|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Оценка разницы в скорости трансляции мРНК разных генов в органах мышикурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Дмитриев С.Е., Егоров А.А., Кулаковский И.В.
- Автор: Салимгареев Руслан Салаватович
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2022
- Курс: 4
- Аннотация: Регуляция трансляции играет большую роль в контроле экспрессии генов. Стадия элонгации, в ходе которой происходит собственно синтез полипептида, по времени занимает наибольшую часть трансляционного цикла. Скорость элонгации может варьировать в зависимости от условий в клетке и различаться у разных мРНК или на разных участках одного и того же транскрипта. Известно, что на скорость элонгации влияет ряд факторов; некоторые, например фосфорилирование эукариотического фактора элонгации 2 (eEF2), оказывают влияние на трансляцию всех мРНК клетки, другие могут влиять на трансляцию отдельных транскриптов, как, например, модификация конкретных мРНК [1]. Для изучения скорости элонгации используется арсенал методов, применяемых как in vitro, так и in vivo. Одним из многообещающих подходов является рибосомный профайлинг с применением двух антибиотиков, харрингтонина и циклогексимида, и фиксированным интервалом времени между введением препаратов. Применимость этого способа продемонстрирована как на культурах клеток [2], так и на живых мышах [3]. В настоящей работе было проведено биоинформатическое исследование скорости элонгации при трансляции транскриптов в различных органах мыши на основе анализа данных рибосомного профайлинга, выполненного с применением харрингтонина и циклогексимида [3], с целью найти различия в скорости элонгации у разных мРНК и выявить структурные и функциональные свойства транскриптов, связанные с этими различиями. 1. Knight JRP, Garland G, Poyry T, Mead E, Vlahov N, Sfakianos A, Grosso S, De-Lima-Hedayioglu F, Mallucci GR, Von Der Haar T, Smales CM, Sansom OJ, Willis AE (2020) Control of translation elongation in health and disease. Dis Model Mech 13: . https://doi.org/10.1242/DMM.043208 2. Ingolia NT, Lareau LF, Weissman JS (2011) Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes. Cell 147:789–802 . https://doi.org/10.1016/J.CELL.2011.10.002 3. Gerashchenko M V., Peterfi Z, Yim SH, Gladyshev VN (2021) Translation elongation rate varies among organs and decreases with age. Nucleic Acids Res 49:e9–e9 . https://doi.org/10.1093/NAR/GKAA1103
- Добавил в систему: Дмитриев Сергей Евгеньевич