|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Изменение архитектуры хроматина при шизофрениидипломная работа (Магистр)
- Научные руководители: Храмеева Екатерина Евгеньевна, Ульянов Сергей Владимирович
- Автор: Базаревич Мария Валериевна
- Тип: Магистр
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2022
- Аннотация: Согласно данным Всемирной организации здравоохранения во всем мире наблюдается рост случаев психических заболеваний. Среди них шизофрения является одной из 15 главных причин недееспособности во всем мире. На данный момент ранняя диагностика и эффективная терапия шизофрении не доступны. Мультифакторная и полигенная природа шизофрении затрудняет поиск терапевтических мишеней и маркеров начальных этапов заболевания. Несмотря на прогресс в области генетических технологий, имеющиеся геномные исследования шизофрении не принесли исчерпывающих результатов, которые могли бы быть использованы для определения единого механизма развития данного расстройства и разработки эффективной терапии. Найденные генетические варианты, ассоциированные с риском развития шизофрении, находятся в некодирующей части генома и могут опосредованно влиять на регуляцию экспрессии генов. Предыдущие геномные исследования указывают на важную роль архитектуры хромосом в механизмах развития психических расстройств. Однако все эти исследования были выполнены на образцах здорового мозга в качестве источника данных о конформации хроматина. В нашем исследовании мы проведем прямое сравнение архитектуры хроматина в образцах мозга при психических расстройствах и в контрольных образцах мозга. Для этого будет использован полногеномный метод поиска ДНК взаимодействий - Hi-C секвенирование. С его помощью детектируются сразу все пары пространственно сближенных участков генома. Так, Hi-C секвенирование позволит найти контакты, значимые для регуляции 2 отдельных генов, чья экспрессия изменяется при развитии болезни. В нашем исследовании это поможет определить гены, экспрессия которых изменяется при развитии шизофрении. Более того, это поможет находить, регуляция какими элементами генома приводит к нарушению экспрессии гена-мишени. Однако стоит помнить, что данный подход позволяет нам расширить список потенциальных генов-кандидатов, но не может однозначно выделить и изолировать влияние конкретного регуляторного элемента. Тем не менее, биоинформатические подходы и другие типов омиксных данных позволят выделить значимые регуляторные элементы и найти изменения в них, влияющие на изменение экспрессии гена-мишени при шизофрении. Цель и задачи: Цель данной работы – установить и описать особенности пространственной организации генома при шизофрении. Для осуществления цели поставлены следующие задачи: 1. Оптимизировать протокол фиксации, гомогенизации образцов мозга человека для последующего выделения ядер нейронов левой части зоны Вернике (BA22p, поле Бродмана 22); 2. Отсортировать ядра нейрональной линии и других типов клеток из образца мозга при помощи цитофлюорометрической сортировки ядер (FANS) ; 3. Приготовить библиотеки для Hi-C секвенирования ДНК из посмертных образцов мозга пациентов с шизофренией SZ-03 NeuN -/- и NeuN +/+, SZ-05 NeuN -/- и NeuN +/+ и контролей без психических нарушений HC-318 NeuN -/- и NeuN +/+, HC-91 NeuN -/- и NeuN +/+ ; 4. Провести анализ пилотного секвенирования для оценки качества приготовления Hi-C библиотек за счёт статистики картирования прочтений и построения кривых зависимости частоты контактов от линейного расстояния (скейл-плотов) для образцов HC-318 NeuN -/- и NeuN +/+, HC-91 NeuN -/- и NeuN +/+; SZ-03 NeuN -/- и NeuN +/+, SZ-05 NeuN -/- и NeuN +/+; 5. Проанализировать результаты глубокого прочтения Hi-C библиотек и получить список контактов для образцов SZ-03 NeuN -/- и NeuN +/+, SZ-05 NeuN -/- и NeuN +/+ и контрольных HC-318 NeuN -/- и NeuN +/+, HC-91 NeuN -/- и NeuN +/+; провести аннотацию структур хроматина для полученных карт Hi-C.
- Добавил в систему: Ульянов Сергей Владимирович