ИСТИНА

Впервые детально охарактеризована структура транскриптома глиомы: выделено 20 модулей коэкспрессии, описаны их связи друг с другом и с клиническими характеристиками опухолей. В дополнение к трем известным экспрессионным классам глиомы (мезенхимальному, пролиферативному и пронейральному) показано существование еще одного экспрессионного класса с четкой функциональной интерпретацией – проастроцитарного. Впервые определен список мРНК-маркеров опухолей данного класса: APOE, DAAM2, ID4, MAP4, TJP2 и др. (всего 185 генов). Эти маркеры потенциально могут быть использованы для определения соответствующего класса глиом молекулярными методами (например, ОТ-ПЦР в реальном времени), для которых доступен более высокий уровень стандартизации, чем для принятых в диагностике субъективных гистологических методов. Предсказано, что в регуляцию одного из ключевых онкогенных сигнальных путей в глиомах, активируемого рецептором эпидермального фактора роста (EGFR), вовлечены белки семейства Sprouty (SPRY1, SPRY2, SPRY4). Этот сигнальный путь известен своей повышенной активностью в наиболее агрессивном типе глиом (глиобластомах). Предсказанный механизм его регуляции важен для понимания биологии этого вида опухолей. Показано, что существуют статистические закономерности распределения мишеней разрешенных к применению противоопухолевых лекарств в генной сети коэкспрессии в глиоме. По результатам анализа, центральные гены модулей, вовлеченных в патогенез глиом, рекомендованы для дальнейшего изучения в качестве потенциальных новых противоопухолевых мишеней. На примере изучения эукариотической клеточной органеллы – реснички, показана возможность использования протеомной базы данных Human Protein Atlas для подтверждения экспрессионных предсказаний функций генов. Применение Human Protein Atlas может помочь в задачах предсказания широкого спектра генных функций, которые ассоциированы с неравномерным пространственным распределением соответствующих белков в тканях и клетках человека. Для 74 генов человека впервые предсказана функциональная связь с клеточной органеллой ресничкой. Согласно результатам анализа данных Human Protein Atlas, около 50% этих экспрессионных предсказаний проходят верификацию на белковом уровне. Идентификация этихбелков, функционально связанных с ресничками, расширяет основу для исследований молекулярных механизмов функционирования этой клеточной органеллы. Научную новизну и практическую значимость также имеет предложенный в работе эвристический метод, позволяющий многократно ускорить анализ генной коэкспрессии и делающий доступным такой анализ в полногеномном масштабе. Создана программа Microarray Retriever, обеспечивающая интегрированный доступ к существующим экспрессионным базам данных (GEO и ArrayExpress) и упрощающая процесс поиска и загрузки данных