Аннотация:Из предсказанных программой «CopraRNA» мишеней для нкРНК SapZ отобраны наиболее подходящие гены – narX, rpoS, phoU, evgS, uxuR, caiB, malM.
Получено три рекомбинантных штамма E. coli, позволивших оценить влияние нкРНК SapZ на экспрессию белок-кодирующих генов: sapA, ymjA и phoU.
При анализе беловых профилей полученных рекомбинантных штаммов E. coli обнаружено увеличение уровня белка молекулярной массой ~25 kDa в штаммах с измененной структурой РНК SapZ (контроль2, мутант) относительно клеток дикого типа и содержащих SapA-HisTag (контроль1)
Методом qRT-PCR установлено: уменьшение экспрессии SapZ в клетках с мутацией в ее промоторе; увеличение уровня мРНК phoU в штамме контроль2 относительно клеток дикого типа и штамма мутант. Не зафиксированно изменений уровня мРНК-SapA и YmjA в полученных рекомбинантных штаммах.
Во всех рекомбинатных штаммах подтверждено наличие белка SapA-HisTag. Зафиксировано увеличение его уровня в клетках c мутацией в промоторе SapZ, что указывает на возможное влияние этой нкРНК на трансляцию SapA.