ИСТИНА

Тимонина Дарья Сергеевна пользователь

Соавторы: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Швядас В.К., Fesko K., Воеводин В.В., Муронец В.И., Шмальгаузен Е.В., Копылов К.Е., Попова Н.Н., Сыпченко И.В.

11 статей, 4 доклада на конференциях, 2 НИР, 1 диссертация

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 18, Scopus: 22

IstinaResearcherID (IRID): 79489156

Деятельность

• Статьи в журналах

  • • 2022 Analysis of Multiple Protein Alignments Using 3D-Structural Information on the Orientation of Amino Acid Side-Chains
    • Timonina D.S., Suplatov D.A.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 56, № 4, с. 610-615 DOI
  • • 2022 Анализ множественных выравниваний белков с использованием 3D-структурной информации по ориентации боковых цепей аминокислот
    • Тимонина Д.С., Суплатов Д.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 56, № 4, с. 663-670 DOI
  • 
    • 2021 Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies
    • Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal, том 19, с. 1302-1311 DOI
  • 
    • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis
    • Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 46-46 DOI
  • 
    • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
    • Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 276-276 DOI
  • • 2019 Yosshi: a web-server for disulfide engineering by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D.A., Timonina D.S., Sharapova Y.A., Švedas V.K.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2018 The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Kirill Kopylov, Vytas Švedas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 2, с. 1840005 DOI
  • • 2018 Лиувиллева классификация интегрируемых геодезических потоков в потенциальном поле на двумерных многообразиях вращения: торе и бутылке Клейна
    • Тимонина Дарья Сергеевна
    • в журнале Математический сборник, издательство МИАН (Москва), том 209, № 11, с. 103-136 DOI
  • 
    • 2017 Topological classification of Integrable geodesic flows in a potential field on the torus of revolution
    • Timonina D.S.
    • в журнале Lobachevskii Journal of Mathematics, издательство Kazanskii Gosudarstvennyi Universitet/Kazan State University (Russian Federation), том 38, № 6, с. 1108-1120
  • • 2017 Лиувиллева классификация интегрируемых геодезических потоков на торе вращения в потенциальном поле
    • Тимонина Д.С.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 1: Математика. Механика, издательство Изд-во Моск. ун-та (М.), № 3, с. 35-43
  • • 2015 Замкнутые геодезические на кусочно гладких поверхностях вращения постоянной кривизны
    • Сыпченко И.В., Тимонина Д.С.
    • в журнале Математический сборник, издательство МИАН (Москва), том 206, № 5, с. 127-160

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Open-access Mustguseal platform to explore protein superfamilies (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Elena Schmalhausen, Vytas Švedas, Nina Popova, Vladimir Muronets, Vladimir Voevodin, Kateryna Fesko
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Yosshi: the bioinformatic approach to protein disulfide engineering (Стендовый)
    • Авторы: Yana Sharapova, Vytas Švedas, Daria Timonina, Dmitry Suplatov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis? (Устный)
    • Авторы: Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019

• НИРы

  • • 31 января 2020 - 31 декабря 2022 Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Участники НИР: Суплатов Д.А., Тарумова Н.Т., Тимонина Д.С., Тимохин И.А., Шегай М.В.
  • • 15 августа 2018 - 31 декабря 2021 Установление взаимосвязи между структурой и функциональными свойствами белков/ферментов на основе интеллектуального анализа информационных ресурсов и разработка предсказательных алгоритмов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Воеводин В.В., Герасева Е.П., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К. Участники НИР: Воеводин В.В., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К.

• Диссертация

  • • 2023 Биоинформатический анализ суперсемейств белков на уровне 3D-структурной организации с использованием методов машинного обучения
    • Кандидатская диссертация по специальности 1.5.8 - Математическая биология, биоинформатика (биол. науки)
    • Автор: Тимонина Дарья Сергеевна
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете МГУ.015.10(03.04) МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Оппоненты: Попинако Анна Владимировна, Мирошников Константин Анатольевич, Шайтан Константин Вольдемарович