|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Идентификация контактов мРНК-связывающих белков с транскриптами повторяющихся элементов генома человека на основе данных eCLIPкурсовая работа (Специалист)
- Научные руководители: Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
- Автор: Буян Андрей Игоревич
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2020
- Курс: 4
- Аннотация: Известно, что более 70% генома человека составляют повторы. Их происхождение в геноме человека, структура и функциональная нагрузка разнообразны. Некоторые являются копиями мобильных элементов или их частями, либо образованы в результате заражения предковых организмов вирусами, утратившими инфекционность, но способными к саморепликации внутри человеческого генома. К таким повторам относятся ретротранспозоны, ДНК-транспозоны и эндогенные ретровирусы. Другие же выполняют функции, необходимые для жизнедеятельности клетки. Это могут быть как дуплицировавшиеся гены (гены рибосомной РНК (рРНК), рибосомных белков и другие), повторяющиеся с целью обеспечения массового синтеза их продуктов, так и тандемные повторы, представляющие короткие, идущие друг за другом участки ДНК, обычно располагающиеся в центромерах или теломерах и участвующие в пространственной организации хроматина. Принимая во внимание широкое распространение описанных выше повторов в геноме человека и тот факт, что часть этих повторов (гены рРНК и ретроэлементы) массово производят длинные транскрипты, возникает вопрос о возможности взаимодействия этих РНК с другими молекулами внутри клетки, например с белками. Для изучения РНК-белковых контактов в настоящее время разработано множество методик, среди которых можно выделить анализ сдвига электрофоретической подвижности (EMSA), аффинную хроматографию (Pull-down assay), РНК-иммунопреципитацию и иммунопреципитацию с предварительной ультрафиолетовой сшивкой (CLIP), а также его разновидность eCLIP (enhanced crosslinking and immunoprecipitation). Последний метод, начиная с 2016 года, массово применяется для исследования РНК-связывающих белков (РСБ) из двух клеточных линий (K562 и HepG2) лабораторией Yeo Lab и на текущий момент дал результаты для 223 белков, хранящиеся в базе данных ENCODE. В данной работе проводится идентификация возможных контактов между клеточными РНК-связывающими белками и транскриптами таких повторов, как 18S, 28S, 5.8S, 5S рРНК, а также наиболее транскрипционно активных представителей семейств SVA, Alu, HERV и L1 ретроэлементов с использованием данных eCLIP и с последующей попыткой подтверждения одной из находок при помощи биохимических методов.
- Добавил в систему: Дмитриев Сергей Евгеньевич