская М.Г.
1 января 2019 - 31 декабря 2025
Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственный исполнитель:
Муронец В.И.
Участники НИР:
Алешин В.А.
,
Артюхов А.В.
,
Астахова А.А.
,
Балдин С.М.
,
Баринова К.В.
,
Буник-Фаренвальд В.И.
,
Вирясов М.Б.
,
Вирясова Г.М.
,
Голенкина Е.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дарбинян Т.Г.
,
Дробот В.В.
,
Калмыков П.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Кочетов Г.А.
,
Кудрявцева С.С.
,
Кузнеченкова Е.Ю.
,
Курочкина Л.П.
,
Магретова Н.Н.
,
Мельникова А.К.
,
Мичурина В.Н.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Орлов В.Н.
,
Панин Н.В.
,
Панина (Вавилова) А.М.
,
Пирожкова Е.Б.
,
Позднякова Н.В.
,
Поздышев Д.В.
,
Романов А.В.
,
Севостьянова И.А.
,
Семенюк П.И.
,
Сергеева М.Г.
,
Сидорова Н.Н.
,
Соловьев В.В.
,
Соловьева О.Н.
,
Стройлова Ю.Ю.
,
Судьина Г.Ф.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Чистяков Д.В.
,
Шарапова Я.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
Щербакова Т.А.
12 апреля 2018 - 31 декабря 2019
Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Нилов Д.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Щербакова Т.А.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Гущина И.В.
,
Дробот В.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Шарапова Я.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
26 октября 2017 - 28 февраля 2021
Механизмы узнавания повреждений ДНК в хроматине белками семейства PARP
Кафедра биоинженерии
Руководитель:
Герасимова Н.С.
Участники НИР:
Гущина И.В.
,
Кудряшова К.С.
,
Малюченко Н.В.
,
Никитин Д.В.
,
Нилов Д.К.
,
Султанов Д.Ч.
,
Чертков О.В.
10 апреля 2017 - 31 декабря 2019
Конструирование и испытание ингибиторов ферментов метаболизма ДНК и гликолиза в опухолевых клетках
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Нилов Д.К.
Участники НИР:
Гущина И.В.
,
Евтеев С.А.
,
Кирсанов К.И.
,
Лесовая Е.А.
,
Поленова А.М.
,
Успенская Т.В.
14 марта 2016 - 25 декабря 2017
Исследование механизмов взаимодействия новых ингибиторов репарации ДНК с белковыми мишенями и оптимизация их структуры
Отдел биокинетики
Руководитель:
Нилов Д.К.
Участники НИР:
Гущина И.В.
,
Евтеев С.А.
,
Куликов А.В.
26 мая 2015 - 15 декабря 2017
Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Кирилин Е.М.
,
Мешалкина Л.Е.
,
Нилов Д.К.
,
Семенюк П.И.
,
Суплатов Д.А.
,
Шарапова Я.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
Щербакова Т.А.
12 ноября 2014 - 1 июля 2015
Разработка комплекса образовательных модулей для подготовки исследователей в области создания инновационных лекарственных препаратов
Факультет биоинженерии и биоинформатики
Руководитель:
Фенюк Б.А.
Участники НИР:
Богатырева М.Х.
,
Головин А.В.
,
Зиновкина Л.А.
,
Каленикова Е.И.
,
Калинина Н.И.
,
Миронов А.А.
,
Нилов Д.К.
,
Северин Ф.Ф.
,
Скулачев В.П.
,
Ставровская Е.Д.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
25 сентября 2014 - 31 декабря 2015
Разработка ингибиторов ферментов репарации ДНК в качестве прототипов лекарственных препаратов для социально значимых заболеваний
Отдел биокинетики
Руководитель:
Швядас В.К.
Участник НИР:
Нилов Д.К.
20 февраля 2014 - 31 декабря 2016
Поиск ингибиторов изоформы А лактатдегидрогеназы в опухолевых клетках с помощью методов молекулярного моделирования и экспериментальных подходов
Отдел биокинетики
Руководитель:
Нилов Д.К.
Участники НИР:
Гущина И.В.
,
Куликов А.В.
,
Прохорова Е.А.
,
Успенская Т.В.
,
Шарапова Я.А.
1 января 2014 - 31 декабря 2018
Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
Отдел биокинетики
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Кирилин Е.М.
,
Мисюра Н.М.
,
Муронец В.И.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Халиуллин И.Г.
,
Шаповалова И.В.
,
Щербакова Т.А.
1 января 2013 - 31 декабря 2018
Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Участники НИР:
Астахова А.А.
,
Балдин С.М.
,
Буник-Фаренвальд В.И.
,
Вирясова Г.М.
,
Голенкина Е.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дарбинян Т.Г.
,
Дробот В.В.
,
Загряжская А.Н.
,
Кирилин Е.М.
,
Ливенский А.Д.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Пирожкова Е.Б.
,
Сергеева М.Г.
,
Судьина Г.Ф.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Чистяков Д.В.
,
Щербакова Т.А.
7 августа 2012 - 31 декабря 2013
Поиск соединений, изменяющих амилоидогенную трансформацию белков, вызывающих нейродегенеративные заболевания, с помощью методов молекулярного моделирования и экспериментальных подходов
Отдел биохимии животной клетки
Руководитель:
Стройлова Ю.Ю.
Участники НИР:
Иванов И.А.
,
Куравский М.Л.
,
Мараховская А.С.
,
Моисеева Е.В.
,
Нилов Д.К.
,
Прохорова Е.А.
,
Халиуллин И.Г.
,
Яшина К.И.
Патенты
2022
Применение производного гуанина для ингибирования поли(ADP-рибозо)полимеразы
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Шрам С.И.
,
Щербакова Т.А.
,
Швядас В.К.
#RU 2783240, 10 ноября
2021
Применение сульфонатов для ингибирования лактатдегидрогеназы А человека
Авторы:
Смолкина Э.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Кирсанов К.И.
,
Якубовская М.Г.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
#RU 2751003, 7 июля
2019
ПРИМЕНЕНИЕ ФУРАНСУЛЬФОНАТОВ ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ТРАНСКЕТОЛАЗЫ ПАТОГЕНА Mycobacterium tuberculosis
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Гущина И.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Балдин С.М.
,
Швядас В.К.
#RU2703465, 17 октября
2014
Средство для ингибирования фермента поли(АДФ-рибозо)полимеразы.
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
#RU 2522915 , 20 июля
Награды и премии
2015
Стипендия Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова для молодых преподавателей и научных сотрудников, добившихся значительных результатов в педагогической и научно-исследовательской деятельности
Лауреат:
Нилов Д.К.
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Россия
Членство в научных обществах
с 2021
American Chemical Society
США
Участие в редколлегии журналов
с 10 марта 2023
Frontiers in pharmacology
издательство
Frontiers Media]
([Lausanne, Switzerland)
Руководство диссертациями
2021
Разработка сульфозамещенных ингибиторов транскетолазы и тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования
Кандидатская диссертация по специальности 03.01.08 - Биоинженерия (биол. науки)
Автор:
Гущина Ирина Владимировна
Научные руководители:
Швядас В.К.
, д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова,
Нилов Д.К.
, к.х.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
МГУ.015.10(03.04)
МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Организация, в которой выполнялась работа:
НИИФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ
Оппоненты:
Щербинин Дмитрий Сергеевич
,
Ходырева Светлана Николаевна
,
Шайтан Константин Вольдемарович
Диссертация
2011
Молекулярное моделирование взаимодействия фермента с субстратами и ингибиторами на примере формиатдегидрогеназы и поли(ADP-рибозо)-полимеразы
Кандидатская диссертация по специальности 03.01.04 - Биохимия (хим. науки)
Автор:
Нилов Дмитрий Константинович
, к.х.н., МГУ имени М.В. Ломоносова
Научный руководитель:
Швядас В.К.
, д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
Защищена в совете
Д 501.001.59 (совет Д 053.05.76 до 1999 г.)
при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
Руководство дипломными работами
2023
Изучение механизма действия поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Кирилин Е.М.
Автор: Пушкарев С.В. (Специалист)
2022
Особенности разработки ингибиторов тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека с использованием компьютерного моделирования
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Винник В.А. (Специалист)
2020
Компьютерный дизайн ингибиторов танкираз человека на основе природных соединений
Научный руководитель:
Нилов Дмитрий Константинович
Автор: Мотузенко Кристина Сергеевна (Специалист)
2020
Биоинформатический анализ участка связывания ингибиторов в белках семейства поли(АДФ-рибозо)полимераз
Научный руководитель:
Нилов Дмитрий Константинович
Автор: Манасарян Гарри Аргиштиевич (Специалист)
2019
Разработка сульфозамещенных ингибиторов лактатдегидрогеназы А человека с применением методов компьютерного скрининга
Научные руководители:
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
Автор: Поленова А.М. (Специалист)
2019
Исследование возможности конструирования бифункциональных ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Евтеев С.А. (Специалист)
2015
Поиск новых ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа и характеристика участков их связывания
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Шарапова Я.А. (Специалист)
2015
Поиск ингибиторов ферментов репарации ДНК с использованием методов молекулярного моделирования
Научные руководители:
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
Автор: Гущина И.В. (Специалист)
2013
Разработка новых ингибиторов поли(АДФ-рибозо)-полимеразы человека с использованием компьютерного скрининга
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Яшина К.И. (Специалист)
2011
Модификация силового поля Amber для исследования структуры и свойств пенициллинацилазы
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Гурьянова Н.Н. (Специалист)
Руководство курсовыми работами
2022
Моделирование механизма фермента репарации ДНК ПАРП-1
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Кирилин Е.М.
Автор: Пушкарев С.В. (Специалист)
2021
Моделирование строения активного центра тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека
Научный руководитель:
Нилов Дмитрий Константинович
Автор: Винник Валерия Алексеевна (Специалист)
2021
Моделирование механизма поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 человека
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Пушкарев Сергей Владимирович (Специалист)
2021
Конструирование молекулярных моделей лактатдегидрогеназы А человека для поиска ингибиторов
Научный руководитель:
Нилов Дмитрий Константинович
Автор: Шаниязова Элина Вячеславовна (Специалист)
2020
QM/MM-моделирование реакции поли(ADP-рибозил)ирования, катализируемой ПАРП-1 человека
Научный руководитель:
Нилов Дмитрий Константинович
Автор: Пушкарев Сергей Владимирович (Специалист)
2019
Сравнение участка связывания НАД+ в активном центре белков семейства ПАРП с целью поиска потенциальных ингибиторов
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Манасарян Г.А. (Специалист)
2019
Создание модели фермент-субстратного комплекса поли(АДФ-рибозо)полимеразы 1 человека
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Пушкарев Сергей Владимирович (Специалист)
2019
Биоинформатический и структурный анализ танкираз человека для разработки ингибиторов
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Мотузенко К.С. (Специалист)
2017
Компьютерный поиск линкеров для конструирования бифункциональных ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Евтеев С.А. (Специалист)
2017
Компьютерный поиск конкурентных ингибиторов лактатдегидрогеназы А человека в ряду сульфонатов
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Поленова А.М. (Специалист)
2014
Разработка алгоритма структурной фильтрации для компьютерного скрининга ингибиторов
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Гущина И.В. (Специалист)
2014
Новый участок связывания ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Шарапова Я.А. (Специалист)
2014
Компьютерный и экспериментальный поиск ингибиторов изоформы М лактатдегидрогеназы человека
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Прохорова Е.А. (Специалист)
2013
Построение полноатомной модели эндонуклеазы вируса гриппа и виртуальный скрининг ее ингибиторов
Научный руководитель:
Нилов Д.К.
Автор: Прохорова Е.А. (Специалист)
2013
Построение полноатомной модели гемагглютинина вируса гриппа и скрининг его потенциальных ингибиторов
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Гущина И.В. (Специалист)
2013
Компьютерный поиск новых потенциальных ингибиторов нейраминидазы вируса гриппа
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Шарапова Я.А. (Специалист)
2012
Построение полноатомных моделей поли(ADP-рибозо)-полимеразы человека для виртуального скрининга новых ингибиторов
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Яшина К.И. (Специалист)
2012
Моделирование структуры ацилфермента в каталитическом механизме пенициллинацилазы
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Гущина И.В., Шарапова Я.А. (Специалист)
2010
Изучение связывания субстрата пенициллинацилазой методом управляемой молекулярной динамики
Научные руководители:
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
Автор: Гурьянова Н.Н. (Специалист)
Авторство учебных курсов
2014
Механизмы ферментативных реакций
Авторы:
Швядас В.К.
,
Буник В.И.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Халиуллин И.Г.