|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Разработка инструмента для поиска вероятных корреляций между структурными и функциональными особенностями АТФ синтазы F-типа.курсовая работа (Специалист)
- Научный руководитель: Фенюк Б.А.
- Автор: Литвин Анна Валерьевна
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2020
- Курс: 5
- Аннотация: Основная цель работы — создать инструмент для помощи в дизайне экспериментальных исследованиях АТФ-синтазы F-типа, использующий структурные данные, информацию о физиологических особенностях организмов, и опубликованные результаты исследований. Для достижения этой цели предполагается решить следующие задачи: Изучить способы расширения набора геномов БД COG и определения в них последовательностей субъединиц. Для этого на примере БД COG: Проанализировать аннотации из публичных баз данных (Genbank, Refseq) и сравнить их с экспертной разметкой. Оценить работу готовых пайплайнов для аннотации геномов прокариот. В случае неудовлетворительного качества аннотации в обоих случаях разработать программу для более точного нахождения генов субъединиц АТФ-синтазы. Использовать в программе множественные выравнивания последовательностей консервативных субъединиц с учетом доступной информации об их трехмерной структуре. Расширить базу, добавив в нее последовательности митохондриальных и хлоропластных АТФ-синтаз. Дополнить базу информацией о физиологических особенностях организмов (температурный оптимум, рН-оптимум, устойчивость к высокой концентрации солей, способ получения энергии, аэробность/анаэробность) Создать программу, которая по запросу пользователя в формате “организм”+”субъединица АТФ-синтазы”+”номер остатка” выдавала бы информацию о степени его консервативности, возможной роли в катализе и регуляции, о корреляции того или иного типа остатка в этом положении с физиологическими особенностями организмов, а также о результатах экспериментов по его мутагенезу, если таковые были опубликованы. Применить данную программу для дизайна реальных экспериментальных исследований.
- Добавил в систему: Фенюк Борис Александрович