Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
отправить сообщение
открыть новую версию профиля
Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно
пользователь
ответственный
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Факультет биоинженерии и биоинформатики
, профессор, с 1 января 2004
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
,
Отдел биокинетики
, главный научный сотрудник, с 1 сентября 1971, по совместительству
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский вычислительный центр
,
4.07.Лаборатория информатики
, заведующий лабораторией, с 1 апреля 2021, по совместительству
доктор химических наук с 1991 года
профессор по специальности № Биохимия с 3 декабря 1999 г.
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский вычислительный центр
,
4.07.Лаборатория информатики
, ответственный по системе
МГУ имени М.В. Ломоносова
,
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
,
Отдел биокинетики
, ответственный по системе
Соавторы:
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Березин И.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Margolin A.L.
,
Щербакова Т.А.
,
Galaev I.Y.
,
Шарапова Я.А.
,
Галаев И.Ю.
,
Кирилин Е.М.
,
Воеводин В.В.
,
Гущина И.В.
,
Зезин А.Б.
показать полностью...
,
KOZLOVA E.
,
Копылов К.Е.
,
Лаврик О.И.
,
Попова Н.Н.
,
Панин Н.В.
,
Sheldon R.A.
,
van Langen L.M.
,
Клесов А.А.
,
Шаповалова И.В.
,
KUKHAR V.P.
,
Youshko M.I.
,
Халиуллин И.Г.
,
van Rantwijk F.
,
Балдин С.М.
,
Романова Н.Н.
,
Sherstiuk S.F.
,
Зык Н.В.
,
Изумрудов В.А.
,
Захаренко А.Л.
,
Кабанов В.А.
,
Nys P.
,
Soloshonok V.
,
Гололобов М.Ю.
,
Рыбалко И.И.
,
Шегай М.В.
,
Березин И.В.
,
Дробот В.В.
,
Никулин М.В.
,
Chilov G.G.
,
Klyosov A.A.
,
Кирсанов К.И.
,
Кургина Т.А.
,
Муронец В.И.
,
Попов В.О.
,
Пушкарев С.В.
,
Akparov V.K.
,
Savitskaya E.
,
Евтеев С.А.
,
Козлова Е.В.
,
Кутузов М.М.
,
Марголин А.Л.
,
Поленова А.М.
,
Талло Т.Г.
,
Тимонина Д.С.
,
Тимофеев В.И.
,
Юшко М.И.
,
Chilov G.G.
,
Fesko K.
,
Kudryavtsev P.A.
,
PSHEZHETSKY A.
,
Shishkina I.
,
Герасимова Н.С.
,
Коршунова Г.А.
,
Кудан П.В.
,
Кухарь В.П.
,
Малюченко Н.В.
,
Морозова И.А.
,
Прохорова Е.А.
,
Фетисов Т.И.
,
Чилов Г.Г.
,
Шрам С.И.
,
Ямскова О.В.
,
Kuranova I.P.
,
Rakitina T.V.
,
Sherstyuk S.F.
,
Stroganov O.V.
,
Абрамова Т.В.
,
Аржаник В.К.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Данилова Р.А.
,
Клячко Н.Л.
,
Куликов А.В.
,
Манасарян Г.А.
,
Маркарян А.Н.
,
Ризаев Э.Т.
,
Солошонок B.А.
,
Ушаков Г.А.
,
Федорова И.М.
,
Шведене Н.В.
,
Шмальгаузен Е.В.
,
BLINKOVSKII A.
,
Boesten W.H.
,
Didziapetris R.
,
Elsliger M.A.
,
Galaev I.
,
Halling P.J.
,
Jakubke H.
,
Khimiuk A.I.
,
Khimiuk A.Y.
,
Kotik N.
,
Luzina O.
,
MARTINEK K.
,
Oosthoek N.H.
,
Rybalko I.I.
,
Salakhutdinov N.
,
Shabalin I.G.
,
Shumkov M.
,
Silnikov V.N.
,
TAKHAVEYEV V.
,
Volovik T.S.
,
Yolkin P.G.
,
de Vroom E.
,
Антошина Е.Е.
,
Асано Я.
,
Ашмарин И.П.
,
Бартошевич Ю.Э.
,
Баулин В.Е.
,
Винник В.А.
,
Гуренцова О.И.
,
Дырхеева Н.С.
,
Егоров А.М.
,
Злобин А.С.
,
Казанская Н.Ф.
,
Коннов С.И.
,
Котик Н.В.
,
Красников Б.Ф.
,
Куранова И.П.
,
Левашов А.В.
,
Лесовая Е.А.
,
Люблинская Л.А.
,
Максименко А.В.
,
Мальцева Е.А.
,
Михайлов С.Н.
,
Немилова М.Ю.
,
Обухова М.Ф.
,
Петраускас А.А.
,
Плетнев И.В.
,
Подшивалов Д.Д.
,
Попинако А.В.
,
Починок И.В.
,
Пшежецкий А.В.
,
Сагимбаева Ш.К.
,
Семенюк П.И.
,
Семилетов Ю.А.
,
Синицын А.П.
,
Скворцова Е.Б.
,
Студитский В.М.
,
Сумбатян Н.В.
,
Суханова М.В.
,
Теренин В.И.
,
Тимохин И.А.
,
Тишков В.И.
,
Тюрин Е.С.
,
Угарова Н.Н.
,
Феофанов А.В.
,
Черкашина А.С.
,
Черноризов К.А.
,
Шалаева Д.Н.
,
Якубовская М.Г.
,
Яшина К.И.
,
AGASYAN P.
,
Alkema W.B.
,
Alkema Wynand B.L.
,
Antonov M.
,
Azimirad A.
,
Ballesteros A.
,
Baradieva E.C.
,
Belik M.Y.
,
Belitsky G.A.
,
Berezin I.V.
,
Besenmatter W.
,
Braiuca P.
,
Braudo E.
,
Carrea G.
,
Chestukhina G.G.
,
Drabnig B.
,
Drachev V.A.
,
El-Zein F.
,
Elkina J.L.
,
Fermeglia M.
,
Filimonov A.
,
Galushko S.V.
,
Gardossi L.
,
Himi M.
,
Hult K.
,
Ismail H.
,
Jager Simon A.W.
,
Jekel P.A.
,
KABAKOV V.
,
KLIBANOV A.
,
Kabanov V.A.
,
Khitrovo I.
,
Khrustalev V.
,
Khrustaleva T.
,
Kirilenko D.A.
,
Knapic L.
,
Kogut O.
,
Konstantinova G.E.
,
Kormer S.S.
,
Koschke V.
,
Koval O.
,
Kuprushkin M.
,
LYUBITOV I.
,
Lau R.M.
,
Lyashenko A.
,
MERKER S.
,
Magnusson A.
,
Makarov V.A.
,
Makhmudova L.F.
,
Manikaylo A.E.
,
Mironenko D.A.
,
Misiura N.M.
,
Murahashi S.I.
,
Navashin S.
,
Nikolaeva A.
,
Novikov F.N.
,
Pauliukonis R.
,
Pchelintsev N.A.
,
Pereira S.R.
,
Pervushina S.
,
Potier M.
,
Poulsen P.B.
,
Resnati G.
,
STRONGIN A.
,
Salakhutdinov N.F.
,
Savitska E.
,
Schmid A.
,
Schmidtke M.
,
Seddon K.R.
,
Smirnovskaya M.S.
,
Solodenko V.A.
,
Sorochinsky A.
,
Svendsen A.
,
Tallo T.G.
,
Tararov V.I.
,
Tokunan K.
,
Tolstoguzov V.
,
Trukhanova L.
,
Vasic-Racki D.
,
Vilkova A.S.
,
Wohlgemuth R.
,
ZATONSKAYA V.
,
Zinovieva V.Y.
,
de Vroom E.
,
Абрамова Т.В.
,
Алексеева А.А.
,
Алкема В.Б.
,
Арбатский М.С.
,
Барадиева Э.Ц.
,
Беликов В.М.
,
Белицкий Г.А.
,
Богданов, мл. А.А.
,
Бойко К.М.
,
Бохян Б.Ю.
,
Бочкова А.А.
,
Браудо Е.Е.
,
Буров Д.А.
,
Бурова Т.В.
,
Буханов А.Л.
,
Власова О.А.
,
Вржещ П.В.
,
Галушко С.В.
,
Герасева Е.П.
,
Горькова Т.Г.
,
Григоренко Б.Л.
,
Гринберг В.Я.
,
Гринберг Н.В.
,
Губницкий Л.С.
,
Давыдов Д.В.
,
Дзантиев Б.Б.
,
Диброва Д.В.
,
Драчев В.А.
,
Ефременко Е.Н.
,
Ефремова А.С.
,
Ефремова А.С.
,
Жуматий С.А.
,
Затонская В.Л.
,
Захарова О.
,
Ильина Е.С.
,
Кабаков В.Е.
,
Карапутадзе Т.М.
,
Кашева Т.Н.
,
Кириленко А.Г.
,
Кирсанов Е.А.
,
Кирш Ю.Э.
,
Козлов Н.А.
,
Куимов А.Н.
,
Куликов А.В.
,
Кульбачевская Н.Ю.
,
Лалетина Л.А.
,
Любитов И.Е.
,
Мартинек К.
,
Мевх А.Т.
,
Меркер Ш.
,
Мехеда Л.В.
,
Мироненко Д.А.
,
Мисюра Н.М.
,
Моисеев И.И.
,
Моисеева Н.И.
,
Мягкова Г.И.
,
Немухин А.В.
,
Новиков Н.
,
Нузум Л.Я.
,
Обухова М.Р.
,
Оцука М.
,
Перцович С.И.
,
Полиакофф М.
,
Поройков В.В.
,
Поройков В.В.
,
Роженко А.Б.
,
Савченко М.В.
,
Саулина А.А.
,
Свистунова Н.Ю.
,
Семенов А.Н.
,
Сидорова А.И.
,
Смирновская М.С.
,
Солоденко В.А.
,
Степанов В.М.
,
Стрельцова З.А.
,
Строганов О.В.
,
Тараров В.И.
,
Толстогузов В.Б.
,
Ходырева С.Н.
,
Хренова М.Г.
,
Чернобровкин М.Г.
,
Шабалин И.Г.
,
Шамолина(Щербакова) Т.А.
,
Шаповалова Е.Н.
,
Шелленбергер А.
,
Шелленбергер У.
,
Шерстюк С.Ф.
,
Шпигун О.А.
,
Шурубор Е.И.
,
Щеголев В.О.
,
Щербаков А.М.
,
Эльдаров М.А.
,
Элькина Ю.Л.
,
Юрченко Т.С.
,
Яковлева В.И.
,
Якубке Х.Д.
,
Якушева Л.А.
,
Янссен Д.Б.
,
Ярополов А.И.
,
Ярополов А.И.
,
де В.Э.
,
подчерняев д.а.
317 статей
,
4 книги
,
97 докладов на конференциях
,
16 тезисов докладов
,
22 НИР
,
21 патент
,
2 научного отчёта
,
1 награда
,
7 членств в редколлегиях журналов
,
8 членств в программных комитетах
,
3 членства в диссертационных советах
,
25 диссертаций
,
75 дипломных работ
,
43 курсовые работы
,
13 учебных курсов
,
1 выступление в СМИ
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 3048, Scopus: 2708
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 714122
ResearcherID:
J-6594-2012
Scopus Author ID:
7004619816
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Conformational transitions induced by NADH binding promote reduction half-reaction in 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase catalytic cycle
Kopylov Kirill
,
Kirilin Evgeny
,
Svedas Vytas
в журнале
Biochemical and Biophysical Research Communications
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 639, с. 77-83
DOI
2023
Natural guanine derivatives exert PARP-inhibitory and cytoprotective effects in a model of cardiomyocyte damage under oxidative stress
Shram S.I.
,
Shcherbakova T.A.
,
Abramova T.V.
,
Baradieva E.C.
,
Efremova A.S.
,
Smirnovskaya M.S.
,
Silnikov V.N.
,
Svedas V.K.
,
Nilov D.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 88, № 6, с. 783-791
DOI
2023
Penicillin Acylase: A Retrospective Study of the Kinetics and Thermodynamics of Practically Significant Reactions
Panin N.V.
,
Guranda D.T.
,
Shapovalova I.V.
,
Švedas V.K.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 78, № 4, с. 187-200
DOI
2023
Preparative Biocatalytic Synthesis of α-Ketomethylselenobutyrate—A Putative Agent for Cancer Therapy
Nikulin Maksim V.
,
Drobot Viktor V.
,
Shurubor Yevgeniya I.
,
Švedas Vytas K.
,
Krasnikov Boris F.
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 28, № 17
DOI
2023
Search for inhibitors of Mycobacterium tuberculosis transketolase in a series of sulfo-substituted compounds
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Shcherbakova T.A.
,
Baldin S.M.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 15, № 2, с. 81-83
DOI
2023
Specificity of Penicillin Acylases in Deprotection of N-Benzyloxycarbonyl Derivatives of Amino Acids
Morozova I.A.
,
Guranda D.T.
,
Panin N.V.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 15, № 1, с. 69-73
DOI
2023
Пенициллинацилаза: ретроспектива изучения кинетики и термодинамики практически значимых реакций
Панин Н.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 64, № 4, с. 334-352
DOI
2023
Поиск ингибиторов транскетолазы из Mycobacterium tuberculosis в ряду сульфозамещенных соединений
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Щербакова Т.А.
,
Балдин С.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 15, № 2, с. 81-83
DOI
2023
Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе
Шрам С.И.
,
Щербакова Т.А.
,
Абрамова Т.В.
,
Барадиева Э.Ц.
,
Ефремова А.С.
,
Смирновская М.С.
,
Сильников В.Н.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 88, № 6, с. 962-972
DOI
2023
Специфичность пенициллинацилаз в реакции снятия защитной группы в N-бензилоксикарбонильных производных аминокислот
Морозова И.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Панин Н.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 15, № 1, с. 69-73
DOI
2022
Computational Alchemy Using Accelerated GPU Calculations: Fine Structural Tuning Inhibitors of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis
Baldin S.M.
,
Shegolev V.O.
,
Svedas V.K.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 3, с. 72-86
DOI
2022
Inhibitory effects of 7-methylguanine and Its metabolite 8-hydroxy-7-methylguanine on human poly(ADP-ribose) polymerase 1
Kurgina T.A.
,
Shram S.I.
,
Kutuzov M.M.
,
Abramova T.V.
,
Shcherbakova T.A.
,
Maltseva E.A.
,
Poroikov V.V.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 87, № 8, с. 823-831
DOI
2022
Isolation and biochemical characterization of recombinant transketolase from Mycobacterium tuberculosis
Shcherbakova T.A.
,
Baldin S.M.
,
Shumkov M.S.
,
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 14, № 2, с. 93-97
DOI
2022
Modeling the Structure of Human tRNA-Guanine Transglycosylase in Complex with 7-Methylguanine and Revealing the Factors that Determine the Enzyme Interaction with Inhibitors
Pushkarev Sergey V.
,
Vinnik Valeriia A.
,
Shapovalova Irina V.
,
Švedas Vytas K.
,
Nilov Dmitry K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 87, № 5, с. 443-449
DOI
2022
Molecular Modeling of Penicillin Acylase Binding with a Penicillin Nucleus by High Performance Computing: Can Enzyme or its Mutants Possess β-lactamase Activity?
Kirilin Evgeny M.
,
Bochkova Anna A.
,
Panin Nikolay V.
,
Pochinok Igor V.
,
Švedas Vytas
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 68-78
DOI
2022
Search for ligands complementary to the 430-cavity of influenza virus neuraminidase by virtual screening
Nilov D.K.
,
Schmidtke M.
,
Makarov V.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 9, № 2, с. 79-83
DOI
2022
Soft Tissue Sarcoma Study: Association of Genetic Alterationsin the Apoptosis Pathways with Chemoresistance to Doxorubicin
Kirilin Evgeny M.
,
Fetisov Timur I.
,
Moiseeva Natalia I.
,
Lesovaya Ekaterina A.
,
Laletina Lidia A.
,
Makhmudova Leyla F.
,
Manikaylo Angelika E.
,
Fomina Liliya Y.
,
Burov Denis A.
,
Bokhyan Beniamin Yu
,
Zinovieva Victoria Y.
,
Vilkova Alice S.
,
Mekheda Larisa V.
,
Kozlov Nikolay A.
,
Scherbakov Alexander M.
,
Belitsky Gennady A.
,
Švedas Vytas K.
,
Kirsanov Kirill I.
,
Yakubovskaya Marianna G.
в журнале
Cancers
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 14, № 7
DOI
2022
The role of Tyr102 residue in the functioning of bacterial NAD+-dependent formate dehydrogenase of Pseudomonas sp. 101
Popinako A.V.
,
Pometun A.A.
,
Nilov D.K.
,
Dibrova D.V.
,
Khrustalev V.V.
,
Khrustaleva T.A.
,
Iurchenko T.S.
,
Nikolaeva A.Yu
,
Švedas V.K.
,
Boyko K.M.
,
Tishkov V.I.
,
Popov V.O.
в журнале
Biochemical and Biophysical Research Communications
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 616, с. 134-139
DOI
2022
Toxicological properties of 7-methylguanine, and preliminary data on its anticancer activity
Kirsanov K.
,
Fetisov T.
,
Antoshina E.
,
Trukhanova L.
,
Gor’kova T.
,
Vlasova O.
,
Khitrovo I.
,
Lesovaya E.
,
Kulbachevskaya N.
,
Shcherbakova T.
,
Belitsky G.
,
Yakubovskaya M.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
Frontiers in pharmacology
, издательство
Frontiers Media]
([Lausanne, Switzerland)
DOI
2022
Выделение и биохимическая характеристика рекомбинантной транскетолазы Mycobacterium tuberculosis
Щербакова Т.А.
,
Балдин С.М.
, Шумков М.С.,
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 14, № 2, с. 93-97
DOI
2022
Ингибиторное действие 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека
Кургина Т.А.
,
Шрам С.И.
,
Кутузов М.М.
,
Абрамова Т.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Мальцева Е.А.
,
Поройков В.В.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 87, № 6, с. 792-801
DOI
2022
Моделирование структуры комплекса тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека с 7-метилгуанином и выявление факторов, определяющих взаимодействие фермента с ингибиторами
Пушкарев С.В.
,
Винник В.A.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 87, № 4, с. 550-557
DOI
2022
Эффективный синтез N-ацилированных производных сложных эфиров аминокислот в водной среде при помощи пенициллинацилаз
Никулин М.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
2021
Bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase: molecular design of a sulfonamide linker
Evteev S.
,
Nilov D.
,
Polenova A.
,
Švedas V.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 22, № 23, с. 1-12
DOI
2021
Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies
Timonina Daria
,
Sharapova Yana
,
Švedas Vytas
,
Suplatov Dmitry
в журнале
Computational and Structural Biotechnology Journal
, том 19, с. 1302-1311
DOI
2021
Bioinformatic analysis of the nicotinamide binding site in poly(ADP-ribose) polymerase family proteins
Manasaryan G.
,
Suplatov D.
,
Pushkarev S.
,
Drobot V.
,
Kuimov A.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
Cancers
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 13, № 6
DOI
2021
Co-designing HPC-systems by computing capabilities and management flexibility to accommodate bioinformatic workflows at different complexity levels
Suplatov Dmitry
,
Shegay Maxim
,
Sharapova Yana
,
Timokhin Ivan
,
Popova Nina
,
Voevodin Vladimir
,
Švedas Vytas
в журнале
Journal of Supercomputing
, издательство
Springer Nature
(Switzerland)
DOI
2021
Design, synthesis, and molecular docking study of new tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors combining resin acids and adamantane moieties
Kovaleva K., Yarovaya O., Ponomarev K., Cheresiz S.,
Azimirad A.
, Chernyshova I., Zakharenko A., Konev V., Khlebnikova T., Mozhaytsev E., Suslov E.,
Nilov D.
,
Švedas V.
, Pokrovsky A.,
Lavrik O.
,
Salakhutdinov N.
в журнале
Pharmaceuticals
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 14, № 5, с. 422-422
DOI
2021
Guide Tree Optimization with Genetic Algorithm to Improve Multiple Protein 3D-structure Alignment
Shegay Maksim
,
Svedas Vytas
,
Voevodin Vladimir
,
Suplatov Dmitry
,
Popova Nina
в журнале
Bioinformatics
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
DOI
2021
Mustguseal and Sister Web-Methods: A Practical Guide to Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
Suplatov Dmitry
,
Sharapova Yana
,
Švedas Vytas
в журнале
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
, издательство
Humana Press, Inc.
(United States)
, том 2231, с. 179-200
DOI
2021
PLUMED plugin integration into high performance pmemd program for enhanced molecular dynamics simulations
Drobot V.V.
,
Kirilin E.M.
,
Kopylov K.E.
,
Pochinok I.V.
,
Švedas V.K.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 8, № 4, с. 94-99
DOI
2021
Preparative biocatalytic synthesis of α-ketoglutaramate
Nikulin M.
,
Drobot V.
,
Svedas V.
,
Krasnikov B.F.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 22, № 23
DOI
2021
Prospects of Using Biocatalysis for the Synthesis and Modification of Polymers
Nikulin Maksim
,
Švedas Vytas
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 26, № 9, с. 2750
DOI
2020
Analysis of Glycosyl-Enzyme Intermediate Formation in the Catalytic Mechanism of Influenza Virus Neuraminidase Using Molecular Modeling
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, № 4, с. 490-498
DOI
2020
Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae are Capable of an Intermolecular Assembly: Implications for Biofilm Formation
Sharapova Yana
,
Svedas Vytas
,
Suplatov Dmitry
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
DOI
2020
Modeling of the enzyme-substrate complexes of human poly(ADP-ribose) polymerase 1
Nilov D.K.
,
Pushkarev S.V.
,
Gushchina I.V.
,
Manasaryan G.A.
,
Kirsanov K.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, с. 99-107
DOI
2020
Molecular mechanisms of PARP-1 inhibitor 7-methylguanine
Nilov D.
,
Maluchenko N.
,
Kurgina T.
,
Pushkarev S.
,
Lys A.
,
Kutuzov M.
,
Gerasimova N.
,
Feofanov A.
,
Švedas V.
,
Lavrik O.
,
Studitsky V.M.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 21, № 6, с. E2159-E2159
DOI
2020
Structural Organization and Dynamic Characteristics of the Binding Site for Conformational Rearrangement Inhibitors in Hemagglutinins from H3N2 and H7N9 Influenza Viruses
Podshivalov D.D.
,
Kirilin E.M.
,
Konnov S.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 85, № 4, с. 499-506
DOI
2020
Zebra2: advanced and easy-to-use web-server for bioinformatic analysis of subfamily-specific and conserved positions in diverse protein superfamilies
Dmitry Suplatov
,
Yana Sharapova
,
Elizaveta Geraseva
,
Vytas Švedas
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
DOI
2020
easyAmber: A comprehensive toolbox to automate the molecular dynamics simulation of proteins
Suplatov Dmitry
,
Sharapova Yana
,
Švedas Vytas
в журнале
Journal of Bioinformatics and Computational Biology
, издательство
Imperial College Press
(United Kingdom)
, том 18, № 3, с. 2040011
DOI
2020
vsFilt: A Tool to Improve Virtual Screening by Structural Filtration of Docking Poses
Gushchina Irina
,
Polenova Aleksandra
,
Suplatov Dmitry
,
Švedas Vytas
,
Nilov Dmitry
в журнале
Journal of Chemical Information and Modeling
, издательство
American Chemical Society
(United States)
DOI
2020
Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 4, с. 567-577
DOI
2020
Моделирование фермент-субстратных комплексов поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 человека
Нилов Д.К.
,
Пушкарев С.В.
,
Гущина И.В.
,
Манасарян Г.А.
,
Кирсанов К.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 1, с. 116-125
DOI
2020
Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9
Подшивалов Д.Д.
,
Кирилин Е.М.
,
Коннов С.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 85, № 4, с. 578-586
DOI
2019
Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis
Sharapova Y.
,
Suplatov D.
,
Timonina D.
,
Schmalhausen E.
,
Fesko K.
,
Muronets V.
,
Voevodin V.
,
Svedas V.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 9, № S1, с. 46-46
DOI
2019
CASBench: A Benchmarking Set of Proteins with Annotated Catalytic and Allosteric Sites in Their Structures
Zlobin A.
,
Suplatov D.
,
Kopylov K.
,
Švedas V.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 11, № 1(40), с. 74-80
DOI
2019
CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах
Злобин А.
,
Суплатов Д.
,
Копылов К.
,
Швядас В.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 11, № 1(40), с. 74-80
DOI
2019
Expression of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from M. tuberculosis in E. coli. Purification and characteristics of the untagged recombinant enzyme
Schmalhausen EV
,
Shumkov MS
,
Muronetz VI
,
Svedas VK
в журнале
Protein Expression and Purification
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 157, с. 28-35
DOI
2019
Human p38α Mitogen-Activated Protein Kinase in the Asp168-Phe169-Gly170-in (DFG-in) state can bind allosteric inhibitor Doramapimod
Suplatov D.A.
,
Kopylov K.E.
,
Sharapova Y.A.
,
Švedas V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 37, № 8, с. 2049-2060
DOI
2019
Inhibitory Effect of New Semisynthetic Usnic Acid Derivatives on Human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase 1
Dyrkheeva N.
,
Luzina O.
,
Filimonov A.
,
Zakharova O.
,
Ilina E.
,
Zakharenko A.
,
Kuprushkin M.
,
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Salakhutdinov N.
,
Lavrik O.
в журнале
Planta Medica
, издательство
Georg Thieme Verlag
(Germany)
, том 85, № 2, с. 103-111
DOI
2019
Isolation, Purification and Characterization of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis
Baldin S.M.
,
Shcherbakova T.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 11, № 1, с. 23-28
DOI
2019
Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
Suplatov D.
,
Sharapova Y.
,
Timonina D.
,
Schmalhausen E.
,
Fesko K.
,
Popova N.
,
Muronets V.
,
Voevodin V.
,
Svedas V.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 9, № S1, с. 276-276
DOI
2019
Studying the Possibilities of Using 2-Halogen-Substituted Acetamides As Acyl Donors in Penicillin Acylase-Catalyzed Reactions
Panin N.V.
,
Nikulin M.V.
,
Tiurin E.S.
,
Drobot V.V.
,
Morozova I.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 11, № 2, с. 77-81
DOI
2019
The nature of the ligand’s side chain interacting with the S1'-subsite of metallocarboxypeptidase T (from Thermoactinomyces vulgaris) determines the geometry of the tetrahedral transition complex
Akparov V.Kh
,
Timofeev V.I.
,
Konstantinova G.E.
,
Khaliullin I.G.
,
Kuranova I.P.
,
Rakitina T.V.
,
Švedas V.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 14, № 12, с. e0226636
DOI
2019
Yosshi: a web-server for disulfide engineering by bioinformatic analysis of diverse protein families
Suplatov D.A.
,
Timonina D.S.
,
Sharapova Y.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
DOI
2019
parMATT: parallel multiple alignment of protein 3D-structures with translations and twists for distributed-memory systems
Shegay Maksim V.
,
Suplatov Dmitry A.
,
Popova Nina N.
,
Švedas Vytas K.
,
Voevodin Vladimir V.
в журнале
Bioinformatics
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
DOI
2019
Выделение, очистка и характеристика L,D-транспептидазы 2 Mycobacterium tuberculosis
Балдин С.М.
,
Щербакова Т.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 11, № 1 (40), с. 23-28
DOI
2019
Изучение возможностей использования 2-галоген-замещенных ацетамидов в качестве ацильных доноров в реакциях, катализируемых пенициллинацилазами
Панин Н.В.
,
Никулин М.В.
,
Тюрин Е.С.
,
Дробот В.В.
,
Морозова И.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 11, № 2, с. 77-81
DOI
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, с. 243-243
2019
Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPU
Суплатов Д.А.
,
Шарапова Я.А.
,
Попова Н.Н.
,
Копылов К.Е.
,
Воеводин Вл В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика"
, том 8, № 1, с. 71-88
DOI
2018
2,5-Diketopiperazines: a new class of poly(ADP-ribose)polymerase Inhibitors
Nilov D.K.
,
Yashina K.I.
,
Gushchina I.V.
,
Zakharenko A.L.
,
Sukhanova M.V.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 83, № 2, с. 152-158
DOI
2018
2,5-Дикетопиперазины: новый класс ингибиторов поли(ADP-рибозо)полимеразы
Нилов Д.К.
,
Яшина К.И.
,
Гущина И.В.
,
Захаренко А.Л.
,
Суханова М.В.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 83, № 2, с. 251-258
2018
7-Methylguanine: a natural DNA repair inhibitor and a promising anticancer compound
Nilov D.
,
Kirsanov K.
,
Antoshina E.
,
Maluchenko N.
,
Feofanov A.
,
Kurgina T.
,
Zakharenko A.
,
Khodyreva S.
,
Gerasimova N.
,
Studitsky V.
,
Lavrik O.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 8, № Supplement S1, с. 271-272
DOI
2018
Bioinformatic analysis of the fold type I PLP‐dependent enzymes reveals determinants of reaction specificity in L‐threonine aldolase from Aeromonas jandaei
Fesko K.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 8, № 6, с. 1013-1028
DOI
2018
Crystal structures of carboxypeptidase T complexes with transition-state analogs
Akparov Valery Kh
,
Timofeev Vladimir I.
,
Khaliullin Ilyas G.
,
Vytas Švedas
,
Kuranova Inna P.
,
Rakitina Tatiana V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Taylor & Francis
, том 36, № 15, с. 3958-3966
DOI
2018
Mobile Loop in the Active Site of Metallocarboxypeptidases as an Underestimated Determinant of Substrate Specificity
Akparov V.Kh
,
Timofeev V.I.
,
Khaliullin I.G.
, Konstantinova G.E.,
Kuranova I.P.
,
Rakitina T.V.
,
Švedas and V.K
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 83, № 12-13, с. 1594-1602
DOI
2018
Molecular Modeling of the Binding of the Allosteric Inhibitor Optactin at a New Binding Site in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae
Sharapova Ya A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 73, № 5, с. 205-211
DOI
2018
Mustguseal: a Server for Multiple Structure-Guided Sequence Alignment of Protein Families
Suplatov D.A.
,
Kopylov K.E.
,
Popova N.N.
,
Voevodin Vl V.
,
Švedas V.K.
в журнале
Bioinformatics
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 34, № 9, с. 1583-1585
DOI
2018
Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae has a modular organization of Catalytic and Lectin Domains separated by a flexible linker
Sharapova Yana
,
Suplatov Dmitry
,
Švedas Vytas
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 285, № 13, с. 2428-2445
DOI
2018
Selection of bifunctional tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors by molecular modeling
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
в журнале
FEBS open bio
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 8, № Supplement S1, с. 455-455
DOI
2018
Simulating the Long-timescale Structural Behavior of Bacterial and Influenza Neuraminidases with Different HPC Resources
Sharapova Yana A.
,
Suplatov Dmitry A.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
Supercomputing Frontiers and Innovations
, том 5, № 3, с. 30-33
DOI
2018
Structure of the carboxypeptidase B complex with N-sulfamoyl-L-phenylalanine – a transition state analog of non-specific substrate
Akparov V.
,
Timofeev V.
,
Khaliullin I.
,
Švedas V.
,
Kuranova I.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Taylor & Francis
, том 36, № 4, с. 956-965
DOI
2018
Study of the Conformational Variety of the Oligosaccharide Substrates of Neuraminidases from Pathogens using Molecular Modeling
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 73, № 1, с. 39-45
DOI
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
Evteev SA
,
Polenova AM
,
Nilov DK
,
Švedas VK
в журнале
Journal of Bioenergetics and Biomembranes
, издательство
Springer/Plenum Publishers
(New York, USA)
, с. 73
DOI
2018
The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
Dmitry Suplatov
,
Yana Sharapova
,
Daria Timonina
,
Kirill Kopylov
,
Vytas Švedas
в журнале
Journal of Bioinformatics and Computational Biology
, издательство
Imperial College Press
(United Kingdom)
, том 16, № 2, с. 1840005
DOI
2018
Исследование спектра конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов методами молекулярного моделирования
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, № 2, с. 117-124
2018
Молекулярное моделирование связывания аллостерического ингибитора оптактина в новом сайте в структуре нейраминидазы А из Streptococcus pneumoniae
Шарапова Я.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 59, № 5, с. 323-331
2017
Building a Full-Atom Model of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis for Screening New Inhibitors
Baldin S.M.
,
Misiura N.M.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 9, № 1, с. 44-51
2017
Structure modeling of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 and screening for its inhibitors
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
,
Zakharenko A.L.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 9, № 2, с. 59-66
2017
Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
Суплатов Д.А.
,
Попова Н.Н.
,
Копылов К.Е.
,
Шегай М.В.
,
Воеводин Вл В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика"
, том 6, № 4, с. 74-90
DOI
2017
Моделирование структуры и скрининг ингибиторов тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Захаренко А.Л.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 9, № 2, с. 62-69
2017
Построение полноатомной модели L,D-транспептидазы 2 из Mycobacterium tuberculosis для скрининга новых ингибиторов
Балдин С.М.
,
Мисюра Н.М.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 9, № 1, с. 47-54
DOI
2016
Identification of New Structural Fragments for the Design of Lactate Dehydrogenase A Inhibitors
Nilov D.K.
,
Kulikov A.V.
,
Prokhorova E.A.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 8, № 3, с. 118-122
2016
Inhibition of Poly(ADP-Ribose)Polymerase by Nucleic Acid Metabolite 7-Methylguanine
Nilov D.K.
,
Tararov V.I.
,
Kulikov A.V.
,
Zakharenko A.L.
,
Gushchina I.V.
,
Mikhailov S.N.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 8, № 2, с. 108-115
2016
Modulation Of Enzyme Functional Properties
Suplatov D.A.
,
Panin N.K.
,
Kopylov K.E.
,
Švedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, с. 222-223
2016
Parallel Workflow Manager For Non-parallel Bioinformatic Applications To Solve Large-scale Biological Problems On A Supercomputer
Suplatov D.
,
Popova N.
,
Zhumatiy S.
,
Voevodin V.
,
Švedas V.
в журнале
Journal of Bioinformatics and Computational Biology
, издательство
Imperial College Press
(United Kingdom)
, том 14, № 2, с. 1641008
DOI
2016
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors: usnic acid enamines enhance the cytotoxic effect of camptothecin
Zakharenko A.
,
Luzina O.
,
Koval O.
,
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Dyrkheeva N.
,
Švedas V.
,
Salakhutdinov N.
,
Lavrik O.
в журнале
Journal of Natural Products
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 79, № 11, с. 2961-2967
DOI
2016
Идентификация новых структурных фрагментов для дизайна ингибиторов лактатдегидрогеназы А
Нилов Д.К.
,
Куликов А.В.
,
Прохорова Е.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 8, № 3, с. 129-133
2016
Ингибирование поли(ADP-рибозо)полимеразы метаболитом нуклеиновых кислот 7-метилгуанином
Нилов Д.К.
,
Тараров В.И.
,
Куликов А.В.
,
Захаренко А.Л.
,
Гущина И.В.
,
Михайлов С.Н.
,
Лаврик О.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 8, № 2, с. 120-128
2015
Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel?
Popinako A.
,
Antonov M.
,
Nilov D.
,
Švedas V.
,
Popov V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, № Supplement S1, с. 387-387
DOI
2015
Robust enzyme design: Bioinformatic tools for improved protein stability
Suplatov D.A.
,
Voevodin V.V.
,
Švedas V.K.
в журнале
Biotechnology journal
, издательство
Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
(Germany)
, том 10, № 3, с. 344-355
DOI
2015
Search for Human Lactate Dehydrogenase A Inhibitors Using Structure-Based Modeling
Nilov DK
,
Prokhorova EA
,
Švedas VK
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 7, № 2, с. 57-63
2015
Structural insights into the broad substrate specificity of carboxypeptidase T from Thermoactinomyces vulgaris
Akparov V.K.
,
Timofeev V.I.
,
Khaliullin I.G.
,
Švedas V.
,
Chestukhina G.G.
,
Kuranova I.P.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, № 7, с. 1214-1224
DOI
2015
Study of Functional and Allosteric Sites in Protein Superfamilies
Suplatov D.
,
Švedas V.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 7, № 4, с. 36-47
2015
The βD484N mutant of penicillin acylase from Escherichia coli is more resistant to inactivation by substrates and can effectively perform peptide synthesis in aqueous medium
Shcherbakova T.A.
,
Panin N.V.
,
Suplatov D.A.
,
Shapovalova I.V.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 112, с. 66-68
DOI
2015
Изучение функциональных и аллостерических сайтов в суперсемействах белков
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 7, № 4, с. 39-52
DOI
2015
Поиск ингибиторов лактатдегидрогеназы A человека с использованием компьютерного моделирования
Нилов Д.К.
,
Прохорова Е.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 7, № 2, с. 62-68
2014
Bioinformatic analysis of protein families for identification of variable amino acid residues responsible for functional diversity
Suplatov D.
,
Shalaeva D.
,
Kirilin E.
,
Arzhanik V.
,
Švedas V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 32, № 1, с. 75-87
DOI
2014
Catalytic Cycle of Penicillin Acylase from Escherichia coli: QM/MM Modeling of Chemical Transformations in the Enzyme Active Site upon Penicillin G Hydrolysis Bella
Grigorenko Bella L.
,
Khrenova Maria G.
,
Nilov Dmitry K.
,
Nemukhin Alexander V.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
ACS catalysis
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 4, с. 2521-2529
DOI
2014
Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Kirilin E.
,
Shcherbakova T.
,
Kudryavtsev P.
,
Švedas V.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 9, № 6, с. e100643
DOI
2014
Probing the Substrate Specificity and Intersubunit Interactions of Brevundimonas Diminuta Glutaryl Acylase with Site-Directed Mutagenesis
Eldarov M.
,
Lyashenko A.
,
Sherbakova T.
,
Suplatov D.
,
Kopylov K.
,
Švedas V.
в журнале
American Journal of Biochemistry and Biotechnology
, издательство
Science Publications
(United States)
, том 10, № 3, с. 169-179
DOI
2014
Zebra: a web server for bioinformatic analysis of diverse protein families
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Takhaveev V.
,
Svedas V.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 32, № 11, с. 1752-1758
DOI
2014
pocketZebra: a web-server for automated selection and classification of subfamily-specific binding sites by bioinformatic analysis of diverse protein families
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Arbatsky M.
,
Takhaveev V.
,
Švedas V.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 42, № 1, с. 344-349
DOI
2013
Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
Panin N.
,
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Shcherbakova T.
,
Kudravtsev P.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, № 1, с. 614
DOI
2013
Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
Khaliullin I.
,
Suplatov D.
,
Tokunan K.
,
Himi M.
,
Asano Y.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, № 1, с. 592
DOI
2013
Molecular modeling of different substrate-binding modes and their role in penicillin acylase catalysis
Novikov Fedor N.
,
Stroganov Oleg V.
,
Khaliullin Ilyas G.
,
Panin Nikolay V.
,
Shapovalova Irina V.
,
Chilov Ghermes G.
,
Svedas Vytas K.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, с. 115-126
DOI
2013
Understanding structure-function relationship in protein families: bioinformatics and molecular modeling provide new concept for enzyme engineering
Suplatov D.
,
Švedas V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, № 1, с. 589
DOI
2012
BESSICC, a COSMO-RS based tool for in silico solvent screening of biocatalyzed reactions
Braiuca P.
,
Khaliullin I.
,
Svedas V.
,
Knapic L.
,
Fermeglia M.
,
Halling P.J.
, Gardossi L.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 109, № 7, с. 1864-1868
DOI
2012
Bioinformatic analysis of alpha/beta-hydrolase fold enzymes reveals subfamily-specific positions responsible for discrimination of amidase and lipase activities
Suplatov D.A.
,
Besenmatter W.
,
Svedas V.K.
,
Svendsen A.
в журнале
Protein Engineering, Design and Selection
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, том 25, № 11, с. 689-697
DOI
2012
Construction of a Full-Atomic Mechanistic Model of Human Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 for Virtual Screening of Novel Inhibitors
Khaliullin I.G.
,
Nilov D.K.
,
Shapovalova I.V.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 4, № 2, с. 80-86
2012
Molecular modeling of formate dehydrogenase: the formation of the Michaelis complex
Nilov Dmitry K.
,
Shabalin Ivan G.
,
Popov Vladimir O.
,
Švedas Vytas K.
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 30, № 2, с. 170-179
DOI
2012
Synthesis of Schiff bases from 3-amino-3-arylpropionic acid esters in aqueous medium
Romanova N.N.
,
Rybalko I.I.
,
Tallo T.G.
, Zyk N.V.,
Svedas V.K.
в журнале
Russian Journal of Organic Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 48, № 6, с. 860-863
2012
Thermodynamics of phenylacetamides synthesis: Linear free energy relationship with the pK of amine
Guranda Dorel T.
,
Ushakov Gennadij A.
,
Yolkin Petr G.
,
Svedas Vytas K.
в журнале
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 74, № 1-2, с. 48-53
2012
Построение механистической полноатомной модели апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы человека APE1 для виртуального скрининга новых ингибиторов
Халиуллин И.Г.
,
Нилов Д.К.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 4, № 2, с. 83-89
2012
Синтез иминов на основе эфиров β-амино-β-арилпропионовых кислот в водной среде
Романова Н.Н.
,
Рыбалко И.И.
,
Талло Т.Г.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Журнал органической химии
, издательство
Наука
(СПб.)
, том 48, № 6, с. 862-865
2011
Biologically active cyclic polypeptides with fragments of beta-amino acid derivatives isolated from marine organisms (review)
Romanova N.N.
, Tallo T.G.,
Rybalko I.I.
,
Zyk N.V.
,
Shvyadas V.K.
в журнале
Chemistry of Heterocyclic Compounds
, издательство
Kluwer Academic/Plenum Publishers
(United States)
, том 47, № 4, с. 395-417
2011
Comparative Bioinformatic Analysis of Active Site Structures in Evolutionarily Remote Homologues of alpha,beta-Hydrolase Superfamily Enzymes
Suplatov D.A.
,
Arzhanik V.K.
,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 3, № 1, с. 93-98
2011
Improved procedure of the search for poly(ADP-Ribose) polymerase-1 potential inhibitors with the use of the molecular docking approach
Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Khodyreva S.N., Novikov F.N., Stroylov V.S.,
Nilov D.K.
,
Chilov G.G.
,
Svedas V.K.
,
Lavrik O.I.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 45, № 3, с. 517-521
2011
Investigation of Formate Transport through the Substrate Channel of Formate Dehydrogenase by Steered Molecular Dynamics Simulations
Nilov D.K.
,
Shabalin I.G.
,
Popov V.O.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 76, № 2, с. 172-174
2011
Биологически активные, выделенные из морских организмов природные циклические полипептиды с фрагментами производных бета-аминокислот
Романова Н.Н.
,
Талло Т.Г.
,
Рыбалко И.И.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Химия гетероциклических соединений
, издательство
Зинатне
(Рига)
, № 4, с. 483-512
2011
Изучение транспорта формиата через субстратный канал формиатдегидрогеназы при помощи управляемой молекулярной динамики
Нилов Д.К.
,
Шабалин И.Г.
,
Попов В.О.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 76, № 2, с. 211-213
2011
Сравнительный биоинформатический анализ структур активных центров эволюционно удаленных гомологов суперсемейства ферментов α,β-гидролаз
Суплатов Д.А.
,
Аржаник В.К.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 3, № 1, с. 99-105
2011
Усовершенствованная процедура поиска потенциальных ингибиторов поли(АДФ-рибозо)-полимеразы-1 с использованием молекулярного докинга
Захаренко А.Л., Суханова М.В., Ходырева С.Н.,
Новиков Ф.Н.
, Стройлов В.С.,
Нилов Д.К.
,
Чилов Г.Г.
,
Швядас В.К.
,
Лаврик О.И.
в журнале
Молекулярная биология
, том 45, № 3, с. 565-569
2010
Bioinformatic Analysis, Molecular Modeling of Role of Lys65 Residue in Catalytic Triad of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
Khaliullin I.G.
,
Suplatov D.A.
, Shalaeva D.N., Otsuka M., Asano Y.,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 2, № 2, с. 66-71
2010
Guidelines for reporting of biocatalytic reactions
Gardossi Lucia
,
Poulsen Pout B.
,
Ballesteros Antonio
,
Hult Karl
,
Svedas Vytas K.
,
Vasic-Racki Durda
,
Carrea Giacomo
,
Magnusson Anders
,
Schmid Andreas
,
Wohlgemuth Roland
,
Halling Peter J.
в журнале
Trends in Biotechnology
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 28, № 4, с. 171-180
2010
Modeling of the Full-Size 3D Structure of Human Chaperone Hsp70 and Study of Its Interdomain Interactions
Chernorizov K.А.,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 2, № 4, с. 66-71
2010
Novel Inhibitors of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase: Covalent Modification of NAD-Binding Site by Aromatic Thiols
Chernorizov K.A.,
Elkina J.L.
,
Semenyuk P.I.
,
Svedas V.K.
,
Muronetz V.I.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 75, № 12, с. 1444-1449
2010
Penicillin acylase-catalyzed efficient and stereoselective acylation of 1-phenylethylamine in aqueous medium using non-activated acyl donor
Guranda D.T.
,
Ushakov G.А.
,
Svedas V.К.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 2, № 1, с. 94-96
2010
Биоинформатический анализ и молекулярное моделирование участия Lys65 в каталитической триаде D-аминопептидазы из Ochrobactrum anthropi
Халиуллин И.Г.
,
Суплатов Д.А.
,
Шалаева Д.Н.
,
Оцука М.
,
Асано Я.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, № 2, с. 70-74
2010
Моделирование полноразмерной структуры шаперона Hsp70 человека и изучение его междоменных взаимодействий
Черноризов К.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, № 4, с. 69-74
2010
Новые ингибиторы глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы: ковалентная модификация NAD-связывающего центра ароматическими тиолами
Черноризов К.А.
,
Элькина Ю.Л.
,
Семенюк П.И.
,
Швядас В.К.
,
Муронец В.И.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 75, № 12, с. 1662-1669
2010
Эффективное и стереоселективное ацилирование 1-фенилэтиламина в водной среде без активации ацильного донора, катализируемое пенициллинацилазой,
Гуранда Д.Ф.
,
Ушаков Г.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 2, № 1, с. 101-103
2009
Mutation of Residue beta F71 of Escherichia coli Penicillin Acylase Results in Enhanced Enantioselectivity and Improved Catalytic Properties
Shapovalova I.V.
,
Alkema W.B.L
,
Jamskova O.V.
, de Vries E.,
Guranda D.T.
, Janssen D.B.,
Svedas V.K.
в журнале
Acta Naturae (англоязычная версия)
, издательство
Park Media Ltd
(Moscow, Russia (Federation))
, том 1, № 3, с. 94-98
2009
Quantitative characteristic of the catalytic properties and microstructure of cross-linked enzyme aggregates of penicillin acylase
Pchelintsev N.A., Youshko M.I.,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 56, № 4, с. 202-207
2009
Мутация остатка бетаF71 в структуре пенициллинацилазы из Escherichia coli приводит к улучшению энантиоселективности и каталитических свойств
Шаповалова И.В.
,
Алкема В.Б.Л
,
Ямскова О.В.
,
де Врис Э.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Янссен Д.Б.
,
Швядас В.К.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, том 1, № 3, с. 103-108
2008
A green, fully enzymatic procedure for amine resolution, using a lipase and a penicillin G acylase
Ismail Hilda
,
Lau Rute Madeira
,
van Langen Luuk M.
,
van Rantwijk Fred
,
Svedas Vytas K.
,
Sheldon Roger A.
в журнале
Green Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 10, № 4, с. 415-418
2008
Cloning of penicillin acylase from Escherichia coli: Catalytic properties of recombinant enzymes
Yasnaya A.S.
,
Yamskova O.V.
,
Guranda D.T.
,
Shcherbakova T.A.
,
Tishkov V.I.
,
Švedas V.K.
в журнале
Moscow University Chemistry Bulletin
, издательство
Allerton Press Inc.
(United States)
, том 63, № 2, с. 103-107
DOI
2008
Molecular modeling studies of substrate binding by penicillin acylase
Chilov G.G.
,
Stroganov O.V.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 73, № 1, с. 56-2
2008
Professor Dr Roger Sheldon – 65 years on
Moiseev I.I.
,
Murahashi S.I.
,
Poliakoff M.
,
Seddon K.R.
,
Svedas V.K.
в журнале
Green Chemistry
, издательство
Royal Society of Chemistry
(United Kingdom)
, том 18, № 3, с. 270-270
DOI
2008
Saturation mutagenesis reveals the importance of residues alpha R145 and alpha F146 of penicillin acylase in the synthesis of beta-lactam antibiotics
Jager Simon A.W.
,
Shapovalova Irina V.
,
Jekel Peter A.
,
Alkema Wynand B.L.
,
Svedas Vytas K.
, Janssen Dick B.
в журнале
Journal of Biotechnology
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 133, № 1, с. 18-26
2008
Thermodynamic and kinetic stability of penicillin acylase from Escherichia coli
Grinberg Valerij Ya
,
Burova Tatiana V.
,
Grinberg Natalia V.
,
Shcherbakova Tatiana A.
,
Guranda Dorel T.
,
Chilov Ghermes G.
,
Svedas Vytas K.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1784, № 5, с. 736-746
2008
Изучение связывания субстратов в активном центре пенициллинацилазы методами молекулярного моделирования
Чилов Г.Г.
,
Строганов О.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 73, № 1, с. 69-79
2008
Клонирование пенициллинацилазы из Escherichia coli: каталитические свойства рекомбинантных ферментов
Ясная А.С.
,
Ямскова О.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Щербакова Т.А.
, Тишков В.И.,
Швядас В.К.
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 49, № 2, с. 127-133
2007
Chiral high-performance liquid chromatography analysis of α-amino acid mixtures using a novel SH reagent-N-R-mandelyl-l-cysteine and traditional enantiomeric thiols for precolumn derivatization
Chernobrovkin M.G.
,
Shapovalova E.N.
,
Guranda D.T.
,
Kudryavtsev P.A.
,
Švedas V.K.
,
Shpigun O.A.
в журнале
Journal of Chromatography A
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1175, № 1, с. 89-95
2007
Quantum chemical studies of the catalytic mechanism of N-terminal nucleophile hydrolase
Chilov G.G.
, Sidorova A.V.,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 72, № 5, с. 495-500
2007
Исследование механизма каталитического действия N-концевых гидролаз методами квантовохимического моделирования
Чилов Г.Г.
,
Сидорова А.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 72, № 5, с. 615-621
2006
A new method for spectrophotometric assay of activity of cross-linked penicillin acylase aggregates
Pchelintsev N.A.
,
Youshko M.I.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 71, № 3, с. 315-319
2006
Новый метод спектрофотометрического определения каталитической активности поперечно сшитых агрегатов пенициллинацилазы
Пчелинцев Н.А.,
Юшко М.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 71, № 3, с. 396-401
2005
Aliphatic amidase from Rhodococcus rhodochrous M8 is related to the nitrilase/cyanide hydratase family
Pertsovich S.I.,
Guranda D.T.
, Podchernyaev D.A., Yanenko A.S.,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 70, № 11, с. 1280-1287
2005
Efficient enantiomeric analysis of primary amines and amino alcohols by high-performance liquid chromatography with precolumn derivatization using novel chiral SH-reagent N-(R)-mandelyl-(S)-cysteine
Guranda D.T.
,
Kudryavtsev P.A.
,
Khimiuk A.Y.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Chromatography A
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1095, № 1-2, с. 89-93
2005
Алифатическая амидаза из Rhodococcus rhodochrous является представителем семейства нитрилаз/цианидгидратаз
Перцович С.И.
,
Гуранда Д.Т.
,
Подчерняев Д.А.
, Яненко А.С.,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 70, № 11, с. 1556-1565
2004
A new N-acyl derivative of (S)-cysteine for quantitative determination of enantiomers of amino compounds by HPLC with a precolumn modification with o-phthalaldehyde
Guranda D.T.
,
Shapovalova I.V.
,
Svedas V.K.
в журнале
Russian Journal of Bioorganic Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 30, № 5, с. 403-408
DOI
2004
An ’easy-on, easy-off’ protecting group for the enzymatic resolution of (+/-)-1-phenylethylamine in an aqueous medium
Guranda D.T.
,
Khimiuk A.I.
,
van Langen L.M.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 15, № 18, с. 2901-2906
2004
Application of aminoacylase I to the enantioselective resolution of alpha-amino acid esters and amides
Youshko M.I.
,
van Langen L.M.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 15, № 12, с. 1933-1936
2004
Penicillin acylase-catalyzed synthesis of beta-lactam antibiotics in highly condensed aqueous systems: Beneficial impact of kinetic substrate supersaturation
Youshko M.I.
, Moody H.M., Bukhanov A.L.,
Boosten W.H.J
,
Svedas V.K.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 85, № 3, с. 323-329
2004
Use of high acyl donor concentrations leads to penicillin acylase inactivation in the course of peptide synthesis
Shcherbakova T.A.
, Korennykh A.V.,
van Langen L.M.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 31, № 1-3, с. 63-65
2004
pH stability of penicillin acylase from Escherichia coli
Guranda D.T.
,
Volovik T.S.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 69, № 12, с. 1386-1390
2004
pH-Стабильность пенициллинацилазы из Escherichia coli
Гуранда Д.Т.
, Воловик Т.С.,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 69, № 12, с. 1700-1705
2004
Новое N-ацильное производное (S)-цистеина для количественного определения энантиомеров аминосоединений методом ВЭЖХ с предколоночной модификацией о-фталевым альдегидом
Гуранда Д.Т.
,
Шаповалова И.В.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 30, № 5, с. 451-457
2003
Force field parametrization for 6-aminopenicillanic acid
Stroganov O.V.
,
Chilov G.G.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Molecular Structure: THEOCHEM
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 631, с. 117-125
2003
Penicillin acylase-catalyzed peptide synthesis in aqueous medium: a chemo-enzymatic route to stereoisomerically pure diketopiperazines
Khimiuk A.Y.
, Korennykh A.V.,
van Langen L.M.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 14, № 20, с. 3123-3128
2003
Penicillin acylase-catalyzed resolution of amines in aqueous medium
Guranda D.T.
,
Khimiuk A.J.
,
Volovik T.S.
, Tarasov A.V.,
Yolkin P.G.
,
Svedas V.K.
в журнале
Chemicke Listy
, издательство
Czech Chemical Society
(Czech Republic)
, том 97, с. 420
2003
Resolution of (RS)-phenylglycinonitrile by penicillin acylase-catalyzed acylation in aqueous medium
Chilov G.G.
, Moody H.M.,
Boesten W.H.J
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 14, № 17, с. 2613-2617
2003
Study of nucleophile binding in the penicillin acylase active center. Kinetic analysis
Youshko M.I.
, Bukhanov A.L.,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 68, № 3, с. 334-338
2003
Изучение связывания нуклеофила в активном центре пенициллинацилазы. Кинетический анализ
Юшко М.И.
,
Буханов А.Л.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 68, № 3, с. 403-408
2002
Active site titration as a tool for the evaluation of immobilization procedures of penicillin acylase
van Langen L.M.
, Janssen M.H.A,
Oosthoek N.H.P
,
Pereira S.R.M
,
Svedas V.K.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 79, № 2, с. 224-228
2002
Enzymatic hydrolysis of beta-lactam antibiotics at low pH in a two-phase "aqueous solution water-immiscible organic solvent" system
Chilov G.G.
,
Svedas V.K.
в журнале
CANADIAN JOURNAL OF CHEMISTRY-REVUE CANADIENNE DE CHIMIE
, том 80, № 6, с. 699-707
2002
Penicillin acylase-catalyzed ampicillin synthesis using a pH gradient: A new approach to optimization
Youshko M.I.
,
van Langen L.M.
,
de Vroom E.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 78, № 5, с. 589-593
2002
Penicillin acylase-catalyzed solid-state ampicillin synthesis
Youshko M.I.
,
Svedas V.K.
в журнале
Advanced Synthesis and Catalysis
, издательство
John Wiley & Sons Ltd.
(United Kingdom)
, том 344, № 8, с. 894-898
2002
Quantitative characterization of the nucleophile reactivity in penicillin acylase-catalyzed acyl transfer reactions
Youshko M.I.
,
Chilov G.G.
,
Shcherbakova T.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1599, № 1-2, с. 134-140
2001
Highly efficient and enantioselective enzymatic acylation of amines in aqueous medium
Guranda D.T.
,
van Langen L.M.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 12, № 11, с. 1645-1650
2001
Highly efficient synthesis of ampicillin in an "aqueous solution-precipitate" system: Repetitive addition of substrates in a semicontinuous process
Youshko M.I.
,
van Langen L.M.
,
de Vroom E.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 73, № 5, с. 426-430
2000
Kinetics of ampicillin synthesis catalyzed by penicillin acylase from E. coli in homogeneous and heterogeneous systems. Quantitative characterization of nucleophile reactivity and mathematical modeling of the process
Youshko M.I.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 65, № 12, с. 1367-1375
2000
Penicillin acylase-catalyzed peptide synthesis: a chemo-enzymatic route to stereoisomers of 3,6-diphenylpiperazine-2,5-dione
van Langen L.M.
,
van Rantwijk F.
,
Svedas V.K.
,
Sheldon R.A.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 11, № 5, с. 1077-1083
2000
Penicillin acylase-catalyzed resolution of amines in aqueous organic solvents
van Langen L.M.
,
Oosthoek N.H.P
,
Guranda D.T.
,
van Rantwijk F.
,
Svedas V.K.
,
Sheldon R.A.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 11, № 22, с. 4593-4600
2000
Penicillin acylase-catalyzed synthesis of ampicillin in "aqueous solution-precipitate" systems. High substrate concentration and supersaturation effect
Youshko M.I.
,
van Langen L.M.
,
de Vroom E.
, Moody H.M.,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 10, № 5, с. 509-515
2000
Reactivation of heterodimer and individual subunits of penicillin acylase from E. coli after inactivation in urea
Shamolina T.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 65, № 6, с. 672-676
2000
The role of hydrophobic interactions on alcohol binding in the active center of penicillin acylases
Chilov G.G.
,
Guranda D.T.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 65, № 8, с. 963-966
2000
Кинетика синтеза ампициллина, катализируемого пенициллинацилазой из E.coli, в гомогенных и гетерогенных системах. Количественная характеристика реакционной способности нуклеофила и математическое моделирование процесса
Юшко М.И.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 65, № 12, с. 1624-1633
2000
Ренатурация гетеродимера и индивидуальных субъединиц пенициллинацилазы из E.coli после инактивации в мочевине
Шамолина Т.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 65, № 6, с. 790-794
2000
Роль гидрофобности в связывании спиртов активным центром пенициллинацилаз
Чилов Г.Г.
,
Гуранда Д.Т.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 65, № 8, с. 1135-1139
1999
Activity of penicillin acylase from E. coli in the reversed-micelle system AOT-H2O-octane
Shamolina T.A.
,
Drachev V.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 64, № 10, с. 1186-1195
1999
Stability and catalytic properties of penicillin acylase in systems with low water content
Youshko M.I.
, Sinev A.V.,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 64, № 10, с. 1196-1199
1999
Активность пенициллинацилазы из E.coli в системе обращенных мицелл AOT-H2O-октан
Шамолина(Щербакова) Т.А.
,
Драчев В.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 64, № 10, с. 1404-1414
1999
Стабильность и каталитические свойства пенициллинацилазы в системах с низким содержанием воды
Юшко М.И.
, Синев А.В.,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 64, № 10, с. 1415-1419
1998
Biomimetic transamination of alpha-alkyl beta-keto carboxylic esters. Chemoenzymatic approach to the stereochemically defined alpha-alkyl beta-fluoroalkyl beta-amino acids
Soloshonok V.A.
, Soloshonok I.V.,
Kukhar V.P.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Organic Chemistry
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 63, № 6, с. 1878-1884
1998
Specific substrates for spectrophotometric determination of penicillin acylase activity
Youshko M.I.
,
Shamolina T.A.
,
Guranda D.F.
, Synev A.V.,
Svedas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 63, № 9, с. 1104-1109
1998
Totally enzymatic synthesis of peptides: penicillin acylase-catalyzed protection and deprotection of amino groups as important building blocks of this strategy
Svedas V.K.
, Beltser A.I.
в журнале
Annals N.Y. Acad. Sci
, том 864, с. 524-527
1998
Высокоспецифичные субстраты для спектрофотометрического определения активности пенициллинацилазы
Юшко М.Ю.
,
Шамолина Т.А.
,
Гуранда Д.Ф.
, Синев А.В.,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 63, № 9, с. 1295-1300
1997
Detection of enantiomers of nucleoamino acids by HPLC with premodification with o-phthalic aldehyde
Gurentsova O.I.
,
Savchenko M.V.
,
Sumbatyan N.V.
,
Korshunova G.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Russian Journal of Bioorganic Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 23, № 11, с. 781
1997
Kinetic study of penicillin acylase from Alcaligenes faecalis
Svedas V.
,
Guranda D.
,
van Langen L.
,
van Rantwijk F.
,
Sheldon R.
в журнале
FEBS Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 417, № 3, с. 414-418
1997
Определение энантиомеров нуклеоаминокислот методом высокоэффективной жидкостной хроматографии с предколоночной модификацией о-фталевым альдегидом
Гуренцова О.И.
, Савченко М.В.,
Сумбатян Н.В.
,
Коршунова Г.А.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 23, № 11, с. 877-881
1996
Comparative modeling of substrate binding in the S-1’ subsite of serine carboxypeptidases from yeast, wheat, and human
Elsliger M.A.
,
Pshezhetsky A.V.
, Vinogradova M.V.,
Svedas V.K.
, Potier M.
в журнале
Biochemistry
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 35, № 47, с. 14899-14909
DOI
1996
Enantioselective penicillin acylase-catalyzed reactions. Factors governing substrate- and stereospecificity of the enzyme
Svedas V.K.
, Savchenko M.V., Beltser A.I.,
Guranda D.F.
в журнале
Annals N.Y. Acad. Sci
, том 799, с. 659-669
1995
Biocatalytic approach to enantiomerically pure beta-amino acids
Soloshonok Va
, Fokina Na, Rybakova Av,
Shishkina Ip
, Galushko Sv,
Sorochinsky Ae
,
Kukhar Vp
, Savchenko Mv,
Svedas Vk
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 6, № 7, с. 1601-1610
1995
Continuous spectrophotometric assay of human lysosomal cathepsin A protective protein in normal and galactosialidosis cells
Vinogradova M.,
Pshezhetsky A.
,
Elsliger M.A.
,
El-Zein F.
,
Svedas V.K.
,
Potier M.
в журнале
Analytical Biochemistry
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 230, № 2, с. 303-307
1995
Ion-selective electrodes based on neutral carriers and reversible with respect to organic cations - plasticized poly(vinyl chloride) membrane electrodes for determining amino-acid esters
Shvedene NV
,
Nemilova MY
,
Zatonskaya Vl
,
Pletnev IV
,
Baulin VE
,
Lyubitov IE
,
Shvyadas VK
в журнале
Journal of Analytical Chemistry
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 50, № 4, с. 402-407
1995
Ион-селективные электроды на основе нейтральных переносчиков, обратимые к органическим катионам. Определение эфиров аминокислот
Шведене Н.В.
,
Немилова М.Ю.
,
Затонская В.Л.
,
Плетнев И.В.
,
Баулин В.Е.
,
Любитов И.Е.
,
Швядас В.Ю К
в журнале
Журнал аналитической химии
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 50, с. 440-445
1994
Biocatalytic resolution of beta-fluoroalkyl-beta-amino acids
Soloshonok Va
, Kirilenko Ag, Fokina Na,
Shishkina Ip
, Galushko Sv,
Kukhar Vp
,
Svedas Vk
,
Kozlova Ev
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 5, № 6, с. 1119-1126
1994
Chemoenzymatic approach to the synthesis of each of the 4 isomers of alpha-alkyl-beta-fluoroalkyl-substituted beta-amino acids
Soloshonok V.A.
, Kirilenko A.G., Fokina N.A.,
Kukhar V.P.
, Galushko S.V.,
Svedas V.K.
,
Resnati G.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 5, № 7, с. 1225-1228
1993
An enzymatic entry to enantiopure beta-amino acids
Soloshonok Va
,
Svedas Vk
,
Kukhar Vp
,
Kirilenko Ag
, Rybakova Av, Solodenko Va, Fokina Na,
Kogut Ov
,
Galaev Iy
,
Kozlova Ev
,
Shishkina Ip
, Galushko Sv
в журнале
Synlett
, издательство
Georg Thieme Verlag
(Germany)
, № 5, с. 339-341
1993
Enzymatic preparation of both L-enantiomer and D-enantiomer of phosphonic and phosphonous analogs of alanine using penicillin acylase
Solodenko V.A.
,
Belik M.Y.
,
Galushko S.V.
,
Kukhar V.P.
,
Kozlova E.V.
,
Mironenko D.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Tetrahedron Asymmetry
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 4, № 9, с. 1965-1968
DOI
1993
Homochiral organoelement analogs of natural compounds. 1. Biocatalytic methods for production of fluorine-containing L-phenylglycine and D-phenylglycine on preparative scale
Soloshonok Va
,
Galaev Iy
,
Svedas Vk
,
Kozlova Ev
,
Kotik Nv
,
Shishkina Ip
, Galushko Sv, Rozhenko Ab,
Kukhar Vp
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 19, № 4, с. 467-473
1993
Homochiral organoelement analogs of natural compounds. 2. 3-amino-4,4,4-trifluorobutanoic acid - synthesis, enzymatic resolution and determination of absolute-configurations of enantiomers
Kukhar Vp
,
Soloshonok Va
,
Svedas Vk
,
Kotik Nv
,
Galaev Iy
, Kirilenko Ag,
Kozlova Ev
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 19, № 4, с. 474-477
1993
Homochiral organoelement analogs of natural compounds. 3. Biocatalytic method for production of fluorosubstituted (r)-phenylalanines and (s)-phenylalanines, (s, r)-phenylserines and (r, s)-phenylserines
Soloshonok Va
,
Svedas Vk
,
Kukhar Vp
,
Galaev Iy
,
Kozlova Ev
, Svistunova Ny
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 19, № 4, с. 478-483
1993
Influence of the immunization against heterologous alcohol-dehydrogenase on liver alcohol-dehydrogenase isozymes and alcohol-abuse of rats
Pshezhetsky A.V.
,
Danilova R.A.
,
Fedorova I.M.
,
Sagimbaeva S.K.
,
Pervushina S.V.
,
Obuchova M.A.
,
Svedas V.K.
,
Ashmarin I.P.
в журнале
European Journal of Biochemistry
, том 212, № 3, с. 757-761
DOI
1993
Гомохиральные элементоорганические аналоги природных соединений. I. Препаративный биокаталитический метод получения фторсодержащих L- и D-фенилглицинов
Солошонок B.А.
,
Галаев И.Ю.
,
Швядас В.К.
,
Козлова Е.В.
,
Котик Н.В.
, Шишкина И.П.,
Галушко С.В.
,
Роженко А.Б.
,
Кухарь В.П.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 19, № 4, с. 467-473
1993
Гомохиральные элементоорганические аналоги природных соединений. II. 3-Амино-4,4,4-трифтормасляная кислота: синтез, энзиматическое разделениеи определение абсолютной конфигурации энантиомеров
Кухарь В.П.
,
Солошонок В.А.
,
Швядас В.К.
,
Котик Н.В.
,
Галаев И.Ю.
,
Кириленко А.Г.
,
Козлова Е.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 19, № 4, с. 474-477
1993
Гомохиральные элементоорганические аналоги природных соединений. III. Биокаталитический метод получения гомохиральных фторсодержащих (R)-, (S) -фенилаланинов и (S, R)-, (R, .S)-фенилсеринов
Солошонок В.А.
,
Швядас В.К.
,
Кухарь В.П.
,
Галаев И.Ю.
,
Козлова Е.В.
,
Свистунова Н.Ю.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 19, № 4, с. 478-483
1992
REGULATION OF THE SUPRAMOLECULAR STRUCTURE AND CATALYTIC ACTIVITY OF PENICILLIN ACYLASE FROM ESCHERICHIA-COLI IN THE SYSTEM OF REVERSED MICELLES OF AEROSOL OT IN OCTANE
KABAKOV VE
,
MERKER S.
,
KOZLOVA EV
,
PSHEZHETSKY AV
,
SVEDAS VK
,
MARTINEK K.
,
KLYACHKO NL
,
LEVASHOV AV
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 18, № 8, с. 1073-1080
1992
Synthesis of 1-aminoethylphosphonic and 1-aminoethylphosphonous acid derivatives as penicillinacylase substrates
Solodenko V.A., Kasheva T.N., Mironenko D.A.,
Kozlova E.V.
,
Shvyadas V.K.
,
Kukhar V.P.
в журнале
Zhurnal Obshchei Khimii
, том 62, № 7, с. 1472-1480
1992
Регуляция каталитической активности и надмолекулярной структуры пенициллинацилазы из Escherichia coli в системе обращенных мицелл аэрозоля ОТ в октане
Кабаков В.Е.
,
Меркер Ш.
,
Козлова Е.В.
,
Пшежецкий А.В.
,
Швядас В.К.
,
Мартинек К.
,
Клячко Н.Л.
,
Левашов А.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 18, № 8, с. 1073-1080
1991
Effect of heterologous and homologous exogenous alcohol-dehydrogenase on alcohol-consumption of white-rats
Ashmarin IP,
Danilova RA
, Pshezhetskii AV,
Sagimbayeva SK
,
Fedorova IM
,
Obukhova MF
,
Shvyadas VK
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 319, № 5, с. 1256-1259
1991
Hydrophobicity of beta-lactam antibiotics - explanation and prediction of their behavior in various partitioning solvent systems and reversed-phase chromatography
Petrauskas A.A.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Chromatography
, том 585, № 1, с. 3-34
DOI
1991
Penicillin acylase-catalyzed acyl group transfer to amino-acids, their esters and peptides - a kinetic-study
Didziapetris R.J.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biomedica biochimica acta
, издательство
Akademie Verlag
(Germany)
, том 50, № 10-11, с. 237
1991
Penicillin acylase-catalyzed protection and deprotection of amino-groups as a promising approach in enzymatic peptide-synthesis
Didziapetris R.
,
Drabnig B.
, Schellenberger V.,
Jakubke HD
,
Svedas V.
в журнале
FEBS Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 287, № 1-2, с. 31-33
DOI
1991
Preparation of optically-active 1-aminoalkylphosphonic acids by stereoselective enzymatic hydrolysis of racemic N-acylated 1-aminoalkylphosphonic acids
Solodenko VA, Kasheva TN,
Kukhar VP
,
Kozlova EV
, Mironenko DA,
Svedas VK
в журнале
Tetrahedron
, издательство
Pergamon Press Ltd.
(United Kingdom)
, том 47, № 24, с. 3989-3998
DOI
1991
Влияние гетеро- и гомологичной экзогенной алкогольдегидрогеназы на потребление этанола белыми крысами
Ашмарин И.П.
,
Данилова Р.А.
,
Пшежецкий А.В.
,
Федорова И.М.
,
Обухова М.Р.
,
Швядас В.К.
в журнале
Докл. АН СССР
, том 319, № 5, с. 1256-1259
1990
Increased nucleophile reactivity of amino-acid beta-naphthylamides in alpha-chymotrypsin-catalyzed peptide-synthesis
Gololobov M.Y.,
Petrauskas A.
,
Pauliukonis R.
,
Koschke V.
, Borisov I.L.,
Svedas V.
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 1041, № 1, с. 71-78
DOI
1990
Kinetic principles and enantioselectivity of the action of penicillin acylase in the hydrolysis of n-phenylacetyl derivatives of 1-aminoethylphosphonic acid and its esters
Mironenko D.A.,
Kozlova E.V.
,
Shvyadas V.K.
, Solodenko V.A., Kasheva T.N.,
Kukhar V.P.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 55, № 6, с. 843-849
1990
Peptide-synthesis catalyzed by proteases - influence of temperature on the kinetics of acyl transfer catalyzed by papain
Gololobov My
, Schellenberger U., Schellenberger F.,
Jakubke Hd
,
Svedas Vk
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 55, № 2, с. 251-256
1990
Кинетические закономерности и энантиоселективность действия пенициллинацилазы в реакции гидролиза -фенилацетильных производных 1-аминоэтилфосфоновой кислоты и ее эфиров
Мироненко Д.А.
,
Козлова Е.В.
,
Швядас В.К.
,
Солоденко В.А.
,
Кашева Т.Н.
,
Кухарь В.П.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 55, № 6, с. 1124-1131
1990
Пептидный синтез, катализируемый протеазами. Влияние температуры на кинетику ацильного переноса, катализируемого папаином
Гололобов М.Ю.
,
Шелленбергер У.
,
Шелленбергер Ф.
,
Якубке Х.Д.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 55, № 2, с. 338-345
1989
Acyl group transfer by proteases forming an acylenzyme intermediate - kinetic-model analysis (including hydrolysis of acylenzyme-nucleophile complex)
Gololobov M.Y.
, Borisov I.L.,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of Theoretical Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 140, № 2, с. 193-204
DOI
1988
Acyl group transfer by proteases forming acyl enzyme intermediate - kinetic-model analysis
Gololobov My
, Borisov Il,
Belikov Vm
,
Svedas Vk
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 32, № 7, с. 866-872
1988
Peptide-synthesis catalyzed by proteases - increased nucleophilicity of naphthylamide of amino-acids in reactions of acyl transfer catalyzed by alpha-chymotrypsin
Gololobov My
,
Shvyadas Vk
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 53, № 7, с. 1021-1027
1988
[Peptide synthesis catalyzed by proteases. Elevated nucleophilic activity of naphthylamides of amino acids in acyl transfer reactions catalyzed by alpha-chymotrypsin]
Gololobov M.Iu
,
Shviadas V.K.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 53, № 7, с. 1174-80
1988
Пептидный синтез, катализируемый протеазами. Повышенная нуклеофильная способность нафтиламидов аминокислот в реакциях ацильного переноса. катализируемых a-химотрипсином
Гололобов М.Ю.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 53, № 7, с. 1174-1180
1987
[Peptide synthesis catalyzed by proteases. Analysis of a kinetic model for enzymes with acyl-enzyme mechanism of action]
Gololobov M.Iu
, Borisov I.L.,
Shviadas V.K.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 52, № 4, с. 584-91
1987
Термоосаждаемые конъюгаты поливинилкапролактам-фермент
Кирш Ю.Э.
,
Галаев И.Ю.
,
Карапутадзе Т.М.
,
Марголин А.Л.
,
Швядас В.К.
в журнале
Биотехнология
, издательство
ГосНИИгенетика
(М.)
, том 3, № 2, с. 184-189
1986
Estimation of the limits of enantioselectivity of enzyme action in the transformations of amino-acids and their derivatives
Shvyadas Vk
,
Galaev Iy
,
Berezin Iv
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 51, № 9, с. 1283-1287
1986
Present status and prospects of biocatalysis in the production of beta-lactam antibiotics
Bartoshevich YE
,
Nys PS
,
Shvyadas VYK
,
Navashin SM
в журнале
ANTIBIOTIKI I MEDITSINSKAYA BIOTEKHNOLOGIYA
, том 31, № 2, с. 98-104
1986
The methyl-ester of alpha-aminophenylacetic acid - pH-dependence and phosphate catalysis of hydrolysis
Blinkovsky A.M.
,
Galaev I.Y.
,
Svedas V.K.
в журнале
Journal of the Chemical Society. Perkin Transactions 2
, № 10, с. 1537-1540
DOI
1986
[Status and prospects in the use of biocatalysis in the synthesis of beta-lactam antibiotics]
Bartoshevich Iu E., Nys P.S.,
Shviadas V.Iu
, Navashin S.M.
в журнале
Antibiotiki i meditsinskaia biotekhnologiia = Antibiotics and medical biotechnology / Ministerstvo meditsinsko∎ promyshlennosti SSSR
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 31, № 2, с. 98-104
1985
Kinetics of inhibition of L-alpha-aminocaprolactam hydrolase from Cryptococcus laurentii by ortho-phenanthroline
Kozlova Ev
,
Galaev Yi
,
Shvyadas Vk
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 50, № 2, с. 266-270
1985
PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS IN THE SYSTEMS CONTAINING SYNTHETIC POLY-ELECTROLYTES
MARGOLIN AL
,
SHERSTIUK SF
, IZUMRUDOV VA,
SHVIADAS VK
,
ZEZIN AB
,
KABANOV VA
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 284, № 4, с. 997-1001
1985
Protein-protein interactions in systems containing synthetic polyelectrolytes [Belok-belkovye vzaimodeǐstviia v sistemakh, soderzhashchikh sinteticheskie poliélektrolity.]
Margolin A.L.
,
Sherstiuk S.F.
, Izumrudov V.A.,
Shviadas V.K.
,
Zezin A.B.
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 284, № 4, с. 997-1001
1985
Protein-protein interactions in the systems containing synthetic poly-electrolytes
Margolin Al
,
Sherstiuk Sf
,
Izumrudov Va
,
Shviadas Vk
,
Zezin Ab
,
Kabanov Va
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 284, № 4, с. 997-1001
1984
Aminoacylase from microorganisms of the genus Streptoverticillium - study of stereo and substrate specificity
Skvortsova Ee
,
Galaev Iy
,
Nys Ps
,
Shvyadas Vk
,
Savitskaya Em
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 49, № 4, с. 461-464
1984
Isolation and purification of 2 extracellular acylases from an actinomycete of the genus streptoverticillium
Borisov I.L.,
Markaryan A.N.
, Oreshina M.G., Penzikova G.A.,
Galaev I.Y.
,
Bartoshevich Y.E.
,
Shvyadas V.K.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 49, № 3, с. 438-445
1984
Purification and characterization of L-alpha-aminocaprolactam hydrolase from cells of Cryptococcus laurentii
Shvyadas Vk
,
Galaev Iy
,
Kozlova Ev
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 49, № 9, с. 1268-1273
1984
Study of pH-dependence of kinetic parameters and substrate inhibition of L-alpha-aminocaprolactam hydrolase from Cryptococcus laurentii cells
Shvyadas V.K.
,
Galaev I.Y.
,
Kozlova E.V.
,
Kormer S.S.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 49, № 10, с. 1413-1417
1984
The ph-dependence of the alpha-aminophenylacetic acid methyl-ester hydrolysis and catalysis of this reaction by phosphate
Blinkovskii Am
,
Galaev Iy
,
Svedas Vk
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 25, № 2, с. 199-203
1984
The possibility of voltammetric determination of alpha-amino-acids
Svedas Vk
,
Galaev Iy
, Lyapunova Ni,
Svedene Nv
,
Agasyan Pk
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 25, № 1, с. 56-58
1984
[Aminoacylase from Streptoverticillium microorganisms: stereo- and substrate specificity]
Skvortsova E.E.
,
Galaev I.Iu
,
Nys P.S.
,
Shviadas V.K.
,
Savitskaia E.M.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 49, № 4, с. 547-50
1983
Beta-lactamase of Bacillus licheniformis - dependence of kinetic-parameters of enzymic-hydrolysis on the hydrophoby of n-acyl moiety of penicillin substrates
Borisov Il,
Svedas Vk
в журнале
Вестник Московского университета. Серия 2: Химия
, издательство
Издательский дом МГУ
(Москва)
, том 24, № 4, с. 403-406
1983
ENZYMES INCORPORATED INTO POLY-ELECTROLYTE COMPLEXES - THE EFFECT OF MATRIX CONFORMATIONAL-CHANGES AND PHASE-TRANSITIONS IN SOLUTIONS ON CATALYTIC PROPERTIES
MARGOLIN AL
, IZUMRUDOV VA,
SHERSTYUK SF
,
ZEZIN AB
,
SHVYADAS VK
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 17, № 5, с. 815-821
1983
Enzymes incorporated into poly-electrolyte complexes - the effect of matrix conformational-changes and phase-transitions in solutions on catalytic properties
Margolin Al
,
Izumrudov Va
,
Sherstyuk Sf
,
Zezin Ab
,
Shvyadas Vk
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 17, № 5, с. 815-821
1983
Enzymic Conversion of Racemates into Aminoacid Enantiomers
Svedas V.
,
Galaev I.U.
в журнале
Russian Chemical Reviews
, издательство
Turpion - Moscow Ltd.
(United Kingdom)
, том 52, № 12, с. 1184-1202
DOI
1983
Fermentative conversion of racemates into enantiomers of amino-acids
Shvyadas Vk
,
Galaev Iy
в журнале
Успехи химии
, издательство
АНО «Успехи химии»
(Москва)
, том 52, № 12, с. 2039-2071
1983
PHASE-TRANSFORMATIONS IN SOLUTIONS OF POLY-ELECTROLYTE COMPLEXES AS A MODEL OF SPORE FORMATION
MARGOLIN AL
,
SHERSTIUK SF
, IZUMRUDOV VA,
SHVIADAS VIK
,
ZEZIN AB
,
KABANOV VA
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 272, № 1, с. 230-233
1983
PROPERTIES OF NONSTOICHIOMETRIC POLY-ELECTROLYTE COMPLEXES CONTAINING ENZYMES
IZUMRUDOV VA
,
MARGOLIN AL
,
SHERSTIUK SF
,
SHVIADAS VIK
,
ZEZIN AB
,
KABANOV VA
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 269, № 3, с. 631-634
1983
Phase transformations in solutions of polyelectrolyte complexes as a model of sporulation [Fazovye prevrashcheniia v rastvorakh poliélektrolitnykh kompleksov kak model’ sporobrazovaniia.]
Margolin A.L.
,
Sherstiuk S.F.
,
Izumrudov V.A.
,
Shviadas V.I.
,
Zezin A.B.
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 272, № 1, с. 230-233
1983
Phase-transformations in solutions of poly-electrolyte complexes as a model of spore formation
Margolin Al
,
Sherstiuk Sf
,
Izumrudov Va
,
Shviadas Vik
,
Zezin Ab
,
Kabanov Va
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 272, № 1, с. 230-233
1983
Properties of nonstoichiometric poly-electrolyte complexes containing enzymes
Izumrudov Va
,
Margolin Al
,
Sherstiuk Sf
,
Shviadas Vik
,
Zezin Ab
,
Kabanov Va
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 269, № 3, с. 631-634
1983
Substrate specifity of penicillin acylase from Escherichia coli towards n-acylated amino-acid derivatives and dipeptides
Shvyadas Vk
,
Galaev Iy
,
Semiletov Ya
,
Korshunova Ga
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 9, № 8, с. 1139-1141
1983
[Determination of lysine amidase and alpha-aminocaprolactam hydrolase activities in cell-free extracts of Cryptococcus sp]
Galaev I.Iu
,
Kozlova E.V.
,
Shviadas V.K.
в журнале
Прикладная биохимия и микробиология
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 19, № 6, с. 832-9
1983
[Enzymes incorporated in polyelectrolyte complexes. Effect of matrix conformational changes and phase transitions in solutions on catalytic properties]
Margolin A.L.
,
Izumrudov V.A.
,
Sherstiuk S.F.
,
Zezin A.B.
,
Shviadas V.K.
в журнале
Molekuliarnaia biologiia
, издательство
Russian Academy of Sciences
(Russian Federation)
, том 17, № 5, с. 1001-8
1983
Субстратная специфичность пенициллинацилазы из Е. coli в ряду производных N-ацилированных аминокислот и дипептидов
Швядас В.К.
,
Галаев И.Ю.
,
Семилетов Ю.А.
,
Коршунова Г.А.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 9, № 8, с. 1139-1141
1982
A kinetic-study of hog kidney aminoacylase
Galaev I.Y.
,
Svedas V.K.
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 701, № 3, с. 389-394
DOI
1982
Soluble-insoluble immobilized enzymes
Margolin A.L.
,
Izumrudov V.A.
,
Svedas V.K.
,
Zezin A.B.
в журнале
Biotechnology and Bioengineering
, издательство
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
(Germany)
, том 24, № 1, с. 237-240
1981
PREPARATION AND PROPERTIES OF PENICILLIN AMIDASE IMMOBILIZED IN POLY-ELECTROLYTE COMPLEXES
MARGOLIN AL
, IZUMRUDOV VA,
SVEDAS VK
,
ZEZIN AB
,
KABANOV VA
,
BEREZIN IV
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 660, № 2, с. 359-365
DOI
1981
Preparation and properties of penicillin amidase immobilized in polyelectrolyte complexes
Margolin A.L.
,
Izumrudov V.A.
,
Svedas V.K.
,
Zezin A.B.
,
Kabanov V.A.
,
Berezin I.V.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 660, № 2, с. 359-365
1981
Простагландинсинтетаза. Инактивация эндопероксидпростагландинсинтетазы - лимитирующего фермента синтеза простагландинов
Мевх А.Т.
,
Вржещ П.В.
,
Швядас В.Ю К
,
Варфоломеев С.Д.
,
Мягкова Г.И.
,
Якушева Л.А.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 7, № 5, с. 695-702
1980
Enzymatic synthesis of beta-lactam antibiotics - a thermodynamic background
Svedas V.K.
,
Margolin A.L.
,
Berezin I.V.
в журнале
Enzyme and Microbial Technology
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 2, № 2, с. 138-144
DOI
1980
Interaction of amino-acids with ortho-phthaldialdehyde - kinetic-study and spectrophotometric assay of the reaction-product
Svedas V.J.K
,
Galaev I.J.
, Borisov I.L.,
Berezin I.V.
в журнале
Analytical Biochemistry
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 101, № 1, с. 188-195
1980
Kinetics and thermodynamics of acetyl-L-methionine hydrolysis and synthesis catalyzed by acylase I from porcine kidney
Shvyadas Vyk
,
Galaev Iy
,
Berezin Iv
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 45, № 10, с. 1388-1394
1980
Kinetics of the enzymatic synthesis of benzylpenicillin
Svedas V.K.
,
Margolin A.L.
, Borisov I.L.,
Berezin I.V.
в журнале
Enzyme and Microbial Technology
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 2, № 4, с. 313-317
DOI
1980
REVERSIBLE SOLUBILITY OF PENICILLIN AMIDASE IMMOBILIZED IN POLY-ELECTROLYTE COMPLEXES
MARGOLIN AL
, IZUMRUDOV VA,
SHVIADAS VIK
,
ZEZIN AB
,
KABANOV VA
,
BEREZIN IV
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 253, № 6, с. 1508-1511
1980
Reversible solubility of penicillin amidase immobilized in poly-electrolyte complexes
Margolin Al
,
Izumrudov Va
,
Shviadas Vik
,
Zezin Ab
,
Kabanov Va
,
Berezin Iv
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 253, № 6, с. 1508-1511
1980
Reversibly soluble penicillin amidase immobilized in polyelectrolyte complexes
Margolin A.L.
, Izumrudov V.A.,
Shvyadas Yu V.K.
в журнале
Doklady Chemistry
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 253, № 1-6, с. 268-270
1980
Substrate specificity of intracellular serine proteinase of Bacillus subtilis - proteolysis of the b-chain of insulin and ribonuclease-a and kinetics of the hydrolysis of p-nitroanilide substrates
Markaryan An
, Ostoslavskaya Vi,
Shvyadas Vk
, Yakusheva Ld,
Lyublinskaya La
,
Strongin Ay
,
Stepanov Vm
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 45, № 7, с. 1007-1014
1980
Substrate specificity of penicillin amidase from Escherichia coli
Margolin A.L.
,
Svedas V.K.
,
Berezin I.V.
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 616, № 2, с. 283-289
DOI
1980
Substrate-specificity of acylase I from porcine kidney
Shvyadas Vyk
,
Galaev Iy
, Galstyan Na,
Berezin Iv
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 45, № 8, с. 1027-1029
1980
[Kinetics and thermodynamics of the hydrolysis-synthesis reaction of acetyl-L-methionine catalyzed by acylase I from hog kidney]
Shviadas V.Iu
,
Galaev I.Iu
,
Berezin I.V.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 45, № 10, с. 1833-9
1980
[Method of measuring activity of amino acid acylase]
Galaev I.Iu
,
Shviadas V.K.
, Aren A.K.,
Berezin I.V.
в журнале
Прикладная биохимия и микробиология
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 16, № 2, с. 281-3
1980
[Substrate specificity of Bacillus subtilis intracellular serine protease. Hydrolysis of insulin beta-chain, native ribonuclease A and p-nitroanilide peptide substrates]
Markarian A.N.
, Ostoslavskaia V.I.,
Shviadas V.K.
, Iakusheva L.D.,
Liublinskaia L.A.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 45, № 7, с. 1319-28
1980
[Substrate specificity of acylase I from pig kidney]
Shviadas V.Iu
,
Galaev I.Iu
, Galstian N.A.,
Berezin I.V.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 45, № 8, с. 1361-4
1980
[pH dependence of tryptophan ethyl ester hydrolysis]
Shviadas V.Iu
,
Galaev I.Iu
, Ivanov A.E.,
Berezin I.V.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 45, № 5, с. 829-34
1980
[pH-dependence of tryptophan ethyl ester hydrolysis by alpha-chymotrypsin]
Shviadas V.Iu
,
Galaev I.Iu
,
Berezin I.V.
в журнале
Biokhimii∎a (Moscow, Russia)
, издательство
IZDATELSTVO NAUKA
(LENINGRADSKOE OTDELENIE MAKAROVA D4, STPETERSBURG, RUSSIA)
, том 45, № 4, с. 629-35
1980
pH-dependence of hydrolysis of tryptophan ethyl-ester catalyzed by alpha-chymotrypsin
Shvyadas Vyk
,
Galaev Iy
,
Berezin Iv
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 45, № 4, с. 481-486
1980
pH-dependence of the non-enzymatic hydrolysis of the ethyl-ester of tryptophan
Shvyadas Vyk
,
Galaev Iy
, Ivanov Ae,
Berezin Iv
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 45, № 5, с. 635-639
1979
Thermodynamic features of enzymatic synthesis of beta-lactam antibiotics
Shviadas Vik
,
Margolin Al
,
Berezin Iv
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 248, № 2, с. 479-481
1978
Interaction of amino-acids with ortho-phthalaldehyde - spectrophotometric method for quantifying reaction product
Shvyadas Vyk
,
Galaev Iy
,
Beresin Iv
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 4, № 1, с. 19-25
1978
Spectrophotometric method for quantitative determination of amino-acid esters in mixtures with free amino-acids
Shvyadas Vjk
,
Galaev Iy
,
Berezin Iv
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 4, № 1, с. 130-132
1978
Study of penicillin amidase from Escherichia coli - pH-dependence of equilibrium-constant for enzymatic-hydrolysis of ampicillin
Margolin Al
,
Shvyadas Vyk
,
Nys Ps
,
Koltsova Ev
,
Savitskaya Em
,
Berezin Iv
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 23, № 2, с. 114-118
1978
Study on penicillin amidase from escherichia-coli - ph-dependence of enzyme inactivation kinetics
Nys Ps
,
Savitskaya Em
,
Klesov Aa
,
Sinitsyn Ap
,
Shvyadas Vyk
,
Berezin Iv
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 23, № 1, с. 46-50
1978
Взаимодействие аминокислот с о-фталевым альдегидом: спектрофотометрический метод количественного определения продукта реакции
Швядас В.Ю К
,
Галаев И.Ю.
,
Березин И.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 4, № 1, с. 19-15
1978
Спектрофотометрический метод количественного определения эфиров аминокислот в смеси, содержащей свободные аминокислоты
Швядас В.Ю К
,
Галаев И.Ю.
,
Березин И.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 4, № 1, с. 130-132
1977
Determination of absolute concentration of active centers of soluble and immobilized penicellin amidase
Shviadas Vk
,
Margolin Al
,
Sherstiuk Sf
,
Klesov Aa
,
Berezin Iv
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 232, № 5, с. 1127-1129
1977
Enzymatic synthesis of antibiotics - kinetics of acyl group transfer onto 6-aminopenicillanic acid-catalyzed by penicillin amidase from Escherichia coli
Klyosov Aa
,
Margolin Al
,
Shvyadas Vk
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 3, № 5, с. 654-662
1977
Enzymatic-synthesis of antibiotics - investigation of reaction of cephalotine hydrolysis-synthesis, catalyzed by pencellinamidase
Berezin Iv
,
Margolin Al
,
Shviadas Vik
в журнале
Doklady Akademii nauk SSSR
, издательство
Akademiia Nauk Sssr
(Russian Federation)
, том 235, № 4, с. 961-964
1977
Inactivation of soluble and immobilized penicillin amidase from escherichia-coli by phenylmethylsulfonyl fluoride - kinetic-analysis and titration of enzyme active-sites
Shvyadas Vk
,
Margolin Al
,
Sherstyuk Sf
,
Klyosov Aa
,
Berezin Iv
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 3, № 4, с. 546-554
1977
Study of active center topography of penicillin amidase from Escherichia coli. 2. Role of hydrophobicity in specificity of enzyme inhibition
Klyosov Aa
,
Shvyadas Vk
,
Galaev Iy
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 3, № 6, с. 800-805
1977
Study of active-center topography of penicillin amidase from Escherichia coli. 1. Kinetic analysis
Klyosov Aa
,
Galaev Iy
,
Shvyadas Vk
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 3, № 5, с. 663-672
1977
Изучение топографии активного центра пенициллинамидазы из E.coli. I. Кинетический анализ
Клесов А.А.
,
Галаев И.Ю.
,
Швядас В.Ю К
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 3, № 5, с. 663-672
1977
Изучение топографии активного центра пенициллинамидазы из Е. coli. II. Роль гидрофобных взаимодействий в специфичности ингибирования фермента
Клесов А.А.
,
Швядас В.Ю К
,
Галаев И.Ю.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 3, № 6, с. 800-805
1977
Инактивация растворимой и иммобилизованной пенициллинамидазы из E. coli под действием фенилметилсульфонилфторида: кинетический анализ и титрование активных центров
Швядас В.К.
,
Марголин А.Л.
,
Шерстюк С.Ф.
,
Клесов А.А.
,
Березин И.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 3, № 4, с. 546-554
1977
Ферментативный синтез антибиотиков. Перенос ацильной группы на 6-аминопенициллановую кислоту, катализируемый пенициллинамидазой из Е. coli. Кинетическое рассмотрение
Клесов А.А.
,
Марголин А.Л.
,
Швядас В.Ю К
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 3, № 5, с. 654-662
1976
Studies on penicillinamidase from escherichia-coli ph-dependencies of kinetic-parameters of enzymatic-hydrolysis of benzylpenicillin
Berezin IV
,
Klesov AA
,
Margolin AL
,
Nys PS
, Savitskaya EM,
Shvyadas VYK
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 21, № 5, с. 411-415
1976
Study of penicillin amidase from escherichia-coli ph-dependence of equilibrium-constant for enzymatic-hydrolysis of benzylpenicillin
Berezin IV
,
Klesov AA
,
Margolin AL
,
Nys PS
, Savitskaya EM,
Shvyadas VK
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 21, № 6, с. 519-523
1976
[Study of penicillin amidase for E. coli. Kinetics of enzymatic hydrolysis of 7-phenylacetamidodeacetoxycephalosporanic acid]
Shviadas V.K.
,
Klesov A.A.
,
Nys P.S.
,
Savitskaia E.M.
,
Berezin I.V.
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 21, № 8, с. 698-704
1975
Effect of polyelectrolytes on properties of penicillinamidase and alkaline-phosphatase
Streltsova Za,
Shvyadas Vk
,
Maksimenko Av
,
Klesov Aa
,
Braudo Ee
,
Tolstoguzov Vb
,
Berezin Iv
в журнале
Bioorganicheskaya Khimiya
, издательство
Izdatel'stva Nauka
(Russian Federation)
, том 1, № 10, с. 1464-1469
1975
Effect of ultrasound as a new method of studying conformational transitions in enzyme active-sites - pH-induced and temperature-induced conformational transitions in active-center of penicillin amidase
Berezin I.V.
,
Klibanov A.M.
,
Klyosov A.A.
,
Martinek K.
,
Svedas V.K.
в журнале
FEBS Letters
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 49, № 3, с. 325-328
DOI
1975
Влияние полиэлектролитов на свойства пенициллинамидазы и щелочной фосфатазы
Стрельцова З.А.
,
Швядас В.К.
,
Максименко А.В.
,
Клёсов А.А.
,
Браудо Е.Е.
,
Толстогузов В.Б.
,
Березин И.В.
в журнале
Биоорганическая химия
, издательство
Российская академия наук
(Москва)
, том 1, № 10, с. 1464-1469
1974
Kinetics of benzylpenicillin hydrolysis catalyzed by penicillinamidase
Berezin I.V.
,
Klesov A.A.
,
Shvyadas V.K.
, Nys P.S.,
Savitska Em
в журнале
Antibiotiki
, издательство
IZDATELSTVO MEDITSINA
(PETROVERIGSKII PER 6-8, MOSCOW, RUSSIA,K-142)
, том 19, № 10, с. 880-887
1973
Mechanism of alpha-chymotrypsin and trypsin-catalyzed hydrolysis of amides - evidence for participation of active serine in amidase activity of trypsin
Berezin IV
,
Kazanskaya NF
,
Klyosov AA
,
Svedas VK
в журнале
European Journal of Biochemistry
, том 38, № 3, с. 529-536
DOI
Статьи в сборниках
2020
Сравнительный анализ 3D-структур белков на GPU: ре-имплементация алгоритма МАТТ на CUDA
Тимохин И.А.
,
Суплатов Д.А.
,
Попова Н.Н.
,
Швядас В.К.
, Воеводин Вл В.
в сборнике
Суперкомпьютерные дни в России : Труды международной конференции. 21–22 сентября 2020 г., Москва / Под. ред. Вл. В. Воеводина
, издательство
ООО "МАКС Пресс"
(Москва)
, с. 147-148
2019
High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
Dmitry Suplatov
,
Yana Sharapova
,
Maxim Shegay
,
Nina Popova
,
Kateryna Fesko
,
Vladimir Voevodin
,
Vytas Švedas
в сборнике
RuSCDays 2019, CCIS 1129, V. Voevodin and S. Sobolev (Eds.)
, место издания
Springer Nature Switzerland AG 2019 Cham, Switzerland
, с. 249-264
DOI
2018
Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPU
Суплатов Д.А.
,
Шарапова Я.А.
,
Попова Н.Н.
,
Копылов К.Е.
,
Воеводин Вл В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва)
, место издания
Издательство МГУ Москва
, с. 705-716
2017
Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
Суплатов Д.А.
,
Попова Н.Н.
,
Копылов К.Е.
,
Шегай М.В.
,
Воеводин В.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Труды международной конференции. СУПЕРКОМПЬЮТЕРНЫЕ ДНИ В РОССИИ. Москва, 25-26 сентября 2017 г
, место издания
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (Издательский Дом (Типография) (Москва)
, с. 544-556
2016
Bioinformatic analysis of protein families to select function-related variable positions
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Švedas V.
в сборнике
Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis (ed. Allan Svendsen)
, место издания
Pan Stanford Publishing
, с. 351-385
DOI
2016
Использование параллельных вычислений для эффективного построения множественных выравниваний структур белков. Сборник трудов конференции
Воеводин Вл В.
,
Шегай М.В.
,
Попова Н.Н.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Сборник трудов конференции ПАВТ’2016
, с. 81-92
2016
Поиск новых путей регуляции функциональных свойств ферментов с использованием высокопроизводительных вычислений
Суплатов Д.А.
,
Воеводин Вл В.
,
Попова Н.Н.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
, серия
7
, место издания
Издательство Московского университета Москва
2015
High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties
Suplatov D.
,
Popova N.
,
Kopylov K.
,
Shegai M.
,
Voevodin V.
,
Švedas V.
в сборнике
Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (28-29 сентября 2015 г., г. Москва)
, место издания
Изд-во МГУ Москва
, с. 537-537
2013
Суперкомпьютерные технологии открывают новые перспективы для биоинформатического анализа больших суперсемейств ферментов и решения ресурсоемких вычислительных задач биокатализа
Суплатов Д.А.
,
Воеводин В.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Альманах «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности" (2013)
, место издания
Издательство МГУ Москва
, с. 103-110
1980
Enzymatic modification of beta-lactam antibiotics: problems and perspectives
Svedas V.K.
,
Margolin A.L.
,
Berezin I.V.
в сборнике
Enzyme Engineering. Future Directions
, издательство
Plenum Press
(United States)
, с. 257-293
Книги
2023
Дорогой наш Илья Васильевич Березин
Угарова Н.Н.
,
Ефременко Е.Н.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Швядас В.К.
,
Синицын А.П.
,
Клячко Н.Л.
,
Богданов А.А.
,
Егоров А.М.
,
Муронец В.И.
,
Дзантиев Б.Б.
,
Ярополов А.И.
,
Попов В.О.
место издания
Издательский дом «НАУЧНАЯ БИБЛИОТЕКА Москва
, ISBN 978-5-907672-36-9, 252 с.
DOI
1988
Ферментативный синтез и модификация бета-лактамных антибиотиков и пептидов
Швядас В.К.
место издания
ВИНИТИ Москва
, ISBN 0208-2330 , 148 с.
1987
Биотехнология, книга 8. Инженерная энзимология
Березин И.В.
,
Клесов А.А.
,
Швядас В.К.
,
Угарова Н.Н.
,
Варфоломеев С.Д.
,
Ярополов А.И.
,
Казанская Н.Ф.
,
Егоров А.М.
место издания
Высшая школа Москва
, 143 с.
1982
Введение в прикладную энзимологию. Иммобилизованные ферменты
Швядас В.К.
,
Марголин А.Л.
,
Семенов А.Н.
,
Яковлева В.И.
,
Губницкий Л.С.
место издания
Издательство МГУ Москва
, 382 с.
Доклады на конференциях
2023
О роли биокатализа в зеленой химии
(Приглашенный)
Автор:
Швядас В.К.
Эмануэлевские чтения - 2023
, Институт биохимической физики им. Н.М.Эм аниэля РАН, Россия, 2 октября 2023
2023
Моделирование структуры подвижных участков белка с помощью GPU-ускоренной метадинамики с коллективными переменными на основе вариационных автоэнкодеров
(Стендовый)
Авторы:
Копылов К.Е.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
IX ежегодная Междунароная конференция "Суперкомпьютерные дни в России"
, Москва, МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 25-26 сентября 2023
2023
АПРОБАЦИЯ БИОИНФОРМАТИЧЕСКОГО ВЕБ-СЕРВЕРА YOSSHI НА ПРИМЕРЕ ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ E.COLI: НЕДОСТАТОЧНОСТЬ ПРОСТОГО КОПИРОВАНИЯ ПРИРОДНЫХ S-S МОСТИКОВ
(Стендовый)
Авторы:
Панина А.М.
,
Панин Н.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
ДОБАВЛЕНИЕ ИОН-ПАРНЫХ РЕАГЕНТОВ УЛУЧШАЕТ ХРОМАТОГРАФИЧЕСКОЕ РАЗДЕЛЕНИЕ ЭНАНТИОМЕРОВ АМИНОСОЕДИНЕНИЙ ПОСЛЕ ПРЕДКОЛОНОЧНОЙ МОДИФИКАЦИИ О- ФТАЛЕВЫМ АЛЬДЕГИДОМ И ХИРАЛЬНЫМ ТИОЛОМ
(Стендовый)
Авторы:
Пирогов И.В.
,
Панин Н.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Швядас В.К.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМА ДЕЙСТВИЯ ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗ: ОТ КИНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ ДО БИОИНФОРМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА СЕМЕЙСТВА И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
(Пленарный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Панин Н.В.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Никулин М.В.
,
Кирилин Е.М.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
РАЗВИТИЕ ХЕМОЭНЗИМАТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ: БЕТА-ЛАКТАМНЫЕ ТИОАМИДИНЫ
(Стендовый)
Авторы:
Панин Н.В.
,
Тюрин Е.С.
,
Никулин М.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2023
РАЗВИТИЕ ХЕМОЭНЗИМАТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ: КИНЕТИКА И ОПТИМИЗАЦИЯ ФЕРМЕНТАТИВНОГО N-БРОМАЦЕТИЛИРОВАНИЯ БЕТА-ЛАКТАМОВ
(Стендовый)
Авторы:
Панин Н.В.
,
Тюрин Е.С.
,
Никулин М.В.
,
Дробот В.В.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г.
, Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
2022
Study of the early stage structural rearrangement of H3N2 influenza virus hemagglutinin subunit HA2 during fusion with a host cell
(Устный)
Авторы:
Podshivalov D.D.
,
Kirilin E.M.
,
Konnov S.I.
,
Švedas V.K.
BIOINFORMATICS AND COMPUTER-AIDED DRUG DISCOVERY
, Москва, Россия, 24-26 мая 2022
2022
Дизайн селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и компьютерного моделирования
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Кирилин Е.М.
5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021
, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
2022
МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ 7-МЕТИЛГУАНИНА С ТРНК-ГУАНИНТРАНСГЛИКОЗИЛАЗОЙ
(Стендовый)
Авторы:
Винник В.А.
,
Пушкарев С.В.
,
Швядас В.К.
,
Нилов Д.К.
5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021
, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
2022
Изучение конформационного перехода гемагглютинина вируса гриппа H3N2 методами молекулярной динамики
(Устный)
Авторы:
Коннов С.И.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «БИОЛОГИЯ – НАУКА XXI ВЕКА»
, Пущино, Россия, 18-22 апреля 2022
2021
vsFilt: a new tool for structural filtration and virtual screening
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Suplatov D.A.
,
Švedas V.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
2021
vsFilt – новый инструмент структурной фильтрации для виртуального скрининга
(Устный)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Смолкина Э.В.
,
Гущина И.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"
, Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
2020
Bioinformatic analysis of PARP family: can we design selective inhibitors of distinct PARP proteins?
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.
,
Manasaryan G.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
The PARP Family and ADP-ribosylation
, New York, США, 9-11 декабря 2020
2020
Использование MPI- и GPU-ускоренного комбинированного метода квантовой механики, молекулярной механики и метадинамики для моделирования стадии окисления субстрата в каталитическом цикле 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica
(Стендовый)
Авторы:
Копылов К.Е.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
Суперкомпьютерные дни в России 2020
, Москва, Россия, 21-22 сентября 2020
2020
Easyamber: a step away from inefficient “static” approaches towards a deeper understanding of protein dynamics
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Sharapova Ya
,
Svedas V.
BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
2020
Mustguseal: versatile bioinformatic platformfor knowledge-based protein design and modulation
(Устный)
Авторы:
Suplatov D.
,
Sharapova Ya
,
Svedas V.
BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
2020
Разработка методов дизайна селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Балдин С.М.
,
Гущина И.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство»
, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
2020
Структурная характеристика участка связывания ингибиторов в белках семейства поли(АДФ-рибоза)-полимераз
(Устный)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Манасарян Г.А.
,
Швядас В.К.
XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство»
, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
2019
Биокатализ в синтезе полиэфирамидов – перспективных биодеградируемых полимеров для медицины
(Устный)
Авторы:
Никулин М.В.
,
Швядас В.К.
IV Национальный конгресс по регенеративной медицине
, Москва, Россия, 20-23 ноября 2019
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
(Стендовый)
Авторы:
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
II Объединенный научный форум, включающий VI Cъезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России и IX Российский симпозиум «Белки и пептиды»
, Дагомыс, Россия, 1-6 октября 2019
2019
High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
(Устный)
Авторы:
Dmitry Suplatov
,
Yana Sharapova
,
Maxim Shegay
,
Nina Popova
,
Kateryna Fesko
,
Vladimir Voevodin
,
Vytas Švedas
Russian Supercomputing Days
, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
2019
Поиск нового центра связывания артокарпина в структуре NanA из Streptococcus pneumoniae с учетом конформационной пластичности белка.
(Стендовый)
Авторы:
Шарапова Я.А.
,
Суплатов Д.А.
,
Швядас В.К.
Суперкомпьютерные дни в России 2019
, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
2019
Identification of new sulfonated inhibitors of human lactate dehydrogenase A through virtual screening and structural filtration
(Стендовый)
Авторы:
Polenova A.M.
,
Gushchina I.V.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae: Three Different Ways to Modulate Enzyme Activity
(Стендовый)
Авторы:
Sharapova Yana
,
Švedas Vytas
,
Suplatov Dmitry
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Open-access Mustguseal platform to explore protein superfamilies
(Стендовый)
Авторы:
Dmitry Suplatov
,
Yana Sharapova
,
Daria Timonina
,
Elena Schmalhausen
,
Kateryna Fesko
,
Nina Popova
,
Vladimir Muronets
,
Vladimir Voevodin
,
Vytas Švedas
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Parallel computing in structural bioinformatics: efficient 3D-alignment of protein superfamilies on a supercomputer
(Устный)
Авторы:
Shegay Maksim V.
,
Švedas Vytas K.
,
Popova Nina N.
,
Suplatov Dmitry A.
,
Voevodin Vladimir V.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Yosshi: the bioinformatic approach to protein disulfide engineering
(Стендовый)
Авторы:
Dmitry Suplatov
,
Vytas Švedas
,
Yana Sharapova
,
Daria Timonina
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2019
2019
Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis?
(Устный)
Авторы:
Sharapova Y.
,
Suplatov D.
,
Timonina D.
,
Schmalhausen E.
,
Fesko K.
,
Muronets V.
,
Voevodin V.
,
Svedas V.
The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11.
, Краков, Польша, 6-11 июля 2019
2019
Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Sharapova Y.
,
Timonina D.
,
Schmalhausen E.
,
Fesko K.
,
Popova N.
,
Muronets V.
,
Voevodin V.
,
Svedas V.
The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11.
, Краков, Польша, 6-11 июля 2019
2019
Catalytic processing of human type receptors by H5N1 Influenza neuraminidase using molecular modeling
(Стендовый)
Авторы:
Kirilin E.M.
,
Svedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Investigating dynamic characteristics of the binding pocket in the influenza hemagglutinin
(Стендовый)
Авторы:
Podshivalov D.D.
,
Kirilin E.M.
,
Konnov S.I.
,
Svedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
(Пленарный)
Авторы:
Suplatov D.A.
,
Sharapova Y.A.
,
Drobot V.V.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
(Стендовый)
Авторы:
Baldin S.M.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Molecular modeling of penicillin acylase mutant with increased specificity to bromoacetamide as acyl donor
(Стендовый)
Авторы:
Дробот В.В.
,
Швядас В.К.
,
Панин Н.В.
,
Кирилин Е.М.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Penicillin acylase in chemoenzymatic synthesis of peptidomimetics
(Стендовый)
Авторы:
Morozova I.A.
,
Svedas V.K.
,
Panin N.V.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Search for biocatalysts of polydepsipeptide synthesis
(Стендовый)
Авторы:
Svedas V.K.
,
Nikulin M.V.
12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”
, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
2019
Rational design of novel tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors as promising antitumor agents
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
,
Gushchina I.V.
4th Russian Conference on Medicinal Chemistry MedChem Russia 2019
, Екатеринбург, Россия, 10-14 июня 2019
2018
Computer-aided study of umifenovir binding by the Influenza hemagglutinin
(Стендовый)
Авторы:
Podshivalov D.D.
,
Švedas V.K.
,
Kirilin E.M.
Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny
, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Conformational analysis of sialic acid in its p-nitrophenyl and lactose derivatives bound to influenza membrane neuraminidase active site
(Стендовый)
Авторы:
Kirilin E.M.
,
Podshivalov D.D.
,
Švedas V.K.
Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny
, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
(Стендовый)
Авторы:
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
Biomembranes 2018
, Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
2018
Рациональный дизайн сульфозамещённых противоопухолевых ингибиторов
(Устный)
Авторы:
Евтеев С.А.
,
Поленова А.М.
,
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
IV Междисциплинарный симпозиум по медицинской, органической, биологической химии и фармацевтике МОБИ-ХимФарма2018
, Новый Свет, Крым, Россия, 23-26 сентября 2018
2018
First selective inhibitors of transketolase from Mycobacterium tuberculosis targeted towards both the pyrophosphate binding site and an adjacent hydrophobic site
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.
,
Gushchina I.
,
Shcherbakova T.
,
Meshalkina L.
,
Švedas V.
Chemical Biology 2018
, Хайдельберг, Германия, 29 августа - 1 сентября 2018
2018
7-Methylguanine: a natural DNA repair inhibitor and a promising anticancer compound
(Стендовый)
Авторы:
Antoshina E.
,
Maluchenko N.
,
Nilov D.
,
Kirsanov K.
,
Feofanov A.
,
Švedas V.
,
Zakharenko A.
,
Khodyreva S.
,
Gerasimova N.
,
Studitsky V.
,
Lavrik O.
,
Kurgina T.
The 43th FEBS Congress
, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
2018
Selection of bifunctional tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors by molecular modeling
(Стендовый)
Авторы:
Gushchina I.
,
Švedas V.
,
Nilov D.
The 43th FEBS Congress
, Прага, Чехия, 7-12 июля 2018
2018
Sulfonamide-based linkers provide opportunities for the design of bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase
(Стендовый)
Авторы:
Evteev S.A.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
25th International Student Congress Of (bio)Medical Sciences (ISCOMS 2018)
, Groningen, Нидерланды, 4-8 июня 2018
2018
Инженерная энзимология: новые возможности использования ферментов при модуляции их функциональных свойств
(Пленарный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Панин Н.В.
,
Гуранда Д.Ф.
Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018)
, Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
2018
ПОИСК СЕЛЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ФЕРМЕНТОВ ПАТОГЕНОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ БИОИНФОРМАТИКИ И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Балдин С.М.
,
Гущина И.В.
,
Щербакова Т.А.
,
Шмальгаузен Е.В.
Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018)
, Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
2018
Разработка технологии ферментативного получения универсальной бета-лактамной платформы
(Стендовый)
Авторы:
Панин Н.
,
Дробот В.
,
Швядас В.
,
Тюрин Е.
,
Никулин М.
Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018)
, Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
2017
Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
(Устный)
Авторы:
Шегай М.В.
,
Воеводин Вл В.
,
Копылов К.Е.
,
Суплатов Д.А.
,
Попова Н.Н.
,
Швядас В.К.
Суперкомпьютерные дни в России 2017
, Москва, Россия, 25-26 сентября 2017
2017
Allosteric inhibitor Doramapimod can bind to human p38α MAP Kinase even when the activation loop is in the DFG-in state
(Стендовый)
Авторы:
Dmitry Suplatov
,
Vytas Švedas
,
Yana Sharapova
,
Kirill Kopylov
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2017
2017
Bioinformatic analysis of subfamily-specific positions reveals a previously unknown regulatory site in Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase family of proteins
(Устный)
Авторы:
Dmitry Suplatov
,
Elena Schmalhausen
,
Vladimir Muronets
,
Vytas Švedas
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2017
2017
Molecular Modeling of Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae
(Стендовый)
Авторы:
Yana Sharapova
,
Vytas Švedas
,
Dmitry Suplatov
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17)
, Москва, Россия, 27-30 июля 2017
2017
How we do modulate functional properties of enzymes
(Устный)
Авторы:
Švedas V.
,
Gushchina I.
,
Meshalkina L.
,
Nilov D.
,
Shmalhauzen E.
,
Suplatov D.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Identifying new inhibitors of DNA repair enzymes
(Устный)
Авторы:
Švedas V.K.
,
Gushchina I.V.
,
Nilov D.K.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Improved variants of penicillin acylase E.coli for stereoselective acylation of amino alcohols in aqueous medium
(Стендовый)
Авторы:
Panin N.
,
Svedas V.
,
Zabilskaya A.
,
Aksenova V.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Modeling of interactions of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis with substrate and inhibitors
(Устный)
Авторы:
Misiura N.M.
,
Baldin S.M.
,
Švedas V.K.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Penicillin acylase-catalyzed removal and transfer of protecting groups of amino compounds in peptide synthesis.
(Устный)
Авторы:
Svedas V.K.
,
Morozova I.A.
,
Shcherbakova T.A.
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2017
Stereoselective chemoenzymatic synthesis of 2,5-diketomorpholines
(Устный)
Авторы:
Maksim Nikulin
,
Vytas Svedas
,
Nikita Misiura
Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation.
, Истра, Россия, 25-30 июля 2017
2016
Design of stabilized penicillin acylase variants and their applications for synthesis
(Устный)
Авторы:
Panin N.
,
Švedas V.
,
Suplatov D.
,
Shcherbakova T.
22nd International Conference "INPEC-2016" (International Network of Protein Engineering Centers). Daejeon, Republic of Korea, 2016, November 6-10
, Daejeon, Корея, Республика, 6-10 ноября 2016
2016
Modulation Of Enzyme Functional Properties
(Устный)
Авторы:
Suplatov D.A.
,
Švedas V.K.
,
Kopylov K.E.
,
Panin N.K.
V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России
, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016
2016
GPU-accelerated analysis of linear trends in a protein motion
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Kopylov K.
,
Švedas V.
Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016"
, Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
2016
Изучение механизма распознавания субстратов с участием подвижных элементов структуры активных центров ферментов 3-гидроксибензоатгидроксилазы и 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы с использованием суперкомпьютера
(Стендовый)
Авторы:
Копылов К.Е.
,
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016"
, Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
2016
In silico screening for sulfonate-based inhibitors against promising anticancer targets
(Устный)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Svedas V.K.
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/BGRS-2016
, Новосибирск, Россия, 29 августа - 2 сентября 2016
2016
Homologous Bacterial And Viral Sialidases Have Different Organization Of Their Catalytic Sites
(Стендовый)
Авторы:
Švedas V.K.
,
Sharapova Ya A.
International Symposium «Systems Biology and Bioinformatics»
, г. Санкт-Петербург, Россия, 30 июня - 2 июля 2016
2016
Statistical Analysis Of Linear Trends In Protein Motion To Study Induced Conformational Changes In Protein Structures
(Устный)
Авторы:
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Mironov A.А.
,
Kopylov K.
International Symposium «Systems Biology and Bioinformatics»
, г. Санкт-Петербург, Россия, 30 июня - 2 июля 2016
2016
Использование параллельных вычислений для эффективного построения множественных выравниваний структур белков
(Устный)
Авторы:
Воеводин Вл В.
,
Шегай М.В.
,
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Попова Н.Н.
Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2016
, Архангельск, Россия, 28 марта - 1 апреля 2016
2015
High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Popova N.
,
Kopylov K.
,
Shegai M.
,
Voevodin V.
,
Švedas V.
Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2015"
, Москва, Россия, 28-29 сентября 2015
2015
Characterization of functionally important binding sites of enzymes by bioinformatic analysis of diverse protein families
(Стендовый)
Авторы:
Kirillin E.
,
Švedas V.
,
Suplatov D.
Enzyme Engineering XXIII
, St. Petersburg, Florida, США, 6-11 сентября 2015
2015
STEREOSELECTIVE CHEMOENZYMATIC SYNTHESIS OF 2,5-DIKETOMORPHOLINES
(Стендовый)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Никулин М.В.
12th BIOTRANS 2015
, Reed Messe Wien GmbH, Congress Center, Messeplatz 1, A-1021, Wien, Австрия, 26-30 июля 2015
2015
Bioinformatic analysis of diverse protein superfamilies to design improved enzymes
(Устный)
Авторы:
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Švedas V.
,
Khaliullin I.
,
Shcherbakova T.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)
, Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
2015
Molecular model of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 for a structure-based screening for its inhibitors
(Стендовый)
Авторы:
Nilov D.K.
,
Gushchina I.V.
,
Zakharenko A.L.
,
Lavrik O.I.
,
Švedas V.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)
, Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
2015
Molecular modeling of formate dehydrogenase modified forms: what modifications can block the substrate channel?
(Стендовый)
Авторы:
Popinako A.
,
Antonov M.
,
Nilov D.
,
Švedas V.
,
Popov V.
The 40th FEBS Congress
, Берлин, Германия, 4-9 июля 2015
2015
Bioinformatic analysis of binding sites in protein superfamilies for design of selective inhibitors of enzymes from pathogens
(Пленарный)
Авторы:
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Zlobin A.
Biocatalysis 2015
, Истра, Россия, 21-26 июня 2015
2015
Рациональный дизайн ферментов с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования
(Устный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Халиуллин И.Г.
,
Панин Н.В.
,
Суплатов Д.А.
VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: Состояние и перспективы развития»
, Москва, Россия, 17-20 марта 2015
2014
Bioinformatic analysis of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi for rational design of extended substrate specificity
(Стендовый)
Авторы:
Khaliullin I.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Komeda H.
,
Asano Y.
,
Watanabe S.
INPEC-2014
, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
2014
Bioinformatic analysis of diverse protein families: publicly available tools to study functional and regulatory sites in protein structures and design novel enzymes
(Устный)
Авторы:
Švedas V.
,
Suplatov D.
INPEC-2014
, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
2014
Computational design of stabilized penicillin acylase to improve its catalytic performance
(Устный)
Авторы:
Švedas V.
,
Suplatov D.
,
Shcherbakova T.
,
Panin N.
ProtStab 2014 - 10th International Conference on Protein Stabilisation
, Stresa, Lake Maggiore, Italy, Италия, 2014
2014
Computationally designed βD484 variant of penicillin acylase from Escherichia coli is stabilized in alkaline medium and resistant to inactivation by substrates in highly concentrated reaction mixtures
Авторы:
Panin N.
,
Švedas V.
,
Suplatov D.
,
Shcherbakova T.
INPEC-2014
, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
2014
Design of novel biocatalysts with improved functional properties based on bioinformatic analysis of diverse enzyme families and molecular modeling
(Устный)
Авторы:
Švedas V.
,
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Khaliullin I.
INPEC-2014
, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
2014
Knowledge-based design of enzyme functional properties
(Устный)
Авторы:
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Khaliullin I.
,
Panin N.
XIII International Conference of Lithuanian Biochemical Society dedicated to the 50th anniversary of FEBS
, Birstonas, Lithuania, Литва, 2014
2013
Bioinformatic analysis of bacterial DNA-dependent RNA polymerase identifies new targets for selective inhibition
Авторы:
Švedas V.
,
Klimchuk O.
,
Suplatov D.
International Conference Lomonosov-2013
, Russia, Moscow, Россия, 2013
2013
Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
Авторы:
Suplatov D.
,
Panin N.
,
Švedas V.
,
Shcherbakova T.
,
Kudravtsev P.
,
Kirilin E.
Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama)
, Japan (Toyama), Япония, 2013
2013
Zebra: web-server for bioinformatic analysis of large protein superfamilies to identify variable amino acid residues responsible for functional diversity
Авторы:
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Takhaveev V.
,
Švedas V.K.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
, Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
2013
Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
Авторы:
Khaliullin I.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Himi M.
,
Asano Y.
,
Tokunan K.
38th Congress of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS)
, Saint Petersburg, Россия, 6-11 июля 2013
2013
Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
(Стендовый)
Авторы:
Panin N.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Shcherbakova T.
,
Kudravtsev P.
,
Kirilin E.
International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow
, Москва, Россия, 2-5 июля 2013
2014
Bioinformatic analysis of glutaryl acylases to study molecular mechanisms of substrate recognition
(Стендовый)
Авторы:
Suplatov D.
,
Kirilin E.
,
Švedas V.
,
Eldarov M.
,
Takhaveev V.
9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013
, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
2013
Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
Авторы:
Khaliullin I.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Himi M.
,
Asano Y.
,
Tokunan K.
International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow
, Москва, Россия, 2-5 июля 2013
2014
Bioinformatic analysis of sequence and structural data to study structure-function relationship in diverse protein superfamilies and develop novel enzyme engineering strategies
(Устный)
Авторы:
Khaliullin I.
,
Suplatov D.
,
Švedas V.
,
Panin N.
9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013
, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
2012
Bioinformatic selection of subfamily-specific positions as hotspots for rational enzyme engineering
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
In silico rational design and screening
, 2012
2012
Bioinformatic analysis of subfamily-specific positions to study structure-function relationship in diverse enzyme families
Авторы:
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
Catalytic Mechanisms by Biological Systems
, Italy, Италия, 2012
2011
Bioinformatic Analysis of Structural Factors of Selective Inhibition in Human Protein Kinase C Family
Авторы:
Шалаева Д.Н.
,
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
TAKHAVEYEV V.
International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011
, Russia, Moscow, Россия, 2011
2011
Bioinformatic analysis of function-related variable amino acid residues responsible for functional divergence of enzyme families
Авторы:
Суплатов Д.А.
,
Шалаева Д.Н.
,
Кирилин Е.М.
,
Швядас В.К.
,
Аржаник В.К.
Biotrans-2011
, Italy, Италия, 2011
2011
Improved Catalytic Properties of Mutant Penicillin Acylases from Escherichia coli in Acylation of Amino Compounds
(Стендовый)
Авторы:
Vytas Švedas
,
Dorel Guranda
, Nikolay Panin,
Irina Shapovalova
Biotrans-2011
, Italy, Италия, 2011
2011
Multiple structural alignment of α/β hydrolase-fold enzymes and bioinformatic analysis of catalytically important residues
(Стендовый)
Авторы:
Аржаник В.К.
,
Швядас В.К.
,
Суплатов Д.А.
,
Кирилин Е.М.
International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011
, Russia, Moscow, Россия, 2011
2007
Биокатализ в органическом синтезе
(Пленарный)
Авторы:
Швядас В.К.
,
Чилов Г.
,
Гуранда Д.
,
Юшко М.
,
Шаповалова И.
,
Строганов О.
IV Московский Международный конгресс «Биотехнология – состояние и перспективы развития».
, Москва, Россия, Россия, 12-23 марта 2007
2003
Нетрадиционные пути ферментативной модификации и синтеза бета-лактамных антибиотиков
(Стендовый)
Авторы:
Чилов Г.Г.
,
Юшко М.И.
,
Швядас В.К.
, Шаповалова И.В.,
Буханов А.Л.
Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития».
, М., Россия, 10-14 ноября 2003
Тезисы докладов
2019
Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
Suplatov D.A.
,
Sharapova Y.A.
,
Drobot V.V.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 25
2019
Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
Baldin S.M.
,
Kirilin E.M.
,
Švedas V.K.
в сборнике
Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow
, место издания
Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow
, тезисы, с. 108
2019
Биокатализ в синтезе полиэфирамидов — перспективных биодеградируемых полимеров для медицины
Никулин М.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Гены и Клетки - Материалы IV Национального Конгресса по Регенеративной Медицине. Москва, 20–23 ноября 2019 года
, место издания
Институт Стволовых Клеток Человека Москва, Россия
, том 14, тезисы, с. 167-168
2019
Ингибитор 7-метилгуанин: подавление репарации ДНК, противоопухолевые и токсикологические свойства
Нилов Д.К.
,
Кирсанов К.И.
,
Фетисов Т.И.
,
Кургина Т.А.
,
Кутузов М.М.
,
Малюченко Н.В.
,
Герасимова Н.С.
,
Швядас В.К.
в сборнике
ACTA NATURAE
, серия
СПЕЦВЫПУСК Научные Труды II Объединенного научного форума (VI Съезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России, IX Российский симпозиум "Белки и пептиды")
, место издания
Перо Москва
, том 2, тезисы, с. 243-243
2018
Sulfonamide-based linkers provide opportunities for the design of bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase
Evteev S.A.
,
Švedas V.K.
,
Nilov D.K.
в сборнике
Book of Abstracts ISCOMS 2018
, место издания
Groningen, the Netherlands
, тезисы, с. 567-567
2018
The utility of sulfonamide group in the design of bifunctional neuraminidase inhibitors
Evteev S.A.
,
Polenova A.M.
,
Nilov D.K.
,
Švedas V.K.
в сборнике
BIOMEMBRANES 2018. Book of Abstracts
, место издания
MIPT Dolgoprudny
, тезисы, с. 206
2018
Рациональный дизайн сульфозамещённых противоопухолевых ингибиторов
Евтеев С.А.
,
Поленова А.М.
,
Гущина И.В.
,
Нилов Д.К.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Сборник тезисов докладов Четвёртого Междисциплинарного Симпозиума по Медицинской, Органической и Биологической Химии и Фармацевтике
, серия
МОБИ-ХимФарма
, издательство
Общество с ограниченной ответственностью Издательство Перо
(Москва)
, том 1, тезисы, с. 25
редактор
Кудрявцев Константин Викторович
2017
Использование методов биоинформатики и молекулярного моделирования для поиска путей модуляции функциональных свойств ферментов
Суплатов Д.А.
,
Балдин С.М.
,
Панин Н.К.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Acta Naturae. СПЕЦВЫПУСК. Международная научная конференция по биоорганической химии "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" и VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды"
, место издания
Перо Москва, ИБХ РАН, 18-22 сентября 2017
, тезисы, с. 121-121
2016
Modulation of enzyme functional properties
Suplatov D.A.
,
Panin N.K.
,
Kopylov K.E.
,
Švedas V.K.
в сборнике
ACTA NATURAE
, серия
СПЕЦВЫПУСК
, том 2, тезисы, с. 222-223
2012
Разработка микроволнового метода синтеза потенциально биологически активных соединений с фрагментами двух аминокислот, связанных общей аминогруппой
Романова Н.Н.
,
Рыбалко И.И.
,
Талло Т.Г.
,
Теренин В.И.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы докладов 2-й Всероссийской научной конференции "Успехи синтеза и комплексообразования"-2012
, место издания
Москва
, тезисы, с. 269
2012
Разработка ультразвукового метода синтеза β-лактамов
Романова Н.Н.
,
Рыбалко И.И.
,
Талло Т.Г.
,
Давыдов Д.В.
,
Теренин В.И.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы докладов 2-й Всероссийской научной конференции "Успехи синтеза и комплексообразования"-2012
, место издания
Москва
, тезисы, с. 270
2010
Синтез потенциально биологически активных β-лактамов
Романова Н.Н.
,
Рыбалко И.И.
,
Талло Т.Г.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Сборник тезисов III Международной конференции «Химия гетероциклических соединений», посвященная 95-летию со дня рождения профессора Алексея Николаевича Коста
, место издания
Москва
, тезисы, с. 171-171
2008
Разработка методов синтеза соединений, являющихся аналогами ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента
Рыбалко И.И.
,
Кудан П.В.
,
Романова Н.Н.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы докладов научной конференции «Органическая химия для медицины» (ОрХиМед-2008)
, тезисы, с. 219-219
2008
Синтез потенциально биологически активных эфиров a,a-, a,b-, b,b- и a,g-аминокислот с общей аминогруппой
Рыбалко И.И.
,
Ризаев Э.Т.
,
Кудан П.В.
,
Романова Н.Н.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы докладов международной конференции «Ломоносов
, тезисы, с. 505-505
2007
Разработка стереоселективного синтеза потенциальных аналогов антигипертензивных препаратов
Рыбалко И.И.
,
Ризаев Э.Т.
,
Кудан П.В.
,
Романова Н.Н.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы докладов научно-практической конференции в рамках международной научно-образовательной школы-конференции по биоинженерии и приложениям. Конференция “Росбиотех-2007”
, место издания
Москва
, тезисы, с. 067-067
2006
Быстрый микроволновый синтез N-(альфа-арил-бета-каробоксиэтил)-альфа-аминокислот
Кудан П.В.
,
Ризаев Э.Т.
,
Романова Н.Н.
,
Зык Н.В.
,
Швядас В.К.
в сборнике
Тезисы Международного симпозиума "Advanced Science in Organic Chemistry"
, место издания
Судак
, тезисы, с. 083-083
НИРы
1 января 2023 - 31 декабря 2023
Создание прототипа автоматизированной компьютерной технологии на основе биоинформатического анализа для обработки большого объема генетических данных с целью применения в персонифицированной медицине
4.07.Лаборатория информатики
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственный исполнитель:
Панин Н.В.
Участники НИР:
Воеводин В.В.
,
Коннов С.И.
,
Поддъяков И.Д.
,
Сидоров И.Ю.
,
Шоков В.Н.
1 января 2022 - 31 декабря 2022
Исследование и разработка алгоритмов анализа полиморфизмов и структурных изменений в ключевых ферментах метаболизма на основе принципов системной биологии и суперкомпьютерного кодизайна
4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственный исполнитель:
Кирилин Е.М.
Участники НИР:
Жуматий С.А.
,
Коннов С.И.
,
Пушкарев С.В.
,
Серов В.А.
,
Сидоров И.Ю.
,
Смирнов А.В.
,
Стефанов К.С.
,
Тихонравов А.В.
,
Шоков В.Н.
1 июля 2021 - 20 декабря 2021
Исследование возможностей компьютерного моделирования побочного действия и токсичности физиологически активных веществ
4.09.Лаборатория мобильных и встраиваемых программных систем
Руководитель:
Починок И.В.
Ответственные исполнители:
Коннов С.И.
,
Серов В.А.
,
Сидоров И.Ю.
,
Смирнов А.В.
,
Стефанов К.С.
,
Швядас В.К.
,
Шоков В.Н.
Участник НИР:
Антонов А.С.
17 марта 2021 - 31 декабря 2024
Разработка и реализация принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта: от микромира, до живых организмов и Земной системы
4.07.Лаборатория информатики
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Антонов А.С.
,
Воеводин В.В.
,
Кирилин Е.М.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Богомолов В.Ю.
,
Варенцов А.И.
,
Воеводин В.В.
,
Волков Е.В.
,
Гащук Е.М.
,
Дебольский А.В.
,
Добров Б.В.
,
Дробот В.В.
,
Жуматий С.А.
,
Игнатенко А.П.
,
Кирилин Е.М.
,
Коннов С.И.
,
Копылов К.Е.
,
Лукашевич Н.В.
,
Лыкосов В.Н.
,
Медведев А.И.
,
Молокоедов В.С.
,
Мортиков Е.В.
,
Нилов Д.К.
,
Панин Н.В.
,
Поддъяков И.Д.
,
Подшивалов Д.Д.
,
Полюхов А.А.
,
Попов С.М.
,
Пушкарев С.В.
,
Рубцова Ю.В.
,
Серов В.А.
,
Сидоров И.Ю.
,
Смирнов А.В.
,
Смирнов В.А.
,
Степаненко В.М.
,
Стефанов К.С.
,
Суязова В.И.
,
Тихомиров М.М.
,
Чернышев Д.И.
,
Чернышев Р.В.
,
Чухарев Ф.С.
,
Шайхисламов Д.И.
,
Шоков В.Н.
,
Щербакова Т.А.
,
Яковлев Р.В.
1 января 2021 - 31 декабря 2025
Разработка программных средств поддержки жизненного цикла и обеспечения эффективности суперкомпьютерных приложений, систем и центров
4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
Руководитель:
Воеводин В.В.
Ответственные исполнители:
Антонов А.С.
,
Воеводин В.В.
,
Соболев С.И.
Участники НИР:
Антонова А.П.
,
Афанасьев И.В.
,
Балдин С.М.
,
Винокуров В.И.
,
Винокуров В.И.
,
Гамаюнова Т.С.
,
Герасимова А.А.
,
Домрачева Д.А.
,
Дробот В.В.
,
Жуматий С.А.
,
Кирилин Е.М.
,
Копылов К.Е.
,
Крымский С.А.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Кулагин А.В.
,
Лалетина А.А.
,
Леоненков С.Н.
,
Личманов Д.И.
,
Лутков Г.А.
,
Майер Р.В.
,
Макарова-Землянская Т.Б.
,
Матвеев А.Д.
,
Мещеряков А.О.
,
Мокров К.С.
,
Никитенко Д.А.
,
Нилов Д.К.
,
Паокин А.В.
,
Попов С.М.
,
Разлогова Е.Э.
,
Рощина О.П.
,
Сетяев А.В.
,
Сетяев А.В.
,
Сидоров И.Ю.
,
Степанов Д.А.
,
Стефанов К.С.
,
Тарумова Н.Т.
,
Тимошкин М.А.
,
Тыркалов Е.О.
,
Фатеев И.Д.
,
Худолеева А.А.
,
Шайхисламов Д.И.
,
Швец П.А.
,
Швядас В.К.
,
Шоков В.Н.
13 ноября 2020 - 31 января 2021
Синтез субстрата омега-амидазы α-кето-глутарамата и кето-аналога селенометионина α-кето-метил-селено-бутирата
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственный исполнитель:
Никулин М.В.
Участники НИР:
Балдин С.М.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дробот В.В.
,
Панин Н.В.
,
Суплатов Д.А.
,
Успенская Т.В.
,
Щербакова Т.А.
12 марта 2020 - 26 декабря 2022
Модуляция функциональных свойств пенциллинацилазы
Факультет биоинженерии и биоинформатики
Руководитель:
Швядас В.К.
Ответственные исполнители:
Гуранда Д.Ф.
,
Кирилин Е.М.
,
Никулин М.В.
Участники НИР:
Бочкова А.А.
,
Гуранда Д.Ф.
,
Дробот В.В.
,
Морозова И.А.
,