ИСТИНА

Подшивалов Давид Дмитриевич пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики, аспирант, с 1 октября 2016

Соавторы: Тимофеев В.И., Куранова И.П., Marchenkova M.A., Ковальчук М.В., Dyakova Y.A., Kordonskaya Y., Kostromina M., Kuranova I.P., Pisarevskii Y.V., Sidorov-Biryukov D.D., Есипов Р.С., Кирилин Е.М., Коннов С.И. показать полностью..., Манджиева Ю.Б., Швядас В.К., Agapova Y.K., Rakitina T.V., Sidorov-Biryukov D.D., Sidorov-Biryukov D.D., Talyzina A.A., Благов А.Е., Дьякова Ю.А., Ильин В.А., Литунов А.А., Писаревский Ю.В., Синицына К.В., Тимофеев В.В.

10 статей, 7 докладов на конференциях, 2 тезисов докладов, 3 НИР

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 12, Scopus: 14

IstinaResearcherID (IRID): 32056814

ResearcherID: C-2153-2014

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2020 Structural Organization and Dynamic Characteristics of the Binding Site for Conformational Rearrangement Inhibitors in Hemagglutinins from H3N2 and H7N9 Influenza Viruses
    • Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Švedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 4, с. 499-506 DOI
  • • 2020 Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9
    • Подшивалов Д.Д., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 85, № 4, с. 578-586 DOI
  • • 2019 Моделирование комплекса фосфорибозилпирофосфатсинтетазы из Thermus thermophilus С АТФ и рибозо-5-фосфатом
    • Подшивалов Д., Сидоров-Бирюков Д., Тимофеев В., Литунов А., Костромина М., Синицына К., Муравьева Т., Куранова И., Есипов Р.
    • в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 64, № 1, с. 95-98 DOI
  • 
    • 2018 Discovery of Selective Inhibitors of Imidazoleglycerol-Phosphate Dehydratase from Mycobacterium tuberculosis by Virtual Screening
    • Podshivalov D., Mandzhieva Yu B., Sidorov-Biryukov D.D., Timofeev V.I., Kuranova I.P.
    • в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 63, № 1, с. 74-78 DOI
  • 
    • 2018 Discovery of selective inhibitors of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase by virtual screening
    • Mandzhieva J.B., Sidorov-Biryukov D.D., Podshivalov D.D., Kostromina M.A., Timofeev V.I., Kuranova I.P., Esipov R.S.
    • в журнале Russian Journal of Biopharmaceuticals, том 10, № 4, с. 23-27
  • 
    • 2018 Study of the Behavior of Lysozyme Oligomers in Solutions by the Molecular Dynamics Method
    • Kordonskaya Yu V., Timofeev V.I., Dyakova Yu A., Marchenkova M.A., Pisarevsky Yu V., Podshivalov D.D., Kovalchuk M.V.
    • в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 63, № 6, с. 947-950 DOI
  • • 2018 Поиск селективных ингибиторов имидазолглицеролфосфат дегидратазы из Mycobacterium Tuberculosis методом виртуального скрининга
    • Подшивалов Д.Д., Манджиева Ю.Б., Сидоров-Бирюков Д.Д., Тимофеев В.И., Куранова И.П.
    • в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 63, № 1, с. 82-87 DOI
  • 
    • 2017 Application of virtual screening and molecular dynamics for the analysis of selectivity of inhibitors of HU proteins targeted to the DNA-recognition site
    • Talyzina A.A., Agapova Yu K., Podshivalov D.D., Timofeev V.I., Sidorov-Biryukov D.D., Rakitina T.V.
    • в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 62, № 6, с. 903-908 DOI
  • 
    • 2017 Virtual screening of selective inhibitors of phosphopantetheine adenylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis
    • Podshivalov D.D., Timofeev V.I., Sidorov-Biryukov D.D., Kuranova I.P.
    • в журнале Crystallography Reports, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 62, № 3, с. 405-410 DOI
  • • 2017 ПОИСК СЕЛЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ФОСФОПАНТЕТЕИН АДЕНИЛИЛТРАНСФЕРАЗЫ ИЗ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS МЕТОДОМ ВИРТУАЛЬНОГО СКРИНИНГА
    • Подшивалов Д.Д., Тимофеев В.И., Сидоров-Бирюков Д.Д., Куранова И.П.
    • в журнале Кристаллография, издательство ФГУП Издательство «Наука» (Москва), том 62, № 3, с. 407-412 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2022 Study of the early stage structural rearrangement of H3N2 influenza virus hemagglutinin subunit HA2 during fusion with a host cell (Устный)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Švedas V.K.
    • BIOINFORMATICS AND COMPUTER-AIDED DRUG DISCOVERY, Москва, Россия, 24-26 мая 2022
  • • 2019 Investigating dynamic characteristics of the binding pocket in the influenza hemagglutinin (Стендовый)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Svedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2018 Computer-aided study of umifenovir binding by the Influenza hemagglutinin (Стендовый)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Švedas V.K., Kirilin E.M.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2018 Conformational analysis of sialic acid in its p-nitrophenyl and lactose derivatives bound to influenza membrane neuraminidase active site (Стендовый)
    • Авторы: Kirilin E.M., Podshivalov D.D., Švedas V.K.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2017 COMPUTER-AIDED SEARCH OF RIBOSE 5-PHOSPHATE AND ATP CONFORMATION IN THE ACTIVE SITE OF THE PHOSPHORYBOSYLPYROPHOSPHATE SYNTHETASE FROM THERMOPHILIC THERMUS THERMOPHILUS (Стендовый)
    • Авторы: Sidorov-Biryukov D., Podshivalov D., Kuranova I., Timofeev V., Esipov R., Mandzhieva J.
    • 3rd Kazan Summer School on Chemoinformatics, Казань, Россия, 5-7 июля 2017
  • • 2017 STRUCTURE-BASED VIRTUAL SCREENING OF NEW SELECTIVE INHIBITORS OF IMIDAZOLEGLYCEROL-PHOSPHATE DEHYDRATASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (Стендовый)
    • Авторы: Mandzhieva J., Timofeev V., Sidorov-Biryukov D., Podshivalov D.
    • 3rd Kazan Summer School on Chemoinformatics, Казань, Россия, 5-7 июля 2017
  • • 2017 Поиск новых ингибиторов имидазолглицерол-фосфат дегидратаза из mycobacteruim tuberculosis методом виртуального скрининга (Стендовый)
    • Авторы: Манджиева Ю.Б., Подшивалов Д.Д., Тимофеев В.И.
    • XXIV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов – 2017", МГУ имени М.В.Ломоносова, Россия, 20 апреля 2017

• Тезисы докладов

  • • 2019 ИССЛЕДОВАНИЕ НАЧАЛЬНОЙ СТАДИИ ПРОЦЕССА КРИСТАЛЛИЗАЦИИ БЕЛКА ЛИЗОЦИМА МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ
    • Кордонская Ю.В., Тимофеев В.И., Ильина К.Б., Марченкова М.А., Подшивалов Д.Д., Бойкова А.С., Дьякова Ю.А., Писаревский Ю.В., Ковальчук М.В.
    • в сборнике Сборник тезисов докладов VIII Международной конференции по фотонике и информационной оптике, тезисы, с. 120-121
  • • 2016 Исследование поведения олигомеров белка лизоцима в растворах методом молекулярной динамики
    • Подшивалов Д.Д., Благов А.Е., Дьякова Ю.А., Марченкова М.А., Писаревский Ю.В., Тимофеев В.И., Ковальчук М.В.
    • в сборнике Сборник тезисов Первого российского кристаллографического конгресса, Москва, ВДНХ, 21-26 ноября 2016 г, место издания ООО "НП-Принт" СПб, тезисы, с. 255-255

• НИРы

  • • 17 марта 2021 - 31 декабря 2024 Разработка и реализация принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта: от микромира, до живых организмов и Земной системы
    • 4.07.Лаборатория информатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Антонов А.С., Воеводин В.В., Кирилин Е.М. Участники НИР: Балдин С.М., Богомолов В.Ю., Варенцов А.И., Воеводин В.В., Волков Е.В., Гащук Е.М., Дебольский А.В., Добров Б.В., Дробот В.В., Жуматий С.А., Игнатенко А.П., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Лукашевич Н.В., Лыкосов В.Н., Медведев А.И., Молокоедов В.С., Мортиков Е.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Поддъяков И.Д., Подшивалов Д.Д., Полюхов А.А., Попов С.М., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Серов В.А., Сидоров И.Ю., Смирнов А.В., Смирнов В.А., Степаненко В.М., Стефанов К.С., Суязова В.И., Тихомиров М.М., Чернышев Д.И., Чернышев Р.В., Чухарев Ф.С., Шайхисламов Д.И., Шоков В.Н., Щербакова Т.А., Яковлев Р.В.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2023 Методы структурирования трудноформализуемых предметных областей на основе автоматизированного формирования больших графов знаний и онтологий по разнородным потокам текстовых данных
    • 4.04.Лаборатория анализа информационных ресурсов
    • Руководитель: Добров Б.В. Ответственный исполнитель: Лукашевич Н.В. Участники НИР: Артемова Е.Л., Архипенко К.В., Балдин С.М., Батура Т.В., Болдырев И.А., Браславский П.И., Быстрицкий Д.К., Быстрицкий Н.Д., Волков Е.В., Герасимова А.А., Гращенков П.В., Дробот В.В., Иванов В.В., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Кремнева М.Д., Лютикова Е.А., Майоров В.Д., Макаров-Землянский Н.В., Мячина А.В., Нилов Д.К., Подшивалов Д.Д., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Сидоров А.В., Скворцов Н.А., Смирнов В.А., Тихомиров М.М., Тутубалина Е.В., Чернышев Д.И., Чухарев Ф.С., Швядас В.К., Шелманов А.О., Штернов С.В.
  • • 22 марта 2018 - 31 декабря 2019 Изучение сайта связывания арбидола (умифеновира) в структуре гемагглютинина вируса гриппа А как перспективной мишени для действия новых ингибиторов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Подшивалов Д.Д.