ИСТИНА

Офёркин Игорь Владимирович пользователь

Соавторы: Сулимов В.Б., Сулимов А.В., Каткова Е.В., Кутов Д.К., Тыртышников Е.Е., Желтков Д.А., Романов А.Н., Толстова А.П., Белоглазова И.Б., Григорьев Ф.В., Оселедец И.В., Садовничий В.А., Ткачук В.А. показать полностью..., Годзи М., Головачева А.Ю., Жабин С.Н., Кондакова О.А., Михалев А.Ю., Протопопова А.Д., Стамбольский Д.В., Afanasiev A., Godsie M.G., Rubtsov A., Алфимов М.В., Багатурьянц А.А., Базилевский М.В., Воеводин В.В., Завьялова Е.Г., Лайков Д.Н., Мартынов Я.Б., Масленников Е.Д., Плеханова О.С., Посыпкин М.А., Рощин Б.С., Соболев С.И., Федулов К.М.

22 статьи, 10 докладов на конференциях, 7 тезисов докладов, 3 свидетельства о регистрации прав на ПО

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 55, Scopus: 145

IstinaResearcherID (IRID): 530452

Деятельность

• Статьи в журналах

  • 
    • 2017 Evaluation of the novel algorithm of flexible ligand docking with moveable target protein atoms
    • Sulimov A.V., Zheltkov D.A., Oferkina I.V., Kutov D.C., Katkova E.V., Tyrtyshnikov E.E., Sulimov V.B.
    • в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal, том 15, с. 275-285 DOI
  • 
    • 2015 Evaluation of docking target functions by the comprehensive investigation of protein-ligand energy minima
    • Oferkin Igor V., Katkova Ekaterina V., Sulimov Alexey V., Kutov Danil C., Sobolev Sergey I., Voevodin Vladimir V., Sulimov Vladimir B.
    • в журнале Advances in bioinformatics, издательство Hindawi Pub. Corp. (New York, United States), том 2015, № 126858, с. 1-32 DOI
  • 
    • 2015 Evaluation of the docking algorithm based on Tensor Train global optimization
    • Oferkin I.V., Zheltkov D.A., Tyrtyshnikov E.E., Sulimov A.V., Kutov D.C., Sulimov V.B.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия Математическое моделирование и программирование, том 8, № 4, с. 83-99 DOI
  • • 2015 Polarized continuum solvent model: considerable acceleration with the multicharge matrix approximation
    • Sulimov V.B., Mikhalev A.Yu, Oferkin I.V., Oseledets I.V., Sulimov A.V., Kutov D.C., Katkova E.V., Tyrtyshnikov E.E.
    • в журнале International Journal of Applied Engineering Research, том 10, № 24, с. 44815-44830
  • 
    • 2015 Суперкомпьютерное исследование низкоэнергетических минимумов энергии системы белок-лиганд
    • Оферкин И.В., Сулимов А.В., Каткова Е.В., Кутов Д.К., Григорьев Ф.В., Кондакова О.А., Сулимов В.Б.
    • в журнале Биомедицинская химия, том 61, № 6, с. 712-716 DOI
  • 
    • 2014 Application of molecular modeling to urokinase inhibitors development
    • Sulimov V.B., Katkova E.V., Oferkin I.V., Sulimov A.V., Romanov A.N., Roschin A.I., Beloglazova I.B., Plekhanova O.S., Tkachuk V.A., Sadovnichiy V.A.
    • в журнале BioMed Research International, том 2014, с. 625176 DOI
  • • 2014 Применение квантовохимического полуэмпирического метода PM7 для разработки новых ингибиторов урокиназы
    • Каткова E.В., Офёркин И.В., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), № 15, с. 258-273
  • • 2014 Применение мультизарядового приближения больших плотных матриц в рамках модели поляризуемого континуума для растворителя
    • Михалев А.Ю., Офёркин И.В., Оселедец И.В., Сулимов А.В., Тыртышников Е.Е., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 15, с. 9-21
  • 
    • 2013 Application of the Docking Program SOL for CSAR Benchmark
    • Sulimov Alexey V., Kutov Danil C., Oferkin Igor V., Katkova Ekaterina V., Sulimov Vladimir B.
    • в журнале Journal of Chemical Information and Modeling, издательство American Chemical Society (United States), том 53, с. 1946-1956 DOI
  • • 2013 TTDock: метод докинга на основе тензорных поездов
    • Желтков Д.А., Офёркин И.В., Каткова Е.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б., Тыртышников Е.Е.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 14, с. 279-291
  • • 2012 Безградиентная параллельная оптимизация геометрии кластера Bi5(3+) и его люминесцентные свойства
    • Масленников Е.Д., Романов А.Н., Офёркин И.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 13, с. 341-346
  • • 2012 ПРОГРАММА MEL АТОМИСТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ СЛОЕВ СОЛНЕЧНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ
    • Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Офёркин И.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 13, с. 413-423
  • • 2011 Квантово-химическое моделирование возбужденных состояний монокатиона висмута
    • Романов А.Н., Кондакова О.А., Головачева А.Ю., Сулимов А.В., Оферкин И.В., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 12, с. 417-422
  • • 2011 Компьютерное моделирование и данные атомно-силовой микроскопии
    • Толстова А., Протопопова А., Оферкин И., Годзи М.
    • в журнале Наноиндустрия, издательство АО "Рекламно-издательский центр "Техносфера" (Москва), № 3, с. 42-44
  • • 2011 Континуальная модель растворителя: программа DISOLV – алгоритмы, реализация и валидация
    • Купервассер О.Ю., Жабин С.Н., Мартынов Я.Б., Федулов К.М., Офёркин И.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б.
    • в журнале Вычислительные методы и программирование, издательство Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Москва), том 12, с. 246-261
  • 
    • 2010 Use of molecular dynamics simulation in interpreting the atomic force microscopy data
    • Godsie M.G., Tolstova A.P., Oferkin I.V.
    • в журнале Biophysics (Pleiades Publishing, Ltd. UK, том 55, № 3, с. 370-376 DOI
  • • 2010 Методы молекулярного моделирования супрамолекулярных комплексов: иерархический подход
    • Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Лайков Д.Н., Жабин С.Н., Головачева А.Ю., Оферкин И.В., Сулимов А.В., Базилевский М.В., Багатурьянц А.А., Сулимов В.Б., Алфимов М.В.
    • в журнале Российские нанотехнологии, издательство Парк-медиа (М.), № 5-6, с. 11-17
  • 
    • 2010 Применение молекулярной динамики для интерпретации данных атомно-силовой микроскопии
    • Годзи М.Г., Толстова А.П., Оферкин И.В.
    • в журнале Биофизика, издательство Наука (М.), том 55, № 3, с. 415-423

• Статьи в сборниках

  • 
    • 2017 Tensor Train Global Optimization: Application to Docking in the Configuration Space with a Large Number of Dimensions
    • Sulimov A.V., Zheltkov D.A., Oferkin I.V., Kutov D.C., Katkova E.V., Tyrtyshnikov E.E., Sulimov V.B.
    • в сборнике Supercomputing. Third Russian Supercomputing Days, RuSCDays 2017, Moscow, Russia, September 25–26, 2017, Revised Selected Papers, серия Communications in Computer and Information Science (CCIS), место издания Springer Cham, том 793, с. 1-532 DOI
    • редакторы Воеводин Владимир Валентинович, Соболев Сергей Игоревич
  • • 2017 Глобальная оптимизация с помощью тензорных поездов: применение к докингу в конфигурационном пространстве с большим числом измерений
    • Сулимов А.В., Желтков Д.А., Оферкин И.В., Кутов Д.К., Каткова Е.В., Тыртышников Е.Е., Сулимов В.Б.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России, место издания Изд-во МГУ Москва, с. 382-393
  • • 2011 A comparative study of different optimization algoruthms for molecular docking
    • Afanasiev A., Oferkin I., Posypkin M., Rubtsov A., Sulimov A., Sulimov V.
    • в сборнике IWSG-Life 2011 (3rd International Workshop on Science Gateways for Life Sciences), с. 819
  • • 2011 Молекулярное моделирование для разработки новых лекартсв на основе ингибиторов урокиназы
    • Садовничий В.А., Сулимов В.Б., Каткова Е.В., Романов А.Н., Сулимов А.В., Оферкин И.В., Стамбольский Д.В., Белоглазова И.Б., Ткачук В.А.
    • в сборнике «Постгеномные исследования и технологии» под ред. члена-корреспондента РАН С.Д.Варфоломеева, место издания Изд. МГУ Москва, с. 103-140

• Доклады на конференциях

  • • 2018 Программа SOL-P: новое поколение программ докинга (Устный)
    • Авторы: Сулимов А.В., Кутов Д.К., Сулимов В.Б., Желтков Д.А., Тыртышников Е.Е., Оферкин И.В.
    • XXV Российский национальный конгресс "Человек и лекарство", Москва, Россия, 9-12 апреля 2018
  • • 2017 Глобальная оптимизация с помощью тензорных поездов: применение к докингу в конфигурационном пространстве с большим числом измерений (Устный)
    • Авторы: Сулимов А.В., Желтков Д.А., Оферкин И.В., Кутов Д.К., Каткова Е.В., Тыртышников Е.Е., Сулимов В.Б.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2017, Москва, Россия, 25-26 сентября 2017
  • • 2016 Novel Gridless Program SOL-P for Flexible Ligand Docking with Moveable Protein Atoms (Устный)
    • Авторы: Sulimov A., Zheltkov D., Sulimov V.B., Kutov D., Tyrtyshnikov E., Oferkin I.
    • 21st European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship: Where Molecular Simulations Meet Drug Discovery, Verona, Italy, September 4-8, 2016 , Verona, Италия, 4 сентября - 8 октября 2016
  • • 2014 Исследование энергетической поверхности системы белок-лиганд методом обобщенного докинга (Устный)
    • Авторы: Офёркин И.В., Сулимов В.Б., Каткова Е.В.
    • XXI Российский национальный конгресс "Человек и лекарство", ФГБУ "ИБМХ" РАМН, Погодинская ул., 10, корп.8, 2-й этаж, конференц-зал, Россия, 2014
  • • 2014 Ускорение расчетов полярной составляющей энергии сольватации молекул при помощи мультизарядового метода (Устный)
    • Авторы: Михалев А.Ю., Офёркин И.В., Сулимов В.Б., Сулимов А.В., Тыртышников Е.Е., Оселедец И.В.
    • XXI Российский национальный конгресс "Человек и лекарство", ФГБУ "ИБМХ" РАМН, Погодинская ул., 10, корп.8, 2-й этаж, конференц-зал, Россия, 2014
  • • 2012 PCM, COSMO and Surface GB implementation in program DISOLV: Development and validation (Устный)
    • Авторы: Сулимов В.Б., Офёркин И.В., Kochugaeva M.P., Каткова Е.В.
    • 244th ACS National Meeting, Philadelphia, Pennsylvania, USA, 2012
  • • 2012 Применение поуэмпирических квантово-химических методов для разработки ингибиторов урокиназы
    • Авторы: Каткова Е.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б., Офёркин И.В.
    • IV съезд фармакологов России "Инновации в современной фармакологии", 18-21 сентября, г. Казань, 2012
  • • 2011 A comparative study of different optimization algoruthms for molecular docking (Стендовый)
    • Авторы: Afanasiev A., Oferkin I., Posypkin M., Rubtsov A., Sulimov A., Sulimov V.
    • IWSG-Life 2011 (3rd International Workshop on Science Gateways for Life Sciences), London, UK, 2011
  • • 2011 Разработка новых лекарств на основе ингибиторов урокиназы (Устный)
    • Авторы: Сулимов В.Б., Каткова Е.В., Романов А.Н., Садовничий В.А., Сулимов А.В., Оферкин И.В., Федулов К.М., Рощин А.И., Никитин С.М., Тайдаков И.В., Белоглазова И.Б., Стамбольский Д.В., Ткачук В.А.
    • Ломоносовские чтения - 2011, МГУ, 2011
  • • 2011 Применение молекулярного моделирования для разработки ингибиторов урокиназы (Устный)
    • Авторы: Садовничий В.А., Сулимов В.Б., Каткова Е.В., Романов А.Н., Сулимов А.В., Офёркин И.В., Белоглазова И.Б., Стамбольский Д.В., Ткачук В.А.
    • VI Московский международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития., Россия, г. Москва, Новый Арбат 36/9, 21-25 марта, Россия, 21-25 марта 2011

• Тезисы докладов

  • • 2018 Программа SOL-P: новое поколение программ докинга
    • Сулимов А.В., Кутов Д.К., Оферкин И.В., Желтков Д.А., Тыртышников Е.Е., Сулимов В.Б.
    • в сборнике XXV Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство" 9 – 12 апреля 2018, Москва, Сборник материалов Конгресса, Тезисы докладов, место издания ООО "Видокс" Москва, тезисы, с. 87-87
  • • 2016 Novel gridless program SOL-P for flexible ligand docking with moveable protein atoms
    • Alexey Sulimov, Dmitry Zheltkov, Igor Oferkin, Danil Kutov, Eugene Tyrtyshnikov, Vladimir Sulimov
    • в сборнике 21st EuroQSAR, Verona, Italy, September 4-8, 2016, место издания Verona, Italy, тезисы, с. 62-62
  • • 2014 Исследование энергетической поверхности системы белок-лиганд методом обобщенного докинга
    • Офёркин И.В., Каткова Е.В., Сулимов В.Б.
    • в сборнике Сборник материалов XXI Российского национального конгресса ”Человек и лекарство”, Москва, 7-11 апр. 2014 г, место издания Москва, тезисы, с. 304-304
  • • 2014 Ускорение расчётов полярной составляющей энергии сольватации молекул при помощи мультизарядового метода
    • Михалев А.Ю., Офёркин И.В., Оселедец И.В., Сулимов А.В., Тыртышников Е.Е., Сулимов В.Б.
    • в сборнике Сборник материалов XXI Российского национального конгресса ”Человек и лекарство”, Москва, 7-11 апр. 2014 г, место издания Москва, тезисы
  • • 2012 Применение полуэмпирических квантово-химических методов для разработки ингибиторов урокиназы
    • Каткова Е.В., Оферкин И.В., Сулимов А.В., Сулимов В.Б.
    • в сборнике IV съезд фармакологов России «Инновации в современной фармакологии». Материалы съезда, место издания Казань, тезисы, с. 83-83
  • • 2011 Трактовка данных атомно-силовой микроскопии методом молекулярной динамики
    • Толстова А.П., Протопопова А.Д., Оферкин И.В., Завьялова Е.Г., Годзи М.Г.
    • в сборнике Сборник тезисов 5-й Международной конференция «Современные достижения бионаноскопии», место издания Москва, физический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова, тезисы, с. 52-53
  • • 2009 Применение молекулярного моделирования для разработки ингибиторов урокиназы
    • Садовничий В.А., Сулимов В.Б., Каткова Е.В., Романов А.Н., Сулимов А.В., Оферкин И.В., Белоглазова И.Б., Стамбольский Д.В., Ткачук В.А.
    • в сборнике 5-й Московский международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития". Материалы конгресса, часть 2, место издания Москва, тезисы, с. 252-253

• Свидетельства о регистрации прав на программное обеспечение

  • • 2012 MEL (тип не указан)
    • Авторы: Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Оферкин И.В., Сулимов А.В.
    • #2012618963, 4 октября
  • • 2012 POLYA (тип не указан)
    • Авторы: Романов А.Н., Оферкин И.В., Сулимов А.В.
    • #2012618962, 4 октября
  • • 2009 «PLISDOCK» (тип не указан)
    • Авторы: Дордопуло А.И., Левин И.И., Сорокин Д.А., Романов А.Н., Кондакова О.А., Сулимов В.Б., Оферкин И.В.
    • #2009614741, 3 сентября