Аннотация:Богатые гуанином последовательности часто обнаруживаются в геномах, и многие из них, как показано экспериментально, могут образовывать G-квадруплексы (G4 ДНК) в клеточных условиях. Такие четырехцепочечные неканонические структуры встречаются, например, в промоторных и теломерных участках ДНК и выполняют регуляторные функции. С другой стороны G4 ДНК приписывается роль в дестабилизации генома. Таким образом, G квадруплексы являются важной структурной формой организации ДНК, и их изучение в настоящее время представляется актуальной задачей.
Система репарации неканонических пар нуклеотидов («мисматчей») в ДНК – MMR (от англ. Mismatch Repair) – является важным механизмом поддержания стабильности генома. Ранее было обнаружено связывание одного из белков системы MMR MutS из Escherichia coli и Homo sapiens с G4 ДНК. Однако механизм и роль этого взаимодействия в клеточных процессах неизвестны. Ранее мы предложили систему, содержащую мотив внутримолекулярной параллельной G4 ДНК (GGGT)4, фланкированный дуплексной частью. Связывание белка MutS из E. coli с ДНК различной структуры в присутствии нуклеотидных кофакторов было охарактеризовано нами константами диссоциации. Показано, что сродство MutS к G4 значительно превышает сродство к другим ДНК лигандам в присутствии АТФγS. Известно, что белок MutS использует АТФазную активность для изменения конформационных состояний, привлечения других белков системы MMR и инициации процесса репарации повреждения в ДНК.
Поскольку взаимодействие G4 и MutS характеризуется необычным отсутствием зависимости от нуклеотидных кофакторов, целью данной работы стало определение кинетических параметров АТФазной активности белка MutS из E. coli в присутствии предложенного G4-лиганда и сравнение их с таковыми в присутствии других молекул ДНК.