Выберите категорию обращения:
Общие вопросы
Отчеты
Рейтинги
Мониторинговый отчёт
Диссертационные советы
Конкурсы
Ввод данных
Структура организаций
Аспирантура
Научное оборудование
Импорт педагогической нагрузки
Журналы и импакт-факторы
Тема обращения:
Описание проблемы:
Введите почтовый адрес:
ИСТИНА
Войти в систему
Регистрация
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных
Главная
Поиск
Статистика
О проекте
Помощь
В связи с техническими работами в центре обработки данных, часть прикреплённых файлов в настоящее время недоступна.
скрыть
отправить сообщение
открыть новую версию профиля
Никулин Алексей Донатович
пользователь
кандидат химических наук с 2001 года
доктор химических наук с 2019 года
ФГБУН "Институт белка РАН", лаборатория структурных исследований аппарата трансляции, главный научный сотрудник
Соавторы:
Гарбер М.Б.
,
Никонов С.В.
,
Revtovich S.V.
,
Nevskaya N.A.
,
Selivanova O.
,
Демидкина Т.В.
,
Леконцева Н.В.
,
Галзитская О.В.
,
Suvorina M.
,
Никонов О.С.
,
Морозова Е.А.
,
Grigorashvili E.
,
Nikonova E.
показать полностью...
,
Murina V.
,
Tishchenko S.
,
Тищенко С.В.
,
Nevskaya N.
,
Piendl W.
,
Surin A.K.
,
Мельник Б.С.
,
Фалеев Н.Г.
,
Ehresmann B.
,
Gabdoulkhakov A.G.
,
Klyashtorny V.
,
Mikhaylina A.O.
,
Гурин А.Н.
,
Anufrieva N.V.
,
Demidkina T.V.
,
Ehresmann C.
,
Fomenkova N.P.
,
Stolboushkina E.A.
,
Ануфриева Н.В.
,
БАЛОБАНОВ В.А.
,
Костарева О.С.
,
Al-Karadaghi S.
,
Davydova N.L.
,
Dumas P.
,
Ennifar E.
,
Fedorov R.
,
Glyakina A.V.
,
Liljas A.
,
Müller U.
,
Serganov A.
,
Вихлянцев И.М.
,
Якупова Э.И.
,
Blдsi U.
,
Dovidchenko N.
,
Eliseikina I.
,
Lobanov M.Y.
,
Manstein D.J.
,
Molochkov N.V.
,
Piendl W.
,
Purtov Y.A.
,
Tishchenko S.V.
,
Tutukina M.
,
VASILIEV V.
,
Volchkov S.A.
,
Zimmermann R.A.
,
Бобылев А.Г.
,
Озолинь О.Н.
,
Пеньков Н.В.
,
Тимченко A.A.
,
Тимченко М.А.
,
ФАНДО М.С.
,
Aevarsson A.
,
Arkhipova V.I.
,
BELYI Y.
,
Balobariov V.A.
,
Bobylev L.
,
Briand C.
,
Bychkova V.E.
,
Drygin D.Y.
,
Dumas P.
,
Enin G.A.
,
Glukhov A.S.
,
Gongadze G.
,
Gongadze G.
,
Guryanov S.G.
,
Hasenцhrl D.
,
Ilyina N.B.
,
Jonsson B.H.
,
Kachalova G.
,
Kasakov A.S.
,
Katina N.S.
,
Katina N.S.
,
Kellermayer M.S.
,
Khomutov R.M.
,
Kihara H.
,
Kitagawa H.
,
Kohrer C.
,
Kretov D.A.
,
Mamaeva D.V.
,
Marchenko N.Y.
,
Marchenkov V.V.
,
Moine H.
,
Mártonfalvi Z.
,
Patel D.
,
Perederina A.
,
Potekhin S.A.
,
Serganov A.
,
Shumeyko S.A.
,
Stockley P.
,
Svensson A.
,
TIN U.F.
,
Tiktopulo E.
,
Tkachev Y.V.
,
Vassilieva I.
,
Ühlein M.
,
БАЖУЛИНА Н.П.
,
Вейсс М.С.
,
Вейсс М.С.
,
Вейсс М.С.
,
Глякина А.В.
,
Джус У.Ф.
,
Калебина Т.С.
,
Коробейникова А.В.
,
Куликова В.С.
,
Ламзин В.С.
,
Марченков В.В.
,
Мельник Т.М.
,
Овчинников Л.П.
,
Озолинь О.Н.
,
Осина Н.
,
Осипова Т.И.
,
Рябов Н.А.
,
Семисотнов Г.В.
,
Сердюк И.Н.
,
Столбоушкина Е.А.
,
Тимофеев В.П.
,
Тутукина М.Н.
,
Улайн М.
,
Улайн М.
,
Улайн М.
,
Фадеев Р.С.
,
Федорова О.А.
,
Юршенас Д.А.
88 статей
,
1 доклад на конференции
,
2 диссертации
,
1 учебный курс
Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 1155, Scopus: 1203
РИНЦ:
IstinaResearcherID (IRID): 99324364
ResearcherID:
B-8226-2011
Scopus Author ID:
7101632975
ORCID:
0000-0001-5391-6184
Деятельность
Статьи в журналах
2023
Nonspecific Amyloid Aggregation of Chicken Smooth-Muscle Titin
Bobylev A.G.
,
Yakupova E.I.
, Bobyleva L.G.,
Molochkov N.V.
,
Timchenko A.A.
,
Timchenko M.A.
,
Kihara H.
,
Nikulin A.D.
,
Gabdulkhakov A.G.
,
Melnik T.N.
,
Penkov N.V.
,
Lobanov M.Y.
,
Kazakov A.S.
,
Kellermayer M.
,
Mártonfalvi Z.
,
Galzitskaya O.V.
,
Vikhlyantsev I.M.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 2023, № 24(2), с. 1056
DOI
2022
The Denaturant- and Mutation-Induced Disassembly of Pseudomonas aeruginosa Hexameric Hfq Y55W Mutant
Marchenkov Victor
,
Lekontseva Natalia
,
Marchenko Natalia
, Kashparov Ivan, Murina Victoriia,
Nikulin Alexey
, Filimonov Vladimir,
Semisotnov Gennady
в журнале
Molecules
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 27, № 12, с. 3821
DOI
2021
Myosin Binding Protein-C Forms Amyloid-Like Aggregates In Vitro
Bobyleva Liya G.
,
Shumeyko Sergey A.
,
Yakupova Elmira I.
,
Surin Alexey K.
,
Galzitskaya Oxana V.
,
Kihara Hiroshi
,
Timchenko Alexander A.
,
Timchenko Maria A.
,
Penkov Nikita V.
,
Nikulin Alexey D.
,
Suvorina Mariya Yu
,
Molochkov Nikolay V.
,
Lobanov Mikhail Yu
,
Fadeev Roman S.
,
Vikhlyantsev Ivan M.
,
Bobylev Alexander G.
в журнале
International Journal of Molecular Sciences
, издательство
MDPI
(Basel, Switzerland)
, том 22, № 2, с. 731-731
DOI
2020
Sulfoxides of sulfur-containing amino acids are suicide substrates of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase. Structural bases of the enzyme inactivation
Revtovich Svetlana
, Morozova Elena, Kulikova Vitalia, Koval Vasiliy,
Anufrieva Natalya
,
Nikulin Alexei
,
Demidkina Tatyana
в журнале
Biochimie
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 168, с. 190-197
DOI
2020
Изменения структуры титина при его агрегации
Бобылёв А.Г.,
Якупова Э.И.
, Бобылёва Л.Г.,
Галзитская О.В.
,
Никулин А.Д.
, Шумейко С.А.,
Юршенас Д.А.
,
Вихлянцев И.М.
в журнале
Молекулярная биология
, том 54, № 4, с. 643-652
DOI
2019
Overproduction and purification of the Escherichia coli transcription factors "toxic" to a bacterial cell
Bessonova TA,
Lekontseva NV
, Shvyreva US,
Nikulin AD
,
Tutukina MN
,
Ozoline ON
в журнале
Protein Expression and Purification
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 161, с. 70-77
DOI
2019
The Topology of the Contacts of Potential Ligands for the UxuR Transcription Factor of Escherichia coli as Revealed by Flexible Molecular Docking
Purtov YA
,
Tutukina MN
,
Nikulin AD
,
Ozoline ON
в журнале
Biophysics
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 64, № 1, с. 49-56
DOI
2019
ТОПОЛОГИЯ КОНТАКТОВ ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ ЛИГАНДОВ ФАКТОРА ТРАНСКРИПЦИИ UXUR E. COLI, ПОЛУЧЕННАЯ МЕТОДОМ ГИБКОГО ДОКИНГА
ПУРТОВ Ю.А.
,
ТУТУКИНА М.Н.
,
НИКУЛИН А.Д.
,
ОЗОЛИНЬ О.Н.
в журнале
Биофизика
, издательство
ФГБУ "Издательство "Наука"
(Москва)
, том 64, № 1, с. 061-069
DOI
2018
Structural Aspects of Ribosomal RNA Recognition by Ribosomal Proteins
Nikulin A.D.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 83, № S1, с. S111-S133
DOI
2018
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ РНК-ШАПЕРОНА PROQ ИЗ ESCHERICHIA COLI И ЕГО ДОМЕНОВ C МАЛОЙ РЕГУЛЯТОРНОЙ РНК RDLD
ЛЕКОНЦЕВА Н.В.
,
ФАНДО М.С.
,
МИХАЙЛИНА А.О.
,
КОРОБЕЙНИКОВА А.В.
,
НИКУЛИН А.Д.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 3, № 3, с. 651-653
2018
СТРУКТУРОНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ОСОБЕННОСТИ α-КРИСТАЛЛИНА
СЕЛИВАНОВА О.М.
,
ГЛЯКИНА А.В.
,
СУВОРИНА М.Ю.
,
НИКУЛИН А.Д.
,
СУРИН А.К.
,
ГАЛЗИТСКАЯ О.В.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 3, № 3, с. 673-679
2018
Структурные особенности узнавания рибосомных РНК рибосомными белками
Никулин А.Д.
в журнале
Успехи биологической химии
, том 58, с. 241-284
2017
An Experimental Tool to Estimate the Probability of a Nucleotide Presence in the Crystal Structures of the Nucleotide–Protein Complexes
Nemchinova Maria, Balobanov Vitaly, Nikonova Ekaterina,
Lekontseva Natalia
, Mikhaylina Alisa, Tishchenko Svetlana,
Nikulin Alexey
в журнале
Protein Journal
, издательство
Springer Verlag
(Germany)
, том 36, № 3, с. 157-165
DOI
2017
Characterization of RNA-binding properties of the archaeal Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii
Nikulin Alexey
,
Mikhailina Alisa
,
Lekontseva Natalia
,
Balobanov Vitalii
,
Nikonova Ekaterina
,
Tishchenko Svetlana
в журнале
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, издательство
Adenine Press
(United States)
, том 35, № 8, с. 1615-1628
DOI
2017
Crystal structure of mutant form Cys115His of Citrobacter freundii methionine γ-lyase complexed with L-norleucine
Revtovich S.V.
, Morozova E.A., Kulikova V.V.,
Anufrieva N.V.
,
Osipova T.I.
, Koval V.S.,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 1856, с. 1123-1128
DOI
2017
sw ApoMb Amyloid Aggregation under Nondenaturing Conditions: The Role of Native Structure Stability
Katina Natalya S.
,
Balobariov Vitalii A.
,
Ilyina Nelly B.
,
Vasiliev Victor D.
,
Marchenkov Victor V.
,
Glukhov Anatoly S.
,
Nikulin Alexey D.
,
Bychkova Valentina E.
в журнале
Biophysical Journal
, издательство
Biophysical Society
(United States)
, том 113, № 5, с. 991-1001
DOI
2017
Выделение и кристаллизация нового архейного белка семейства Lsm
Фандо М.С.
,
Леконцева Н.В.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Актуальная биотехнология
, том 2, № 21, с. 54-54
2017
ИЗУЧЕНИЕ ПРОЦЕССА АМИЛОИДООБРАЗОВАНИЯ НА ПРИМЕРЕ ФРАГМЕНТОВ Аβ ПЕПТИДА (Аβ16-25, Аβ31-40, Аβ33-42). НОВАЯ МОДЕЛЬ ФОРМИРОВАНИЯ ФИБРИЛЛ
СЕЛИВАНОВА О.М.
,
ГЛЯКИНА А.В.
, ГОРБУНОВА Е.Ю., МУСТАЕВА Л.Г.,
СУВОРИНА М.Ю.
,
ГРИГОРАШВИЛИ Е.И.
,
НИКУЛИН А.Д.
,
СУРИН А.К.
,
ГАЛЗИТСКАЯ О.В.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 2, № 1, с. 259-263
2017
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТРОЙНОЙ ЗАМЕНЫ ASP9ALA/VAL43ARG/TYR55TRP В БЕЛКЕ HFQ НА ЕГО СТРУКТУРУ И ТЕРМОСТАБИЛЬНОСТЬ
ЛЕКОНЦЕВА Н.В.
, КУТУЗОВА К.А., ФИЛИМОНОВ В.В.,
БАЛОБАНОВ В.А.
,
НИКУЛИН А.Д.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 2, № 1, с. 507-510
2016
Structural model of amyloid fibrils for amyloidogenic peptide from Bgl2p–glucantransferase of S. cerevisiae cell wall and its modifying analog. New morphology of amyloid fibrils
Selivanova Olga M.
,
Glyakina Anna V.
, Gorbunova Elena Yu, Mustaeva Leila G.,
Suvorina Mariya Yu
,
Grigorashvili Elizaveta I.
,
Nikulin Alexey D.
,
Dovidchenko Nikita V.
, Rekstina Valentina V.,
Kalebina Tatyana S.
,
Surin Alexey K.
,
Galzitskaya Oxana V.
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1864, № 11, с. 1489-1499
DOI
2016
Structure of methionine gamma-lyase from Clostridium sporogenes
Revtovich Svetlana
,
Anufrieva Natalya
,
Morozova Elena
, Kulikova Vitalia,
Nikulin Alexey
,
Demidkina Tatyana
в журнале
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS
, том 72, № 1, с. 65-71
DOI
2016
X-ray diffraction and electron microscopy data for amyloid formation of Abeta40 and Abeta42
Selivanova Olga M.
,
Grigorashvili Elizaveta I.
,
Suvorina Mariya Yu
,
Dzhus Ulyana F.
,
Nikulin Alexey D.
, Marchenkov Victor V.,
Surin Alexey K.
,
Galzitskaya Oxana V.
в журнале
Data in Brief
, издательство
Elsevier Inc.
(США)
, том 8, с. 108-113
DOI
2016
НЕОБЫЧНАЯ СТРУКТУРА АГРЕГАТОВ, ОБРАЗОВАННЫХ ФРАГМЕНТОМ Аβ16-25 ПЕПТИДА, И ПЕРСПЕКТИВЫ ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В БИОТЕХНОЛОГИИ
СЕЛИВАНОВА О.М.
, ГОРБУНОВА Е.Ю., МУСТАЕВА Л.Г.,
ГРИГОРАШВИЛИ Е.И.
,
СУВОРИНА М.Ю.
,
НИКУЛИН А.Д.
,
СУРИН А.К.
,
ГАЛЗИТСКАЯ О.В.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 1, № 1, с. 229-232
2016
НЕОБЫЧНАЯ СТРУКТУРА АГРЕГАТОВ, ОБРАЗОВАННЫХ ФРАГМЕНТОМ Аβ16-25 ПЕПТИДА, И ПЕРСПЕКТИВЫ ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В БИОТЕХНОЛОГИИ
СЕЛИВАНОВА О.М.
, ГОРБУНОВА Е.Ю., МУСТАЕВА Л.Г.,
ГРИГОРАШВИЛИ Е.И.
,
СУВОРИНА М.Ю.
,
НИКУЛИН А.Д.
,
СУРИН А.К.
,
ГАЛЗИТСКАЯ О.В.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 1, № 1, с. 229-232
2016
СТРУКТУРНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ НУКЛЕОТИД- И РНК-СВЯЗЫВАЮЩИХ СВОЙСТВ БЕЛКОВ- РЕГУЛЯТОРОВ ТРАНСКРИПЦИИ
ЛЕКОНЦЕВА Н.В.
, НЕМЧИНОВА М.С.,
БАЛОБАНОВ В.А.
,
МУРИНА В.Н.
,
НИКУЛИН А.Д.
в журнале
Актуальные вопросы биологической физики и химии
, издательство
Севастопольский государственный университет
(Севастополь)
, том 1, № 1, с. 246-250
2016
СУЛЬФОКСИДЫ S-АЛКИЛ/АЛКЕНИЛ-L-ЦИСТЕИНА – НОВЫЕ СУБСТРАТЫ МЕТИОНИН-γ-ЛИАЗЫ И АНТИМИКРОБНЫЕ ПРОЛЕКАРСТВА
МОРОЗОВА Е.А.
, КУЛИКОВА В.В.,
АНУФРИЕВА Н.А.
,
РЕВТОВИЧ С.В.
, РОДИОНОВ А.Н.,
НИКУЛИН А.Д.
,
ДЕМИДКИНА Т.В.
в журнале
Acta Naturae (русскоязычная версия)
, издательство
Парк-медиа
(М.)
, № S2, с. 34
2015
Bacterial Small Regulatory RNAs and Hfq Protein
Murina V.N.,
Nikulin A.D.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 80, № 13, с. 1647-1654
DOI
2015
Determination of the size of the primary and secondary folding nuclei of Abeta40 and Abeta42 protofibrils from the concentration dependence of the rate and the lag-time of their formation
Galzitskaya O.V.
,
Dovidchenko N.V.
,
Glyakina A.V.
,
Selivanova O.M.
,
Grigorashvili E.I.
,
Suvorina M.Y.
,
Tin U.
,
Mikhaylina A.O.
,
Nikulin A.D.
,
Surin A.K.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, с. 20
2015
Identification of apomyoglobin regions responsible for amyloid formation
Katina N.S.
,
Grigorashvili E.I.
,
Nikulin A.D.
,
Ryabova N.A.
,
Suvorina M.Y.
,
Surin A.K.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, с. 179-180
2015
Investigation of RNA-binding properties and oligomerization behavior of Sm-like archaeal proteins
Lekontseva N.
,
Murina V.
,
Nikonova E.
,
Selivanova O.
,
Tishchenko S.
,
Nikulin A.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, с. 341
2015
Investigation of polymorphism of A beta-peptide amyloids from different firms
Suvorina M.Y.
,
Selivanova O.M.
,
Grigorashvili E.I.
,
Nikulin A.D.
,
Surin A.K.
,
Galzitskaya O.V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 282, с. 180
2015
Pre-steady-state kinetic and structural analysis of interaction of methionine γ-lyase from Citrobacter freundii with inhibitors
Kuznetsov N.A.,
Faleev N.G.
, Kuznetsova A.A., Morozova E.A., Revtovich S.V., Anufrieva N.V.,
Nikulin A.D.
,
Fedorova O.S.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Journal of Biological Chemistry
, издательство
American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
(United States)
, том 290, с. 671-681
DOI
2015
Studies of Polymorphism of Amyloid-β 42 Peptide from Different Suppliers
Suvorina Mariya Yu
,
Selivanova Olga M.
,
Grigorashvili Elizaveta I.
,
Nikulin Alexey D.
, Marchenkov Victor V.,
Surin Alexey K.
,
Galzitskaya Oxana V.
в журнале
Journal of Alzheimer's Disease
, издательство
I O S press
(Netherlands)
, том 47, № 3, с. 583-593
DOI
2015
Supramolecular organization of Hfq-like proteins
Murina V.N.,
Selivanova O.M.
, Mikhaylina A.O., Kazakov A.S., Nikonova E.Yu,
Lekontseva N.V.
, Tishchenko S.V.,
Nikulin A.D.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 80, № 4, с. 441-448
DOI
2015
The Activation Mechanism of 2'-5'-Oligoadenylate Synthetase Gives New Insights Into OAS/cGAS Triggers of Innate Immunity
Lohöfener Jan, Steinke Nicola, Kay-Fedorov Penelope, Baruch Petra,
Nikulin Alexey
, Tishchenko Svetlana, Manstein Dietmar J., Fedorov Roman
в журнале
Structure
, издательство
Cell Press
(United States)
, том 23, № 5, с. 851-862
DOI
2015
The role of active site tyrosine 58 in Citrobacter freundii methionine γ-lyase
Anufrieva N.V.
,
Faleev N.G.
, Morozova E.A.,
Bazhulina N.P.
,
Revtovich S.V.
,
Timofeev V.P.
,
Tkachev Ya V.
,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Biochimica et biophysica acta
, издательство
Elsevier Pub. Co.
(Amsterdam, Netherlands)
, том 1854, с. 1220-1228
DOI
2015
Бактериальные малые регуляторные РНК и белок Hfq
Мурина В.Н.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Успехи биологической химии
, том 55, с. 33-48
2015
Влияние замен консервативных аминокислотных остатков на структуру и стабильность белка Hfq
Мурина В.Н.
,
Мельник Б.С.
, Филимонов В.В.,
Улайн М.
,
Вейсс М.С.
,
Мюллер У.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 80, № 4, с. 517-526
2015
Влияние замен консервативных аминокислотных остатков на структуру и стабильность белка Hfq
Мурина В.Н.
,
Мельник Б.С.
, Филимонов В.В.,
Улайн М.
,
Вейсс М.С.
,
Мюллер У.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 80, № 4, с. 517-526
2015
Влияние замен консервативных аминокислотных остатков на структуру и стабильность белка Hfq
Мурина В.Н.
,
Мельник Б.С.
, Филимонов В.В.,
Улайн М.
,
Вейсс М.С.
,
Мюллер У.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 80, № 4, с. 517-526
2015
Надмолекулярная организация фибрилл Hfq-подобных белков
Мурина В.Н.
,
Селиванова О.М.
,
Михайлина А.О.
, Казаков А.С.,
Никонова Е.Ю.
,
Леконцева Н.В.
,
Тищенко С.В.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Биохимия
, издательство
ИКЦ «Академкнига»
(Москва)
, том 80, № 4, с. 517-526
2014
Alliin is a suicide substrate of Citrobacter freundii methionine γ-lyase: structural bases of inactivation of the enzyme
Morozova Elena A.,
Revtovich Svetlana V.
, Anufrieva Natalya V., Kulikova Vitalia V.,
Nikulin Alexey D.
,
Demidkina Tatyana V.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 70, № 11, с. 3034-3042
DOI
2014
Alliin is a suicide substrate of Citrobacter freundii methionine γ-lyase: structural bases of inactivation of the enzyme
Morozova E.A.,
Revtovich S.V.
, Anufrieva N.V.,
KulikovaV V.
,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 70, с. 3034-3042
DOI
2014
Crystal structure of the external aldimine of Citrobacter freundii methionine γ-lyase with glycine provides insight in mechanisms of two stages of physiological reaction and isotope exchange of α- and β-protons of competitive inhibitors
Revtovich Svetlana V.
,
Faleev Nicolai G.
,
Morozova Elena A.
,
Anufrieva Natalya V.
,
Nikulin Alexey D.
,
Demidkina Tatyana V.
в журнале
Biochimie
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 101, с. 161-167
DOI
2014
Crystal structure of the external aldimine of Citrobacter freundii methionine γ-lyase with glycine provides insight in mechanisms of two stages of physiological reaction and isotope exchange of α- and β-protons of competitive inhibitors
Revtovich S.V.
,
Faleev N.G.
, Morozova E.A., Anufrieva N.V.,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Biochimie
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 101, с. 161-167
DOI
2014
Effect of conserved intersubunit amino acid substitutions on Hfq protein structure and stability
Murina V.N.,
Melnik B.S.
, Filimonov V.V.,
Ühlein M.
, Weiss M.S., Müller U.,
Nikulin A.D.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 79, № 5, с. 469-477
DOI
2013
Active site residues Tyr58, Tyr113 and Ser339 of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase: the role of the hydroxyl groups in the reaction mechanism
Anufrieva N.V.
,
Faleev N.G.
,
Morozova E.A.
, Bazhulina N.P.,
Revtovich S.V.
,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, с. 181-181
2013
Crystal Structure of the Archaeal Translation Initiation Factor 2 in Complex with a GTP Analogue and Met-tRNAfMet
Stolboushkina Elena
, Nikonov Stanislav, Zelinskaya Natalia,
Arkhipova Valentina
,
Nikulin Alexei
,
Garber Maria
,
Nikonov Oleg
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 425, № 6, с. 989-998
DOI
2013
Crystal structures modeling two elementary stages of gamma-eliminations reaction catalyzed by Citrobacter freundii methionine gamma-lyase
Revtovich S.,
Nikulin A.
,
Faleev N.
,
Morozova E.
,
Demidkina T.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, с. 175-175
2013
Hfq binds ribonucleotides in three different RNA-binding sites
Murina Victoria,
Lekontseva Natalia
,
Nikulin Alexey
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 69, № 8, с. 1504-1513
DOI
2013
Methionine gamma-lyase as a target in pathogens
Demidkina T.V.
,
Morozova E.A.
,
Revtovich S.V.
,
Anufrieva N.V.
,
Belyi Y.F.
,
Nikulin A.D.
в журнале
FEBS Journal
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 280, с. 172-172
2012
Formation of Amyloid-Like Fibrils by Y-Box Binding Protein 1 (YB-1) Is Mediated by Its Cold Shock Domain and Modulated by Disordered Terminal Domains
Guryanov Sergey G.
,
Selivanova Olga M.
,
Nikulin Alexey D.
,
Enin Gennady A.
,
Melnik Bogdan S.
,
Kretov Dmitry A.
,
Serdyuk Igor N.
,
Ovchinnikov Lev P.
в журнале
PLoS ONE
, издательство
Public Library of Science
(United States)
, том 7, № 5
DOI
2011
Disruption of shape complementarity in the ribosomal protein L1-RNA contact region does not hinder specific recognition of the RNA target site
Kostareva Olga
,
Tishchenko Svetlana
,
Nikonova Ekaterina
,
Kljashtorny Vladislav
,
Nevskaya Natalia
,
Nikulin Alexei
, Sycheva Anna, Moshkovskii Sergei,
Piendl Wolfgang
,
Garber Maria
,
Nikonov Stanislav
в журнале
Journal of Molecular Recognition
, издательство
John Wiley & Sons Inc.
(United States)
, том 24, № 4, с. 524-532
DOI
2011
Exploring methionine gamma-lyase structure-function relationship via microspectrophotometry and X-ray crystallography
Ronda Luca, Bazhulina Natalia P.,
Morozova Elena A.
,
Revtovich Svetlana V.
, Chekhov Vladimir O.,
Nikulin Alexei D.
,
Demidkina Tatyana V.
, Mozzarelli Andrea
в журнале
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, издательство
Elsevier BV
(Netherlands)
, том 1814, № 6, с. 834-842
DOI
2011
RNA-binding Sm-like proteins of bacteria and archaea. Similarity and difference in structure and function
Murina V.N.,
Nikulin A.D.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 76, № 13, с. 1434-1449
DOI
2011
Three-dimensional structures of noncovalent complexes of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase with substrates
Revtovich S.V.,
Morozova E.A.
, Khurs E.N., Zakomirdina L.N.,
Nikulin A.D.
,
Demidkina T.V.
,
Khomutov R.M.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 76, № 5, с. 564-570
DOI
2011
РНК-связывающие Sm-подобные белки бактерий и архей: сходство и различия структур и функций
Мурина В.Н.
,
Никулин А.Д.
в журнале
Успехи биологической химии
, том 51, с. 133-164
2010
The structures of mutant forms of Hfq from Pseudomonas aeruginosa reveal the importance of the conserved His57 for the protein hexamer organization
Moskaleva Olga,
Melnik Bogdan
,
Gabdulkhakov Azat
,
Garber Maria
,
Nikonov Stanislav
,
Stolboushkina Elena
,
Nikulin Alexei
в журнале
Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications
, издательство
International Union of Crystallography
(United Kingdom)
, том 66, № 7, с. 760-764
DOI
2008
Crystal structure of the intact archaeal translation initiation factor 2 demonstrates very high conformational flexibility in the alpha- and beta-subunits
Stolboushkina E.
,
Nikonov S.
,
Nikulin A.
, Blasi U.,
Manstein D.J.
,
Fedorov R.
,
Garber M.
,
Nikonov O.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 382, № 3, с. 680-691
DOI
2008
Domain II of Thermus thermophilus Ribosomal Protein L1 Hinders Recognition of Its mRNA
Tishchenko S.
,
Kljashtorny V.
,
Kostareva O.
,
Nevskaya N.
,
Nikulin A.
, Gulak P.,
Piendl W.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 383, № 2, с. 301-305
DOI
2008
High-resolution structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii
Nikulin A.
,
Revtovich S.
,
Morozova E.
,
Nevskaya N.
,
Nikonov S.
,
Garber M.
,
Demidkina T.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 64, № 2, с. 211-218
DOI
2007
Crystal structures of mutant ribosomal proteins L1
Nikonova E.Y.
,
Volchkov S.A.
,
Kljashtorny V.G.
,
Tishchenko S.V.
,
Kostareva O.S.
,
Nevskaya N.A.
,
Nikonov O.S.
,
Gabdoulkhakov A.G.
,
Nikulin A.D.
,
Davydova N.L.
, Streltsov V.A.,
Garber M.B.
,
Nikonov S.V.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 41, № 4, с. 622-629
DOI
2007
New insights into the interactions of the translation initiation factor 2 from archaea with guanine nucleotides and initiator tRNA
Nikonov Oleg
,
Stolboushkina Elena
,
Nikulin Alexei
,
Hasenцhrl David
,
Blдsi Udo
,
Manstein Dietmar J.
,
Fedorov Roman
,
Garber Maria
,
Nikonov Stanislav
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 373, № 2, с. 328-336
DOI
2007
КРИСТАЛЛИЧЕСКИЕ СТРУКТУРЫ МУТАНТНЫХ ФОРМ РИБОСОМНОГО БЕЛКА L1
НИКОНОВА Е.Ю.
, ВОЛЧКОВ С.А.,
КЛЯШТОРНЫЙ В.Г.
,
ТИЩЕНКО С.В.
,
КОСТАРЕВА О.С.
,
НЕВСКАЯ Н.А.
,
НИКОНОВ О.С.
,
ГАБДУЛХАКОВ А.Г.
,
НИКУЛИН А.Д.
, ДАВЫДОВА Н.Л., СТРЕЛЬЦОВ В.А.,
ГАРБЕР М.Б.
,
НИКОНОВ С.В.
в журнале
Молекулярная биология
, том 41, № 4, с. 688-696
2006
New insights into the interaction of ribosornal protein L1 with RNA
Nevskaya N.
,
Tishchenko S.
, Volchkov S.,
Kljashtorny V.
,
Nikonova E.
,
Nikonov O.
,
Nikulin A.
,
Kohrer C.
,
Piendl W.
,
Zimmermann R.
,
Stockley P.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, с. 747-759
DOI
2006
Structure of the ribosomal protein L1-mRNA complex at 2.1 angstrom resolution: common features of crystal packing of L1-RNA complexes
Tishchenko S.
,
Nikonova E.
,
Nikulin A.
,
Nevskaya N.
,
Volchkov S.
,
Piendl W.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 62, № 12, с. 1545-1554
DOI
2005
Ribosomal protein L1 recognizes the same specific structural motif in its target sites on the autoregulatory mRNA and 23S rRNA
Nevskaya N.
,
Tishchenko S.
,
Gabdoulkhakov A.
,
Nikonova E.
,
Nikonov O.
,
Nikulin A.
, Platonova O.,
Garber M.
,
Nikonov S.
,
Piendl W.
в журнале
Nucleic Acids Research
, издательство
Oxford University Press
(United Kingdom)
, с. 478-485
2005
Structure of Citrobacter freundii L-methionine gamma-lyase
Mamaeva D.V.
,
Morozova E.A.
,
Nikulin A.D.
,
Revtovich S.V.
,
Nikonov S.V.
,
Garber M.B.
,
Demidkina T.V.
в журнале
Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications
, издательство
International Union of Crystallography
(United Kingdom)
, том 61, с. 546-549
DOI
2005
Structure of Pseudomonas aeruginosa Hfq protein
Nikulin A.
,
Stolboushkina E.
, Perederina A.,
Vassilieva I.
, Blaesi U., Moll I.,
Kachalova G.
, Yokoyama S., Vassylyev D.,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 61, № 2, с. 141-146
DOI
2004
Molecular mimicry in translational regulation: the case of ribosomal protein S15
Ehresmann Chantal
,
Ehresmann Bernard
,
Ennifar Eric
, Dumas Philippe,
Garber Maria
, Mathy Nathalie,
Nikulin Alexei
, Portier Claude,
Patel Dinshaw
,
Serganov Alexander
в журнале
RNA Biology
, издательство
Landes Bioscience
(United States)
, том 1, № 1, с. 66-73
2004
Role of N-terminal helix in interaction of ribosomal protein S15 with 16S rRNA
Revtovich S.V.
,
Nikulin A.D.
,
Nikonov S.V.
в журнале
Biochemistry (Moscow)
, издательство
Pleiades Publishing, Ltd
(Road Town, United Kingdom)
, том 69, № 12, с. 1319-1323
2003
Crystallization of Hfq protein: a bacterial gene-expression regulator
Vassilieva L.M.,
Nikulin A.D.
,
Blasi U.
, Moll I.,
Garber M.B.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 59, № 6, с. 1061-1063
2003
Structure of the L1 protuberance in the ribosome
Nikulin Alexei
,
Eliseikina Irina
,
Tishchenko Svetlana
,
Nevskaya Natalia
,
Davydova Natalia
, Platonova Olga,
Piendl Wolfgang
, Selmer Maria, Liljas Anders,
Drygin Denis
,
Zimmermann Robert
,
Garber Maria
,
Nikonov Stanislav
в журнале
Nature structural biology
, издательство
Nature Pub. Co.
(New York, NY, United States)
, том 10, № 2, с. 104-108
DOI
2002
Crystallization of RNA/protein complexes
Garber M.
,
Gongadze G.
, Meshcheryakov V.,
Nikonov O.
,
Nikulin A.
, Perederina A.,
Piendl W.
,
Serganov A.
,
Tishchenko S.
в журнале
Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography
, издательство
Blackwell Publishing Inc.
(United Kingdom)
, том 58, с. 1664-1669
DOI
2002
Detailed analysis of RNA-protein interactions within the bacterial ribosomal protein L5/5S rRNA complex
Perederina A.
,
Nevskaya N.
,
Nikonov O.
,
Nikulin A.
,
Dumas P.
, Yao M., Tanaka I.,
Garber M.
,
Gongadze G.
,
Nikonov S.
в журнале
RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY
, том 8, № 12, с. 1548-1557
DOI
2002
Изучение взаимодействий рибосомных белков с рибосомными РНК
Никулин А.Д.
в журнале
Успехи биологической химии
, том 42, с. 61-68
2001
Detailed analysis of RNA-protein interactions within the ribosomal protein S8-rRNA complex from the archaeon Methanococcus jannaschii
Tishchenko S.
,
Nikulin A.
,
Fomenkova N.
,
Nevskaya N.
,
Nikonov O.
,
Dumas P.
,
Moine H.
,
Ehresmann B.
, Ehresmann C.,
Piendl W.
,
Lamzin V.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 311, № 2, с. 311-324
DOI
2001
Structure of Cry3A delta-endotoxin within phospholipid membranes
Loseva O.I.,
Tiktopulo E.I.
,
Vasiliev V.D.
,
Nikulin A.D.
, Dobritsa A.P.,
Potekhin S.A.
в журнале
Biochemistry
, издательство
American Chemical Society
(United States)
, том 40, № 47, с. 14143-14151
DOI
2000
Crystal structure of the S15-rRNA complex
Nikulin A.
,
Serganov A.
,
Ennifar E.
,
Tishchenko S.
,
Nevskaya N.
, Shepard W., Portier C.,
Garber M.
,
Ehresmann B.
,
Ehresmann C.
,
Nikonov S.
,
Dumas P.
в журнале
Nature structural biology
, издательство
Nature Pub. Co.
(New York, NY, United States)
, том 7, № 4, с. 273-277
DOI
2000
The crystal structure of UUCG tetraloop
Ennifar E.
,
Nikulin A.
,
Tishchenko S.
,
Serganov A.
,
Nevskaya N.
,
Garber M.
,
Ehresmann B.
,
Ehresmann C.
,
Nikonov S.
,
Dumas P.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 304, № 1, с. 35-42
DOI
1998
Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site
Nevskaya N.
,
Tishchenko S.
,
Nikulin A.
,
Al-Karadaghi S.
,
Liljas A.
,
Ehresmann B.
,
Ehresmann C.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в журнале
Journal of Molecular Biology
, издательство
Academic Press
(United States)
, том 279, № 1, с. 233-244
DOI
1998
Structural Studies of Ribosomal Proteins
Nikonov Stanislav V.
,
Nevskaya Natalia A.
,
Fedorov Roman V.
, Khairullina Alfia R.,
Tishchenko Svetlana V.
,
Nikulin Alexei D.
,
Garber Maria B.
в журнале
Biological Chemistry
, издательство
Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
(Germany)
, том 379, № 7, с. 795-805
DOI
1998
Structural aspects of protein thermostability
Fomenkova N.P.
,
Nevskaya N.A.
,
Nikulin A.D.
,
Nikonov S.V.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 32, № 2, с. 265-272
1998
The crystal structure of ribosomal protein L22 from Thermus thermophilus: insights into the mechanism of erythromycin resistance
Unge J., Aberg A.,
Al-Kharadaghi S.
,
Nikulin A.
,
Nikonov S.
,
Davydova N.L.
,
Nevskaya N.
,
Garber M.
,
Liljas A.
в журнале
Structure
, издательство
Cell Press
(United States)
, том 6, № 12, с. 1577-1586
DOI
1998
The ribosome structure: RNA-protein and protein-protein interactions
Nikonov S.V.
,
Fomenkova N.P.
,
Nikulin A.D.
, Fedorov R.V.,
Nevskaya N.A.
в журнале
Molecular Biology
, издательство
Maik Nauka/Interperiodica Publishing
(Russian Federation)
, том 32, № 5, с. 642-650
1996
Crystal structure of the RNA binding ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus
Nikonov S.
,
Nevskaya N.
,
Eliseikina I.
,
Fomenkova N.
,
Nikulin A.
,
Ossina N.
,
Garber M.
,
Jonsson B.H.
,
Briand C.
,
AlKaradaghi S.
,
Svensson A.
,
Aevarsson A.
,
Liljas A.
в журнале
EMBO Journal
, издательство
Nature Publishing Group
(United Kingdom)
, том 15, № 6, с. 1350-1359
Статьи в сборниках
2020
Use of Fluorescent Nucleotides to Map RNA-Binding Sites on Protein Surface
Balobanov V.
,
Lekontseva N.
,
Mikhaylina A.
,
Nikulin A.
в сборнике
Methods in Molecular Biology
, место издания
Springer US
, с. 251-262
DOI
2003
Structures of ribosomal RNA-protein complexes
Nevskaya N.
,
Nikonov O.
,
Nikulin A.
,
Garber M.
,
Nikonov S.
в сборнике
Protein Structures: Kaleidoscope of Structural Properties and Functions (Uversky, V.N., ed.)
, место издания
Research Signpost Kerala, India
, с. 87-103
Доклады на конференциях
2008
Кристаллизация и РНК-связывающие свойства архейного фактора инициации трансляции 2 (aIF2)
Авторы:
Столбоушкина Е.А.
,
Никонов О.С.
,
Гарбер М.Б.
,
Никонов С.В.
,
Блэзи У.
,
Никулин А.Д.
IV съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов
, Новосибирск, 2008
Руководство диссертациями
2018
Структурно-функциональные исследования РНК-связывающих свойств белков семейства Lsm из архей
Кандидатская диссертация по специальности 03.01.03 - Молекулярная биология (биол. науки)
Автор:
Леконцева Наталья Владимировна
Научный руководитель:
Никулин Алексей Донатович
, д.х.н.
Защищена в совете
МГУ.015.4
МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет
Организация, в которой выполнялась работа:
ФГБУН Институт белка РАН
Оппоненты:
Самыгина Валерия Ролановна
,
Сергиев Петр Владимирович
,
Кульбачинский Андрей Владимирович
Диссертация
2019
Структурные принципы взаимодействия белков-регуляторов трансляции с РНК
Докторская диссертация по специальностям 02.00.10 - Биоорганическая химия, 03.01.03 - Молекулярная биология (хим. науки)
Автор:
Никулин Алексей Донатович
, д.х.н.
Научный консультант:
Гарбер Мария Борисовна
, д.б.н., проф.
Защищена в совете
МГУ.014.2
МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет
Организация, в которой выполнялась работа:
Институт белка РАН, Пущино
Оппоненты:
Лунин Владимир Юрьевич
,
Попов Владимир Олегович
,
Сергиев Пётр Владимирович
Авторство учебных курсов
1998
Семинары по анализу и представлению результатов исследовательской работы
Авторы:
Гительзон к.б.
,
Никулин А.Д.