|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Применение машинного обучения в задачах филогенетической реконструкциикурсовая работа (Специалист)
- Научный руководитель: Спирин С.А.
- Автор: Очередько Елена Сергеевна
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Кафедра: Факультет биоинженерии и биоинформатики
- Год защиты: 2018
- Курс: 4
- Аннотация: Программы для реконструкции филогенетических деревьев по заданному выравниванию биологических последовательностей часто выдают деревья, в той или иной мере отличающиеся от реальной филогении входных последовательностей. В работе разработана система предсказания качества реконструкции, то есть расстояния в пространстве деревьев между реконструированным и реальным деревьями, на основе признаков, извлекаемых из входного выравнивания. Работа системы основана на методе машинного обучения, известном как градиентный бустинг. Система протестирована на нескольких тысячах выравниваний белков грибов, в качестве реального дерева использовалось таксономическое дерево организмов, из которых были взяты белки. Показано, что корреляция между истинным и предсказанным расстояниями составляет около 75% и почти не зависит от числа последовательностей в выравнивании в пределах от 7 до 38 последовательностей.
- Добавил в систему: Спирин Сергей Александрович