ИСТИНА

Федулова Анастасия Сергеевна пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра биоинженерии, аспирант, с 1 октября 2021

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Армеев Г.А., Шайтан А.К., Комарова Г.А., Кирпичников М.П., Поспелова Ю., Шайтан К.В., Шаряфетдинова А.С., Singh-Palchevskaia L., Афонин Д.А., Глухов Г.С., Моторин Н.А., Олейников П.Д., Сивкина А.Л. показать полностью..., Студитский В.М., Феофанов А.В., Фескин П.Г.

6 статей, 17 докладов на конференциях, 12 тезисов докладов, 7 НИР, 1 награда, 1 дипломная работа, 3 учебных курса, 6 выступления в СМИ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 8, Scopus: 13
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 194004593

ResearcherID: AAN-1010-2021

Scopus Author ID: 57222027001

ORCID: 0000-0003-4465-3241

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • 
    • 2023 Interactions of Nucleosomes with Acidic Patch-Binding Peptides: A Combined Structural Bioinformatics, Molecular Modeling, Fluorescence Polarization, and Single-Molecule FRET Study
    • Oleinikov Pavel D., Fedulova Anastasiia S., Armeev Grigoriy A., Motorin Nikita A., Singh-Palchevskaia Lovepreet, Sivkina Anastasiia L., Feskin Pavel G., Glukhov Grigory S., Afonin Dmitry A., Komarova Galina A., Kirpichnikov Mikhail P., Studitsky Vasily M., Feofanov Alexey V., Shaytan Alexey K.
    • в журнале International Journal of Molecular Sciences, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 24, № 20, с. 15194-15194 DOI
  • 
    • 2022 H2A-H2B Histone Dimer Plasticity and Its Functional Implications
    • Kniazeva Anastasiia S., Armeev Grigoriy A., Shaytan Alexey K.
    • в журнале Cells, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 11, № 18, с. 1-20 DOI
  • 
    • 2021 Histone dynamics mediate DNA unwrapping and sliding in nucleosomes
    • Armeev Grigoriy A., Kniazeva Anastasiia S., Komarova Galina A., Kirpichnikov Mikhail P., Shaytan Alexey K.
    • в журнале Nature communications, издательство Nature Pub. Group (United Kingdom), том 12, № 1, с. 1-15 DOI
  • • 2021 Histone dynamics mediate DNA unwrapping and sliding in nucleosomes: insights from multi-microsecond molecular dynamics simulations
    • Armeev Grigoriy A., Kniazeva Anastasia S., Komarova Galina A., Kirpichnikov Mikhail P., Shaytan Alexey K.
    • в журнале bioRxiv (The preprint server for biology), с. 1-29 DOI
  • 
    • 2020 Analyzing nucleosome plasticity via atomistic MD simulations
    • Anastasiia Kniazeva, Grigorii Armeev, Iunona Pospelova, Shaytan Alexey K.
    • в журнале Biophysical Journal, издательство Biophysical Society (United States), том 118, № 3 DOI
  • 
    • 2019 Analyzing nucleosome plasticity using molecular dynamics simulations
    • Армеев Г.А., Поспелова Юнона, Князева А., Комарова г.а., Шайтан А.К.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № sup1, с. 19-19 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2023 Study of H2A-H2B dimer plasticity using analysis of experimental PDB structures and MD simulations (Стендовый)
    • Авторы: Kniazeva A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K.
    • 4th RUSSIAN INTERNATIONAL СONFERENCE ON CRYOELECTRON MICROSCOPY 2023,4-7 июня 2023,Москва, Биофак МГУ, Москва, Россия, 4-7 июня 2023
  • • 2023 Разработка подходов к моделированию скольжения ДНК в нуклеосоме методом полноатомной МД (Стендовый)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • VII Съезд биофизиков России, Краснодар, Россия, 17-23 апреля 2023
  • • 2023 Изучение посттрансляционных модификаций гистонов методом молекулярного моделирования (Стендовый)
    • Авторы: Шаряфетдинова А.С., Армеев Г.А., Князева А.С.
    • XXXV ЗИМНЯЯ МОЛОДЁЖНАЯ НАУЧНАЯ ШКОЛА "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ, г. москва, Россия, 7-10 февраля 2023
  • • 2023 Изучение посттрансляционных модификаций гистонов методом молекулярного моделирования (Стендовый)
    • Авторы: Шаряфетдинова А.С., Армеев Г.А., Князева А.С.
    • XXX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2023, on-line, Россия, 23-27 января 2023
  • • 2023 Исследование пластичности димера гистонов Н2А-Н2В методом молекулярной динамики (Устный)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • XXX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2023, on-line, Россия, 23-27 января 2023
  • • 2022 Инженерная биология: конструирование полезных микроорганизмов (Устный)
    • Авторы: Князева Анастасия Сергеевна, Кошкина Дарья Олеговна
    • XVII Всероссийский Фестиваль НАУКА 0+, Москва, Россия, 7-9 октября 2022
  • • 2022 Histone tails conformation switching analyzed by all-atom MD simulations of nucleosomes (Стендовый)
    • Авторы: Kniazeva Anastasiia S., Armeev Grigoriy A., Shaytan Alexey K.
    • Biophysical Society 66th Annual Meeting, San Francisco, California, США, 19-23 февраля 2022
  • • 2022 Исследование скольжения ДНК в нуклеосоме методом молекулярного моделирования. (Стендовый)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • XXIX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2022, on-line, Россия, 24-28 января 2022
  • • 2021 Молекулярная динамика нуклеосом на временах до 15 микросекунд (Устный)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • Ломоносовские чтения 2021, МГУ им.М.В. Ломоносова, Россия, 21 апреля 2021
  • • 2020 Analyzing nucleosome plasticity via atomistic MD simulations (Приглашенный)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Поспелова Ю., Шайтан А.К.
    • 64th Biophysical Society Annual Meeting, Сан-Диего, США, 15-19 февраля 2020
  • • 2020 Analyzing nucleosome plasticity via atomistic MD simulations (Приглашенный)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Поспелова Ю., Шайтан А.К.
    • 64th Biophysical Society Annual Meeting, Сан-Диего, США, 15-19 февраля 2020
  • • 2020 Сравнительная динамика канонических нуклеосом и нуклеосом с вариантной формой гистона Н2А (Стендовый)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • II межвузовская студенческая конференция «Студенческий биохимический форум — 2020», Кафедра биохимии Биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, Россия, 9-10 февраля 2020
  • • 2020 Динамические особенности нуклеосом с каноническим гистоном Н2А и его вариантной формой Н2А.Z (Устный)
    • Авторы: Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • XXVII Международная конференция «Математика. Компьютер. Образование»., г. Дубна, Россия, 28 января - 1 февраля 2020
  • • 2019 Analyzing nucleosome plasticity using molecular dynamics simulations (Устный)
    • Авторы: Поспелова Юнона, Армеев Г.А., Шайтан А.К., Комарова г.а., Князева А.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Биоразнообразие симбиотических люминесцентных бактерий, выделенных из рыб белого моря (Устный)
    • Авторы: Качер Ю.Г., Князева А.С.
    • Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2019», Москва, Россия, 11 апреля 2019
  • • 2019 Оценка изменения свободной энергии депротонирования аминокислот, участвующих в переносе протона, в ходе фотоцикла бактериородопсина (Стендовый)
    • Авторы: Князева А.С., Шайтан А.К., Шайтан К.В., Армеев Г.А.
    • XXVI международная конференция «Математика. Компьютер. Образование» (Пущино, 28 января — 2 февраля 2019 г.)., Пущино, Россия, 28 января - 2 февраля 2019
  • • 2018 Исследование процесса переноса протона в ходе фотоцикла бактериородопсина (Стендовый)
    • Авторы: Князева А.С., Шайтан А.К., Шайтан К.В., Армеев Г.А.
    • Студенческий биохимический форум, Биологический факультет МГУ, Москва, Россия, 10-17 декабря 2018

• Тезисы докладов

  • • 2023 Study of H2A-H2B dimer plasticity using analysis of experimental PDB structures and MD simulations
    • Kniazeva A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K.
    • в сборнике Conference proceedings of RUSSIAN INTERNATIONAL СONFERENCE ON CRYOELECTRON MICROSCOPY 2023, тезисы, с. 12-12
  • • 2023 Изучение посттрансляционных модификаций гистонов методом молекулярного моделирования
    • Шаряфетдинова А.С., Армеев Г.А., Князева А.С.
    • в сборнике XXX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2023, серия 30, место издания Ижевск, тезисы
  • • 2023 Изучение посттрансляционных модификаций гистонов методом молекулярного моделирования
    • Шаряфетдинова А.С., Армеев Г.А., Князева А.С.
    • в сборнике Сборник тезисов XXXV ЗИМНЕЙ МОЛОДЁЖНОЙ НАУЧНОЙ ШКОЛЫ "ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ", место издания Москва, тезисы, с. 53-53
  • • 2023 Исследование пластичности димера гистонов Н2А-Н2В методом молекулярной динамики
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • в сборнике XXX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2023, тезисы
  • 
    • 2023 Разработка подходов к моделированию скольжения ДНК в нуклеосоме методом полноатомной МД
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • в сборнике VII СЪЕЗД БИОФИЗИКОВ РОССИИ СБОРНИК ТРУДОВ, место издания Типография ФГБОУ ВО «КубГТУ» г. Краснодар г. Краснодар, том 1, тезисы, с. 341-342
  • • 2022 Histone tails conformation switching analyzed by all-atom MD simulations of nucleosomes
    • Kniazeva Anastasiia S., Armeev Grigoriy A., Shaytan Alexey K.
    • в сборнике Biophysical Society 66th Annual Meeting, издательство Biophysical Society (United States), том 121, тезисы, с. 361a DOI
  • • 2022 Исследование скольжения ДНК в нуклеосоме методом молекулярного моделирования
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • в сборнике XXIX Международная конференция Математика. Компьютер. Образование МКО-2022, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 29, тезисы
  • 
    • 2021 15-microsecond molecular dynamics simulations of nucleosome show structural heterogeneity and plasticity
    • Armeev G.A., Kniazeva A.S., Komarova G.A., Kirpichnikov M.P., Shaytan A.K.
    • в сборнике International Journal of Biomedicine, серия Issue Suppl_1, место издания International Medical Research and Development Corporation, том 11, тезисы, с. 19-20 DOI
  • 
    • 2020 Динамические особенности нуклеосом с каноническим гистоном Н2А и его вариантной формой Н2А.Z. 27 международная конференция Математика, компьютер
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • в сборнике XXVII Международная конференция "Математика. Компьютер. Образование" (МКО-2020), серия МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ, издательство Автономная некоммерческая организация Ижевский институт компьютерных исследований (Ижевск), том 27, тезисы, с. 47-47
  • 
    • 2020 Сравнительная динамика канонических нуклеосом и нуклеосом с вариантной формой гистона Н2А. II межвузовская студенческая конференция Студенческий биохимический форум
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.
    • в сборнике II межвузовская студенческая конференция Студенческий биохимический форум - 2020, тезисы
  • • 2019 Оценка изменения свободной энергии депротонирования аминокислот , участвующих в переносе протона , в ходе фотоцикла бактериородопсина
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан К.В., Шайтан А.К.
    • в сборнике Математика, компьютер образование, место издания АНО "Ижевский институт компьютерных исследований" Ижевск, тезисы, с. 37-37
  • • 2018 Исследование процесса переноса протона в ходе фотоцикла бактериородопсина
    • Князева А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К., Шайтан К.В.
    • в сборнике "I межвузовская студенческая конференция Студенческий биохимический форум - 2018", тезисы, с. 12-13

• НИРы

  • • 14 августа 2023 - 30 июня 2026 Мультимасштабное моделирование нуклеосомной структуры хроматина как ключ к пониманию работы геномов эукариот
    • Кафедра биоинженерии
    • Руководитель: Армеев Г.А. Ответственные исполнители: Грибкова А.К., Сингх-Пальчевская Л.Р., Федулова А.С.
  • • 6 мая 2022 - 31 декабря 2023 Анализ разнообразия и поиск новых функционально значимых семейств гистоновых белков в животных, растениях, грибах, археях и вирусах
    • Кафедра биоинженерии
    • Руководитель: Шайтан А.К. Ответственный исполнитель: Сингх-Пальчевская Л.Р. Участники НИР: Армеев Г.А., Грибкова А.К., Федулова А.С.
  • • 29 сентября 2021 - 31 декабря 2023 Новые системы и уровни редактирования геномов: от нуклеотидной последовательности к пространственной организации (биологический факультет)
    • Биологический факультет
    • Руководители: Разин С.В., Студитский В.М. Ответственный исполнитель: Каменский П.А. Участники НИР: Армеев Г.А., Афонин Д.А., Багров Д.В., Балева М.В., Волох О.И., Вьюшков В.С., Галдина Г.В., Герасимов Е.С., Герасимова Н.С., Гилязова А.В., Глухов Г.С., Грибкова А.К., Жаркова И.И., Замалутдинова С.В., Карлова М.Г., Карпова О.И., Кирпичников М.П., Кожевникова Д.Д., Коровина А.Н., Кравчук Е.В., Левицкий С.А., Ломов Н.А., Любителев А.В., Малюченко Н.В., Мамаева Н.Ю., Маслакова А.А., Петрова Е.В., Пиунова У.Е., Разин С.В., Рамонова А.А., Рубцов М.А., Сивкина А.Л., Соколова О.С., Станишнева-Коновалова Т.Б., Студитский В.М., Ульянов С.В., Федулова А.С., Феофанов А.В., Чичерин И.В., Шайтан А.К., Шайтан К.В., Штомпель А.С.
  • • 2 августа 2021 - 30 июня 2023 Структурная динамика нуклеосом и их взаимодействий: поиск подходов для диагностики и лечения онкологических заболеваний
    • Кафедра биоинженерии
    • Руководитель: Шайтан А.К. Ответственные исполнители: Армеев Г.А., Грибкова А.К., Федулова А.С. Участники НИР: Багров Д.В., Косарим Н.А., Моторин Н.А., Новиков Р.В., Новоселецкий В.Н., Сингх-Пальчевская Л.Р.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2026 Физико-химические основы молекулярной биоинженерии
    • Кафедра биоинженерии
    • Руководитель: Кирпичников М.П. Ответственные исполнители: Лобакова Е.С., Шайтан К.В. Участники НИР: Айдналиева Н.В., Алескерова Л.Э., Алипкина С.И., Аргентова В.В., Армеев Г.А., Архипова А.Ю., Ахаев Д.Н., Багров Д.В., Барский Е.Л., Баулина О.И., Боздаганян М.Е., Бонарцев А.П., Бондаренко Е.А., Буракова О.В., Васильева С.Г., Вахрушева А.В., Волох О.И., Гапизов С.Ш., Герасимова Н.С., Гераськина О.В., Глухов Г.С., Горелова О.А., Грибкова А.К., Дольникова Г.А., Жаркова И.И., Зайцев П.А., Зайцева А.А., Карлова М.Г., Качер Ю.Г., Коровина А.Н., Кошкина Д.О., Кудрявцев А.В., Кудряцев А.В., Кудряшова К.С., Лукьянов А.А., Любителев А.В., Люкманова Е.Н., Малинина Д.К., Малюченко Н.В., Мариловцева Е.В., Налобин Д.С., Никишин И.И., Новоселецкий В.Н., Орехов Ф.С., Орлов Н.А., Панченко Л.А., Петушкова Ю.А., Петушкова Ю.П., Рамонова А.А., Саванина Я.В., Саулина А.А., Селях И.О., Семенова Л.Р., Сивкина А.Л., Сингх-Пальчевская Л.Р., Соколова А.И., Соколова О.С., Соловченко А.Е., Соловченко О.В., Станишнева-Коновалова Т.Б., Студитский В.М., Суханова Ю.А., Трифонова Е.С., Утешинская Л.В., Федоренко Т.А., Федулова А.С., Феофанов А.В., Чеканов К.А., Чивкунова О.Б., Шайтан А.К., Шапиро Т.Н., Шибзухова К.А., Шиловский Г.А., Щербаков П.Н., Яголович А.В.
  • • 2 декабря 2019 - 1 декабря 2021 Интегративное моделирование укладки нуклеосом в хроматине на основе данных Micro-C
    • Кафедра биоинженерии
    • Руководитель: Шайтан А.К. Ответственный исполнитель: Армеев Г.А. Участники НИР: Грибкова А.К., Комарова Г.А., Поспелова Ю., Сингх-Пальчевская Л.Р., Тимохин Г.С., Федулова А.С.
  • • 8 августа 2018 - 30 июня 2021 Структурная динамика нуклеосом и их взаимодействий: поиск подходов для диагностики и лечения онкологических заболеваний.
    • Биологический факультет
    • Руководитель: Шайтан А.К. Ответственные исполнители: Армеев Г.А., Новоселецкий В.Н. Участники НИР: Андреева Е.А., Басс М.В., Глухов Г.С., Грибкова А.К., Комарова Г.А., Новиков Р.В., Новоселецкий В.Н., Поспелова Ю., Сингх-Пальчевская Л.Р., Суханова Ю.А., Тарасов К.А., Федулова А.С.

• Награды и премии

  • • 2020 Стипендия Президента РФ студентам на 2020-2021 учебный год
    • Лауреат: Князева А.С.

• Руководство дипломными работами

  • • 2023 Изучение динамики гистонов и влияния посттрансляционных модификаций методами молекулярной динамики с использованием различных моделей воды
    • Научные руководители: Князева А.С., Армеев Г.А.
    • Автор: Шаряфетдинова Александра Сергеевна (Бакалавр)

• Авторство учебных курсов

  • • 2021 Программирование для биологов
    • Авторы: Шайтан А.К., Армеев Г.А., Князева А.С., Грибкова А.К., Сингх-Пальчевская Л.

• Преподавание учебных курсов

  • • 23 октября 2023 - 7 ноября 2023 Python для биологов
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
    • обязательная, базовой части, семинары, 52 часов
  • • 14 ноября 2022 - 30 ноября 2022 Python для биологов
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
    • в НТУ "Сириус" (государственная организация, университет, Россия)
    • обязательная, базовой части, семинары, 52 часов
  • • 7 февраля 2022 - 5 июня 2022 Молекулярное моделирование
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра биоинженерии
    • обязательная, базовой части, семинары, 36 часов
  • • 1 ноября 2021 - 14 ноября 2021 Python для биологов
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра биоинженерии
    • в НТУ "Сириус" (государственная организация, университет, Россия)
    • обязательная, базовой части, семинары, 52 часов

• Выступление в СМИ

  • • 25 мая 2023 г. УЧЕНЫЕ МГУ ВЫЯСНИЛИ, КАК ПОВЛИЯТЬ НА АКТИВНОСТЬ ХРОМОСОМ (LiveJournal)
    • Автор (участник): Федулова Анастасия Сергеевна
  • • 24 мая 2023 г. Ученые МГУ выяснили, как повлиять на активность хромосом (Пресс-служба МГУ)
    • Автор (участник): Федулова Анастасия Сергеевна
  • • 22 апреля 2021 г. Суперкомпьютер помог учёным МГУ разобраться с дыханием и скольжением ДНК (Научная Россия)
    • Авторы (участники): Федулова Анастасия Сергеевна, Шайтан Алексей Константинович, Армеев Григорий Алексеевич, Кирпичников Михаил Петрович, Воеводин Владимир Валентинович
  • • 22 апреля 2021 г. Суперкомпьютер помог учёным разобраться с дыханием и скольжением ДНК (Русская Планета)
    • Авторы (участники): Федулова Анастасия Сергеевна, Шайтан Алексей Константинович, Армеев Григорий Алексеевич, Кирпичников Михаил Петрович, Воеводин Владимир Валентинович
  • • 22 апреля 2021 г. Ученые МГУ разбираются в логике “чтения” молекулярными механизмами “текста” из нуклеотидов (Научно-информационный портал ПОИСК)
    • Авторы (участники): Федулова Анастасия Сергеевна, Шайтан Алексей Константинович, Армеев Григорий Алексеевич, Кирпичников Михаил Петрович, Воеводин Владимир Валентинович
  • • 22 апреля 2021 г. Ученые проследили за движением нитей ДНК внутри ядра клеток (ТАСС, Наука)
    • Авторы (участники): Федулова Анастасия Сергеевна, Шайтан Алексей Константинович, Армеев Григорий Алексеевич, Кирпичников Михаил Петрович, Воеводин Владимир Валентинович

---