ИСТИНА

Копылов Кирилл Евгеньевич пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики, аспирант, с 1 октября 2017

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский вычислительный центр, 4.07.Лаборатория информатики, младший научный сотрудник, с 1 апреля 2021

МГУ имени М.В. Ломоносова, Университетская гимназия (школа-интернат), специалист, с 1 апреля 2021, по совместительству

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Воеводин В.В., Попова Н.Н., Шарапова Я.А., Demiyanova A.S., Нойманн (Вдовенко) М.М., Сахаров И.Ю., Шегай М.В., Злобин А.С., Кирилин Е.М., Панин Н.В., Krotov V.V. показать полностью..., Lyashenko A., Дробот В.В., Кузьменко Н.Е., Никитина Н.А., Олейниченко А.В., Пичугина Д.А., Починок И.В., Рыжова О.Н., Тимонина Д.С., Щербакова Т.А., Эльдаров М.А.

18 статей, 13 докладов на конференциях, 1 тезисы доклада, 8 НИР

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 66, Scopus: 72
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 7878569

ResearcherID: AGZ-6428-2022

Scopus Author ID: 56110041900

ORCID: 0000-0001-8650-9120

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • • 2023 Conformational transitions induced by NADH binding promote reduction half-reaction in 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase catalytic cycle
    • Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Svedas Vytas
    • в журнале Biochemical and Biophysical Research Communications, издательство Academic Press (United States), том 639, с. 77-83 DOI
  • 
    • 2021 PLUMED plugin integration into high performance pmemd program for enhanced molecular dynamics simulations
    • Drobot V.V., Kirilin E.M., Kopylov K.E., Pochinok I.V., Švedas V.K.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 8, № 4, с. 94-99 DOI
  • 
    • 2019 CASBench: A Benchmarking Set of Proteins with Annotated Catalytic and Allosteric Sites in Their Structures
    • Zlobin A., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • • 2019 CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах
    • Злобин А., Суплатов Д., Копылов К., Швядас В.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • 
    • 2019 Human p38α Mitogen-Activated Protein Kinase in the Asp168-Phe169-Gly170-in (DFG-in) state can bind allosteric inhibitor Doramapimod
    • Suplatov D.A., Kopylov K.E., Sharapova Y.A., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 37, № 8, с. 2049-2060 DOI
  • • 2019 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика", том 8, № 1, с. 71-88 DOI
  • 
    • 2018 Mustguseal: a Server for Multiple Structure-Guided Sequence Alignment of Protein Families
    • Suplatov D.A., Kopylov K.E., Popova N.N., Voevodin Vl V., Švedas V.K.
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 34, № 9, с. 1583-1585 DOI
  • 
    • 2018 Test of Computational Approaches for Gold-Thiolate Clusters Calculation using Lomonosov Supercomputer
    • Nikitina Nadezhda N., Pichugina Daria A., Oleynichenko Alexander V., Ryzhova Oxana N., Kopylov Kirill E., Krotov Vladimir V., Kuzmenko Nikolay E.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 4, с. 83-88 DOI
  • 
    • 2018 The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Kirill Kopylov, Vytas Švedas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 2, с. 1840005 DOI
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
    • Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Шегай М.В., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика", том 6, № 4, с. 74-90 DOI
  • • 2016 Modulation Of Enzyme Functional Properties
    • Suplatov D.A., Panin N.K., Kopylov K.E., Švedas V.K.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 2, с. 222-223
  • • 2014 Chemiluminescent Determination of Hydrogen Peroxide using FeIII-TAML activator, a Potent Peroxidase Mimicking Enzyme
    • Vdovenko M.M., Demiyanova A.S., Kopylov K.E., Sakharov I.Yu
    • в журнале Journal of Analytical & Bioanalytical Techniques, том 5, № 4, с. 39-39 DOI
  • 
    • 2014 Chemiluminescent determination of hydrogen peroxide using FeIII-TAML activator, a potent peroxidase mimicking enzyme
    • Vdovenko M.M., Demiyanova A.S., Kopylov K.E., Sakharov I.Yu
    • в журнале Luminescence : the journal of biological and chemical luminescence, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 29, № SI, Suppl. 1, с. 102-102 DOI
  • 
    • 2014 FeIII–TAMLactivator: A potent peroxidase mimic for chemiluminescent determination of hydrogen peroxide
    • Vdovenko Marina M., Demiyanova Alexandra S., Kopylov Kirill E., Sakharov Ivan Yu
    • в журнале Talanta, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 125, с. 361-365 DOI
  • 
    • 2014 Probing the Substrate Specificity and Intersubunit Interactions of Brevundimonas Diminuta Glutaryl Acylase with Site-Directed Mutagenesis
    • Eldarov M., Lyashenko A., Sherbakova T., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале American Journal of Biochemistry and Biotechnology, издательство Science Publications (United States), том 10, № 3, с. 169-179 DOI

• Статьи в сборниках

  • 
    • 2018 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва), место издания Издательство МГУ Москва, с. 705-716
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
    • Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Шегай М.В., Воеводин В.В., Швядас В.К.
    • в сборнике Труды международной конференции. СУПЕРКОМПЬЮТЕРНЫЕ ДНИ В РОССИИ. Москва, 25-26 сентября 2017 г, место издания Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (Издательский Дом (Типография) (Москва), с. 544-556
  • • 2015 High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties
    • Suplatov D., Popova N., Kopylov K., Shegai M., Voevodin V., Švedas V.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (28-29 сентября 2015 г., г. Москва), место издания Изд-во МГУ Москва, с. 537-537

• Доклады на конференциях

  • • 2023 Моделирование структуры подвижных участков белка с помощью GPU-ускоренной метадинамики с коллективными переменными на основе вариационных автоэнкодеров (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • IX ежегодная Междунароная конференция "Суперкомпьютерные дни в России", Москва, МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 25-26 сентября 2023
  • • 2020 Использование MPI- и GPU-ускоренного комбинированного метода квантовой механики, молекулярной механики и метадинамики для моделирования стадии окисления субстрата в каталитическом цикле 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2020, Москва, Россия, 21-22 сентября 2020
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков (Устный)
    • Авторы: Шегай М.В., Воеводин Вл В., Копылов К.Е., Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2017, Москва, Россия, 25-26 сентября 2017
  • • 2017 Allosteric inhibitor Doramapimod can bind to human p38α MAP Kinase even when the activation loop is in the DFG-in state (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Kirill Kopylov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2016 Modulation Of Enzyme Functional Properties (Устный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Švedas V.K., Kopylov K.E., Panin N.K.
    • V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016
  • • 2016 GPU-accelerated analysis of linear trends in a protein motion (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016", Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
  • • 2016 Изучение механизма распознавания субстратов с участием подвижных элементов структуры активных центров ферментов 3-гидроксибензоатгидроксилазы и 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы с использованием суперкомпьютера (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016", Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
  • • 2016 Statistical Analysis Of Linear Trends In Protein Motion To Study Induced Conformational Changes In Protein Structures (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Kopylov K., Mironov A.А., Švedas V.
    • International Symposium «Systems Biology and Bioinformatics», г. Санкт-Петербург, Россия, 30 июня - 2 июля 2016
  • • 2015 High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Popova N., Kopylov K., Shegai M., Voevodin V., Švedas V.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2015", Москва, Россия, 28-29 сентября 2015
  • • 2014 Chemiluminescent Determination of Hydrogen Peroxide using FeIII-TAML activator, a Potent Mimicking Enzyme (Стендовый)
    • Авторы: Vdovenko Marina M., Sakharov Ivan Yu, Kopylov Kirill E., Demiyanova Alexandra S.
    • The 18th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence, Uppsala, Sweden, Швеция, 2014
  • • 2014 Chemiluminescent Determination of Hydrogen Peroxide using FeIII-TAML activator, a Potent Peroxidase Mimicking Enzyme (Устный)
    • Авторы: Vdovenko Marina M., Sakharov Ivan Yu, Kopylov Kirill E., Demiyanova Alexandra S.
    • 5 International conference and exhibition on Analycal and Bioanalycal Techniques, Beijing, 2014
  • • 2014 Каталитическое окисление люминола в присутствии FeIII-ТАМЛ, нового миметика пероксидазы, как индикаторная реакция для хемилюминесцентного определения пероксида водорода (Стендовый)
    • Авторы: Демьянова А.С., Сахаров И.Ю., Копылов К.Е., Вдовенко М.М.
    • IX Всероссийская конференция по анализу объектов окружающей среды «Экоаналитика-2014», Светлогорск, Россия, 23-28 июня 2014
  • • 2013 Chemiluminescent detection of hydrogen peroxide and benzoyl peroxide using peroxidase-mimicking FeIII-TAML activator as catalyst
    • Авторы: Demiyanova A., Kopylov K., Sakharov I., Vdovenko M.
    • Euroanalysis 2013, Warzaw, Poland, Польша, 2013

• Тезисы докладов

  • • 2016 Modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Panin N.K., Kopylov K.E., Švedas V.K.
    • в сборнике ACTA NATURAE, серия СПЕЦВЫПУСК, том 2, тезисы, с. 222-223

• НИРы

  • • 17 марта 2021 - 31 декабря 2024 Разработка и реализация принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта: от микромира, до живых организмов и Земной системы
    • 4.07.Лаборатория информатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Антонов А.С., Воеводин В.В., Кирилин Е.М. Участники НИР: Балдин С.М., Богомолов В.Ю., Варенцов А.И., Воеводин В.В., Волков Е.В., Гащук Е.М., Дебольский А.В., Добров Б.В., Дробот В.В., Жуматий С.А., Игнатенко А.П., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Лукашевич Н.В., Лыкосов В.Н., Медведев А.И., Молокоедов В.С., Мортиков Е.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Поддъяков И.Д., Подшивалов Д.Д., Полюхов А.А., Попов С.М., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Серов В.А., Сидоров И.Ю., Смирнов А.В., Смирнов В.А., Степаненко В.М., Стефанов К.С., Суязова В.И., Тихомиров М.М., Чернышев Д.И., Чернышев Р.В., Чухарев Ф.С., Шайхисламов Д.И., Шоков В.Н., Щербакова Т.А., Яковлев Р.В.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2025 Разработка программных средств поддержки жизненного цикла и обеспечения эффективности суперкомпьютерных приложений, систем и центров
    • 4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
    • Руководитель: Воеводин В.В. Ответственные исполнители: Антонов А.С., Воеводин В.В., Соболев С.И. Участники НИР: Антонова А.П., Афанасьев И.В., Балдин С.М., Винокуров В.И., Винокуров В.И., Гамаюнова Т.С., Герасимова А.А., Домрачева Д.А., Дробот В.В., Жуматий С.А., Кирилин Е.М., Копылов К.Е., Крымский С.А., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Лалетина А.А., Леоненков С.Н., Личманов Д.И., Лутков Г.А., Майер Р.В., Макарова-Землянская Т.Б., Матвеев А.Д., Мещеряков А.О., Мокров К.С., Никитенко Д.А., Нилов Д.К., Паокин А.В., Попов С.М., Разлогова Е.Э., Рощина О.П., Сетяев А.В., Сетяев А.В., Сидоров И.Ю., Степанов Д.А., Стефанов К.С., Тарумова Н.Т., Тимошкин М.А., Тыркалов Е.О., Фатеев И.Д., Худолеева А.А., Шайхисламов Д.И., Швец П.А., Швядас В.К., Шоков В.Н.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2023 Методы структурирования трудноформализуемых предметных областей на основе автоматизированного формирования больших графов знаний и онтологий по разнородным потокам текстовых данных
    • 4.04.Лаборатория анализа информационных ресурсов
    • Руководитель: Добров Б.В. Ответственный исполнитель: Лукашевич Н.В. Участники НИР: Артемова Е.Л., Архипенко К.В., Балдин С.М., Батура Т.В., Болдырев И.А., Браславский П.И., Быстрицкий Д.К., Быстрицкий Н.Д., Волков Е.В., Герасимова А.А., Гращенков П.В., Дробот В.В., Иванов В.В., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Кремнева М.Д., Лютикова Е.А., Майоров В.Д., Макаров-Землянский Н.В., Мячина А.В., Нилов Д.К., Подшивалов Д.Д., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Сидоров А.В., Скворцов Н.А., Смирнов В.А., Тихомиров М.М., Тутубалина Е.В., Чернышев Д.И., Чухарев Ф.С., Швядас В.К., Шелманов А.О., Штернов С.В.
  • • 1 марта 2017 - 31 декабря 2019 Поиск новых решений ресурсоемких задач биоинформатики и молекулярного моделирования с использованием GPU-ускорителей
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Ответственный исполнитель: Попова Н.Н. Участники НИР: АНТОНОВ А.А., Копылов К.Е., Суплатов Д.А., Теплов А.М., Швядас В.К.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Злобин А.С., Копылов К.Е., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Злобин А.С., Копылов К.Е., Медведев Д.О., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Технологии суперкомпьютерного кодизайна для решения ресурсоемких вычислительных задач биокатализа
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Участники НИР: Антонов А.С., Воеводин В.В., Копылов К.Е., Ожигов Ю.И., Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Чернявский А.Ю., Швец П.А., Швядас В.К.
  • • 15 марта 2013 - 31 декабря 2015 Новые эффективные миметики пероксидазы и их использование в аналитической химии
    • Кафедра химической энзимологии
    • Руководитель: Сахаров И.Ю. Участники НИР: Грибас А.В., Демьянова А.С., Копылов К.Е., Нойманн (Вдовенко) М.М., Ускова Н.А.

---