|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Поиск новых низкомолекулярных ингибиторов биосинтеза белка методом сравнения транскрипционных сигнатуркурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Дмитриев С.Е., Тышковский А.Э.
- Автор: Владимиров Даниил Олегович
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2021
- Курс: 2
- Аннотация: Эукариотическая рибосома и аппарат кеп-зависимой трансляции являются привлекательными мишенями для многих типов терапий в медицине. В настоящее время известен широкий спектр низкомолекулярных ингибиторов, специфично подавляющих биосинтез белка в клетках эукариот. Они включают ингибиторы транслокации и пептидилтрансферазного центра, блокаторы пептидного туннеля, индукторы ошибок декодирования и преждевременной терминации, а также модуляторы связывания компонентов трансляционного аппарата с рибосомой. Биосинтез белка подавляют также низкомолекулярные ингибиторы аминоацил-тРНК синтетаз, трансляционных факторов и сигнальных путей, ассоциированных с трансляцией. Несмотря на востребованность таких веществ, ингибиторы многих этапов трансляционного цикла плохо изучены. Цель работы: путём сравнения транскрипционных сигнатур отобрать для дальнейшей проверки вещества, которые могли бы являться новыми ингибиторами эукариотической трансляции. Транскрипционные сигнатуры были получены из базы данных CMap. Понятие транскрипционных сигнатур включает в себя как профили генной экспрессии (GEPs), так и наборы дифференциально экспрессированных генов (GSs), полученные на основании микрочипового исследования транскриптома культивируемых клеток млекопитающих, подвергнутых воздействиям различных веществ, однако CMap хранит только GEPs. Поиск новых веществ был основан на алгоритме создания поисковой сигнатуры Connectivity Map по группам ингибиторов трансляции с различными механизмами действия. Оказалось, что информация о таких веществах недостаточно систематизирована, поэтому была создана база данных ингибиторов эукариотической трансляции «EuPSIC» (от англ. Eukaryotic Protein Synthesis Inhibiting Compounds). База размещена по адресу: http://eupsic.belozersky.msu.ru. Далее на основании списка из 24 веществ было построено несколько поисковых сигнатур, по ним и происходил отбор ингибиторов. Всего для дальнейшего анализа было выбрано 27 веществ. Ни одно из них не подавляло трансляцию в in vitro системе, хотя при добавлении к культивируемым клеткам многие из них показали сильное ингибирование трансляции трансфицированной репортерной РНК. Механизм действия найденных веществ может сильно отличаться от механизма работы уже известных ингибиторов трансляции и требует дальнейшей проверки методами молекулярной и клеточной биологии.
- Добавил в систему: Дмитриев Сергей Евгеньевич