ИСТИНА

Тимонина Дарья Сергеевна пользователь

Соавторы: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Швядас В.К., Fesko K., Воеводин В.В., Муронец В.И., Шмальгаузен Е.В., Копылов К.Е., Попова Н.Н., Сыпченко И.В.

11 статей, 4 доклада на конференциях, 3 НИР, 1 диссертация

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 18, Scopus: 22

IstinaResearcherID (IRID): 79489156

Деятельность

• Статьи в журналах

  • • 2022 Analysis of Multiple Protein Alignments Using 3D-Structural Information on the Orientation of Amino Acid Side-Chains
    • Timonina D.S., Suplatov D.A.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 56, № 4, с. 610-615 DOI
  • • 2022 Анализ множественных выравниваний белков с использованием 3D-структурной информации по ориентации боковых цепей аминокислот
    • Тимонина Д.С., Суплатов Д.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 56, № 4, с. 663-670 DOI
  • 
    • 2021 Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies
    • Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal, том 19, с. 1302-1311 DOI
  • 
    • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis
    • Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 46-46 DOI
  • 
    • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
    • Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 276-276 DOI
  • • 2019 Yosshi: a web-server for disulfide engineering by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D.A., Timonina D.S., Sharapova Y.A., Švedas V.K.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2018 The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Kirill Kopylov, Vytas Švedas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 2, с. 1840005 DOI
  • • 2018 Лиувиллева классификация интегрируемых геодезических потоков в потенциальном поле на двумерных многообразиях вращения: торе и бутылке Клейна
    • Тимонина Дарья Сергеевна
    • в журнале Математический сборник, издательство МИАН (Москва), том 209, № 11, с. 103-136 DOI
  • 
    • 2017 Topological classification of Integrable geodesic flows in a potential field on the torus of revolution
    • Timonina D.S.
    • в журнале Lobachevskii Journal of Mathematics, издательство Kazanskii Gosudarstvennyi Universitet/Kazan State University (Russian Federation), том 38, № 6, с. 1108-1120
  • • 2017 Лиувиллева классификация интегрируемых геодезических потоков на торе вращения в потенциальном поле
    • Тимонина Д.С.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 1: Математика. Механика, издательство Изд-во Моск. ун-та (М.), № 3, с. 35-43
  • • 2015 Замкнутые геодезические на кусочно гладких поверхностях вращения постоянной кривизны
    • Сыпченко И.В., Тимонина Д.С.
    • в журнале Математический сборник, издательство МИАН (Москва), том 206, № 5, с. 127-160

• Доклады на конференциях

  • • 2019 Open-access Mustguseal platform to explore protein superfamilies (Стендовый)
    • Авторы: Vladimir Voevodin, Vytas Švedas, Vladimir Muronets, Nina Popova, Kateryna Fesko, Elena Schmalhausen, Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Yosshi: the bioinformatic approach to protein disulfide engineering (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Daria Timonina
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis? (Устный)
    • Авторы: Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019

• НИРы

  • • 31 января 2020 - 31 декабря 2022 Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Участники НИР: Суплатов Д.А., Тарумова Н.Т., Тимонина Д.С., Тимохин И.А., Шегай М.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2025 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Алешин В.А., Артюхов А.В., Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Безуглов В.С., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясов М.Б., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Калмыков П.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Кудрявцева С.С., Кузнеченкова Е.Ю., Курочкина Л.П., Магретова Н.Н., Мельникова А.К., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Панина (Вавилова) А.М., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Поздышев Д.В., Романов А.В., Севостьянова И.А., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Соловьев В.В., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Тимонина Д.С., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 15 августа 2018 - 31 декабря 2021 Установление взаимосвязи между структурой и функциональными свойствами белков/ферментов на основе интеллектуального анализа информационных ресурсов и разработка предсказательных алгоритмов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Воеводин В.В., Герасева Е.П., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К. Участники НИР: Воеводин В.В., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К.

• Диссертация

  • • 2023 Биоинформатический анализ суперсемейств белков на уровне 3D-структурной организации с использованием методов машинного обучения
    • Кандидатская диссертация по специальности 1.5.8 - Математическая биология, биоинформатика (биол. науки)
    • Автор: Тимонина Дарья Сергеевна
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете МГУ.015.10(03.04) МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Организация, в которой выполнялась работа: МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Оппоненты: Попинако Анна Владимировна, Мирошников Константин Анатольевич, Шайтан Константин Вольдемарович