|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
«Анализ геномов Y-вируса картофеля, собранных de novo на основе данных RNA-Seq растений картофеля из Московской и Астраханской областей РФ».курсовая работа (Специалист)
- Научный руководитель: Калинина Наталья Олеговна
- Автор: Грызунов Никита Сергеевич
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2022
- Курс: 4
- Аннотация: Y вирус картофеля (YВК) является одним из наиболее опасных и экономически значимых вирусных патогенов картофеля. YВК демонстрирует типичную для РНК-содержащих вирусов способность изменяться за счёт накопления мутаций и более быстро, за счёт рекомбинаций между различными штаммами. В природе YВК существует в виде комплекса штаммов. Для создания средств защиты растений нового поколения, основанных на применении РНК-технологий, в настоящей работе изучены особенности изменчивости генома YВК в различных условиях произрастания. В связи с этим была проведена сборка de novo генома YВК на основании данных РНК-Seq листового материала растений картофеля двух сортов (Индиго и ЛаСтрада), выращенных в поле из оздоровленного безвирусного посадочного материала в Московской и Астраханской областях, контрастных по климатическим условиям (прежде всего по температуре окружающей среды). С помощью различных программ было собрано 77 полноразмерных контигов YВК. Выравнивание показало, что собранные de novo контиги в рамках одного сорта и одного региона практически идентичны. Для дальнейшего анализа использовали 4 репрезентативных контига, собранных программой rnaviralSPAdes, с открытой рамкой считывания длиной 9186 нт, кодирующей полипептид-предшественник вирусспецифических белков YВК длиной 3062 а.о. Выравнивание по нуклеотидной и аминокислотной последовательностям показало, что большая часть отличий между астраханскими и московскими контигами сконцентрирована в 5' концевом участке генома длиной около 500 нт (5' НТО и участок генома, кодирующий N-конец белка P1 из 101 а.о.). Выравнивание с типичными “родительскими” вариантами YВК показало, что геномы состоят из секций штаммов YВКO и YВКEu-N, причем астраханские варианты имеют организацию, типичную для рекомбинантных геномов типа NTNb, а московские варианты - типа NTNa. Вариант YВК, выявленный на обоих сорта картофеля в Астраханской области, является новым, ранее не описанным в литературе рекомбинантом YВК.
- Добавил в систему: Калинина Наталья Олеговна