ИСТИНА

Злобин Александр Сергеевич пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики, аспирант, с 1 октября 2019

МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики, преподаватель, с 1 января 2020

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Головин А.В., Залевский А.О., Смирнов И.В., Mokrushina Y., Белогуров А.А., Габибов А.Г., Wilmanns M., Беляева Ю.Д., Терехов С.С., Babkin G., Bourenkov G.P., Chatziefthimiou S.D., Reshetnikov R.V. показать полностью..., Гедзун В.Р., Доронин И.И., Копылов К.Е., Ловать М.Л., Малышев А.В., Маслова В.Д., Степанова А.В., Суплатов Д.А., Швядас В.К., Altman S., Blackburn G.M., Bobik T.V., Diankin I.D., Ermidis A., Khomutov R.M., Khurs E.N., Lerner R.A., Michael G.G., Nazarov A.S., Pipiya S.O., Shamborant O.G., Stepanov A.V., Zolotarev Y., Алисейчик М.П., Бобик Т.В., Васильева Е.В., Кнорре В.Д., Ковалев Г.И., Коновалов К.А., Куликова А.А., Кучумов А.Р., Митькевич В.А., Митькин Н.А., Остерман И.А., Пономаренко Н.А., Пушкарев С.В., Степанова А.В., Суханова Ю.А.

14 статей, 5 докладов на конференциях, 2 тезисов докладов, 5 НИР, 2 стажировки, 6 курсовых работ, 3 учебных курса, 1 выступление в СМИ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 29, Scopus: 35

IstinaResearcherID (IRID): 83906820

ResearcherID: ABG-5405-2020

ORCID: 0000-0001-8627-0455

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • • 2023 Challenges in Protein QM/MM Simulations with Intra-Backbone Link Atoms
    • Zlobin Alexander, Belyaeva Julia, Golovin Andrey
    • в журнале Journal of Chemical Information and Modeling, издательство American Chemical Society (United States), том 63, № 2, с. 546-560 DOI
  • • 2023 Modern non-polarizable force fields diverge in modeling the enzyme–substrate complex of a canonical serine protease
    • Belyaeva Julia, Zlobin Alexander, Maslova Valentina, Golovin Andrey
    • в журнале Physical Chemistry Chemical Physics, издательство Royal Society of Chemistry (United Kingdom) DOI
  • • 2022 Between Protein Fold and Nucleophile Identity: Multiscale Modeling of the TEV Protease Enzyme–Substrate Complex
    • Zlobin Alexander, Golovin Andrey
    • в журнале ACS Omega, том 7, № 44, с. 40279-40292 DOI
  • 
    • 2021 In silico Screening and Behavioral Validation of a Novel Peptide, LCGA-17, With Anxiolytic-Like Properties
    • Malyshev Anton V., Sukhanova Iuliia A., Zlobin Alexander S., Gedzun Vasilina R., Pavshintsev Vsevolod V., Vasileva Ekaterina V., Zalevsky Arthur O., Doronin Igor I., Mitkin Nikita A., Golovin Andrey V., Lovat Maxim L., Kovalev Georgy I., Zolotarev Yurii A., Kuchumov Askar R., Babkin Gennady A., Luscher Bernhard
    • в журнале Frontiers in neuroscience, издательство Frontiers Research Foundation (Switzerland), том 15 DOI
  • 
    • 2021 Probing the Suitability of Different Ca2+ Parameters for Long Simulations of Diisopropyl Fluorophosphatase
    • Zlobin Alexander, Diankin Igor, Pushkarev Sergey, Golovin Andrey
    • в журнале Molecules, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 26, № 19, с. 5839-5839 DOI
  • 
    • 2020 A kinase bioscavenger provides antibiotic resistance by extremely tight substrate binding
    • Terekhov Stanislav S., Mokrushina Yuliana A., Nazarov Anton S., Zlobin Alexander S., Zalevsky Arthur, Bourenkov Gleb, Golovin Andrey, Belogurov Alexey, Osterman Ilya A., Kulikova Alexandra A., Mitkevich Vladimir A., Lou Hua Jane, Turk Benjamin E., Wilmanns Matthias, Smirnov Ivan V., Altman Sidney, Gabibov Alexander G.
    • в журнале Science Advances, том 6, № 26 DOI
  • 
    • 2020 Multiscale computation delivers organophosphorus reactivity and stereoselectivity to immunoglobulin scavengers
    • Mokrushina Yuliana A., Golovin Andrey V., Smirnov Ivan V., Chatziefthimiou Spyros D., Stepanova Anastasia V., Bobik Tatyana V., Zalevsky Arthur O., Zlobin Alexander S., Konovalov Kirill A., Terekhov Stanislav S., Stepanov Alexey V., Pipiya Sofiya O., Shamborant Olga G., Round Ekaterina, Belogurov Alexey A., Bourenkov Gleb, Makarov Alexander A., Wilmanns Matthias, Xie Jia, Blackburn G.Michael, Gabibov Alexander G., Lerner Richard A.
    • в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, издательство National Academy of Sciences (United States), с. 202010317-202010317 DOI
  • 
    • 2019 CASBench: A Benchmarking Set of Proteins with Annotated Catalytic and Allosteric Sites in Their Structures
    • Zlobin A., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • • 2019 CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах
    • Злобин А., Суплатов Д., Копылов К., Швядас В.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • 
    • 2019 PeptoGrid—Rescoring Function for AutoDock Vina to Identify New Bioactive Molecules from Short Peptide Libraries
    • Zalevsky Arthur, Zlobin Alexander, Gedzun Vasilina, Reshetnikov Roman, Lovat Maxim, Malyshev Anton, Doronin Igor, Babkin Gennady, Golovin Andrey
    • в журнале Molecules, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 24, № 2, с. 277 DOI
  • 
    • 2018 QM/MM Description of Newly Selected Catalytic Bioscavengers Against Organophosphorus Compounds Revealed Reactivation Stimulus Mediated by Histidine Residue in the Acyl-Binding Loop
    • Zlobin Alexander, Mokrushina Yuliana, Terekhov Stanislav, Zalevsky Arthur, Bobik Tatiana, Stepanova Anastasiya, Aliseychik Maria, Kartseva Olga, Panteleev Sergey, Golovin Andrey, Belogurov Alexey, Gabibov Alexander, Smirnov Ivan
    • в журнале Frontiers in pharmacology, издательство Frontiers Media] ([Lausanne, Switzerland), том 9, с. e834 DOI
  • 
    • 2018 The Preferable Binding Pose of Canonical Butyrylcholinesterase Substrates Is Unproductive for Echothiophate
    • Zlobin A.S., Zalevsky A.O., Mokrushina Y.A., Kartseva O.V., Golovin A.V., Smirnov I.V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 10, № 4, с. 121-124
  • 
    • 2017 Evolution of catalytic centers of antibodies by virtual screening of broad repertoire of mutants using supercomputer
    • Golovin A.V., Smirnov I.V., Stepanova A.V., Zalevskiy A.O., Zlobin A.S., Ponomarenko N.A., Belogurov A.A., Knorre V.D., Hurs E.N., Chatziefthimiou S.D., Wilmanns M., Blackburn G.M., Khomutov R.M., Gabibov A.G.
    • в журнале Doklady Biochemistry and Biophysics, издательство M A I K Nauka - Interperiodica (Russian Federation), том 475, № 1, с. 245-249

• Статьи в сборниках

  • 
    • 2021 Exploiting Structural Constraints of Proteolytic Catalytic Triads for Fast Supercomputer Scaffold Probing in Enzyme Design Studies
    • Zlobin Alexander, Ermidis Alexander-Pavel, Maslova Valentina, Belyaeva Julia, Golovin Andrey
    • в сборнике Communications in Computer and Information Science, серия Supercomputing. RuSCDays 2021, издательство Springer International Publishing AG (Cham, Switzerland), том 1510, с. 58-72 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2021 Multiscale investigation into the active site composition of AmiN kinase (Стендовый)
    • Авторы: Belyaeva Julia, Zlobin Alexander, Golovin Andrey
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
  • • 2021 Tyrosine phosphatase-­inspired redesign of an abzyme bioscavenger (Стендовый)
    • Авторы: Zlobin A., Maslova V., Smirnov I., Golovin A.
    • The 45th FEBS Congress, Любляна, Словения, 3-8 июля 2021
  • • 2018 Mechanisms of organophosphatase activity in novel butyrylcholinesterase variants (Устный)
    • Авторы: Zlobin A.S., Golovin A.V., Smirnov I.V., Zalevsky A.O.
    • The 2nd Russia-Japan Joint Forum for Education and Research, Москва, Россия, 24-25 сентября 2018
  • • 2017 Модификация бутирилхолинэстеразы человека для расщепления фосфорорганических соединений (Стендовый)
    • Авторы: Залевский А.О., Злобин Александр Сергеевич
    • XXIV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов – 2017", МГУ имени М.В.Ломоносова, Россия, 20 апреля 2017
  • • 2015 Bioinformatic analysis of binding sites in protein superfamilies for design of selective inhibitors of enzymes from pathogens (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D., Švedas V., Zlobin A.
    • Biocatalysis 2015, Истра, Россия, 21-26 июня 2015

• Тезисы докладов

  • 
    • 2019 Towards application of deep convolutional neural networks to enzyme design
    • Alexander Zlobin, Georgiy Andreev, Ivan Smirnov, Andrey Golovin
    • в сборнике Biocatalysis-2019: Abstracts of 12th International Conference "Biocatalysis: Fundamentals and Applications", место издания Moscow, тезисы, с. 55-55
  • 
    • 2019 Unraveling Na+ dependent thrombin activation with large-scale QM/MM simulations
    • Zalevsky Arthur, Zlobin Alexander, Smirnov Ivan, Golovin Andrey, Reshetnikov Roman
    • в сборнике Biocatalysis-2019: Abstracts of 12th International Conference "Biocatalysis: Fundamentals and Applications", место издания Moscow, тезисы, с. 56-56

• НИРы

  • • 28 ноября 2019 - 28 октября 2021 Рациональный дизайн органофосфатаз на базе структурной матрицы каталитического антитела
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Головин А.В. Ответственные исполнители: Залевский А.О., Злобин А.С. Участники НИР: Беляева Ю.Д., Буянова М.Ф., Елизарова Е.Т., Маслова В.Д., Шугаева Т.Е.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2025 Исследование механизмов преобразования энергии в мембранных системах, связанных с циклическим переносом ионов водорода и натрия ферментами электрон-транспортных цепей, механизмов продукции активных форм кислорода и их роли в физиологии клетки
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководители: Северин Ф.Ф., Скулачев В.П. Ответственные исполнители: Богачев А.В., Выгодина Т.В. Участники НИР: Аверина О.А., Аветисян А.В., Адрианов М.А., Алексеевский А.В., Андрианова Н.В., Антоненко Ю.Н., Арутюнян А.М., Ацаркина Н.В., Бабенко В.А., Бакеева Л.Е., Бальзанникова В.В., Беликова М.П., Берцова Ю.В., Борисов В.Б., Бруман С.М., Будаговская Н.В., Вайс В.Б., Вангели И.М., Вахитова И.И., Высоких К.М., Высоких М.Ю., Галкина К.В., Гуськова Л.И., Дедухова В.И., Домнинская М.Л., Дюба А.В., Загрядская Ю.А., Зиновкин Р.А., Злобин А.С., Зоров Д.Б., Зоров С.Д., Зорова Л.Д., Зубарева В.М., Зырина А.Н., Исаев Н.К., Казанцева О.А., Карачевцева Н.М., Каргер Е.М., Кашко Н.Д., Киреева Н.А., Кирсанов Р.С., Кнорре Д.А., Константинов А.А., Королев Д.Е., Коршунова Г.А., Кулебякин А.Н., Лапашина А.С., Лапин И.В., Литвин А.В., Лямзаев К.Г., Манских В.Н., Маркова О.В., Меркулов А.А., Мулкиджанян А.Я., Мунтян М.С., Назаров П.А., Наумова Ю.О., Нестеренко А.М., Носкова Е.О., Носкова Е.О., Олейников И.П., Павлюченкова А.Н., Пантелеева А.А., Певзнер И.Б., Плотников Е.Ю., Попков В.А., Рокицкая Т.И., Северин Ф.Ф., Сергеев О.В., Силачёв Д.Н., Силецкий С.А., Симонян Р.А., Скулачев М.В., Смирнова Е.А., Смирнова Е.Г., Соколов С.С., Токмакова З.А., Третьяков Д.О., Фирсов А.М., Хайлова Л.С., Цвиркун Д.В., Черняк Б.В., Чубаров А.А., Эльдаров Ч.М., Ягужинский Л.С., Яубасарова И.Р.
  • • 9 июля 2018 - 9 июля 2021 Таргетная доставка в клетки глиобластомы химиотерапевтических агентов с помощью олигонуклеотидов и наноконтейнеров на их основе
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Головин А.В. Ответственные исполнители: Бизяева А.А., Демкив А.О., Завьялова Е.Г., Злобин А.С., Копылов А.М., Смородина Е.Г. Участники НИР: Бизяева А.А., Самойленкова Н.С.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Злобин А.С., Копылов К.Е., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Злобин А.С., Копылов К.Е., Медведев Д.О., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.

• Стажировки в организациях

  • • 4 июля 2017 - 29 сентября 2017 Uppsala University Biomedical Center, Швеция
  • • 1 июля 2016 - 31 июля 2016 Leiden University Medical Center, Нидерланды

• Руководство курсовыми работами

  • • 2022 Полная структура каталитической триады гидролаз может быть реконструирована из данных о взаиморасположении только остовов ее остатков
    • Научные руководители: Злобин А.С., Головин А.В.
    • Автор: Фроленкова Марина Олеговна (Специалист)
  • • 2022 Молекулярное моделирование каталитического механизма фосфоглицерат мутазы
    • Научные руководители: Злобин А.С., Головин А.В.
    • Автор: Рачкова Анастасия Александровна (Специалист)
  • • 2022 Изучение механизмов активации плазмина методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Головин А.В., Злобин Александр Сергеевич
    • Автор: Беляева Юлия Дмитриевна (Специалист)
  • • 2021 Сравнительный анализ архитектур и окружения каталитических триад
    • Научные руководители: Головин А.В., Злобин А.С.
    • Автор: Эрмидис Александр (Специалист)
  • • 2019 Применение сверточных нейронных сетей для рационального дизайна ферментов
    • Научные руководители: Злобин А.С., Головин А.В.
    • Автор: Андреев Г.О. (Специалист)
  • • 2019 Оптимизация структуры антибиотика амикумацин А методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Головин А.В., Злобин А.С.
    • Автор: Коркунова Е.М. (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2014 МФК Биоинформатика
    • Авторы: Алексеевский А.В., Спирин С.А., Карягина-Жулина А.С., Гельфанд М.С., Потапова Н.А., Жарикова А.А., Диброва Д.В., Злобин А.С.

• Преподавание учебных курсов

  • • 1 сентября 2021 - 25 декабря 2021 Биоинформатика 4 курс
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, лекции, 32 часов
  • • 1 сентября 2020 - 26 декабря 2020 Биоинформатика 4 курс
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, лекции, 32 часов
  • • 1 сентября 2019 - 27 декабря 2019 Биоинформатика 4 курс
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, лекции, 32 часов

• Выступление в СМИ

  • • 11 сентября 2018 г. Выяснен механизм действия противоядия от химического оружия (Индикатор)
    • Авторы (участники): Злобин Александр Сергеевич, Залевский Артур Олегович, Головин Андрей Викторович, Смирнов И.В.

---